94 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_R0043 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_R0058  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.272265 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0043  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.931817  normal  0.538604 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0014  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.65159  normal  0.954278 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0028  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.570656  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0038  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.545151  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0027  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0043  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1546  tRNA-Met  94.81 
 
 		 79 bp  121  1.9999999999999998e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1025  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0262205  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0016  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.5439  normal  0.106443 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t28  tRNA-Met  94.59 
 
 		 74 bp  115  2.0000000000000002e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0025  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0720614  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0003  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.124761  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0043  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.48657 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0022  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.243282  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0041  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.904043  normal  0.246653 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0038  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.27748  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0002  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0003  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0503535  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0004  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0010  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.528642 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0002  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.325318  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0044  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.503694  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA14  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.839312 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0050  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0015  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.329575  decreased coverage  0.00000481165 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0028  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0065  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0018    88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0018  tRNA-Met  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0016  tRNA-Met  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0053  tRNA-Met  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3233  tRNA-Met  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0022  tRNA-Met  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60320  tRNA-Met  88.14 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0001  tRNA-Met  89.09 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.365193 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0031  tRNA-Met  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  hitchhiker  0.0043725  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0069  tRNA-Met  86.89 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0014  tRNA-Met  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000000605229  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0043  tRNA-Met  86.44 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0041  tRNA-Met  85.71 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0102912  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0022  tRNA-Phe  89.13 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.688613  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0051  tRNA-Phe  89.13 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0676526  normal  0.132155 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0046  tRNA-Phe  89.13 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.0149979 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0047  tRNA-Phe  88.89 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0043  tRNA-Met  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.259921  normal  0.901297 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0001  tRNA-Phe  89.13 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0473028  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0252  tRNA-Met  86.21 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0077  tRNA-Met  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.171478  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0046  tRNA-Phe  88.68 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.504399  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0069  tRNA-Phe  88.68 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0178252  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0044  tRNA-Phe  88.68 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.16456  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07470  tRNA-Met  91.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000349913  normal  0.175912 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna1  tRNA-Met  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0044  tRNA-Phe  88.68 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0066  tRNA-Phe  88.68 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0346272  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0054  tRNA-Phe  88.68 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.297231 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0059  tRNA-Phe  88.68 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.851819 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0013  tRNA-Met  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0007  tRNA-Phe  88.68 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0572306 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0044  tRNA-Phe  88.68 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0019  tRNA-Met  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0005  tRNA-Met  86.15 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00185715  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0047  tRNA-Met  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00104453  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt32  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0059  tRNA-Phe  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.383057  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0010  tRNA-Met  82.67 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.253783  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0013  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000199556  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0022  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt32  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0042  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.600355 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0067  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.74464  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0053  tRNA-Phe  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.744233  normal  0.828825 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0014  tRNA-Met  82.43 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0467162  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0023  tRNA-Met  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.013256 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0032  tRNA-Val  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.149498  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0017  tRNA-Met  89.47 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4303  tRNA-Met  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t12  tRNA-Phe  86.96 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0141221  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0040  tRNA-Trp  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0487601  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0009  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14170  tRNA-Val  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.688335  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0055  tRNA-Met  85.19 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0266099  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0011  tRNA-Phe  86.96 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00215934  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0016  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0352775  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0001  tRNA-Met  83.12 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.213191 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13990  tRNA-Met  84.48 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.314954  normal  0.930343 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0047  tRNA-Met  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.501158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0061  tRNA-Met  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.714727 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0054  tRNA-Arg  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0021  tRNA-Met  85.19 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.213808  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0041  tRNA-Met  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0236723 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0013  tRNA-Phe  85.48 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000596059  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0017  tRNA-Phe  86.96 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>