More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_3404 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_3404  diaminopimelate epimerase  100 
 
 		 297 aa  595  1e-169  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.410121 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1850  Diaminopimelate epimerase  59.93 
 
 		 290 aa  337  1.9999999999999998e-91  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.501367 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5335  diaminopimelate epimerase  56.52 
 
 		 325 aa  303  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2947  Diaminopimelate epimerase  55 
 
 		 296 aa  296  3e-79  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.13292  hitchhiker  0.00138717 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2720  diaminopimelate epimerase  55 
 
 		 296 aa  295  6e-79  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.991154 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3656  diaminopimelate epimerase  56.08 
 
 		 293 aa  291  1e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0381626  hitchhiker  0.0055401 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0183  diaminopimelate epimerase  55.93 
 
 		 293 aa  290  2e-77  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2842  Diaminopimelate epimerase  57.14 
 
 		 296 aa  287  1e-76  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0231315  normal  0.30071 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0215  diaminopimelate epimerase  52.38 
 
 		 288 aa  282  5.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.388683  normal  0.0159433 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2776  diaminopimelate epimerase  51.35 
 
 		 297 aa  279  3e-74  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0505261  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0372  diaminopimelate epimerase  51.52 
 
 		 289 aa  271  7e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.963682  normal  0.800614 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0411  diaminopimelate epimerase  51.7 
 
 		 290 aa  271  1e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.254161  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0514  diaminopimelate epimerase  51.54 
 
 		 293 aa  271  1e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.2458  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3575  diaminopimelate epimerase  50.34 
 
 		 290 aa  266  2e-70  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0251  diaminopimelate epimerase  50.17 
 
 		 293 aa  264  2e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.185112  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0359  diaminopimelate epimerase  50.85 
 
 		 293 aa  261  1e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.281765  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3391  diaminopimelate epimerase  48.4 
 
 		 293 aa  240  2e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4071  diaminopimelate epimerase  46.85 
 
 		 301 aa  233  4.0000000000000004e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3093  diaminopimelate epimerase  46.59 
 
 		 292 aa  229  6e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.99362 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1415  diaminopimelate epimerase  45.7 
 
 		 293 aa  228  1e-58  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.970363 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3748  diaminopimelate epimerase  46.5 
 
 		 301 aa  228  1e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1932  diaminopimelate epimerase  47.87 
 
 		 303 aa  224  1e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1859  diaminopimelate epimerase  47.87 
 
 		 303 aa  224  1e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.225197  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0927  diaminopimelate epimerase  47.52 
 
 		 300 aa  214  9.999999999999999e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4868  diaminopimelate epimerase  45.05 
 
 		 289 aa  210  2e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2498  diaminopimelate epimerase  47.24 
 
 		 277 aa  204  1e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0760107  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0523  Diaminopimelate epimerase  42.71 
 
 		 279 aa  204  2e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0318  diaminopimelate epimerase  41.46 
 
 		 281 aa  203  3e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0019  diaminopimelate epimerase  45.71 
 
 		 294 aa  201  9.999999999999999e-51  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4198  diaminopimelate epimerase  44.07 
 
 		 303 aa  200  1.9999999999999998e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1183  diaminopimelate epimerase  41.38 
 
 		 280 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.147631  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1402  diaminopimelate epimerase  43.86 
 
 		 275 aa  197  2.0000000000000003e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0816431  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2809  diaminopimelate epimerase  44.28 
 
 		 275 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.241517 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2979  diaminopimelate epimerase  43.2 
 
 		 278 aa  195  6e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0583058 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3228  diaminopimelate epimerase  42.05 
 
 		 282 aa  193  2e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.0035809  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2730  diaminopimelate epimerase  43.45 
 
 		 268 aa  193  3e-48  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0948067  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0019  diaminopimelate epimerase  42.91 
 
 		 282 aa  191  1e-47  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2928  diaminopimelate epimerase  44.06 
 
 		 274 aa  191  1e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.276892 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0936  diaminopimelate epimerase  41.16 
 
 		 276 aa  187  1e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2595  diaminopimelate epimerase  41.5 
 
 		 278 aa  187  3e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0050  diaminopimelate epimerase  38.55 
 
 		 267 aa  185  9e-46  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.184283  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0026  diaminopimelate epimerase  39.05 
 
 		 267 aa  183  3e-45  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0237  diaminopimelate epimerase  38.79 
 
 		 277 aa  182  6e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.142779  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03685  diaminopimelate epimerase  37.78 
 
 		 274 aa  181  9.000000000000001e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.163573  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4170  Diaminopimelate epimerase  37.78 
 
 		 274 aa  181  9.000000000000001e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.837067  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4328  diaminopimelate epimerase  37.78 
 
 		 274 aa  181  9.000000000000001e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03634  hypothetical protein  37.78 
 
 		 274 aa  181  9.000000000000001e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.191697  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5248  diaminopimelate epimerase  37.78 
 
 		 274 aa  181  9.000000000000001e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4198  diaminopimelate epimerase  37.78 
 
 		 274 aa  181  9.000000000000001e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.180433  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4175  diaminopimelate epimerase  37.78 
 
 		 274 aa  181  9.000000000000001e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0210737 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4034  diaminopimelate epimerase  37.78 
 
 		 274 aa  181  9.000000000000001e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4269  diaminopimelate epimerase  37.41 
 
 		 274 aa  180  2e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0095  diaminopimelate epimerase  39.86 
 
 		 266 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.567794 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0395  diaminopimelate epimerase  46.4 
 
 		 275 aa  179  2.9999999999999997e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.47994  normal  0.932135 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3983  diaminopimelate epimerase  36.67 
 
 		 274 aa  178  1e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.983346  normal  0.2689 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0125  diaminopimelate epimerase  32.47 
 
 		 274 aa  178  1e-43  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4157  diaminopimelate epimerase  37.64 
 
 		 274 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4275  diaminopimelate epimerase  37.64 
 
 		 274 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4334  diaminopimelate epimerase  37.64 
 
 		 274 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4227  diaminopimelate epimerase  37.64 
 
 		 274 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.642483  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4175  diaminopimelate epimerase  37.64 
 
 		 274 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.132697  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1927  diaminopimelate epimerase  40.07 
 
 		 280 aa  176  3e-43  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0182  diaminopimelate epimerase  36.4 
 
 		 274 aa  176  5e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.998768  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0183  diaminopimelate epimerase  36.63 
 
 		 274 aa  176  6e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.190067  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3113  diaminopimelate epimerase  38.79 
 
 		 277 aa  171  1e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.534786  n/a   
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_34582  predicted protein  38.19 
 
 		 334 aa  170  3e-41  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3975  diaminopimelate epimerase  35.79 
 
 		 274 aa  170  3e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.525187  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3100  diaminopimelate epimerase  36.33 
 
 		 280 aa  169  4e-41  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.239794  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0164  diaminopimelate epimerase  35.42 
 
 		 277 aa  169  4e-41  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.543882  normal  0.191958 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3907  Diaminopimelate epimerase  38.81 
 
 		 283 aa  169  6e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.739136  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0126  diaminopimelate epimerase  34.77 
 
 		 276 aa  169  7e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1150  Diaminopimelate epimerase  38.19 
 
 		 287 aa  167  1e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.756006  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2326  diaminopimelate epimerase  34.77 
 
 		 281 aa  167  2e-40  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2393  diaminopimelate epimerase  35.29 
 
 		 276 aa  167  2e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.976013  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3088  diaminopimelate epimerase  37.04 
 
 		 282 aa  167  2e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.233699  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11570  Diaminopimelate epimerase  34.27 
 
 		 284 aa  167  2e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5143  diaminopimelate epimerase  35.84 
 
 		 281 aa  167  2.9999999999999998e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.75804e-23 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0205  diaminopimelate epimerase  36.76 
 
 		 274 aa  167  2.9999999999999998e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.834964  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1738  diaminopimelate epimerase  34.72 
 
 		 277 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4011  diaminopimelate epimerase  36.76 
 
 		 274 aa  167  2.9999999999999998e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0541  diaminopimelate epimerase  36.76 
 
 		 274 aa  167  2.9999999999999998e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_09701  diaminopimelate epimerase  35.66 
 
 		 286 aa  166  4e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0227672  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09711  diaminopimelate epimerase  34.39 
 
 		 286 aa  166  4e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.646782  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1610  diaminopimelate epimerase  33.82 
 
 		 274 aa  166  4e-40  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1173  diaminopimelate epimerase  35 
 
 		 278 aa  166  4e-40  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.16632  hitchhiker  0.0076294 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3476  diaminopimelate epimerase  40.57 
 
 		 283 aa  166  5.9999999999999996e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.631348 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002111  diaminopimelate epimerase  36.43 
 
 		 276 aa  165  6.9999999999999995e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2377  diaminopimelate epimerase  34.41 
 
 		 281 aa  165  6.9999999999999995e-40  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.63698  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4629  diaminopimelate epimerase  37.72 
 
 		 269 aa  165  8e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000265381 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0004  diaminopimelate epimerase  33.33 
 
 		 292 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0554484  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00309  diaminopimelate epimerase  34.77 
 
 		 276 aa  164  1.0000000000000001e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2069  diaminopimelate epimerase  37.18 
 
 		 276 aa  164  1.0000000000000001e-39  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.0000531715  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09731  diaminopimelate epimerase  34.04 
 
 		 286 aa  164  1.0000000000000001e-39  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.137092  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0232  diaminopimelate epimerase  34.07 
 
 		 274 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.596238  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0113  diaminopimelate epimerase  37.18 
 
 		 276 aa  164  1.0000000000000001e-39  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000000067838  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3739  diaminopimelate epimerase  40.7 
 
 		 278 aa  164  2.0000000000000002e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000351695 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0495  diaminopimelate epimerase  38.46 
 
 		 308 aa  163  3e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4166  diaminopimelate epimerase  34.32 
 
 		 274 aa  163  3e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.078673  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0912  diaminopimelate epimerase  33.68 
 
 		 286 aa  163  4.0000000000000004e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00205  diaminopimelate epimerase  33.09 
 
 		 269 aa  163  4.0000000000000004e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>