203 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_3135 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_3135  RNA-binding S4 domain-containing protein  100 
 
 		 99 aa  197  6e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1369  RNA-binding S4 domain protein  72.41 
 
 		 104 aa  135  3.0000000000000003e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.454269 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3706  RNA-binding S4 domain-containing protein  50.52 
 
 		 102 aa  102  1e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.325898 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4903  RNA-binding S4 domain protein  54.95 
 
 		 91 aa  101  3e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.793751 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1720  RNA-binding S4 domain protein  52.33 
 
 		 93 aa  101  4e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.485798  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4856  RNA-binding S4 domain protein  55.95 
 
 		 91 aa  100  5e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0730838  normal  0.183947 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4393  RNA-binding S4 domain-containing protein  55.95 
 
 		 91 aa  100  5e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.853125 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2640  RNA-binding S4 domain-containing protein  57.65 
 
 		 95 aa  100  5e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.150372  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3377  RNA-binding S4  55.29 
 
 		 95 aa  100  6e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.000950352  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1769  S4 domain-containing protein  52.75 
 
 		 137 aa  99  2e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00186229  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1132  RNA-binding S4 domain-containing protein  50.53 
 
 		 129 aa  99  2e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0247911  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1704  S4 domain-containing protein  52.75 
 
 		 133 aa  99  2e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000120647  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3114  RNA-binding S4 domain-containing protein  53.01 
 
 		 137 aa  93.2  9e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00552893  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0505  RNA-binding S4  50.59 
 
 		 91 aa  89.7  1e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0154787  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1559  RNA-binding S4 domain-containing protein  51.61 
 
 		 100 aa  87.8  5e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.200208  normal  0.3644 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2423  putative heat shock protein 15 (HSP15)  52.08 
 
 		 98 aa  87.4  6e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  hitchhiker  0.00936684  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0491  RNA-binding S4 domain protein  55.42 
 
 		 89 aa  86.7  9e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0410  RNA-binding S4  49.41 
 
 		 97 aa  85.9  2e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.553472  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1087  RNA-binding S4 domain-containing protein  51.04 
 
 		 98 aa  85.9  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.126471  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0549  RNA-binding S4  49.4 
 
 		 89 aa  84.3  5e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.213997  normal  0.0613086 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0546  RNA-binding S4  51.76 
 
 		 89 aa  84  6e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.879286 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1697  RNA-binding S4 domain-containing protein  48.1 
 
 		 131 aa  84  6e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.285341 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3816  RNA-binding S4 domain protein  46.99 
 
 		 134 aa  82.8  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0574  RNA-binding S4  44.71 
 
 		 124 aa  81.6  0.000000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.000000475662  unclonable  0.0000000209736 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3089  RNA-binding S4 domain-containing protein  53.57 
 
 		 98 aa  80.5  0.000000000000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3310  RNA-binding S4  46.43 
 
 		 108 aa  80.5  0.000000000000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000290008  normal  0.0999005 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4803  RNA-binding S4 domain-containing protein  52.38 
 
 		 93 aa  80.5  0.000000000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0850807  decreased coverage  0.0000637783 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4145  RNA-binding S4 domain protein  40.96 
 
 		 134 aa  77.8  0.00000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00358157  normal  0.0781043 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4348  hypothetical protein  43.9 
 
 		 133 aa  73.9  0.0000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0874214  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7545  hypothetical protein  54.29 
 
 		 75 aa  73.2  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.493395  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1959  RNA-binding S4 domain protein  48.81 
 
 		 167 aa  70.9  0.000000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0257024  normal  0.0767108 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3539  RNA-binding S4 domain-containing protein  40.74 
 
 		 93 aa  69.3  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.595425  normal  0.44689 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0280  RNA-binding S4  52.38 
 
 		 89 aa  68.2  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.16081 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0075  RNA-binding S4  45 
 
 		 144 aa  68.2  0.00000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0548587  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0206  RNA-binding S4  48.28 
 
 		 122 aa  66.6  0.0000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0122  RNA-binding S4  40 
 
 		 96 aa  66.6  0.0000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1649  heat shock protein 15  43.04 
 
 		 136 aa  65.5  0.0000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1827  RNA-binding S4 domain-containing protein  48.75 
 
 		 89 aa  65.9  0.0000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.000868037  normal  0.351536 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0509  RNA-binding S4 protein  42.17 
 
 		 134 aa  62.4  0.000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.916368  normal  0.173554 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0330  RNA-binding S4 domain protein  44.44 
 
 		 135 aa  61.6  0.000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0496107 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2740  RNA-binding S4  35.8 
 
 		 116 aa  61.2  0.000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.944293 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4117  RNA-binding S4 domain-containing protein  41.46 
 
 		 99 aa  60.8  0.000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.27509 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2572  RNA-binding S4 domain-containing protein  41.57 
 
 		 153 aa  59.7  0.00000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000329633 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3752  RNA-binding S4 domain-containing protein  43.37 
 
 		 135 aa  59.7  0.00000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.456531  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2293  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.71 
 
 		 109 aa  58.9  0.00000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0107303  normal  0.537391 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1231  RNA-binding S4 domain-containing protein  40.24 
 
 		 138 aa  58.9  0.00000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.984155  normal  0.301013 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0734  RNA-binding S4 domain protein  42.68 
 
 		 135 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.20304  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0791  RNA-binding S4 domain protein  41.86 
 
 		 133 aa  58.2  0.00000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26490  heat shock protein Hsp15  44.16 
 
 		 127 aa  57.8  0.00000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.468539  normal  0.352785 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03954  heat shock protein 15  38.71 
 
 		 134 aa  57.8  0.00000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3964  putative heat shock protein 15  42.17 
 
 		 135 aa  57.4  0.00000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0551076 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2640  RNA-binding S4  41.76 
 
 		 141 aa  57.4  0.00000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.414836  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2006  RNA-binding S4  36.78 
 
 		 142 aa  57  0.00000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.654471  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0254  RNA-binding S4 domain protein  40 
 
 		 109 aa  56.6  0.0000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1265  RNA-binding S4  43.48 
 
 		 131 aa  56.6  0.0000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.22086 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05160  heat shock protein implicated in 50S component recycling (S4 paralogue)  41.18 
 
 		 130 aa  55.5  0.0000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0946751  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2308  hypothetical protein  37.97 
 
 		 127 aa  55.1  0.0000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2501  RNA-binding S4 domain-containing protein  41.67 
 
 		 149 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.157216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1589  RNA-binding S4  41.56 
 
 		 136 aa  54.7  0.0000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.292038  normal  0.363076 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3977  RNA-binding S4  41.86 
 
 		 123 aa  54.3  0.0000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2048  RNA-binding S4 domain protein  40.51 
 
 		 141 aa  54.3  0.0000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1002  RNA-binding S4  40.45 
 
 		 131 aa  54.3  0.0000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.320344 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0176  RNA-binding S4 domain-containing protein  39.24 
 
 		 135 aa  53.9  0.0000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.905823  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0019  RNA-binding S4 domain-containing protein  36.59 
 
 		 138 aa  53.5  0.0000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.329407  normal  0.209211 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3737  heat shock protein 15  39.24 
 
 		 135 aa  53.9  0.0000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3976  heat shock protein 15  39.24 
 
 		 135 aa  53.9  0.0000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0665  RNA-binding S4 domain-containing protein  39.77 
 
 		 135 aa  53.9  0.0000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4705  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  38.04 
 
 		 133 aa  53.1  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.39239  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0313  RNA-binding S4 domain protein  38.04 
 
 		 133 aa  53.1  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0170  RNA-binding S4  39.02 
 
 		 135 aa  53.1  0.000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.787324 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0313  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  38.04 
 
 		 133 aa  53.1  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0933812 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1038  RNA-binding S4  39.33 
 
 		 131 aa  53.1  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3625  putative heat shock protein  36.59 
 
 		 128 aa  53.5  0.000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.679676 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3778  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  40.24 
 
 		 133 aa  53.1  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0641  RNA-binding S4 domain-containing protein  40.74 
 
 		 157 aa  53.1  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68630  putative heat shock protein  39.02 
 
 		 131 aa  53.5  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3678  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  38.04 
 
 		 133 aa  53.1  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.479283 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0095  RNA-binding S4 domain-containing protein  35.23 
 
 		 134 aa  53.5  0.000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.273746  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2419  RNA-binding S4 domain-containing protein  42.86 
 
 		 139 aa  53.1  0.000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.676645  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3596  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  38.04 
 
 		 133 aa  53.1  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0784  RNA-binding S4  52.08 
 
 		 82 aa  53.1  0.000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.000665287  normal  0.0698441 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0776  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.37 
 
 		 142 aa  53.1  0.000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00252001  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3872  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  40.24 
 
 		 133 aa  53.1  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0250  RNA-binding S4 domain protein  39.02 
 
 		 133 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0157296 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1817  heat shock protein 15  44.05 
 
 		 141 aa  52.8  0.000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0275  RNA-binding S4 domain-containing protein  39.02 
 
 		 133 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.927393  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3836  RNA-binding S4  39.53 
 
 		 135 aa  52.8  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3698  RNA-binding S4 domain-containing protein  44.05 
 
 		 130 aa  52.8  0.000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5939  putative heat shock protein  40.51 
 
 		 131 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0265  RNA-binding S4 domain-containing protein  39.02 
 
 		 133 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.664213 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4593  heat shock protein 15  34.18 
 
 		 134 aa  51.6  0.000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0263  RNA-binding S4  38.37 
 
 		 135 aa  52  0.000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.935864  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0747  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.37 
 
 		 135 aa  52  0.000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.503491  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2075  RNA-binding S4 domain protein  39.02 
 
 		 134 aa  52  0.000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.142935  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00599  heat shock protein  39.29 
 
 		 128 aa  51.2  0.000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3696  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  39.02 
 
 		 133 aa  51.2  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1368  RNA-binding S4 domain protein  34.94 
 
 		 140 aa  51.2  0.000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0237  heat shock protein 15  37.8 
 
 		 135 aa  50.8  0.000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2663  RNA-binding S4  34.74 
 
 		 120 aa  50.8  0.000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.173796  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2209  heat shock protein 15  40.74 
 
 		 135 aa  50.8  0.000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>