More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_0031 on replicon NC_010622
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007951  Bxe_A4420  LysR family transcriptional regulator  87.98 
 
 
367 aa  636  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0287989 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0031  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
362 aa  740  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0305  transcriptional regulator, LysR family  88.15 
 
 
367 aa  639  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0124  LysR family transcriptional regulator  90.45 
 
 
351 aa  595  1e-169  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0138  LysR family transcriptional regulator  90.65 
 
 
351 aa  591  1e-168  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2811  LysR family transcriptional regulator  90.65 
 
 
351 aa  591  1e-168  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2347  LysR family transcriptional regulator  90.65 
 
 
351 aa  591  1e-168  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.890874  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0153  LysR family transcriptional regulator  90.65 
 
 
351 aa  591  1e-168  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0145  transcriptional regulator  90.65 
 
 
351 aa  591  1e-168  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0342  LysR family transcriptional regulator  90.65 
 
 
351 aa  591  1e-168  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2270  LysR family transcriptional regulator  90.65 
 
 
351 aa  591  1e-168  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.520231  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3131  LysR family transcriptional regulator  83.78 
 
 
349 aa  571  1e-162  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.154836  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2518  LysR family transcriptional regulator  83.78 
 
 
349 aa  571  1e-162  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3147  LysR family transcriptional regulator  83.78 
 
 
349 aa  571  1e-162  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.315246 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3128  LysR family transcriptional regulator  84.36 
 
 
349 aa  570  1e-161  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.677462  normal  0.0859375 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3186  LysR family transcriptional regulator  82.11 
 
 
349 aa  569  1e-161  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.651713  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6482  LysR family transcriptional regulator  83.94 
 
 
349 aa  569  1e-161  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.833038 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3069  LysR family transcriptional regulator  82.11 
 
 
349 aa  569  1e-161  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1971  LysR family transcriptional regulator  73.24 
 
 
355 aa  499  1e-140  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0397721 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2289  transcriptional regulator, LysR family  70.3 
 
 
353 aa  498  1e-140  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2690  LysR family transcriptional regulator  49.49 
 
 
295 aa  317  2e-85  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2050  LysR family transcriptional regulator  49.49 
 
 
295 aa  316  3e-85  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2661  LysR family transcriptional regulator  49.49 
 
 
295 aa  316  3e-85  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.583907  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2712  LysR family transcriptional regulator  49.15 
 
 
295 aa  310  3e-83  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2586  LysR family transcriptional regulator  49.15 
 
 
295 aa  308  7e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0065  transcription regulator protein  47.52 
 
 
312 aa  278  9e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3684  transcriptional regulator, LysR family  47.85 
 
 
312 aa  276  5e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3361  transcriptional regulator, LysR family  47.52 
 
 
312 aa  275  1e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.955701  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3413  LysR family transcriptional regulator  47.77 
 
 
303 aa  270  3e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3570  LysR family transcriptional regulator  47.12 
 
 
310 aa  268  1e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  45.39 
 
 
293 aa  250  3e-65  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  45.6 
 
 
313 aa  241  1e-62  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 
299 aa  240  4e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  43.71 
 
 
322 aa  239  7e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  43.14 
 
 
299 aa  238  9e-62  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1227  LysR family transcriptional regulator  43.58 
 
 
312 aa  236  4e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.207252 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  42.32 
 
 
299 aa  235  9e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1192  LysR family transcriptional regulator  43.43 
 
 
316 aa  233  3e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  7.35562e-05  normal  0.361439 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 
335 aa  232  7e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 
297 aa  232  8e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1859  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 
300 aa  231  2e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.348315  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  41.36 
 
 
297 aa  231  2e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5787  transcriptional regulator, LysR family  44.3 
 
 
308 aa  230  4e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  39.41 
 
 
305 aa  229  6e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  43.81 
 
 
306 aa  228  9e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1403  LysR family transcriptional regulator  37.62 
 
 
326 aa  228  1e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  4.1163e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0430  transcriptional regulator, LysR family  43.62 
 
 
312 aa  228  1e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.716475 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  38.91 
 
 
307 aa  227  2e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  39.8 
 
 
302 aa  228  2e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3167  LysR family transcriptional regulator  37.3 
 
 
326 aa  226  4e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  5.29291e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0864  LysR family transcriptional regulator  37.3 
 
 
326 aa  226  4e-58  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  1.34216e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3220  LysR family transcriptional regulator  37.3 
 
 
326 aa  226  4e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  1.14793e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1914  LysR family transcriptional regulator  37.3 
 
 
326 aa  226  4e-58  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  1.21317e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2049  LysR family transcriptional regulator  37.3 
 
 
326 aa  226  4e-58  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  5.35454e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4278  LysR family transcriptional regulator  43.29 
 
 
312 aa  224  2e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.105517 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3585  LysR family transcriptional regulator  41.95 
 
 
312 aa  222  6e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0364205  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3206  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 
326 aa  221  1e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  unclonable  0.000350263  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2357  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.14 
 
 
301 aa  221  2e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.673893  normal  0.357121 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  40.73 
 
 
307 aa  220  3e-56  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10730  transcriptional regulator, LysR family  43 
 
 
311 aa  220  3e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  40.2 
 
 
293 aa  220  3e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2617  transcriptional regulator, LysR family  40.27 
 
 
301 aa  219  7e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.000166311  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 
322 aa  216  4e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0936  transcriptional regulator  42.03 
 
 
313 aa  216  6e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.434313  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01980  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 
312 aa  216  6e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.445097 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0412  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 
313 aa  216  6e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1701  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 
313 aa  216  6e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.672113  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1855  transcriptional regulator  42.03 
 
 
313 aa  216  6e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1679  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 
313 aa  216  6e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1469  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 
313 aa  216  6e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0750  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 
313 aa  216  6e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.63163  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2780  transcriptional regulator, LysR family  39.86 
 
 
312 aa  215  9e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.916486  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1113  LysR family transcriptional regulator  40.83 
 
 
318 aa  214  1e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.293194 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0155  LysR family transcriptional regulator  39.4 
 
 
312 aa  214  2e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0458494  normal  0.226334 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2624  transcriptional regulator  41.98 
 
 
313 aa  214  2e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0210848  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0237  putative transcriptional regulator  39.32 
 
 
355 aa  214  2e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 
303 aa  214  2e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  41.83 
 
 
305 aa  213  4e-54  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.34329 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1428  LysR family transcriptional regulator  40.54 
 
 
313 aa  213  5e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.986267  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0968  LysR family transcriptional regulator  40.54 
 
 
313 aa  213  5e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1450  LysR family transcriptional regulator  40.54 
 
 
313 aa  213  5e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.135059  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  40.26 
 
 
313 aa  212  6e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  42.14 
 
 
301 aa  212  7e-54  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  39.6 
 
 
298 aa  212  1e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2428  LysR family transcriptional regulator  40.79 
 
 
329 aa  211  1e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.886071  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1347  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 
312 aa  211  1e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.336134 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 
301 aa  211  2e-53  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1332  LysR family transcriptional regulator  40.47 
 
 
313 aa  210  3e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0601876  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1371  LysR family transcriptional regulator  40.47 
 
 
313 aa  210  3e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.760659 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3753  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 
307 aa  209  4e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  40.73 
 
 
304 aa  209  4e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5689  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 
307 aa  209  4e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.104917 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4615  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 
307 aa  209  4e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0591659 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  38.93 
 
 
298 aa  209  4e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2122  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 
293 aa  209  5e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.874672  normal  0.222342 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 
299 aa  209  5e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1865  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 
313 aa  209  7e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000631239 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2979  transcriptional regulator, LysR family  42.57 
 
 
306 aa  209  7e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.438714  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2557  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 
327 aa  209  7e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.221386  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0833  transcriptional regulator, LysR family  38.93 
 
 
300 aa  208  1e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>