More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_1165 on replicon NC_010622
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010622  Bphy_1165  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 300 aa  604  9.999999999999999e-173  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.711876  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0481  LysR family transcriptional regulator  81.38 
 
 		 292 aa  491  9.999999999999999e-139  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4008  transcriptional regulator, LysR family  79.45 
 
 		 292 aa  489  1e-137  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4878  LysR family transcriptional regulator  72.41 
 
 		 296 aa  426  1e-118  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000628995  hitchhiker  0.000000000242081 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4361  LysR family transcriptional regulator  72.07 
 
 		 296 aa  423  1e-117  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000122892  hitchhiker  0.0000705341 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4930  LysR family transcriptional regulator  71.72 
 
 		 296 aa  420  1e-116  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.0000000411092  normal  0.050013 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0761  LysR family transcriptional regulator  72.44 
 
 		 296 aa  418  1e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.309741  hitchhiker  0.0000750011 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3437  LysR family transcriptional regulator  71.72 
 
 		 296 aa  420  1e-116  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.000000000217506  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5357  LysR family transcriptional regulator  72.95 
 
 		 296 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000868666  normal  0.124933 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3688  LysR family transcriptional regulator  71.63 
 
 		 300 aa  410  1e-113  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292486  normal  0.608026 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2272  LysR family transcriptional regulator  65.38 
 
 		 295 aa  395  1e-109  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.565879  normal  0.046421 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0998  LysR family transcriptional regulator  67.72 
 
 		 290 aa  392  1e-108  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.927457 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10800  transcriptional regulator AmpR  63.61 
 
 		 296 aa  362  3e-99  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0253412  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0985  transcriptional regulator AmpR  64.24 
 
 		 296 aa  358  5e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0288132  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3722  LysR family transcriptional regulator  61.59 
 
 		 291 aa  351  7e-96  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.78702  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2694  transcriptional regulator, LysR family  60.28 
 
 		 294 aa  349  3e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.484374  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2586  LysR family transcriptional regulator  60.48 
 
 		 291 aa  348  7e-95  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2946  transcriptional regulator, LysR family  59.45 
 
 		 292 aa  347  1e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.601984 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2329  LysR family transcriptional regulator  62.32 
 
 		 288 aa  340  1e-92  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1528  transcriptional regulator, LysR family  61.97 
 
 		 288 aa  337  9.999999999999999e-92  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4575  LysR family transcriptional regulator  58.66 
 
 		 285 aa  328  8e-89  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0546566  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1903  LysR family transcriptional regulator  63.03 
 
 		 292 aa  326  3e-88  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.180866 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5369  LysR family transcriptional regulator  58.74 
 
 		 294 aa  320  3e-86  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.927106  normal  0.182249 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3137  transcriptional regulator, LysR family  55.09 
 
 		 287 aa  315  7e-85  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.076596  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2551  LysR family transcriptional regulator  63.44 
 
 		 301 aa  299  4e-80  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.306748  normal  0.0130656 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3451  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 291 aa  297  1e-79  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.353033  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3748  LysR family transcriptional regulator  51.6 
 
 		 293 aa  275  9e-73  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.970136  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01945  transcriptional regulator, LysR family  53.31 
 
 		 260 aa  269  5e-71  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.44 
 
 		 300 aa  212  5.999999999999999e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.47 
 
 		 306 aa  206  4e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.51 
 
 		 304 aa  203  3e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3485  transcriptional regulator, LysR family  40.41 
 
 		 305 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  38.49 
 
 		 305 aa  199  3e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  38.49 
 
 		 305 aa  199  3e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.49 
 
 		 305 aa  199  3e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.49 
 
 		 305 aa  199  3e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.49 
 
 		 305 aa  199  3e-50  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  38.49 
 
 		 305 aa  199  3e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.49 
 
 		 305 aa  199  3e-50  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.49 
 
 		 305 aa  199  3e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.49 
 
 		 305 aa  199  3e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  41.81 
 
 		 318 aa  199  7e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.9 
 
 		 314 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.83 
 
 		 305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.83 
 
 		 305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.83 
 
 		 305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.83 
 
 		 305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.83 
 
 		 305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 317 aa  196  6e-49  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.9 
 
 		 307 aa  194  1e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.24 
 
 		 307 aa  194  1e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.14 
 
 		 303 aa  194  2e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.14 
 
 		 303 aa  192  5e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.11 
 
 		 308 aa  191  9e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.11 
 
 		 308 aa  191  1e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.48 
 
 		 303 aa  191  2e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1785  LysR family transcriptional regulator  39.4 
 
 		 307 aa  190  2e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.86 
 
 		 305 aa  190  2.9999999999999997e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.86 
 
 		 305 aa  190  2.9999999999999997e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.86 
 
 		 305 aa  190  2.9999999999999997e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4817  LysR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 299 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.92045  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.16 
 
 		 303 aa  189  4e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.79 
 
 		 303 aa  189  5e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.79 
 
 		 303 aa  189  5e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.79 
 
 		 303 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.79 
 
 		 303 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.79 
 
 		 303 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.79 
 
 		 303 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.59 
 
 		 303 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.79 
 
 		 303 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.79 
 
 		 303 aa  189  7e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.11 
 
 		 305 aa  189  7e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.79 
 
 		 303 aa  188  9e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.79 
 
 		 303 aa  188  9e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0734  LysR family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 314 aa  187  1e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0304  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 294 aa  187  1e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4712  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 297 aa  187  2e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0181499  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.18 
 
 		 310 aa  187  3e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.59 
 
 		 303 aa  187  3e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 311 aa  186  3e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  39.04 
 
 		 314 aa  186  5e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.2 
 
 		 309 aa  186  6e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  41.52 
 
 		 308 aa  182  7e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2809  LysR family transcriptional regulator  39.94 
 
 		 315 aa  181  2e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000226254  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0106  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 294 aa  180  2.9999999999999997e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4299  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 301 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.544326  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0491  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 305 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.978551 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3606  LysR family transcriptional regulator  39.36 
 
 		 305 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.613812  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6156  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 308 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0381  LysR family transcriptional regulator  36.94 
 
 		 327 aa  178  8e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.54152  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3951  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 295 aa  178  1e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2879  LysR family transcriptional regulator  38.65 
 
 		 305 aa  178  1e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.105069 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6449  LysR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 309 aa  177  1e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.585538  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00893  transcription regulator protein  39.87 
 
 		 304 aa  176  3e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0257134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2385  transcriptional regulator, LysR family  39.1 
 
 		 323 aa  176  3e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.297689  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1385  LysR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 311 aa  176  4e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.765137  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2586  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 305 aa  176  4e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0519  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 305 aa  176  4e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0491  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.58 
 
 		 315 aa  176  5e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4598  LysR family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 290 aa  175  6e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.343369 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>