More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_2356 on replicon NC_010622
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010622  Bphy_2356  diguanylate cyclase with GAF sensor  100 
 
 
319 aa  648    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.10775 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2886  diguanylate cyclase with GAF sensor  70.22 
 
 
326 aa  412  1e-114  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.322967 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2176  diguanylate cyclase with GAF sensor  64.04 
 
 
321 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.59733  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3037  GGDEF domain-containing protein  55.97 
 
 
320 aa  367  1e-100  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4722  diguanylate cyclase with GAF sensor  59.62 
 
 
323 aa  362  4e-99  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1699  fused adenylate cyclase and hybrid sensor diguanylate cyclase and response regulator  56.19 
 
 
316 aa  362  6e-99  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.481687 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0918  diguanylate cyclase with GAF sensor  55.03 
 
 
323 aa  353  2e-96  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3444  diguanylate cyclase  55.03 
 
 
323 aa  352  2.9999999999999997e-96  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2011  diguanylate cyclase  55.03 
 
 
321 aa  352  4e-96  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0759816  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0894  diguanylate cyclase  55.03 
 
 
323 aa  352  7e-96  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.499341  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1949  diguanylate cyclase, putative  56.15 
 
 
327 aa  349  4e-95  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0928  diguanylate cyclase  54.09 
 
 
323 aa  347  1e-94  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.426085 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3085  diguanylate cyclase  52.83 
 
 
323 aa  345  5e-94  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3108  diguanylate cyclase with GAF sensor  53.65 
 
 
323 aa  338  9.999999999999999e-92  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3759  GGDEF domain-containing protein  53.33 
 
 
324 aa  334  1e-90  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3260  diguanylate cyclase with GAF sensor  51.75 
 
 
327 aa  332  6e-90  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0864  diguanylate cyclase with GAF sensor  52.7 
 
 
323 aa  331  1e-89  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.679659 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0833  diguanylate cyclase with GAF sensor  51.75 
 
 
322 aa  324  1e-87  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2826  hypothetical protein  46.54 
 
 
314 aa  309  4e-83  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2140  diguanylate cyclase with GAF sensor  44.51 
 
 
318 aa  288  7e-77  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480431  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2011  diguanylate cyclase with GAF sensor  46.58 
 
 
321 aa  257  2e-67  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0323841  normal  0.0375273 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4126  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.51 
 
 
348 aa  256  3e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.859123  normal  0.0985842 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4238  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.51 
 
 
348 aa  256  3e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  41.28 
 
 
343 aa  235  9e-61  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3138  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.34 
 
 
345 aa  233  3e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.13 
 
 
367 aa  231  1e-59  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2463  hypothetical protein  40.71 
 
 
341 aa  227  3e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.162594  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2191  diguanylate cyclase  38.91 
 
 
417 aa  223  4e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.300716  normal  0.177325 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1980  diguanylate cyclase  39.86 
 
 
417 aa  218  1e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0208161  normal  0.907372 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2505  GAF domain/GGDEF domain-containing protein  38.87 
 
 
345 aa  217  2e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.430442  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3513  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.74 
 
 
326 aa  213  4.9999999999999996e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.668666  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3217  diguanylate cyclase  37.84 
 
 
345 aa  212  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.201545  normal  0.0694192 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0181  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.29 
 
 
737 aa  212  5.999999999999999e-54  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3158  diguanylate cyclase  39.74 
 
 
325 aa  212  9e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0640866 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0966  diguanylate cyclase  36.86 
 
 
334 aa  206  4e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1229  diguanylate cyclase  38.18 
 
 
356 aa  196  3e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.586021  normal  0.0822929 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4177  hypothetical protein  39.92 
 
 
344 aa  194  2e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.878015 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3672  multi-sensor signal transduction histidine kinase  55.49 
 
 
681 aa  185  7e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.497248  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0329  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.1 
 
 
336 aa  182  7e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.832493  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1974  diguanylate cyclase  37.1 
 
 
336 aa  182  7e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.588528 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2220  diguanylate cyclase  34.33 
 
 
362 aa  177  3e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3263  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor  38.01 
 
 
669 aa  174  1.9999999999999998e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1845  multi-sensor hybrid histidine kinase  56.33 
 
 
878 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.187428  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2420  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  51.23 
 
 
624 aa  171  1e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.533876  normal  0.201744 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5198  putative PAS/PAC sensor protein  52.53 
 
 
694 aa  170  3e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1796  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.38 
 
 
1965 aa  170  3e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1392  putative sensory transduction histidine kinase  53.75 
 
 
401 aa  168  1e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2209  GAF sensor signal transduction histidine kinase  50.55 
 
 
399 aa  167  2e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03205  histidine kinase response regulator hybrid protein  53.38 
 
 
542 aa  167  2e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.132161  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1564  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.48 
 
 
1550 aa  166  5e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.047002  normal  0.324166 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3728  diguanylate cyclase  32.13 
 
 
341 aa  166  6.9999999999999995e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.183496 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2149  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.42 
 
 
680 aa  164  2.0000000000000002e-39  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1538  hypothetical protein  46.2 
 
 
431 aa  164  3e-39  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1643  diguanylate cyclase with GAF sensor  53.02 
 
 
506 aa  161  1e-38  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.65001 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3825  GAF domain-containing protein  50.92 
 
 
276 aa  161  1e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0507581  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4134  transcriptional regulator, XRE family  50.93 
 
 
267 aa  160  2e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1446  hypothetical protein  46.2 
 
 
441 aa  160  4e-38  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2985  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  53.06 
 
 
321 aa  160  4e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.369432  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3096  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor  52.1 
 
 
595 aa  160  4e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0665544  normal  0.285122 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4543  GAF domain/GGDEF domain/EAL domain protein  44.51 
 
 
607 aa  157  2e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.38768  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4312  multi-sensor signal transduction histidine kinase  52.29 
 
 
640 aa  156  4e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0961  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  53.29 
 
 
465 aa  156  5.0000000000000005e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1559  hypothetical protein  37.87 
 
 
245 aa  156  6e-37  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1466  GAF domain-containing protein  38.53 
 
 
249 aa  155  6e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.105134  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0621  multi-sensor hybrid histidine kinase  51.37 
 
 
1309 aa  156  6e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.288255 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02131  GGDEF domain-containing PAS signal transduction protein  44.79 
 
 
794 aa  155  8e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4221  EAL:GAF  43.93 
 
 
607 aa  154  2e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.236568 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0792  hypothetical protein  43.89 
 
 
240 aa  154  2e-36  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.327217  normal  0.0268431 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0812  Stage II sporulation E family protein  45.29 
 
 
422 aa  154  2e-36  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2310  sensor histidine kinase/GAF domain-containing protein  48.98 
 
 
400 aa  153  2.9999999999999998e-36  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.40578 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1367  putative phytochrome sensor protein  53.01 
 
 
607 aa  154  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.829477  n/a   
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_10742  predicted protein  55.7 
 
 
153 aa  152  5.9999999999999996e-36  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.182467  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3776  hypothetical protein  36.16 
 
 
347 aa  152  8e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00306006 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15351  GAF domain-containing protein  42.08 
 
 
238 aa  152  8e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.581628  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_17911  GAF domain-containing protein  44.32 
 
 
253 aa  151  1e-35  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.305194  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0934  hypothetical protein  44.32 
 
 
253 aa  151  1e-35  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.125271  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_15721  GAF domain-containing protein  37.61 
 
 
249 aa  150  2e-35  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0191  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.2 
 
 
743 aa  150  3e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.766687  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2253  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  42.94 
 
 
780 aa  150  3e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3060  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  51.01 
 
 
442 aa  150  4e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3496  hypothetical protein  52.52 
 
 
497 aa  150  4e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.676733  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3195  sensor histidine kinase  49.66 
 
 
438 aa  149  6e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.211172  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_15571  GAF domain-containing protein  37.16 
 
 
249 aa  149  7e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0414818  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0288  signal transduction histidine kinase  51.7 
 
 
514 aa  149  7e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.328365  normal  0.664954 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08061  hypothetical protein  41.75 
 
 
406 aa  148  9e-35  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3329  PAS:GGDEF  43.64 
 
 
732 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00020555 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0877  putative phytochrome sensor protein  51.27 
 
 
603 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0810026  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2479  putative GAF sensor protein  46.75 
 
 
363 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.301075  normal  0.376583 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0066  GGDEF domain-containing protein  45.57 
 
 
743 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.928161  normal  0.0154172 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4396  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  39.2 
 
 
594 aa  146  6e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.898588 
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_6032  predicted protein  55.48 
 
 
146 aa  145  7.0000000000000006e-34  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.394026  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3925  GAF sensor hybrid histidine kinase  42.33 
 
 
662 aa  144  1e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.150145  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2109  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.97 
 
 
599 aa  145  1e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.161845  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0136  diguanylate cyclase  48.32 
 
 
1428 aa  143  4e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4251  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.05 
 
 
603 aa  142  5e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0006  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.07 
 
 
557 aa  142  6e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0800  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  45.75 
 
 
781 aa  142  7e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1520  GGDEF domain-containing protein  32.14 
 
 
323 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04155  Putative signal protein with GAF,PAS(PAC) and GGDEF domains  44.23 
 
 
874 aa  141  1.9999999999999998e-32  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.581833  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0241  diguanylate cyclase  44.59 
 
 
450 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>