More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_3146 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_3146  DNA replication and repair protein RecF  100 
 
 		 403 aa  795    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.522741  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3222  DNA replication and repair protein RecF  62.37 
 
 		 398 aa  432  1e-120  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000505165 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2240  DNA replication and repair protein RecF  58.36 
 
 		 384 aa  402  1e-111  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.123005  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0003  DNA replication and repair protein RecF  56.8 
 
 		 382 aa  396  1e-109  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.45272  normal  0.393317 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0004  DNA replication and repair protein RecF  57.07 
 
 		 385 aa  395  1e-108  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.350342  normal  0.69961 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0003  DNA replication and repair protein RecF  56.64 
 
 		 382 aa  390  1e-107  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241044  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0004  DNA replication and repair protein RecF  56.18 
 
 		 385 aa  390  1e-107  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.615543  normal  0.382944 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0003  DNA replication and repair protein RecF  57.03 
 
 		 384 aa  390  1e-107  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.64703  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0004  recombination protein F  51.35 
 
 		 378 aa  357  1.9999999999999998e-97  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.949729  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0004  recombination protein F  50.81 
 
 		 378 aa  355  6.999999999999999e-97  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.914523  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0003  recombination protein F  51.2 
 
 		 379 aa  351  1e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0003  recombination protein F  51.21 
 
 		 379 aa  350  4e-95  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0003  recombination protein F  50.27 
 
 		 378 aa  347  3e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.552608  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0003  recombination protein F  54.93 
 
 		 378 aa  345  1e-93  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.322535  hitchhiker  0.000000874576 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0003  recombination protein F  50.26 
 
 		 385 aa  337  2.9999999999999997e-91  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.323939 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0311  recombination protein F  48.91 
 
 		 374 aa  324  2e-87  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.406883  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0003  recombination protein F  49.06 
 
 		 391 aa  321  9.999999999999999e-87  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.671854  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4092  recombination protein F  47.15 
 
 		 374 aa  320  1.9999999999999998e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4412  recombination protein F  47.15 
 
 		 374 aa  320  3.9999999999999996e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.92335  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0005  DNA replication and repair protein RecF  50.13 
 
 		 412 aa  308  1.0000000000000001e-82  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0464034  hitchhiker  1.0596299999999999e-21 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0003  recombination protein F  49.06 
 
 		 379 aa  307  2.0000000000000002e-82  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0714428  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3395  recombination protein F  48.94 
 
 		 409 aa  298  8e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.714394  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0003  recombination protein F  47.57 
 
 		 384 aa  291  2e-77  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0005  recombination protein F  47.07 
 
 		 387 aa  290  4e-77  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0003  recombination protein F  47.03 
 
 		 384 aa  285  8e-76  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.0080717  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1277  recombination protein F  42.7 
 
 		 378 aa  253  3e-66  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  1.19843e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2800  recombination protein F  47.3 
 
 		 356 aa  252  8.000000000000001e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.127366 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1153  recombination protein F  48.37 
 
 		 357 aa  243  6e-63  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.409843  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0003  recombination protein F  42.41 
 
 		 375 aa  241  2e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1344  recombination protein F  41.21 
 
 		 368 aa  224  3e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0003  recombination protein F  40.95 
 
 		 357 aa  223  4e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0791811  normal  0.40226 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3375  recombination protein F  38.48 
 
 		 361 aa  223  6e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0003  DNA replication and repair protein RecF  41.51 
 
 		 384 aa  222  8e-57  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.000323741  normal  0.930359 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0013  recombination protein F  41.21 
 
 		 363 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0003  recombination protein F  37.99 
 
 		 375 aa  218  1e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1707  recombination protein F  44.38 
 
 		 369 aa  215  9e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.812314  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0004  recombination protein F  39.56 
 
 		 363 aa  211  1e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000368793 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2835  recombination protein F  38.95 
 
 		 358 aa  212  1e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0158  recombination protein F  42.25 
 
 		 392 aa  209  5e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.43131  normal  0.105898 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0003  recombination protein F  41.85 
 
 		 373 aa  187  4e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0582  recombination protein F  40.44 
 
 		 379 aa  184  3e-45  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.829059  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0076  recombination protein F  28.99 
 
 		 372 aa  155  1e-36  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0045  recombination protein F  28.99 
 
 		 372 aa  154  2e-36  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.498392  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1286  recombination protein F  25.84 
 
 		 365 aa  152  1e-35  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0199  putative DNA replication and repair protein RecF  26.32 
 
 		 349 aa  125  1e-27  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.00154503  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0004  DNA replication and repair protein RecF  24.53 
 
 		 386 aa  111  2.0000000000000002e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00780262  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0005  DNA replication and repair protein RecF  31.87 
 
 		 401 aa  109  7.000000000000001e-23  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0004  recombination protein F  32.79 
 
 		 380 aa  109  7.000000000000001e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0716162 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0004  DNA replication and repair protein RecF  22.44 
 
 		 372 aa  108  2e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370076  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0004  recombination protein F  32.52 
 
 		 380 aa  108  2e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0012  recombination protein F  32.52 
 
 		 380 aa  108  2e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.121144 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0003  DNA replication and repair protein RecF  28.89 
 
 		 382 aa  107  3e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0003  DNA replication and repair protein RecF  25.54 
 
 		 377 aa  107  4e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0004  recombination protein F  32.87 
 
 		 386 aa  106  7e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.187663 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0824  recombination protein F  31.1 
 
 		 389 aa  100  3e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0003  DNA replication and repair protein RecF  30.64 
 
 		 397 aa  100  6e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2374  DNA replication and repair protein RecF  25 
 
 		 369 aa  99.4  1e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0346  recombination protein F  25.21 
 
 		 365 aa  97.4  4e-19  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.105676  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0004  DNA replication and repair protein RecF  30.29 
 
 		 377 aa  97.4  4e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.780515  decreased coverage  0.00205006 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0003  recombination protein F  25.14 
 
 		 360 aa  96.3  8e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0188151  hitchhiker  0.0000523089 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0003  recombination protein F  26.7 
 
 		 360 aa  96.3  9e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0130388  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0003  DNA replication and repair protein  25.2 
 
 		 357 aa  95.5  1e-18  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0109066  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0003  recombination protein F  26.49 
 
 		 361 aa  95.9  1e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0385213  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0004  DNA replication and repair protein RecF  29.2 
 
 		 378 aa  95.5  1e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.332828  normal  0.294433 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0003  recombination protein F  26.22 
 
 		 361 aa  95.1  2e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0661286  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0003  DNA replication and repair protein RecF  24.54 
 
 		 357 aa  94.7  2e-18  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000167718  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0003  recombination protein F  27.35 
 
 		 361 aa  94.7  2e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.1757  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00040  recombination protein F  29.03 
 
 		 390 aa  94.7  3e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.0000332989  normal  0.373412 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0003  recombination protein F  25.21 
 
 		 364 aa  94.4  3e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0003  recombination protein F  24.32 
 
 		 370 aa  94.4  3e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.715959  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0004  DNA replication and repair protein RecF  22.74 
 
 		 376 aa  94  4e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00040  DNA replication and repair protein RecF  29.35 
 
 		 390 aa  94.4  4e-18  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0004  recombination protein F  28.24 
 
 		 401 aa  94.4  4e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.582462  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0003  DNA replication and repair protein RecF  20.87 
 
 		 362 aa  93.2  7e-18  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000115018  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0004  DNA replication and repair protein RecF  29.85 
 
 		 391 aa  92.8  9e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00428915 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0004  DNA replication and repair protein RecF  24.72 
 
 		 373 aa  92.8  9e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.346024  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0003  DNA replication and repair protein RecF  24.36 
 
 		 364 aa  92.4  1e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0138  recombination protein F  25.72 
 
 		 358 aa  92.4  1e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0015  recombination protein F  26.5 
 
 		 360 aa  91.7  2e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00214178  hitchhiker  0.000779425 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00005  Recombinational DNA repair ATPase  25.35 
 
 		 338 aa  90.9  3e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000571812  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0004  DNA replication and repair protein RecF  27.42 
 
 		 381 aa  91.3  3e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.321306  normal  0.933031 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0003  recombination protein F  25.81 
 
 		 361 aa  91.3  3e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.279219  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.42 
 
 		 372 aa  90.5  4e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0004  recombination protein F  30.24 
 
 		 399 aa  90.9  4e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000897119  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10003  recombination protein F  30.94 
 
 		 385 aa  90.5  5e-17  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1991  recombination protein F  20.79 
 
 		 366 aa  90.1  7e-17  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0003  DNA replication and repair protein RecF  22.59 
 
 		 365 aa  89.7  8e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0004  DNA replication and repair protein RecF  28.61 
 
 		 380 aa  89  1e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0003  recombination protein F  22.85 
 
 		 364 aa  89  1e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0003  RecF protein  24.66 
 
 		 367 aa  89.4  1e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0312936  normal  0.12892 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0004  DNA replication and repair protein RecF  30.28 
 
 		 379 aa  89  1e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0003  recombination protein F  26.2 
 
 		 361 aa  89.4  1e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0110624  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2436  DNA replication and repair protein RecF  27.81 
 
 		 398 aa  89.4  1e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.532549  normal  0.0198697 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0004  recombination protein F  24.05 
 
 		 374 aa  89.4  1e-16  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  2.60396e-25 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0004  recombination protein F  28.34 
 
 		 402 aa  89.4  1e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000215476 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0011  recombination protein F  24.67 
 
 		 359 aa  87.8  3e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.10983  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0003  recombination protein F  23.93 
 
 		 365 aa  87  5e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00186248  hitchhiker  0.000000180359 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0003  recombination protein F  28.85 
 
 		 364 aa  86.7  7e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0323054 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002007  DNA recombination and repair protein RecF  25 
 
 		 359 aa  86.3  8e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0003677  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0008  recombination protein F  25.21 
 
 		 360 aa  86.3  0.000000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0621721  hitchhiker  0.00000000274736 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>