81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_0019 on replicon NC_010622
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010622  Bphy_0019  putative transmembrane anti-sigma factor  100 
 
 
277 aa  575  1.0000000000000001e-163  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.836012 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1672  transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  74.46 
 
 
275 aa  435  1e-121  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.314191 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4979  putative transmembrane anti-sigma factor  73.74 
 
 
275 aa  434  1e-121  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.291853  normal  0.0783383 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2754  putative transmembrane anti-sigma factor  34.77 
 
 
271 aa  174  1.9999999999999998e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0522  hypothetical protein  52.17 
 
 
264 aa  159  5e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1653  transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  36.57 
 
 
253 aa  159  6e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000000192348  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2549  putative transmembrane transcriptional regulator  31.87 
 
 
272 aa  155  6e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1209  anti-sigma factor  34.91 
 
 
256 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.736755 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2555  putative transmembrane anti-sigma factor  33.09 
 
 
279 aa  137  2e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00539506 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0264  putative transmembrane anti-sigma factor  31.87 
 
 
266 aa  135  7.000000000000001e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.674824  normal  0.0227624 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2661  putative transmembrane anti-sigma factor  31.87 
 
 
266 aa  135  7.000000000000001e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.260623  normal  0.584947 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1310  hypothetical protein  32.85 
 
 
259 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3377  putative transmembrane anti-sigma factor  35.48 
 
 
294 aa  132  6.999999999999999e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3142  transmembrane protein  31.54 
 
 
277 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.549132  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2782  putative transmembrane anti-sigma factor  30.11 
 
 
260 aa  124  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.826576  normal  0.798214 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2754  putative transmembrane anti-sigma factor  30.26 
 
 
268 aa  124  2e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1253  putative transmembrane anti-sigma factor  32.97 
 
 
279 aa  122  5e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0479785  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1708  putative transmembrane anti-sigma factor  30.15 
 
 
264 aa  122  6e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2466  hypothetical protein  32.12 
 
 
256 aa  122  7e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3001  putative transmembrane anti-sigma factor  34.7 
 
 
279 aa  121  9.999999999999999e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.166986  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3279  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  31.07 
 
 
277 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1667  putative transmembrane anti-sigma factor  39.86 
 
 
283 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.519316  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2913  putative transmembrane anti-sigma factor  29.58 
 
 
286 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0030577 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2523  putative transmembrane anti-sigma factor  29.08 
 
 
260 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.690899  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3260  putative transmembrane anti-sigma factor  29.66 
 
 
286 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.760903  normal  0.404575 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5261  putative transmembrane anti-sigma factor  30.82 
 
 
268 aa  112  5e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.127786  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2783  putative transmembrane transcriptional regulator(anti-sigma factor) protein, PrtR  38.41 
 
 
283 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.32667 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5734  putative transmembrane anti-sigma factor  29.2 
 
 
266 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1998  putative transmembrane anti-sigma factor  28.47 
 
 
269 aa  108  9.000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.706225  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1501  hypothetical protein  30.14 
 
 
274 aa  107  2e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.204589  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2982  hypothetical protein  31.6 
 
 
286 aa  106  4e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0145  putative transmembrane anti-sigma factor  30.63 
 
 
256 aa  105  8e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.617823  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3793  hypothetical protein  24.82 
 
 
265 aa  103  3e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0670841  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3944  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  30.04 
 
 
260 aa  100  4e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00740335  normal  0.0369582 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3785  putative transmembrane anti-sigma factor  29.07 
 
 
274 aa  99.8  5e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1386  hypothetical protein  37.88 
 
 
270 aa  98.6  1e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0048642  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0826  putative transmembrane anti-sigma factor  29.58 
 
 
259 aa  97.4  2e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00528212  hitchhiker  0.000460261 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0855  putative transmembrane anti-sigma factor  29.47 
 
 
260 aa  97.1  3e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.366382  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0745  putative transmembrane anti-sigma factor  31.27 
 
 
259 aa  95.9  6e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0155499 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0015  hypothetical protein  37.12 
 
 
495 aa  95.9  7e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.689839  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1414  hypothetical protein  37.12 
 
 
274 aa  95.5  8e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.142705  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2037  putative transmembrane anti-sigma factor  27.55 
 
 
253 aa  94.7  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000000249253 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1155  hypothetical protein  37.12 
 
 
274 aa  95.1  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1186  hypothetical protein  37.12 
 
 
274 aa  95.1  1e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.128596  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0424  hypothetical protein  37.12 
 
 
274 aa  95.1  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.365685  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0145  hypothetical protein  37.12 
 
 
274 aa  95.1  1e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.261228  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3398  putative transmembrane anti-sigma factor  33.33 
 
 
260 aa  93.6  3e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.745464  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0853  putative transmembrane anti-sigma factor  29.74 
 
 
274 aa  89.7  4e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0728  putative transmembrane anti-sigma factor  30.85 
 
 
261 aa  89.4  7e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.48642  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2533  putative transmembrane anti-sigma factor  31.94 
 
 
260 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.420248  normal  0.0303873 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0229  hypothetical protein  24.54 
 
 
255 aa  82  0.000000000000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5401  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  23.81 
 
 
271 aa  79.7  0.00000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0298  putative transmembrane anti-sigma factor  23.37 
 
 
257 aa  79.7  0.00000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0173  putative transmembrane anti-sigma factor  23.75 
 
 
255 aa  78.2  0.0000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.365386  normal  0.0709192 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0373  putative transmembrane anti-sigma factor  34.43 
 
 
126 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.227866  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3067  putative transmembrane anti-sigma factor  25.98 
 
 
281 aa  68.6  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0599961  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3198  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  27.13 
 
 
252 aa  62.8  0.000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000206133  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0083  transmembrane regulator PrtR  28.97 
 
 
252 aa  62.8  0.000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0070  transmembrane regulator PrtR  26.59 
 
 
250 aa  62.4  0.000000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0293  transmembrane regulator PrtR  28.57 
 
 
252 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000206398  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3667  transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma-factor)  23.85 
 
 
250 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000130088  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0401  putative transmembrane anti-sigma factor  23.21 
 
 
267 aa  60.8  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.489246 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0083  transmembrane regulator PrtR  28.17 
 
 
252 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.273948  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1105  putative transmembrane anti-sigma factor  21.58 
 
 
283 aa  59.3  0.00000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.144794  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0033  putative transmembrane anti-sigma factor  26.74 
 
 
252 aa  58.9  0.00000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00163217  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2803  putative transmembrane anti-sigma factor  23.02 
 
 
280 aa  58.5  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0342001 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0059  putative transmembrane anti-sigma factor  26.37 
 
 
252 aa  57  0.0000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.13724  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0012  putative transmembrane anti-sigma factor  26.37 
 
 
252 aa  57  0.0000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.237975  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4456  putative transmembrane anti-sigma factor  26.44 
 
 
252 aa  57  0.0000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0433  putative transmembrane anti-sigma factor  22.82 
 
 
267 aa  56.6  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.799766 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4483  putative transmembrane anti-sigma factor  26.84 
 
 
259 aa  54.3  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.662421  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0008  putative transmembrane anti-sigma factor  24.81 
 
 
253 aa  52.8  0.000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0328629 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0017  putative transmembrane anti-sigma factor  27.13 
 
 
253 aa  48.1  0.0002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00133889  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1005  putative transmembrane anti-sigma factor  34.62 
 
 
307 aa  47  0.0003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00368006 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2285  putative transmembrane anti-sigma factor  21.27 
 
 
275 aa  47  0.0004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.15965 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0009  putative transmembrane anti-sigma factor  27.13 
 
 
253 aa  46.6  0.0004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.343688  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4551  putative transmembrane anti-sigma factor  23.83 
 
 
257 aa  45.4  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.902003  decreased coverage  0.00125777 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4687  putative anti-sigma factor  27.31 
 
 
264 aa  45.1  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.139907  normal  0.0591052 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4981  putative transmembrane anti-sigma factor  35.94 
 
 
240 aa  42.7  0.006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0714107 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2272  putative transmembrane anti-sigma factor  21.74 
 
 
267 aa  43.1  0.006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0569  hypothetical protein  33.82 
 
 
249 aa  42.7  0.007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.761464  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>