More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_0564 on replicon NC_010622
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010622  Bphy_0564  pseudouridine synthase  100 
 
 		 189 aa  382  1e-105  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00757651  decreased coverage  0.0000739028 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3170  pseudouridine synthase  88.3 
 
 		 189 aa  339  1e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0157507  hitchhiker  0.00975609 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0796  pseudouridine synthase, Rsu  87.7 
 
 		 189 aa  333  1e-90  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00539855  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2573  pseudouridine synthase, Rsu  85.03 
 
 		 192 aa  329  2e-89  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0769  pseudouridine synthase  84.49 
 
 		 228 aa  327  5.0000000000000004e-89  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000104471 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2444  pseudouridine synthase  84.49 
 
 		 192 aa  325  2.0000000000000001e-88  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000696433 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5857  pseudouridine synthase, Rsu  85.03 
 
 		 192 aa  325  3e-88  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.833933  normal  0.396985 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0758  pseudouridine synthase family protein  81.72 
 
 		 192 aa  308  2.9999999999999997e-83  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0329789  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0485  pseudouridine synthase family protein  81.18 
 
 		 235 aa  305  4.0000000000000004e-82  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1107  pseudouridine synthase family protein  81.18 
 
 		 235 aa  305  4.0000000000000004e-82  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000232498  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1014  RNA pseudouridine synthase family protein  81.18 
 
 		 235 aa  305  4.0000000000000004e-82  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0134  RNA pseudouridine synthase family protein  81.18 
 
 		 192 aa  303  7e-82  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0958  RNA pseudouridine synthase family protein  81.18 
 
 		 192 aa  303  7e-82  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0954  RNA pseudouridine synthase family protein  81.18 
 
 		 192 aa  303  7e-82  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0685  RNA pseudouridine synthase family protein  81.18 
 
 		 192 aa  303  7e-82  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.214118  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2550  pseudouridine synthase  83.96 
 
 		 192 aa  301  3.0000000000000004e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0813739  hitchhiker  0.0000440623 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1914  pseudouridine synthase, Rsu  83.96 
 
 		 192 aa  300  7.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2525  pseudouridine synthase, Rsu  83.96 
 
 		 192 aa  300  7.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2896  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  71.43 
 
 		 214 aa  248  5e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.438236 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2757  pseudouridine synthase, Rsu  66.85 
 
 		 219 aa  224  4e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2138  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  61.27 
 
 		 176 aa  218  3.9999999999999997e-56  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0137061  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0853  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  63.58 
 
 		 180 aa  217  8.999999999999998e-56  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.711154 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3745  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  61.85 
 
 		 206 aa  210  7.999999999999999e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4941  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  62.28 
 
 		 211 aa  207  7e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4794  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  61.88 
 
 		 210 aa  206  2e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2977  pseudouridine synthase  57.87 
 
 		 180 aa  205  3e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4336  pseudouridine synthase, Rsu  61.25 
 
 		 210 aa  205  3e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0252697  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3254  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  56.14 
 
 		 191 aa  205  4e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.712431  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1363  pseudouridine synthase  60.87 
 
 		 216 aa  204  5e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00149286  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  62.64 
 
 		 216 aa  203  1e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.102184  normal  0.0693949 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1161  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  58.72 
 
 		 221 aa  202  2e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00928122 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09940  Pseudouridine synthase, RluE  60.12 
 
 		 210 aa  201  5e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.304404  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12540  putative pseudouridine synthase  59.76 
 
 		 189 aa  201  5e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1141  putative pseudouridine synthase  59.76 
 
 		 189 aa  200  9.999999999999999e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0548  RNA pseudouridine synthase family protein  58.24 
 
 		 198 aa  199  1.9999999999999998e-50  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0167087  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4654  pseudouridine synthase  59.52 
 
 		 210 aa  199  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.250689 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0642  pseudouridine synthase  58.24 
 
 		 209 aa  198  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.498464  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2536  pseudouridine synthase  55.29 
 
 		 244 aa  198  5e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4832  pseudouridine synthase  59.41 
 
 		 212 aa  197  5e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2703  pseudouridine synthase  51.38 
 
 		 235 aa  197  6e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.011903 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1335  pseudouridine synthase  59.2 
 
 		 221 aa  197  7.999999999999999e-50  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.994233  normal  0.557471 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2898  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  55.56 
 
 		 201 aa  196  1.0000000000000001e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3113  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  60.11 
 
 		 182 aa  196  1.0000000000000001e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3002  pseudouridine synthase  58.58 
 
 		 229 aa  197  1.0000000000000001e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.549118  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1760  pseudouridine synthase  58.52 
 
 		 202 aa  196  2.0000000000000003e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0242  pseudouridine synthase  56.42 
 
 		 211 aa  195  3e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1100  pseudouridine synthase, Rsu  55.87 
 
 		 185 aa  194  5.000000000000001e-49  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1683  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  51.35 
 
 		 213 aa  192  3e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000674605  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003960  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  53.76 
 
 		 233 aa  192  3e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1640  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  50 
 
 		 215 aa  191  4e-48  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1605  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  53.53 
 
 		 261 aa  191  5e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0188099  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1680  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  53.53 
 
 		 265 aa  191  5e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01560  hypothetical protein  53.18 
 
 		 176 aa  191  7e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2204  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  57.76 
 
 		 210 aa  191  8e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2302  pseudouridine synthase, Rsu  55.68 
 
 		 185 aa  190  8e-48  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.690278 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1749  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  52.94 
 
 		 269 aa  190  9e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2056  pseudouridine synthase  58.01 
 
 		 180 aa  189  1e-47  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.939172  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1882  pseudouridine synthase, Rsu  52.6 
 
 		 236 aa  189  2e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.733285  decreased coverage  0.0000000160719 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0710  pseudouridine synthase family 1 protein  54.02 
 
 		 290 aa  188  4e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2476  pseudouridine synthase  52.69 
 
 		 270 aa  188  4e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000480491  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0982  pseudouridine synthase  56.25 
 
 		 220 aa  188  4e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0784164 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2231  pseudouridylate synthase  52.1 
 
 		 270 aa  188  5e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00399974  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2589  pseudouridine synthase  52.1 
 
 		 282 aa  187  5e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00041275  normal  0.0546564 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2469  pseudouridine synthase  52.1 
 
 		 282 aa  187  5e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000626747  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2378  pseudouridine synthase, Rsu  53.12 
 
 		 192 aa  187  8e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0624832  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2060  pseudouridylate synthase  52.38 
 
 		 212 aa  184  6e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00435727  normal  0.885257 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1875  pseudouridine synthase  51.5 
 
 		 282 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.414876  hitchhiker  0.0000094043 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2374  pseudouridine synthase  55.9 
 
 		 180 aa  182  2.0000000000000003e-45  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.177247 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1830  pseudouridine synthase, Rsu  51.18 
 
 		 242 aa  181  4.0000000000000006e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02367  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  49.44 
 
 		 180 aa  181  6e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.020517  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1484  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  50.9 
 
 		 177 aa  179  2e-44  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000142179  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2258  pseudouridine synthase, Rsu  53.75 
 
 		 235 aa  179  2.9999999999999997e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  51.96 
 
 		 178 aa  178  4e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.208535  normal  0.739458 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2442  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  53.45 
 
 		 257 aa  177  5.999999999999999e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0356  pseudouridine synthase, Rsu  50.3 
 
 		 204 aa  176  1e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4021  pseudouridine synthase  49.13 
 
 		 195 aa  177  1e-43  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3888  pseudouridine synthase  50.86 
 
 		 189 aa  177  1e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.655167 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0678  pseudouridine synthase, Rsu  50.53 
 
 		 213 aa  176  2e-43  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.854611  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03272  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  54.65 
 
 		 200 aa  176  2e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1562  pseudouridylate synthase  52.17 
 
 		 264 aa  175  3e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00777765  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1227  pseudouridine synthase  51.69 
 
 		 195 aa  174  5e-43  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.664388 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1605  pseudouridine synthase  49.73 
 
 		 195 aa  174  9e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000269672  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1381  pseudouridine synthase  47.25 
 
 		 204 aa  172  1.9999999999999998e-42  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.398718  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1351  pseudouridine synthase  47.25 
 
 		 204 aa  172  1.9999999999999998e-42  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0876  hypothetical protein  49.43 
 
 		 200 aa  172  2.9999999999999996e-42  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2849  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  52.87 
 
 		 208 aa  172  2.9999999999999996e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.403146 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2024  pseudouridine synthase  51.72 
 
 		 178 aa  171  3.9999999999999995e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.203585  normal  0.0886528 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1983  pseudouridine synthase, Rsu  51.91 
 
 		 230 aa  171  5e-42  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0680971 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1722  pseudouridine synthase  52.87 
 
 		 208 aa  171  5e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1614  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  52.3 
 
 		 208 aa  171  6.999999999999999e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1990  23S rRNA pseudouridine synthase E  50 
 
 		 207 aa  171  7.999999999999999e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.82324  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1514  pseudouridine synthase, Rsu  51.55 
 
 		 199 aa  170  1e-41  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.843798  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2512  pseudouridine synthase  50 
 
 		 217 aa  169  2e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00465534  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2061  pseudouridine synthase  49.14 
 
 		 208 aa  169  2e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.355641  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0847  hypothetical protein  48.85 
 
 		 200 aa  169  2e-41  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1298  23S rRNA pseudouridine synthase E  50 
 
 		 217 aa  169  2e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1596  23S rRNA pseudouridine synthase E  50 
 
 		 207 aa  169  2e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000922076 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1313  23S rRNA pseudouridine synthase E  50 
 
 		 217 aa  169  2e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2468  23S rRNA pseudouridine synthase E  50 
 
 		 217 aa  169  2e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2403  pseudouridine synthase, Rsu  46.59 
 
 		 201 aa  169  3e-41  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0799405  normal  0.443571 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>