More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bmur_0261 on replicon NC_014150
Organism: Brachyspira murdochii DSM 12563



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014150  Bmur_0261  pseudouridine synthase  100 
 
 
336 aa  688    Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000139633  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4308  pseudouridine synthase, RluA family  29.57 
 
 
323 aa  160  3e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4177  pseudouridine synthase, RluD  31.15 
 
 
318 aa  159  5e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.463318  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4330  pseudouridine synthase, RluA family  29.27 
 
 
323 aa  156  4e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4953  pseudouridine synthase, RluA family  29.05 
 
 
369 aa  155  1e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4321  RluA family pseudouridine synthase  32.25 
 
 
350 aa  154  2.9999999999999998e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.412069 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  26.93 
 
 
316 aa  133  3.9999999999999996e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  28.93 
 
 
302 aa  130  3e-29  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1622  pseudouridine synthase, RluD  27.27 
 
 
363 aa  129  6e-29  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.67 
 
 
300 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  26.63 
 
 
315 aa  127  2.0000000000000002e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2588  pseudouridine synthase, RluA family  26.28 
 
 
325 aa  127  3e-28  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3536  ribosomal large subunit pseudouridine synthase RluD subfamily  28.19 
 
 
342 aa  126  6e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.618363  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2406  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.86 
 
 
335 aa  126  6e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0234677  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.63 
 
 
350 aa  125  7e-28  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.784854  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.75 
 
 
303 aa  124  3e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0783  pseudouridine synthase, RluD  26.71 
 
 
354 aa  123  4e-27  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  31.4 
 
 
319 aa  123  4e-27  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  28.65 
 
 
347 aa  122  9e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1353  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.07 
 
 
403 aa  122  9e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.270637  normal  0.743014 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3242  pseudouridine synthase, RluA family  26.89 
 
 
303 aa  122  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.341693  normal  0.607359 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0195  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  30.43 
 
 
319 aa  121  1.9999999999999998e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0799995  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1044  pseudouridine synthase, RluA family  29.32 
 
 
346 aa  121  1.9999999999999998e-26  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.01 
 
 
300 aa  120  3e-26  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_02131  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  31.06 
 
 
319 aa  120  3e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1440  pseudouridine synthase, RluA family  27.92 
 
 
347 aa  120  3e-26  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.738263  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0087  RluA family pseudouridine synthase  26.98 
 
 
344 aa  120  3e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1296  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  29.91 
 
 
322 aa  120  3.9999999999999996e-26  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1344  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.62 
 
 
403 aa  120  3.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_02111  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  30.43 
 
 
319 aa  120  4.9999999999999996e-26  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.496147  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  28.23 
 
 
334 aa  119  6e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl387  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase  32.22 
 
 
311 aa  119  7e-26  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.319286  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  26.88 
 
 
319 aa  119  7.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1219  pseudouridine synthase, RluA family  29.88 
 
 
342 aa  119  9e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_27171  pseudouridine synthase  27.55 
 
 
338 aa  119  9e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1416  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.81 
 
 
322 aa  118  9.999999999999999e-26  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01440  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  28.39 
 
 
327 aa  118  9.999999999999999e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0445  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  30.13 
 
 
322 aa  118  9.999999999999999e-26  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1072  RluA family pseudouridine synthase  27.59 
 
 
349 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0863187  normal  0.714428 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.19 
 
 
333 aa  117  1.9999999999999998e-25  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5026  RluA family pseudouridine synthase  27.07 
 
 
356 aa  117  3e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.257508  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2551  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.8 
 
 
321 aa  117  3e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.682293  hitchhiker  0.00325884 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.11 
 
 
343 aa  117  3e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19664  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  27.33 
 
 
334 aa  117  3.9999999999999997e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3012  RluA family pseudouridine synthase  27.55 
 
 
311 aa  116  3.9999999999999997e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.17598  normal  0.601739 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2409  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.59 
 
 
349 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1220  ribosomal pseudouridine synthase  29.94 
 
 
323 aa  116  5e-25  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.53 
 
 
308 aa  116  6e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5191  pseudouridine synthase, RluA family  26.75 
 
 
308 aa  116  6.9999999999999995e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000721787 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3401  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.65 
 
 
310 aa  115  6.9999999999999995e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28001  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  27.1 
 
 
324 aa  115  6.9999999999999995e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3699  pseudouridine synthase, RluA family  28.03 
 
 
345 aa  115  6.9999999999999995e-25  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3518  pseudouridine synthase, RluA family  26.71 
 
 
299 aa  115  7.999999999999999e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_02221  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  29.5 
 
 
320 aa  115  8.999999999999998e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.135305  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3978  pseudouridine synthase, RluA family  25.83 
 
 
306 aa  115  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3046  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  28.89 
 
 
332 aa  115  1.0000000000000001e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0553  pseudouridine synthase, RluA family  29.79 
 
 
352 aa  115  1.0000000000000001e-24  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0557173  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4020  pseudouridine synthase, RluA family  25.83 
 
 
306 aa  115  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2141  pseudouridine synthase, RluD  26.9 
 
 
339 aa  114  2.0000000000000002e-24  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1856  RluA family pseudouridine synthase  27.97 
 
 
327 aa  115  2.0000000000000002e-24  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  28.57 
 
 
306 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  29.61 
 
 
311 aa  114  3e-24  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0921  RluA family pseudouridine synthase  29.1 
 
 
318 aa  114  3e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1798  pseudouridine synthase, RluA family  27.55 
 
 
349 aa  114  3e-24  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1918  pseudouridylate synthase  27.65 
 
 
331 aa  114  3e-24  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.313476  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  27.36 
 
 
331 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  26.56 
 
 
313 aa  113  4.0000000000000004e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0997976  normal  0.952064 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2969  pseudouridine synthase, RluA family  25.61 
 
 
623 aa  113  5e-24  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.38 
 
 
356 aa  112  6e-24  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  26.05 
 
 
316 aa  112  7.000000000000001e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  27.42 
 
 
315 aa  112  9e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  29.48 
 
 
311 aa  112  9e-24  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  27.22 
 
 
323 aa  112  1.0000000000000001e-23  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1417  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  26.84 
 
 
339 aa  111  1.0000000000000001e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0921  pseudouridine synthase, RluA family  27.81 
 
 
344 aa  111  1.0000000000000001e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1163  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  26.86 
 
 
334 aa  111  1.0000000000000001e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.34 
 
 
296 aa  112  1.0000000000000001e-23  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1083  pseudouridine synthase, RluA family  26.71 
 
 
334 aa  111  2.0000000000000002e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0421612  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02691  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  28.84 
 
 
326 aa  110  2.0000000000000002e-23  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.88343  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2719  RluA family pseudouridine synthase  26.77 
 
 
332 aa  111  2.0000000000000002e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.344852  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  30.41 
 
 
302 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1591  pseudouridine synthase, RluA family  27.44 
 
 
370 aa  110  3e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.150486  decreased coverage  0.00904495 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1919  pseudouridine synthase, RluA family  27.44 
 
 
370 aa  110  3e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.338974  normal  0.0110313 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1288  RluA family pseudouridine synthase  30.61 
 
 
285 aa  110  3e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.543506  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1865  RluA family pseudouridine synthase  29.35 
 
 
344 aa  110  3e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  26.45 
 
 
310 aa  110  5e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1560  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  28.84 
 
 
326 aa  110  5e-23  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2118  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  28.02 
 
 
337 aa  109  5e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0212  RluA family pseudouridine synthase  26.97 
 
 
298 aa  109  7.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.935896  normal  0.204158 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  28.27 
 
 
303 aa  109  7.000000000000001e-23  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  29.84 
 
 
305 aa  109  8.000000000000001e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1604  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  25.48 
 
 
318 aa  109  8.000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4836  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  25.96 
 
 
320 aa  109  8.000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.474352 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04873  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  24.55 
 
 
333 aa  108  9.000000000000001e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1628  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D protein  27.41 
 
 
358 aa  108  1e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0704  pseudouridine synthase, RluD  30.41 
 
 
312 aa  108  1e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2253  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.39 
 
 
391 aa  108  1e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00391915  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3159  pseudouridine synthase, RluA family  27.62 
 
 
329 aa  108  1e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1495  pseudouridine synthase, RluA family  25.62 
 
 
354 aa  108  1e-22  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3611  RluA family pseudouridine synthase  25.81 
 
 
327 aa  107  2e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.354938  hitchhiker  0.00827113 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>