More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_0967 on replicon NC_010622
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010622  Bphy_0967  RluA family pseudouridine synthase  100 
 
 
436 aa  870  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2346  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  75.28 
 
 
438 aa  624  1e-177  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0455755 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1841  pseudouridine synthase, RluA family  77.96 
 
 
431 aa  619  1e-176  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.482122  normal  0.168334 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1481  RluA family pseudouridine synthase  77.28 
 
 
400 aa  587  1e-166  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00249005  normal  0.0889319 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5094  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  75.76 
 
 
402 aa  583  1e-165  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.760184 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6286  pseudouridine synthase, RluD  76.28 
 
 
402 aa  580  1e-164  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1704  RluA family pseudouridine synthase  73.04 
 
 
407 aa  580  1e-164  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.225391  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1793  RluA family pseudouridine synthase  76.28 
 
 
402 aa  580  1e-164  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1731  RluA family pseudouridine synthase  76.09 
 
 
405 aa  579  1e-164  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.895388  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2253  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  73.06 
 
 
391 aa  575  1e-163  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00391915  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1817  RluA family pseudouridine synthase  86.08 
 
 
360 aa  558  1e-158  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.294999 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1324  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  73.06 
 
 
395 aa  545  1e-154  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0224168  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2333  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  73.06 
 
 
395 aa  545  1e-154  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.93917  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2205  RluA family pseudouridine synthase  72.82 
 
 
395 aa  544  1e-153  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1084  RluA family pseudouridine synthase  72.57 
 
 
389 aa  543  1e-153  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.346306  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0083  RluA family pseudouridine synthase  72.57 
 
 
389 aa  543  1e-153  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1813  RluA family pseudouridine synthase  72.57 
 
 
389 aa  543  1e-153  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.587957  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2168  RluA family pseudouridine synthase  72.33 
 
 
389 aa  543  1e-153  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1353  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  59.31 
 
 
403 aa  405  1e-112  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.270637  normal  0.743014 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1591  pseudouridine synthase, RluA family  60.81 
 
 
370 aa  406  1e-112  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.150486  decreased coverage  0.00904495 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1628  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D protein  63.71 
 
 
358 aa  407  1e-112  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1919  pseudouridine synthase, RluA family  60.27 
 
 
370 aa  399  1e-110  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.338974  normal  0.0110313 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1344  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  67.88 
 
 
403 aa  385  1e-105  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0921  pseudouridine synthase, RluA family  54.83 
 
 
344 aa  328  2e-88  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0921  RluA family pseudouridine synthase  56.62 
 
 
318 aa  320  2e-86  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  53.02 
 
 
318 aa  312  6e-84  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  55.7 
 
 
327 aa  304  2e-81  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  56.87 
 
 
315 aa  303  4e-81  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2551  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  52.06 
 
 
321 aa  302  6e-81  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.682293  hitchhiker  0.00325884 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1612  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.22 
 
 
356 aa  302  6e-81  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000933226 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1604  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  53.16 
 
 
318 aa  297  3e-79  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  52.19 
 
 
325 aa  294  2e-78  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0810  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  52.43 
 
 
318 aa  290  5e-77  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.043607  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1370  pseudouridine synthase, RluD  47.16 
 
 
352 aa  284  2e-75  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2550  pseudouridine synthase, RluD  50.47 
 
 
319 aa  281  2e-74  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.347335  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2950  RluA family pseudouridine synthase  51.48 
 
 
323 aa  278  1e-73  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00118178  normal  0.148942 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3722  RluA family pseudouridine synthase  51.15 
 
 
323 aa  277  2e-73  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.302376  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3499  lysozyme  51.15 
 
 
323 aa  277  3e-73  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.847735  normal  0.0395097 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3159  pseudouridine synthase, RluA family  50.75 
 
 
329 aa  276  5e-73  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  52.44 
 
 
313 aa  275  8e-73  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2235  RluA family pseudouridine synthase  52.56 
 
 
313 aa  275  2e-72  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.894524  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4547  RluA family pseudouridine synthase  48.66 
 
 
352 aa  274  2e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1002  pseudouridine synthase, RluA family  47.59 
 
 
325 aa  272  7e-72  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.550845  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0669  RluA family pseudouridine synthase  48.66 
 
 
352 aa  271  1e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0663  RluA family pseudouridine synthase  48.66 
 
 
352 aa  271  1e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.241862  normal  0.120069 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2991  23S rRNA pseudouridine synthase D  46.85 
 
 
326 aa  271  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2877  23S rRNA pseudouridine synthase D  46.85 
 
 
326 aa  271  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.673786 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2879  23S rRNA pseudouridine synthase D  46.85 
 
 
326 aa  271  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.206538 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2858  23S rRNA pseudouridine synthase D  46.85 
 
 
326 aa  271  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0524542 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2774  23S rRNA pseudouridine synthase D  46.85 
 
 
326 aa  271  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00023272  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3074  23S rRNA pseudouridine synthase D  46.25 
 
 
326 aa  271  2e-71  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.273549  normal  0.0295932 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2880  23S rRNA pseudouridine synthase D  46.99 
 
 
326 aa  271  2e-71  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0196126  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2748  23S rRNA pseudouridine synthase D  47.29 
 
 
326 aa  271  2e-71  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0255935  normal  0.237135 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2975  23S rRNA pseudouridine synthase D  46.99 
 
 
326 aa  270  3e-71  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0427325  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  50.6 
 
 
319 aa  270  4e-71  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0969  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.93 
 
 
324 aa  270  4e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.466312 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0367  23S rRNA pseudouridine synthase D  46.85 
 
 
321 aa  269  6e-71  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1335  RluA family pseudouridine synthase  48.39 
 
 
327 aa  269  7e-71  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  2.57398e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1087  23S rRNA pseudouridine synthase D  46.69 
 
 
326 aa  269  7e-71  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.097503  decreased coverage  2.84548e-07 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3835  23S rRNA pseudouridine synthase D  46.99 
 
 
326 aa  269  7e-71  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  6.64381e-05  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02448  hypothetical protein  46.69 
 
 
326 aa  269  7e-71  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.166137  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2752  23S rRNA pseudouridine synthase D  46.69 
 
 
326 aa  269  7e-71  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  3.25368e-10  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02484  23S rRNA pseudouridine synthase  46.69 
 
 
326 aa  269  7e-71  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.174607  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1078  pseudouridine synthase, RluA family  46.69 
 
 
326 aa  269  7e-71  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0158788  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.06 
 
 
323 aa  268  1e-70  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  4.5802e-07  normal  0.354843 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3265  pseudouridine synthase, RluA family protein  50.16 
 
 
322 aa  268  1e-70  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3171  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.06 
 
 
323 aa  268  1e-70  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  2.61033e-06  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3074  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.06 
 
 
323 aa  268  1e-70  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000195279  normal  0.766873 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0771  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.07 
 
 
323 aa  268  1e-70  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.497941  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1022  RluA family pseudouridine synthase  48.43 
 
 
324 aa  266  4e-70  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  2.46501e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1119  RluA family pseudouridine synthase  49.06 
 
 
324 aa  266  4e-70  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  3.17979e-06  normal  0.0744871 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1086  RluA family pseudouridine synthase  49.06 
 
 
324 aa  266  4e-70  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  7.50012e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3272  pseudouridine synthase, RluA family  49.06 
 
 
324 aa  266  4e-70  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  2.67118e-09  normal  0.0414307 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1017  RluA family pseudouridine synthase  49.06 
 
 
324 aa  266  4e-70  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  4.95395e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1194  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.07 
 
 
323 aa  266  5e-70  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0726  pseudouridine synthase, RluD  49.69 
 
 
320 aa  266  5e-70  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3477  23S rRNA pseudouridine synthase D  47.01 
 
 
325 aa  266  6e-70  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.118484  normal  0.239433 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3351  23S rRNA pseudouridine synthase D  47.01 
 
 
325 aa  266  6e-70  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.11955  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4836  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.48 
 
 
320 aa  265  9e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.474352 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.23 
 
 
325 aa  265  9e-70  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.553412  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3915  23S rRNA pseudouridine synthase D  47.87 
 
 
324 aa  265  1e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5026  RluA family pseudouridine synthase  51.74 
 
 
356 aa  265  1e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.257508  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3214  23S rRNA pseudouridine synthase D  47.01 
 
 
327 aa  264  2e-69  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000301584  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0667  pseudouridine synthase, RluA family protein  50 
 
 
324 aa  265  2e-69  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0233551  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3611  RluA family pseudouridine synthase  47.17 
 
 
327 aa  264  2e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.354938  hitchhiker  0.00827113 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.37 
 
 
320 aa  265  2e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.587851  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3166  RluA family pseudouridine synthase  49.84 
 
 
323 aa  263  5e-69  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.133464  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2180  pseudouridine synthase, RluA family  50.91 
 
 
327 aa  263  5e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5183  pseudouridine synthase  49.25 
 
 
320 aa  263  6e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.521194  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1918  pseudouridylate synthase  49.05 
 
 
331 aa  262  8e-69  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.313476  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01005  23S rRNA pseudouridine synthase D  49.52 
 
 
325 aa  262  8e-69  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1572  RluA family pseudouridine synthase  42.57 
 
 
420 aa  262  1e-68  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00305296  hitchhiker  0.00710721 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3143  23S rRNA pseudouridine synthase D  45.78 
 
 
325 aa  262  1e-68  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60210  pseudouridine synthase  49.25 
 
 
320 aa  262  1e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  1.35219e-10 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2863  pseudouridine synthase, RluD  48.04 
 
 
324 aa  261  1e-68  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00218841  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2034  pseudouridine synthase, RluA family  47.13 
 
 
340 aa  261  1e-68  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0680786  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2850  pseudouridine synthase, RluA family  46.08 
 
 
325 aa  261  2e-68  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004394  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.07 
 
 
325 aa  260  4e-68  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.530574  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1856  RluA family pseudouridine synthase  48.73 
 
 
327 aa  259  5e-68  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2605  pseudouridylate synthase  50.33 
 
 
324 aa  258  1e-67  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  2.83334e-06  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>