More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_3519 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010581  Bind_3519  pseudouridine synthase  100 
 
 
234 aa  473  1e-132  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.477125  normal  0.108825 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0311  pseudouridine synthase  72.2 
 
 
234 aa  322  3e-87  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.148955 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0213  pseudouridine synthase  63 
 
 
240 aa  295  4e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0138576 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0315  pseudouridine synthase  60.24 
 
 
264 aa  287  8e-77  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5337  pseudouridine synthase  61.71 
 
 
224 aa  272  4.0000000000000004e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.588803  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0401  pseudouridine synthase  52.96 
 
 
292 aa  271  5.000000000000001e-72  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4412  pseudouridine synthase  60.53 
 
 
228 aa  268  5e-71  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2722  pseudouridine synthase  63.72 
 
 
239 aa  264  7e-70  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2844  pseudouridine synthase  61.82 
 
 
249 aa  263  2e-69  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.340445  normal  0.556308 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3409  pseudouridine synthase  59.29 
 
 
228 aa  261  4.999999999999999e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.386946 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2949  pseudouridine synthase  63.26 
 
 
239 aa  261  6e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.316024  hitchhiker  0.00664146 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1390  pseudouridine synthase  59.39 
 
 
255 aa  260  1e-68  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.371905  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1883  pseudouridine synthase  54.19 
 
 
264 aa  238  4e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.135329  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0516  pseudouridine synthase  71.63 
 
 
298 aa  215  4e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0361  pseudouridine synthase  70.21 
 
 
300 aa  212  3.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.713326  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0374  putative RNA pseudouridine synthase (Uracil hydrolyase)  61.36 
 
 
295 aa  211  7.999999999999999e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.458686  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0208  pseudouridine synthase  68.31 
 
 
322 aa  211  1e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.528553  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1376  pseudouridine synthase  45.29 
 
 
250 aa  172  2.9999999999999996e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0453774 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2006  pseudouridine synthase  45.66 
 
 
227 aa  168  7e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.309939  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1043  pseudouridine synthase  44.14 
 
 
227 aa  161  8.000000000000001e-39  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0447  pseudouridylate synthase  45.37 
 
 
222 aa  161  1e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.129188  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0864  pseudouridine synthase  48.81 
 
 
224 aa  157  1e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0335511  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2968  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  44.55 
 
 
224 aa  155  4e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.577134 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0492  pseudouridine synthase, RluA family  42.36 
 
 
325 aa  149  5e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00113875 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2710  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.99 
 
 
368 aa  148  7e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0164  RluA family pseudouridine synthase  44.3 
 
 
324 aa  148  8e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2767  RluA family pseudouridine synthase  44.16 
 
 
330 aa  147  1.0000000000000001e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.901259 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2102  pseudouridine synthase, RluD  38.94 
 
 
405 aa  143  2e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1658  RluA family pseudouridine synthase  39.04 
 
 
329 aa  139  3.9999999999999997e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.615207  normal  0.0770781 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2083  RluA family pseudouridine synthase  38.14 
 
 
326 aa  136  3.0000000000000003e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2837  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.34 
 
 
436 aa  135  4e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0449259  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1745  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.29 
 
 
346 aa  135  7.000000000000001e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2505  RluA family pseudouridine synthase  36.29 
 
 
346 aa  135  7.000000000000001e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1000  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.71 
 
 
326 aa  134  9.999999999999999e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0966  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.71 
 
 
318 aa  134  9.999999999999999e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.948591  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  36.44 
 
 
307 aa  133  1.9999999999999998e-30  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0391  RluA family pseudouridine synthase  35.89 
 
 
346 aa  132  3e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  38.29 
 
 
316 aa  132  6e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0291  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.43 
 
 
348 aa  132  6.999999999999999e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.503835  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2133  RluA family pseudouridine synthase  36.09 
 
 
318 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.29 
 
 
296 aa  130  2.0000000000000002e-29  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1019  RluA family pseudouridine synthase  37.24 
 
 
330 aa  130  2.0000000000000002e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.798058 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2822  RluA family pseudouridine synthase  40.46 
 
 
329 aa  129  4.0000000000000003e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000591979  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.51 
 
 
296 aa  129  5.0000000000000004e-29  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.84 
 
 
300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1196  pseudouridine synthase, RluA family  31.84 
 
 
307 aa  127  1.0000000000000001e-28  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02339  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (pseudouridylate synthase) (uracil hydrolyase  35.09 
 
 
313 aa  127  2.0000000000000002e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.336245  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1648  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.64 
 
 
327 aa  126  2.0000000000000002e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.141846  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0790  RluA family pseudouridine synthase  38.04 
 
 
348 aa  126  3e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.143813  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  35.5 
 
 
315 aa  125  5e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4767  RluA family pseudouridine synthase  36.17 
 
 
364 aa  125  5e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.305838  hitchhiker  0.0012362 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28001  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  36.21 
 
 
324 aa  125  7e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2141  pseudouridine synthase, RluD  35.93 
 
 
339 aa  125  8.000000000000001e-28  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2659  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  38.05 
 
 
330 aa  124  8.000000000000001e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.37 
 
 
333 aa  124  1e-27  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  38.36 
 
 
310 aa  124  1e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0624  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.1 
 
 
354 aa  124  1e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  33.77 
 
 
300 aa  124  1e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_02111  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  35.62 
 
 
327 aa  124  1e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.09 
 
 
303 aa  123  2e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  36.16 
 
 
302 aa  123  2e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.96 
 
 
300 aa  123  2e-27  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2086  pseudouridine synthase, RluA family  37.18 
 
 
330 aa  123  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.140778  normal  0.342789 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1344  pseudouridine synthase, RluA family  37.22 
 
 
313 aa  123  3e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  34.62 
 
 
306 aa  123  3e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1884  pseudouridine synthase, RluA family  37.18 
 
 
329 aa  122  4e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0958449  normal  0.0260992 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0018  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D (rRNA-uridine isomerase D)  37.31 
 
 
326 aa  122  5e-27  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.48 
 
 
322 aa  122  6e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  38.73 
 
 
315 aa  122  6e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1654  pseudouridine synthase  38.72 
 
 
286 aa  122  7e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.142786 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3403  pseudouridine synthase RluD  36.36 
 
 
501 aa  122  7e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0666836  normal  0.0916306 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1413  pseudouridine synthase, RluA family  32.38 
 
 
293 aa  122  7e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0119542  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5034  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.1 
 
 
458 aa  121  9e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0730  RluA family pseudouridine synthase  34.32 
 
 
327 aa  120  9.999999999999999e-27  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0504919  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_02221  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  35.34 
 
 
320 aa  121  9.999999999999999e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.135305  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  31.86 
 
 
305 aa  120  9.999999999999999e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1614  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.48 
 
 
315 aa  121  9.999999999999999e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000109224  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1394  pseudouridine synthase, RluD  35.37 
 
 
412 aa  121  9.999999999999999e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.377241  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  35.27 
 
 
302 aa  120  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.23 
 
 
330 aa  121  9.999999999999999e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.397176 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02917  rRNA ribosomal pseudouridine synthase  34.36 
 
 
339 aa  120  9.999999999999999e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6367  RluA family pseudouridine synthase  35.22 
 
 
469 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.129788  normal  0.347421 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.4 
 
 
313 aa  120  1.9999999999999998e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0997976  normal  0.952064 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  34.07 
 
 
302 aa  120  1.9999999999999998e-26  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1620  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.78 
 
 
321 aa  120  1.9999999999999998e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.27015  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4308  pseudouridine synthase, RluA family  35.84 
 
 
323 aa  120  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1988  pseudouridylate synthase  34.8 
 
 
330 aa  120  3e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00771455  normal  0.0114075 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.55 
 
 
308 aa  119  3e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4177  pseudouridine synthase, RluD  35.84 
 
 
318 aa  119  3e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.463318  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2335  pseudouridine synthase RluD  36.36 
 
 
453 aa  119  3e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.134936 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7124  pseudouridine synthase, RluA family  34.75 
 
 
457 aa  119  3e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  35.68 
 
 
313 aa  119  3e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1849  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.39 
 
 
316 aa  119  3e-26  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.97184  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  36.16 
 
 
331 aa  119  4.9999999999999996e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  35.27 
 
 
302 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  32.74 
 
 
304 aa  119  4.9999999999999996e-26  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1373  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.84 
 
 
312 aa  119  4.9999999999999996e-26  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1777  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.32 
 
 
328 aa  119  4.9999999999999996e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00553261  decreased coverage  0.000101871 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2261  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.89 
 
 
330 aa  118  6e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0212  RluA family pseudouridine synthase  40.72 
 
 
298 aa  119  6e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.935896  normal  0.204158 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>