More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_3907 on replicon NC_010578
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010578  Bind_3907  regulatory protein TetR  100 
 
 		 212 aa  429  1e-119  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0612  TetR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 202 aa  95.1  7e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.136679  normal  0.487596 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0041  transcriptional regulator, TetR family  30.96 
 
 		 206 aa  79.7  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.218146 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0050  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 210 aa  66.2  0.0000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1381  transcriptional regulator, TetR family  34.45 
 
 		 184 aa  64.3  0.000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.419771  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2846  regulatory protein, TetR  41.24 
 
 		 227 aa  63.5  0.000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5020  putative transcriptional regulator, TetR family  29.08 
 
 		 196 aa  63.2  0.000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0294081  normal  0.0543061 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2556  transcriptional regulator, TetR family  35.23 
 
 		 208 aa  61.6  0.000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000000489141  normal  0.182844 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2624  TetR family transcriptional regulator  52.73 
 
 		 214 aa  61.6  0.000000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.373378  normal  0.716878 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4086  putative transcriptional regulator, TetR family  46.94 
 
 		 237 aa  61.2  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5086  transcriptional regulator, TetR family  35.37 
 
 		 210 aa  60.5  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.423561  normal  0.0707297 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05020  transcriptional regulator, TetR family  38.27 
 
 		 194 aa  60.1  0.00000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6137  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 207 aa  60.1  0.00000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.150449  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2507  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 207 aa  60.1  0.00000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.881075  normal  0.842438 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3416  transcriptional regulator, TetR family  39.19 
 
 		 226 aa  59.7  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.180038  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3714  transcriptional regulator, TetR family  39.19 
 
 		 226 aa  59.7  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.576002 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3451  TetR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 216 aa  59.7  0.00000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.6413 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3360  transcriptional regulator, TetR family  30.11 
 
 		 194 aa  59.7  0.00000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.372466  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0106  transcriptional regulator  44.44 
 
 		 207 aa  59.3  0.00000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4313  transcriptional regulator, TetR family  39.24 
 
 		 238 aa  59.3  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0765  TetR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 196 aa  59.3  0.00000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.448904  normal  0.172153 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5306  TetR family transcriptional regulator  43.42 
 
 		 219 aa  58.9  0.00000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.190126 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2285  TetR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 211 aa  58.5  0.00000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0118465  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3126  TetR family transcriptional regulator  45.59 
 
 		 207 aa  58.5  0.00000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.333802  hitchhiker  0.00150199 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1987  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 210 aa  57.8  0.0000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0754  TetR family transcriptional regulator  24.88 
 
 		 273 aa  57.4  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0097  transcriptional regulator, TetR family  45.61 
 
 		 215 aa  57.4  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.56928  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1936  transcriptional regulator, TetR family  49.06 
 
 		 193 aa  57.4  0.0000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5318  transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 		 197 aa  57  0.0000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0455  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 224 aa  57.4  0.0000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.366206  normal  0.106872 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0675  transcriptional regulator, TetR family  40.28 
 
 		 271 aa  56.6  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.886772  normal  0.300779 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1313  transcriptional regulator TetR family  30.3 
 
 		 213 aa  56.2  0.0000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5366  transcriptional regulator, TetR family  34.15 
 
 		 210 aa  56.6  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00158369  normal  0.823764 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2434  transcriptional regulator, TetR family  29.9 
 
 		 211 aa  55.8  0.0000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0665  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 195 aa  55.8  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3694  TetR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 222 aa  55.8  0.0000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1714  regulatory protein, TetR  28.85 
 
 		 190 aa  55.8  0.0000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.841461  normal  0.644689 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0155  TetR family transcriptional regulator  55.1 
 
 		 222 aa  55.8  0.0000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6809  transcriptional regulator, TetR family  44.83 
 
 		 178 aa  55.5  0.0000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.318139  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1014  TetR family transcriptional regulator  24.23 
 
 		 212 aa  55.5  0.0000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10440  transcriptional regulator  32.64 
 
 		 211 aa  55.5  0.0000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0189255  normal  0.0235057 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2708  TetR family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 266 aa  55.5  0.0000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3838  transcriptional regulator TetR family  35.82 
 
 		 230 aa  55.1  0.0000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.606304  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3953  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 232 aa  55.1  0.0000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0396138  normal  0.024229 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2575  transcriptional regulator, TetR family  34.48 
 
 		 211 aa  55.1  0.0000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000582548  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3656  TetR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 207 aa  54.7  0.0000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.311417  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2704  TetR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 203 aa  55.1  0.0000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.187148 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3334  TetR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 202 aa  55.1  0.0000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0109  TetR family transcriptional regulator  44.9 
 
 		 247 aa  54.7  0.000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3827  transcriptional regulator, TetR family  43.08 
 
 		 190 aa  54.3  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0081  transcriptional regulator, TetR family  47.06 
 
 		 202 aa  54.3  0.000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0118  TetR family transcriptional regulator  44.9 
 
 		 247 aa  54.7  0.000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.211628  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0607  transcriptional regulator, TetR family  35.96 
 
 		 255 aa  54.3  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.118397  normal  0.590685 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2272  TetR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 211 aa  54.3  0.000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000566042  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0648  transcriptional regulator, TetR family  35.96 
 
 		 247 aa  54.3  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0672593 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1187  TetR family transcriptional regulator  56.82 
 
 		 221 aa  54.3  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.49367  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1668  TetR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 204 aa  54.3  0.000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0441  TetR family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 198 aa  54.3  0.000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.805705 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1053  transcriptional regulator, TetR family  37.5 
 
 		 193 aa  54.3  0.000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2500  transcriptional regulator, TetR family  30.48 
 
 		 211 aa  54.3  0.000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8390  putative transcriptional regulator, TetR family  35.37 
 
 		 222 aa  54.7  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2740  TetR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 257 aa  54.3  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.933804 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4037  TetR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 446 aa  53.5  0.000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.755951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2796  TetR family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 231 aa  53.9  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.252593 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2510  TetR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 209 aa  53.5  0.000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00262483  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3428  transcriptional regulator, TetR family  35.29 
 
 		 223 aa  53.5  0.000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0832031  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0828  transcriptional regulator, TetR family  29.66 
 
 		 195 aa  53.9  0.000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3625  regulatory protein TetR  48.89 
 
 		 191 aa  53.5  0.000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1775  transcriptional regulator, TetR family  45 
 
 		 255 aa  54.3  0.000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2599  TetR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 233 aa  53.5  0.000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.87329  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1317  TetR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 206 aa  53.5  0.000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.237455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3130  TetR family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 216 aa  53.5  0.000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2304  TetR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 211 aa  52.8  0.000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.373552  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2226  TetR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 211 aa  52.8  0.000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0397604  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1944  TetR family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 234 aa  53.1  0.000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.358022  decreased coverage  0.0015067 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1326  TetR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 205 aa  53.1  0.000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.892925  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2479  TetR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 211 aa  52.8  0.000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.660065  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0533  TetR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 398 aa  53.1  0.000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0165878  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2436  TetR family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 243 aa  53.1  0.000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.747053 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1070  TetR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 229 aa  52.8  0.000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1247  TetR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 206 aa  53.1  0.000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1941  transcriptional regulator, TetR family  41.07 
 
 		 189 aa  53.1  0.000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.842083  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3459  TetR family transcriptional regulator  24.1 
 
 		 324 aa  53.5  0.000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000855252 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1297  TetR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 206 aa  53.5  0.000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00583227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2903  TetR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 191 aa  52.8  0.000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.281452  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4114  TetR family transcriptional regulator  48.94 
 
 		 191 aa  52.8  0.000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3955  TetR family transcriptional regulator  48.94 
 
 		 191 aa  52.8  0.000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.915843  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4434  TetR family transcriptional regulator  48.94 
 
 		 191 aa  52.8  0.000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4231  transcriptional regulator, TetR family  48.94 
 
 		 191 aa  52.8  0.000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0104  TetR family transcriptional regulator  46 
 
 		 190 aa  52.8  0.000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3598  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 222 aa  52.8  0.000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.822043 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3466  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 245 aa  52.8  0.000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.130911  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3352  TetR family transcriptional regulator  46.94 
 
 		 211 aa  52.8  0.000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.586652  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4342  transcriptional regulator, TetR family  48.94 
 
 		 191 aa  52.8  0.000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2815  TetR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 242 aa  52.8  0.000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.106176  normal  0.623336 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4287  TetR family transcriptional regulator  48.94 
 
 		 191 aa  52.4  0.000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0103  TetR family transcriptional regulator  46 
 
 		 190 aa  52.4  0.000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3966  TetR family transcriptional regulator  48.94 
 
 		 191 aa  52.4  0.000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0309  TetR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 184 aa  52.4  0.000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.312076  normal  0.149076 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4244  TetR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 212 aa  52.4  0.000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.950938  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>