More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_2944 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010581  Bind_2944  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  100 
 
 
324 aa  644    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6686  hypothetical protein  69.06 
 
 
327 aa  441  9.999999999999999e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0918823  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3694  Helix-turn-helix type 11 domain protein  67.4 
 
 
321 aa  436  1e-121  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0509362  hitchhiker  0.00000175857 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2507  Helix-turn-helix type 11 domain protein  65.71 
 
 
321 aa  413  1e-114  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0064  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  51.09 
 
 
328 aa  334  9e-91  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.188997  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7257  helix-turn-helix type 11 domain protein  52.62 
 
 
326 aa  311  7.999999999999999e-84  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.143006 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1376  Helix-turn-helix type 11 domain protein  48.47 
 
 
328 aa  280  2e-74  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5398  helix-turn-helix type 11 domain protein  49.07 
 
 
327 aa  279  5e-74  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.229533  normal  0.331781 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0312  putative transcriptional regulator  43.21 
 
 
388 aa  270  2.9999999999999997e-71  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5791  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  50.16 
 
 
339 aa  268  1e-70  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3647  Helix-turn-helix type 11 domain protein  49.84 
 
 
320 aa  268  1e-70  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.306366  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3763  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  46.88 
 
 
323 aa  265  8.999999999999999e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1751  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  48.1 
 
 
325 aa  264  1e-69  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.33135  normal  0.990555 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7481  transcriptional regulator-like  44 
 
 
326 aa  261  2e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4135  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  45.79 
 
 
332 aa  260  2e-68  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.124521  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0044  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.2 
 
 
318 aa  233  4.0000000000000004e-60  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.164988  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36430  predicted transcriptional regulator  42.02 
 
 
323 aa  225  6e-58  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.649805 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1647  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  46.59 
 
 
366 aa  224  1e-57  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.242588  normal  0.121155 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3029  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  42.72 
 
 
327 aa  224  1e-57  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.189154  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3980  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  43.46 
 
 
317 aa  215  7e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.26771  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1962  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  41.34 
 
 
330 aa  209  4e-53  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.000800393  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3752  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  42.62 
 
 
327 aa  206  3e-52  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0372442  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2166  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40 
 
 
320 aa  192  5e-48  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.304825  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0335  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  40.45 
 
 
321 aa  187  3e-46  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.377994  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2683  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.87 
 
 
324 aa  175  8e-43  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.255194  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4546  DeoR family transcriptional regulator  35.92 
 
 
314 aa  164  2.0000000000000002e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.86893  normal  0.117628 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3934  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.39 
 
 
321 aa  153  5e-36  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0769202  hitchhiker  0.00173443 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0875  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.67 
 
 
328 aa  152  5.9999999999999996e-36  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3062  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.28 
 
 
313 aa  152  7e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.408718  normal  0.752018 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4054  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.66 
 
 
324 aa  150  3e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.135242  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0452  helix-turn-helix type 11 domain protein  34.66 
 
 
324 aa  142  5e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3402  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35.89 
 
 
323 aa  142  7e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0120343  normal  0.0687104 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0325  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.06 
 
 
335 aa  140  3e-32  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  decreased coverage  0.00275048  normal  0.0249624 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2496  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.44 
 
 
322 aa  139  7.999999999999999e-32  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.496312  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1028  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.94 
 
 
323 aa  137  3.0000000000000003e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2155  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.85 
 
 
324 aa  136  4e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.190178 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0683  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.85 
 
 
321 aa  136  6.0000000000000005e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2933  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  35.49 
 
 
321 aa  134  3e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.259462 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1185  hypothetical protein  35.53 
 
 
313 aa  122  9e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0766  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.1 
 
 
303 aa  121  9.999999999999999e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1001  hypothetical protein  30.58 
 
 
313 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1244  HTH domain family  30.28 
 
 
313 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0777  hypothetical protein  28.05 
 
 
317 aa  119  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.845326  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0998  transcriptional regulator  30.38 
 
 
313 aa  118  1.9999999999999998e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0684  hypothetical protein  27.74 
 
 
317 aa  117  3e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0732899  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.66 
 
 
336 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0562  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.74 
 
 
317 aa  116  6e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.349747  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0559  transcriptional regulator  27.74 
 
 
317 aa  115  8.999999999999998e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0705  hypothetical protein  28.05 
 
 
317 aa  115  8.999999999999998e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0615  hypothetical protein  27.44 
 
 
317 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.759398  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0560  transcriptional regulator  27.74 
 
 
317 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00184479  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0648  hypothetical protein  27.44 
 
 
317 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0266881  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0716  hypothetical protein  27.44 
 
 
348 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.129876  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3494  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.06 
 
 
344 aa  113  5e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0660  transcriptional regulator, putative  28.83 
 
 
301 aa  112  6e-24  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4654  hypothetical protein  26.69 
 
 
317 aa  112  7.000000000000001e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000770885  unclonable  9.19298e-26 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0788  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  34.88 
 
 
319 aa  111  2.0000000000000002e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0713  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.39 
 
 
319 aa  109  6e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.677583  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2296  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.57 
 
 
322 aa  108  1e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000342768  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1647  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.78 
 
 
299 aa  107  3e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5238  transcriptional regulator  27.08 
 
 
304 aa  105  1e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0664508  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2021  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.51 
 
 
317 aa  105  2e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0370713  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3646  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.36 
 
 
309 aa  104  3e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000392325  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0991  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.38 
 
 
302 aa  102  8e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.33 
 
 
316 aa  100  4e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6729  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30 
 
 
324 aa  99.8  5e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.41486 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3428  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.16 
 
 
303 aa  99.4  7e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4059  helix-turn-helix, type 11  32.73 
 
 
318 aa  97.4  3e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.348793  normal  0.0202879 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0680  DeoR family transcriptional regulator  29.33 
 
 
231 aa  97.1  4e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0764  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.99 
 
 
298 aa  94.4  2e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000424784  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0456  helix-turn-helix, type 11  33.77 
 
 
230 aa  94  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0450  HTH domain-containing protein  33.77 
 
 
230 aa  94  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0510  helix-turn-helix, type 11  33.77 
 
 
230 aa  93.6  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3846  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.19 
 
 
230 aa  93.6  5e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.80209  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3859  hypothetical protein  33.2 
 
 
323 aa  92.8  7e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.52 
 
 
313 aa  92.4  9e-18  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.440872  normal  0.310405 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2401  hypothetical protein  23.88 
 
 
320 aa  91.7  1e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.148102  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1289  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.74 
 
 
315 aa  91.7  2e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.447111 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1946  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.82 
 
 
321 aa  91.7  2e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2492  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.51 
 
 
302 aa  91.7  2e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.156303  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0838  hypothetical protein  30.84 
 
 
229 aa  91.7  2e-17  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.183627 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0872  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.87 
 
 
220 aa  91.7  2e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.919156 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45460  hypothetical protein  34.51 
 
 
323 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2010  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.33 
 
 
320 aa  90.1  4e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4645  helix-turn-helix, type 11  32.27 
 
 
333 aa  90.5  4e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0418126  normal  0.223314 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1092  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.97 
 
 
315 aa  90.1  5e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.206539  normal  0.830453 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1870  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.96 
 
 
337 aa  89  9e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.199317 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2503  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.31 
 
 
232 aa  89  1e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.751243 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2909  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.75 
 
 
232 aa  88.6  1e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2673  hypothetical protein  26.43 
 
 
320 aa  89  1e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000327581 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3679  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.18 
 
 
321 aa  89  1e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0370855  normal  0.293374 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0941  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.25 
 
 
230 aa  87.4  3e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.958625  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2689  hypothetical protein  26.43 
 
 
320 aa  87  4e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0201589  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2474  hypothetical protein  23.88 
 
 
320 aa  87  4e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0188594  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2656  hypothetical protein  23.88 
 
 
320 aa  87  4e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2304  helix-turn-helix, type 11  35.94 
 
 
208 aa  87  4e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000786  predicted transcriptional regulator  31.7 
 
 
228 aa  85.9  9e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0574064  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1363  YobV  25.3 
 
 
311 aa  85.5  0.000000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.396054  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2821  hypothetical DNA-binding protein  24.92 
 
 
314 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.184297  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3039  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.19 
 
 
235 aa  85.1  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.545561  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>