More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bmur_2356 on replicon NC_014150
Organism: Brachyspira murdochii DSM 12563



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014150  Bmur_2356  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 283 aa  570  1.0000000000000001e-162  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  4.49241e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1385  quinate/shikimate dehydrogenase  44.01 
 
 		 289 aa  256  2e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.859901  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1504  quinate/shikimate dehydrogenase  42.25 
 
 		 288 aa  251  6e-66  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010931 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1908  quinate/shikimate dehydrogenase  42.25 
 
 		 288 aa  251  8.000000000000001e-66  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01661  quinate/shikimate 5-dehydrogenase, NAD(P)-binding  42.25 
 
 		 288 aa  251  9.000000000000001e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1950  Quinate/shikimate dehydrogenase  42.25 
 
 		 288 aa  251  9.000000000000001e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.210326  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01650  hypothetical protein  42.25 
 
 		 288 aa  251  9.000000000000001e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1939  quinate/shikimate dehydrogenase  42.25 
 
 		 288 aa  251  9.000000000000001e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000737953 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1773  quinate/shikimate dehydrogenase  42.25 
 
 		 288 aa  251  9.000000000000001e-66  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1895  quinate/shikimate dehydrogenase  42.25 
 
 		 288 aa  251  9.000000000000001e-66  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2408  quinate/shikimate dehydrogenase  42.25 
 
 		 288 aa  251  1e-65  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.419065 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1813  quinate/shikimate dehydrogenase  42.96 
 
 		 288 aa  234  1.0000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.648856  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1455  quinate/shikimate dehydrogenase  42.96 
 
 		 288 aa  234  1.0000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.206578  normal  0.118327 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1471  quinate/shikimate dehydrogenase  42.96 
 
 		 288 aa  234  1.0000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.75458  normal  0.0124621 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1984  quinate/shikimate dehydrogenase  42.96 
 
 		 288 aa  234  1.0000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000169212 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1490  quinate/shikimate dehydrogenase  42.96 
 
 		 288 aa  234  1.0000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0135386 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  41.39 
 
 		 285 aa  227  1e-58  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1680  shikimate 5-dehydrogenase  42.81 
 
 		 292 aa  225  7e-58  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00934148  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  40.7 
 
 		 291 aa  216  2e-55  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  41.37 
 
 		 288 aa  211  2e-53  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06560  shikimate 5-dehydrogenase  37.89 
 
 		 291 aa  207  2e-52  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  39.48 
 
 		 286 aa  196  5.000000000000001e-49  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1921  shikimate 5-dehydrogenase  40.65 
 
 		 286 aa  196  5.000000000000001e-49  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.0000576763  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12500  shikimate 5-dehydrogenase  34.84 
 
 		 292 aa  195  6e-49  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  40.14 
 
 		 277 aa  195  8.000000000000001e-49  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  40.07 
 
 		 286 aa  194  2e-48  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  39.33 
 
 		 286 aa  190  2.9999999999999997e-47  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  40.74 
 
 		 284 aa  186  3e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  40.99 
 
 		 278 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  36.04 
 
 		 297 aa  183  3e-45  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  34.28 
 
 		 290 aa  181  1e-44  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  38.46 
 
 		 289 aa  179  2.9999999999999997e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  39.58 
 
 		 280 aa  179  5.999999999999999e-44  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  37.23 
 
 		 279 aa  179  7e-44  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  35.69 
 
 		 298 aa  177  3e-43  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  36.69 
 
 		 277 aa  173  1.9999999999999998e-42  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  35.23 
 
 		 294 aa  172  3.9999999999999995e-42  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  37.01 
 
 		 277 aa  172  5e-42  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  37.18 
 
 		 277 aa  172  5.999999999999999e-42  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  37.18 
 
 		 277 aa  170  2e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  37.18 
 
 		 277 aa  170  2e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  37.18 
 
 		 277 aa  168  9e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  36.82 
 
 		 277 aa  167  1e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0253  shikimate 5-dehydrogenase  40.85 
 
 		 284 aa  167  1e-40  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.624987  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  36.82 
 
 		 277 aa  168  1e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  35.02 
 
 		 277 aa  167  1e-40  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1558  shikimate dehydrogenase  35.21 
 
 		 295 aa  167  2e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.523819 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  35.34 
 
 		 289 aa  167  2e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  35.84 
 
 		 276 aa  166  2.9999999999999998e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  36.46 
 
 		 277 aa  166  4e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  36.46 
 
 		 308 aa  165  6.9999999999999995e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1168  shikimate dehydrogenase  36.64 
 
 		 274 aa  164  1.0000000000000001e-39  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00990538  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  39.15 
 
 		 279 aa  163  3e-39  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03620  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  35.06 
 
 		 283 aa  163  4.0000000000000004e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0590963  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  34.52 
 
 		 288 aa  162  9e-39  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  34.52 
 
 		 288 aa  162  9e-39  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  38.57 
 
 		 280 aa  160  2e-38  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0070  shikimate 5-dehydrogenase  34.19 
 
 		 296 aa  160  3e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.909797  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  32.84 
 
 		 273 aa  159  4e-38  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0708  shikimate dehydrogenase  34.63 
 
 		 295 aa  157  1e-37  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1797  shikimate 5-dehydrogenase  34.63 
 
 		 295 aa  157  2e-37  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.910555  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  35.51 
 
 		 275 aa  156  5.0000000000000005e-37  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  31.01 
 
 		 311 aa  155  8e-37  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  31.58 
 
 		 286 aa  155  8e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1345  quinate/shikimate 5-dehydrogenase  32.63 
 
 		 287 aa  152  5e-36  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.786263  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  31.75 
 
 		 290 aa  152  5e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1998  shikimate dehydrogenase  36.03 
 
 		 269 aa  152  5.9999999999999996e-36  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  35.02 
 
 		 280 aa  152  7e-36  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  33.33 
 
 		 283 aa  150  2e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  31.56 
 
 		 288 aa  150  2e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_30051  shikimate 5-dehydrogenase  28.47 
 
 		 322 aa  150  2e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.355106 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  30.48 
 
 		 311 aa  150  3e-35  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1732  shikimate 5-dehydrogenase  34.74 
 
 		 305 aa  149  5e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.035063 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1654  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  32.42 
 
 		 290 aa  148  8e-35  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.910773  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0104  shikimate 5-dehydrogenase  35.09 
 
 		 284 aa  148  1.0000000000000001e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.790482 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2304  shikimate 5-dehydrogenase  31.23 
 
 		 289 aa  147  2.0000000000000003e-34  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2683  shikimate 5-dehydrogenase  32.16 
 
 		 289 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.905975  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  31.47 
 
 		 286 aa  147  2.0000000000000003e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  29.66 
 
 		 289 aa  146  4.0000000000000006e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  30.9 
 
 		 298 aa  146  4.0000000000000006e-34  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  32.49 
 
 		 269 aa  145  7.0000000000000006e-34  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  33.58 
 
 		 273 aa  145  7.0000000000000006e-34  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  30.29 
 
 		 290 aa  145  8.000000000000001e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  29.12 
 
 		 298 aa  145  1e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1774  shikimate 5-dehydrogenase  33.57 
 
 		 293 aa  144  2e-33  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0987  shikimate 5-dehydrogenase  34.49 
 
 		 289 aa  144  2e-33  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18961  shikimate 5-dehydrogenase  35.14 
 
 		 286 aa  143  3e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1392  shikimate dehydrogenase  30.99 
 
 		 286 aa  142  6e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.975798 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3537  shikimate 5-dehydrogenase  32.01 
 
 		 295 aa  142  6e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.784567  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2675  shikimate 5-dehydrogenase  30.21 
 
 		 289 aa  141  9.999999999999999e-33  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1490  shikimate 5-dehydrogenase  32.04 
 
 		 286 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0290047  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  29.32 
 
 		 276 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2066  shikimate 5-dehydrogenase  31.93 
 
 		 283 aa  140  3e-32  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  30 
 
 		 300 aa  139  3.9999999999999997e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.611208 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  28.52 
 
 		 279 aa  137  1e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  28.57 
 
 		 297 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3211  shikimate 5-dehydrogenase  29.51 
 
 		 286 aa  136  4e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1652  shikimate 5-dehydrogenase  32 
 
 		 293 aa  136  4e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1819  shikimate 5-dehydrogenase  33.72 
 
 		 271 aa  136  4e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.302994  normal  0.244145 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  27.51 
 
 		 292 aa  135  6.0000000000000005e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.442523 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>