More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_0487 on replicon NC_010622
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010622  Bphy_0487  periplasmic solute binding protein  100 
 
 
309 aa  634    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0440527  hitchhiker  0.00169017 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3249  periplasmic solute binding protein  76.07 
 
 
322 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.284399  normal  0.365665 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0717  ABC Mn2+/Zn2+ transporter, periplasmic ligand binding protein  77.85 
 
 
330 aa  462  1e-129  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0454927  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1029  ABC transporter substrate binding protein  75.47 
 
 
393 aa  417  1e-116  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.421036  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0697  periplasmic solute binding protein  74.81 
 
 
313 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.669096 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0866  putative cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  75.85 
 
 
320 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0870  putative cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  75.47 
 
 
320 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.812377  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0328  cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein, putative  74.81 
 
 
291 aa  411  1e-114  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.344237  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2624  periplasmic solute binding protein  74.72 
 
 
303 aa  412  1e-114  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.522948  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1990  periplasmic solute binding protein  74.35 
 
 
303 aa  411  1e-114  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.738154  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2600  periplasmic solute binding protein  74.35 
 
 
303 aa  411  1e-114  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0074  putative cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  75.09 
 
 
312 aa  412  1e-114  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2460  putative cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  75.09 
 
 
320 aa  413  1e-114  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0626  putative cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  75.09 
 
 
320 aa  413  1e-114  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.695512  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0690  ABC transporter solute-binding protein  74.81 
 
 
333 aa  401  1e-111  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2516  periplasmic solute binding protein  69.89 
 
 
304 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.322122 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5931  ABC heavy metal transporter, periplasmic ligand binding protein  75.1 
 
 
304 aa  394  1e-109  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2648  periplasmic solute binding protein  73.33 
 
 
304 aa  390  1e-107  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0754  periplasmic solute binding protein  45.04 
 
 
310 aa  237  2e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.130073 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0602  cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein, putative  45.04 
 
 
294 aa  237  2e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1958  periplasmic solute binding protein  42.37 
 
 
297 aa  218  1e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0292  periplasmic solute binding protein  41.53 
 
 
329 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2479  periplasmic solute binding protein  40.6 
 
 
324 aa  213  4.9999999999999996e-54  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.958913  normal  0.0425697 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2613  periplasmic solute binding protein  42.64 
 
 
312 aa  209  5e-53  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.340349  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1169  periplasmic solute binding protein  38.75 
 
 
317 aa  208  9e-53  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.693162  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1188  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  35.31 
 
 
308 aa  207  1e-52  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0803  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  39.64 
 
 
296 aa  204  1e-51  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.000167329  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0216  periplasmic solute binding protein  36.54 
 
 
303 aa  194  1e-48  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000000799126  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2369  periplasmic solute binding protein  42.12 
 
 
306 aa  186  3e-46  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.00739211  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_2019  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  31.79 
 
 
293 aa  181  1e-44  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.387589  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3195  periplasmic solute binding protein  35.96 
 
 
309 aa  173  3.9999999999999995e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0732077 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2086  periplasmic solute binding protein  35.16 
 
 
330 aa  170  3e-41  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4923  periplasmic solute binding protein  38.43 
 
 
316 aa  168  9e-41  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1454  periplasmic solute binding protein  38.19 
 
 
339 aa  160  3e-38  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1722  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  31.5 
 
 
308 aa  158  1e-37  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000557387  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0239  periplasmic solute binding protein  36.4 
 
 
310 aa  155  8e-37  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.527409  hitchhiker  0.00481833 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0986  periplasmic solute binding protein  34.55 
 
 
312 aa  155  8e-37  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.566713  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5320  periplasmic solute binding protein  34.69 
 
 
343 aa  155  9e-37  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.723333 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2376  periplasmic solute binding protein  32.76 
 
 
328 aa  138  1e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000812872 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0352  periplasmic solute binding protein  34.09 
 
 
296 aa  138  1e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0883  metal ion ABC transporter periplasmic protein  31.58 
 
 
307 aa  137  2e-31  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.194298  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2641  periplasmic solute binding protein  31.79 
 
 
321 aa  136  5e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1279  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  29.23 
 
 
297 aa  135  6.0000000000000005e-31  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000395362  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5104  periplasmic solute binding protein  34.93 
 
 
298 aa  134  3e-30  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.861086  normal  0.244188 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0611  periplasmic solute binding protein  33.58 
 
 
298 aa  131  1.0000000000000001e-29  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0747  Mn2+/Zn2+ ABC transporter periplasmic protein  32.79 
 
 
398 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.209831  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12096  hypothetical protein  34.22 
 
 
511 aa  130  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000121377  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4719  periplasmic solute binding protein  34.19 
 
 
298 aa  130  4.0000000000000003e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.98693  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4805  periplasmic solute binding protein  34.19 
 
 
298 aa  130  4.0000000000000003e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.457429  normal  0.308806 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0599  periplasmic solute binding family protein  29.32 
 
 
350 aa  122  6e-27  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35300  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  31.01 
 
 
301 aa  108  9.000000000000001e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.23608  normal  0.449954 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5737  periplasmic solute binding protein  30.18 
 
 
302 aa  103  5e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1062  ABC transporter substrate binding protein  25.71 
 
 
298 aa  99.8  6e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.861783  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3176  periplasmic solute binding protein  28.2 
 
 
292 aa  98.2  2e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2368  periplasmic solute binding protein  26.44 
 
 
298 aa  96.7  5e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000358992  normal  0.572392 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2635  cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  27.2 
 
 
298 aa  95.9  7e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0828517  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1278  periplasmic solute binding protein  29.37 
 
 
315 aa  95.9  8e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2227  periplasmic solute binding protein  28.28 
 
 
327 aa  95.5  9e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.82387 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5661  periplasmic solute binding protein  28.23 
 
 
291 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.203291 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0030  periplasmic solute binding protein  29.02 
 
 
313 aa  94.7  2e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4557  periplasmic solute binding protein  30.47 
 
 
304 aa  94  3e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.667309  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3426  periplasmic solute binding protein  29.57 
 
 
313 aa  94  3e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.525736  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0703  periplasmic solute binding protein  29.36 
 
 
292 aa  94  3e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.326839  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2898  periplasmic solute binding protein  29.51 
 
 
301 aa  93.6  4e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.910422  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2051  periplasmic solute binding protein  28.09 
 
 
303 aa  93.2  5e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0478383  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0916  periplasmic solute binding protein  29.88 
 
 
307 aa  92  1e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.357489  normal  0.451592 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3704  periplasmic solute binding protein  27.16 
 
 
316 aa  92  1e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.474771  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3101  periplasmic solute binding protein  29.73 
 
 
309 aa  91.3  2e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624143  normal  0.191751 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3532  periplasmic solute binding protein  27.47 
 
 
292 aa  91.3  2e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4184  periplasmic solute binding protein  26.81 
 
 
307 aa  91.3  2e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0757118  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4830  periplasmic solute binding protein  26.58 
 
 
294 aa  90.5  3e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3681  periplasmic solute binding protein  27.84 
 
 
292 aa  90.1  4e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1142  periplasmic solute binding protein  28.43 
 
 
307 aa  90.1  4e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.987303  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4030  periplasmic solute binding protein  28.52 
 
 
305 aa  89.7  5e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0298524  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2875  periplasmic solute binding protein  29.61 
 
 
309 aa  89.7  6e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.279263  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1215  periplasmic solute binding protein  24.6 
 
 
309 aa  89  9e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2784  periplasmic solute binding protein  28.33 
 
 
301 aa  89  1e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.199172  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0222  periplasmic solute binding protein  29.25 
 
 
306 aa  88.6  1e-16  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1999  periplasmic solute binding protein  27.35 
 
 
292 aa  87.8  2e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.870733  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1681  periplasmic solute binding protein  23.43 
 
 
277 aa  87.8  2e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0547  periplasmic solute binding protein  24.82 
 
 
318 aa  88.2  2e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.624279  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1123  periplasmic solute binding protein  28.99 
 
 
292 aa  87.8  2e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000244311  unclonable  0.0000000116493 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2998  periplasmic solute binding protein  29.65 
 
 
311 aa  87  4e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0528665  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0930  periplasmic solute binding protein  30.04 
 
 
292 aa  87  4e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.933909  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0180  periplasmic solute binding protein  28.68 
 
 
301 aa  86.7  4e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.946938  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0928  periplasmic solute binding protein  27.2 
 
 
305 aa  86.3  6e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.664518  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1316  Mn transporter MntC  27.75 
 
 
345 aa  85.9  8e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.832277  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7253  periplasmic solute binding protein  30.1 
 
 
346 aa  85.1  0.000000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0518447  normal  0.0520295 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1889  adhesion lipoprotein  25 
 
 
316 aa  85.5  0.000000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.994637  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1841  high-affinity zinc uptake system periplasmic-binding protein  25 
 
 
316 aa  85.5  0.000000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.18542  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0625  periplasmic solute binding protein  29.2 
 
 
321 aa  85.5  0.000000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0313744  normal  0.289666 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2035  adhesion lipoprotein  25 
 
 
316 aa  85.5  0.000000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5758  periplasmic solute binding protein  34.87 
 
 
319 aa  85.5  0.000000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0625952  normal  0.457372 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2176  periplasmic solute binding protein  27.63 
 
 
320 aa  85.1  0.000000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1533  manganese ABC transporter, manganese-binding adhesion liprotein  23.79 
 
 
308 aa  84.7  0.000000000000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000021133  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1851  high-affinity zinc uptake system periplasmic-binding protein  24.58 
 
 
316 aa  84.3  0.000000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.623587  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0653  periplasmic solute binding protein  25.58 
 
 
292 aa  84  0.000000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3284  putative adhesion lipoprotein  23.7 
 
 
316 aa  84  0.000000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2103  adhesion lipoprotein  25 
 
 
316 aa  84  0.000000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18350  periplasmic solute binding protein  23.16 
 
 
308 aa  84  0.000000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000303257  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>