279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bmul_0524 on replicon NC_010084
Organism: Burkholderia multivorans ATCC 17616



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010681  Bphyt_0596  RNA polymerase factor sigma-54  85.32 
 
 
503 aa  858  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0209881 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0263  RNA polymerase factor sigma-54  68.77 
 
 
503 aa  670  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2942  RNA polymerase factor sigma-54  89.66 
 
 
502 aa  903  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3108  RNA polymerase factor sigma-54  89.66 
 
 
502 aa  903  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.200113  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0597  RNA polymerase factor sigma-54  89.66 
 
 
502 aa  903  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.779758  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0765  RNA polymerase factor sigma-54  89.46 
 
 
513 aa  902  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.823391  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0581  RNA polymerase factor sigma-54  89.66 
 
 
502 aa  902  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0355  RNA polymerase factor sigma-54  67.27 
 
 
493 aa  660  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2851  RNA polymerase factor sigma-54  94.81 
 
 
501 aa  960  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.795188  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0290  RNA polymerase factor sigma-54  67.58 
 
 
503 aa  667  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6121  RNA polymerase factor sigma-54  95.61 
 
 
501 aa  966  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.592385  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1514  RNA polymerase factor sigma-54  89.66 
 
 
513 aa  904  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2177  RNA polymerase factor sigma-54  94.61 
 
 
498 aa  956  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0486  RNA polymerase factor sigma-54  89.86 
 
 
513 aa  907  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2791  RNA polymerase factor sigma-54  94.61 
 
 
498 aa  956  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.148981  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2802  RNA polymerase factor sigma-54  95.21 
 
 
501 aa  966  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.402108 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0524  RNA polymerase factor sigma-54  100 
 
 
501 aa  1009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2709  RNA polymerase factor sigma-54  94.21 
 
 
501 aa  942  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0191424 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0303  RNA polymerase factor sigma-54  67.47 
 
 
492 aa  654  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.152498  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0408  RNA polymerase factor sigma-54  68.77 
 
 
499 aa  678  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.236863 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4122  RNA polymerase factor sigma-54  85.77 
 
 
505 aa  864  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0326  RNA polymerase factor sigma-54  83.83 
 
 
505 aa  850  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.35647  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0076  RNA polymerase factor sigma-54  89.66 
 
 
513 aa  904  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4149  RNA polymerase factor sigma-54  56.8 
 
 
489 aa  506  1e-142  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0708  RNA polymerase factor sigma-54  54.89 
 
 
484 aa  489  1e-137  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.725065  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0084  sigma-54 (RpoN)  51.57 
 
 
488 aa  474  1e-132  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0148  putative RNA polymerase sigma N (sigma 54) factor transcription regulator protein  50.38 
 
 
507 aa  472  1e-132  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4225  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  49.35 
 
 
536 aa  462  1e-129  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.390991 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0533  RNA polymerase factor sigma-54  51.98 
 
 
478 aa  459  1e-128  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0142  sigma-54 (RpoN)  52.98 
 
 
488 aa  457  1e-127  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.887492 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3710  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  50.75 
 
 
521 aa  456  1e-127  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.254796  normal  0.129145 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0778  sigma-54 (RpoN)  50.66 
 
 
530 aa  454  1e-126  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4485  sigma-54 (RpoN)  50.77 
 
 
515 aa  452  1e-126  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.181904 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0419  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  50.85 
 
 
529 aa  451  1e-125  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.361593  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0337  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  50.47 
 
 
525 aa  448  1e-124  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.411531  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0348  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  50.47 
 
 
525 aa  447  1e-124  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0466  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  48.71 
 
 
530 aa  437  1e-121  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.292828  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0578  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  48.39 
 
 
526 aa  430  1e-119  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0674  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  48.14 
 
 
538 aa  416  1e-115  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.354478  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4453  RNA polymerase sigma-54 factor  45.6 
 
 
497 aa  409  1e-113  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.508978  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1172  RNA polymerase factor sigma-54  47.05 
 
 
497 aa  409  1e-113  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.163827 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1671  RNA polymerase factor sigma-54  45 
 
 
500 aa  406  1e-112  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3179  RNA polymerase factor sigma-54  44.16 
 
 
507 aa  407  1e-112  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0741  RNA polymerase factor sigma-54  43.39 
 
 
487 aa  405  1e-112  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.111429  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3679  RNA polymerase factor sigma-54  45.62 
 
 
477 aa  406  1e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.246915 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3581  RNA polymerase factor sigma-54  45.62 
 
 
477 aa  406  1e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3510  RNA polymerase factor sigma-54  45.62 
 
 
477 aa  406  1e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3512  RNA polymerase factor sigma-54  45.62 
 
 
477 aa  406  1e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4147  RNA polymerase factor sigma-54  45.6 
 
 
511 aa  408  1e-112  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57940  RNA polymerase factor sigma-54  46.09 
 
 
497 aa  408  1e-112  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03193  RNA polymerase sigma-54 factor  42.72 
 
 
493 aa  402  1e-111  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3395  RNA polymerase factor sigma-54  45.02 
 
 
477 aa  405  1e-111  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3690  RNA polymerase factor sigma-54  45.02 
 
 
477 aa  405  1e-111  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3568  RNA polymerase factor sigma-54  45.02 
 
 
477 aa  405  1e-111  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.676639  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0991  RNA polymerase factor sigma-54  45.4 
 
 
497 aa  404  1e-111  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3498  RNA polymerase factor sigma-54  45.02 
 
 
477 aa  405  1e-111  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3617  RNA polymerase factor sigma-54  45.62 
 
 
477 aa  405  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.167296 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4524  RNA polymerase factor sigma-54  45.02 
 
 
477 aa  405  1e-111  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0498  RNA polymerase factor sigma-54  45.02 
 
 
477 aa  405  1e-111  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.128471  normal  0.323836 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0857  RNA polymerase factor sigma-54  45.21 
 
 
497 aa  404  1e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.718619  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0952  RNA polymerase factor sigma-54  45.4 
 
 
497 aa  404  1e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03018  hypothetical protein  45.02 
 
 
477 aa  405  1e-111  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0014618  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03067  DNA-directed RNA polymerase subunit N  45.02 
 
 
477 aa  405  1e-111  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0010606  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0505  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  44.82 
 
 
477 aa  403  1e-111  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3882  RNA polymerase factor sigma-54  46.62 
 
 
500 aa  401  1e-110  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3657  RNA polymerase factor sigma-54  45.15 
 
 
478 aa  401  1e-110  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0558274  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3770  RNA polymerase factor sigma-54  46.62 
 
 
500 aa  401  1e-110  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0528545  normal  0.0523944 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0281  RNA polymerase factor sigma-54  43.95 
 
 
477 aa  399  1e-110  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0959  RNA polymerase factor sigma-54  45.33 
 
 
489 aa  397  1e-109  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.742347  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4263  RNA polymerase factor sigma-54  44.62 
 
 
497 aa  395  1e-109  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0274  RNA polymerase factor sigma-54  43.55 
 
 
477 aa  396  1e-109  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0721448  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2715  RNA polymerase factor sigma-54  44.18 
 
 
511 aa  397  1e-109  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5435  RNA polymerase factor sigma-54  45.65 
 
 
493 aa  398  1e-109  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.403044 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3815  RNA polymerase factor sigma-54  43.36 
 
 
477 aa  395  1e-109  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.51503  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3638  RNA polymerase factor sigma-54  44.38 
 
 
477 aa  398  1e-109  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  0.148775 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2793  sigma-54, RpoN  44.75 
 
 
482 aa  397  1e-109  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.127883  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4367  RNA polymerase factor sigma-54  44.42 
 
 
477 aa  397  1e-109  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0828271  normal  0.598436 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2230  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  43.77 
 
 
505 aa  397  1e-109  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0870  RNA polymerase factor sigma-54  44.85 
 
 
497 aa  392  1e-108  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.252205  normal  0.87298 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4543  RNA polymerase sigma-54 factor  43.93 
 
 
505 aa  393  1e-108  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0498  RNA polymerase factor sigma-54  44.73 
 
 
489 aa  392  1e-108  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5035  RNA polymerase factor sigma-54  46.11 
 
 
497 aa  395  1e-108  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.111129  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0568  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  43.77 
 
 
497 aa  394  1e-108  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.380077  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5304  RNA polymerase factor sigma-54  44.66 
 
 
490 aa  391  1e-107  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.78999  normal  0.0292267 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0751  RNA polymerase, sigma54 subunit, RpoN  46.12 
 
 
502 aa  388  1e-106  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0441  RNA polymerase factor sigma-54  43.63 
 
 
477 aa  383  1e-105  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1153  RNA polymerase factor sigma-54  43.63 
 
 
477 aa  383  1e-105  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0726  RNA polymerase factor sigma-54  43.95 
 
 
508 aa  383  1e-105  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0505  RNA polymerase factor sigma-54  43.63 
 
 
477 aa  383  1e-105  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002403  RNA polymerase sigma-54 factor RpoN  43.36 
 
 
489 aa  381  1e-104  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12790  RNA polymerase factor sigma-54  47.41 
 
 
488 aa  381  1e-104  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2109  RNA polymerase factor sigma-54  43.92 
 
 
487 aa  380  1e-104  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03664  RNA polymerase factor sigma-54  42.66 
 
 
491 aa  375  1e-103  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0370  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  43.5 
 
 
497 aa  372  1e-102  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.273387 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2418  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  41.96 
 
 
491 aa  372  1e-102  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.969925  normal  0.0433381 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3311  RNA polymerase factor sigma-54  44.47 
 
 
495 aa  369  1e-101  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  1.23268e-05  normal  0.857463 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0715  RNA polymerase factor sigma-54  45.29 
 
 
491 aa  369  1e-101  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  1.80568e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2126  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  43.54 
 
 
508 aa  369  1e-101  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.473632  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0673  RNA polymerase factor sigma-54  45.38 
 
 
491 aa  365  1e-100  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0705505  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2633  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  44.49 
 
 
475 aa  368  1e-100  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>