169 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_R0057 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_R0030  tRNA-Pro  100 
 
 		 78 bp  155  2e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0641219  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0057  tRNA-Pro  100 
 
 		 78 bp  155  2e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.600099  normal  0.289188 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0009  tRNA-Pro  100 
 
 		 78 bp  155  2e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0087  tRNA-Pro  97.44 
 
 		 78 bp  139  1e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0076  tRNA-Pro  97.44 
 
 		 78 bp  139  1e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.77205  normal  0.0987165 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA40  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 78 bp  131  3e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0135525  normal  0.0275356 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0057  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0019  tRNA-Pro  91.03 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0005  tRNA-Pro  91.03 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0774  tRNA-Pro  91.03 
 
 		 79 bp  91.7  2e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.631  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0011  tRNA-Pro  91.03 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.11857  normal  0.0548204 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0048  tRNA-Pro  91.03 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.255642  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0039  tRNA-Pro  91.03 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000294906  hitchhiker  0.000684327 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0025    92.19 
 
 		 78 bp  87.7  3e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.717404  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0036  tRNA-Pro  92.19 
 
 		 78 bp  87.7  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0226486  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0024  tRNA-Pro  92.19 
 
 		 78 bp  87.7  3e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t10  tRNA-Pro  90.67 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0829003  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0086  tRNA-Asn  97.83 
 
 		 84 bp  83.8  0.000000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0035  tRNA-Pro  90.62 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  hitchhiker  0.000468595  normal  0.0532724 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0045  tRNA-Pro  90.62 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.240811  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0030  tRNA-Pro  90.62 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.237944  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna31  tRNA-Pro  90.14 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.184408  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0070  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0075  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0814813  normal  0.0521466 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0032  tRNA-Pro  87.18 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0580782  normal  0.580774 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0615  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.394292  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0057  tRNA-Pro  91.94 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.218372 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0072  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.46213  normal  0.371186 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0029  tRNA-Pro  89.83 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0017  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0047  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAProVIMSS1309295  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.339192 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0035  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0039  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.500451  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t27  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0120151  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0053  tRNA-Pro  89.58 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00100217  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0007  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0101042 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0016  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0049  tRNA-Pro  85.92 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0541281  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0061  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.273453  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0033  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.00710383  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0015  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0316324  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0033  tRNA-Pro  89.36 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.981305 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0049  tRNA-Pro  85.92 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.925267  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0020  tRNA-Pro  89.13 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.00576144  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0020  tRNA-Pro  89.13 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0026  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0039  tRNA-Pro  87.93 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000242706 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0026  tRNA-Pro  84.62 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0028  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0025  tRNA-Pro  89.13 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.349516 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0058  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.387879  normal  0.0550835 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0044  tRNA-Pro  87.93 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0035  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.928344  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0031  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.418817  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0036  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.067402 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0057  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0107433  normal  0.396712 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0052  tRNA-Pro  87.93 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t01  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t01  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA1  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0019  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  0.0000000000000100673  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R7  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.365989  normal  0.610069 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0051  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0001  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0010  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0010  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0054  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.190136  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0042  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03410  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000139149  hitchhiker  1.96604e-19 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1637  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.590858  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0052  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.330689  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0057  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0050  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.134805  hitchhiker  0.00793111 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0034  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.870471  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0011  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0269347  normal  0.199214 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0001  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0005  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.964403 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0340  tRNA-Arg  100 
 
 		 79 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt16  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0006  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60330  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.665088  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0008  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0049  tRNA-Pro  85 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0164  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0038  tRNA-His  87.5 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.322941  normal  0.556926 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAValVIMSS1309267  tRNA-Val  100 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0015  tRNA-Pro  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4313  tRNA-Pro  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0034  tRNA-Pro  93.55 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.199678  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0044  tRNA-Pro  93.55 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0018  tRNA-Pro  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.662018 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0033  tRNA-Pro  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000399427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0066  tRNA-Pro  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.880566  normal  0.0590794 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0064  tRNA-Pro  91.43 
 
 		 71 bp  46.1  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0432605  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0066  tRNA-Pro  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0033  tRNA-Pro  93.55 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.216286  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAArgVIMSS1309070  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0020  tRNA-Pro  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0219771  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0034  tRNA-Pro  88.37 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.139468  normal  0.191079 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>