More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_2861 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010581  Bind_2861  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  100 
 
 
309 aa  623  1e-177  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  decreased coverage  0.00405542  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3071  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  80.41 
 
 
309 aa  481  1e-135  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.636476  normal  0.77485 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2837  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  80.74 
 
 
309 aa  483  1e-135  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.165899  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6712  ABC transporter  68.59 
 
 
315 aa  440  1e-122  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0620834  normal  0.169373 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2806  transcriptional regulator, periplasmic binding protein of LacI family protein  65.92 
 
 
313 aa  411  1e-114  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0209  ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  64.81 
 
 
314 aa  397  1e-109  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1653  ABC transporter sugar-binding protein  63.41 
 
 
314 aa  390  1e-107  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0284  carbohydrate ABC transporter periplasmic sugar-binding protein  63.41 
 
 
314 aa  390  1e-107  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0195  carbohydrate ABC transporter periplasmic sugar-binding protein  63.41 
 
 
315 aa  390  1e-107  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4681  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  66.55 
 
 
314 aa  387  1e-106  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.514676  normal  0.238794 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1463  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  66.67 
 
 
314 aa  382  1e-105  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1713  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  67.36 
 
 
314 aa  384  1e-105  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0301153 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1423  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  66.67 
 
 
314 aa  382  1e-105  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1541  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  65.97 
 
 
314 aa  379  1e-104  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.799558  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3811  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  60.45 
 
 
333 aa  379  1e-104  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1061  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  65.97 
 
 
314 aa  379  1e-104  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.331503  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1517  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  66.32 
 
 
314 aa  380  1e-104  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0200808  normal  0.0179845 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3228  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  57.63 
 
 
307 aa  346  4e-94  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.549004  normal  0.344924 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1651  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  58.57 
 
 
322 aa  341  1e-92  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.214727  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2340  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  56.77 
 
 
306 aa  338  7e-92  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.310763 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0841  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  56.27 
 
 
316 aa  322  4e-87  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.831351  normal  0.122236 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2171  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  50.51 
 
 
343 aa  293  3e-78  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.982265  normal  0.26381 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0287  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  51.47 
 
 
313 aa  278  1e-73  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.128864 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5599  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  52.8 
 
 
307 aa  275  7e-73  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.49086  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4098  sugar-binding transport protein  50 
 
 
314 aa  268  1e-70  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0127  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  49.68 
 
 
314 aa  266  3e-70  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4028  ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  49.68 
 
 
314 aa  266  3e-70  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1031  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  48.05 
 
 
314 aa  255  7e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2183  D-ribose-binding protein  50.2 
 
 
254 aa  247  2e-64  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4609  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  41.21 
 
 
319 aa  232  5e-60  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1824  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  42.57 
 
 
318 aa  225  8e-58  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00471967  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4186  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  40.41 
 
 
325 aa  213  3e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2804  transcriptional regulator, periplasmic binding protein of LacI family protein  38.96 
 
 
313 aa  206  4e-52  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.331827  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0166  monosaccharide-transporting ATPase  36.4 
 
 
307 aa  164  2e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1794  monosaccharide-transporting ATPase  36.16 
 
 
295 aa  162  9e-39  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.37883  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1985  monosaccharide-transporting ATPase  33.22 
 
 
306 aa  152  7e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.27759  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0923  monosaccharide-transporting ATPase  36.13 
 
 
289 aa  149  5e-35  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2522  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.71 
 
 
315 aa  147  3e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0344  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.98 
 
 
306 aa  142  5e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1401  ribose ABC transporter, substrate binding protein  34.16 
 
 
315 aa  141  2e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0952777 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1618  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.34 
 
 
316 aa  139  5e-32  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2435  ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  32.27 
 
 
316 aa  139  8e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.919395  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22710  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  34.18 
 
 
308 aa  137  2e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0934818  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0948  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.8 
 
 
311 aa  137  3e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2685  Monosaccharide-transporting ATPase  32.04 
 
 
306 aa  136  4e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.450778  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4167  D-ribose transporter subunit RbsB  35.66 
 
 
296 aa  135  8e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4217  D-ribose transporter subunit RbsB  35.66 
 
 
296 aa  135  8e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  normal  0.765182 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4096  D-ribose transporter subunit RbsB  35.66 
 
 
296 aa  135  8e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4111  D-ribose transporter subunit RbsB  35.66 
 
 
296 aa  135  8e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.817672  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3265  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.63 
 
 
311 aa  135  1e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0610984  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4113  D-ribose transporter subunit RbsB  34.97 
 
 
296 aa  134  2e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.114782  normal  0.0406773 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4276  D-ribose transporter subunit RbsB  35.31 
 
 
296 aa  134  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4172  D-ribose transporter subunit RbsB  33.89 
 
 
296 aa  132  6e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000287299  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3967  D-ribose transporter subunit RbsB  34.97 
 
 
294 aa  132  7e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.56483  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4267  D-ribose transporter subunit RbsB  34.97 
 
 
294 aa  132  7e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00505283  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3490  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  29.39 
 
 
309 aa  132  7e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.70516  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4119  D-ribose transporter subunit RbsB  34.97 
 
 
296 aa  132  8e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.161287 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03637  D-ribose transporter subunit  34.97 
 
 
296 aa  132  8e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00458293  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0114  ribose ABC transporter, periplasmic D-ribose-binding protein  34.71 
 
 
322 aa  132  8e-30  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.686148  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03582  hypothetical protein  34.97 
 
 
296 aa  132  8e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00518541  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5187  D-ribose transporter subunit RbsB  34.97 
 
 
296 aa  132  8e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0574953  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4243  D-ribose transporter subunit RbsB  34.97 
 
 
296 aa  132  8e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00260164 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06143  D-ribose transporter subunit RbsB  33.89 
 
 
292 aa  132  1e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2160  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.4 
 
 
301 aa  132  1e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1798  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  36.18 
 
 
324 aa  131  2e-29  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.482327  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4216  Monosaccharide-transporting ATPase  34.97 
 
 
296 aa  131  2e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3975  D-ribose transporter subunit RbsB  33.55 
 
 
296 aa  130  3e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0740173  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3328  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.84 
 
 
311 aa  130  3e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1961  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.65 
 
 
309 aa  129  4e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0249015 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2277  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.07 
 
 
321 aa  129  5e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.455143  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4235  D-ribose transporter subunit RbsB  32.56 
 
 
295 aa  129  8e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000930744  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4525  D-ribose transporter subunit RbsB  32.89 
 
 
295 aa  128  1e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00203677  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50320  ABC transporter substrate binding protein  27.74 
 
 
315 aa  127  2e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.193489  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0517  D-ribose transporter subunit RbsB  33.45 
 
 
299 aa  127  3e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3236  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.39 
 
 
317 aa  126  4e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.382931  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4898  D-ribose transporter subunit RbsB  33.89 
 
 
296 aa  127  4e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00612951  hitchhiker  8.69292e-07 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0343  D-ribose transporter subunit RbsB  33.33 
 
 
292 aa  126  4e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000339  ribose ABC transport system ribose-binding protein RbsB  33.89 
 
 
292 aa  126  4e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3592  monosaccharide-transporting ATPase  35.76 
 
 
342 aa  126  5e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.986121 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1369  D-ribose transporter subunit RbsB  33.85 
 
 
292 aa  126  5e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.470278  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0500  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.91 
 
 
321 aa  126  6e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00779206 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1642  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.64 
 
 
333 aa  125  1e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  8.07495e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4581  Monosaccharide-transporting ATPase  34.15 
 
 
334 aa  124  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  unclonable  3.18793e-11  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2906  Monosaccharide-transporting ATPase  32.36 
 
 
308 aa  124  3e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0655902 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3783  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.61 
 
 
313 aa  120  3e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00608988 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3110  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.8 
 
 
294 aa  120  3e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00370209  hitchhiker  0.000114297 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0884  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  34.03 
 
 
314 aa  119  5e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.164589 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0008  D-ribose transporter subunit RbsB  31.94 
 
 
294 aa  119  6e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26220  Periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator protein  30.88 
 
 
308 aa  119  6e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0767  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  33.07 
 
 
312 aa  119  6e-26  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  1.73406e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3541  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.1 
 
 
313 aa  118  1e-25  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4724  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.47 
 
 
321 aa  118  1e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.847627  normal  0.102822 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1907  carbohydrate ABC transporter periplasmic sugar-binding protein  32.93 
 
 
315 aa  117  2e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0516898  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5463  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.19 
 
 
315 aa  117  2e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0822652 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4820  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.19 
 
 
315 aa  117  2e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.121802 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1920  carbohydrate ABC transporter periplasmic sugar-binding protein  32.93 
 
 
315 aa  117  2e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0894  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  34.1 
 
 
333 aa  118  2e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4201  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.19 
 
 
317 aa  117  2e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.525633  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3547  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.19 
 
 
315 aa  117  2e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.55914  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0856  ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  32.53 
 
 
315 aa  117  3e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>