More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_2643 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010581  Bind_2643  endo-1,4-beta-xylanase  100 
 
 
770 aa  1584    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.739332  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1400  endo-1,4-beta-xylanase  34.32 
 
 
373 aa  208  3e-52  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0516827  normal  0.956406 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1132  Endo-1,4-beta-xylanase  33.68 
 
 
401 aa  184  6e-45  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0931  glycoside hydrolase family 10  30.86 
 
 
423 aa  172  2e-41  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.514764  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4508  endo-1,4-beta-xylanase  34.27 
 
 
370 aa  159  2e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.137001 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0877  endo-1,4-beta-xylanase  29.94 
 
 
347 aa  159  2e-37  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.113866  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0854  endo-1,4-beta-xylanase  29.65 
 
 
347 aa  157  1e-36  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0180  glycoside hydrolase family protein  30.37 
 
 
678 aa  155  2e-36  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.297284  normal  0.254971 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0618  Endo-1,4-beta-xylanase  31.14 
 
 
689 aa  155  2.9999999999999998e-36  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.687614  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0287  Endo-1,4-beta-xylanase  30.86 
 
 
333 aa  152  2e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000028358  normal  0.661075 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4017  glycosyl transferase group 1  31.7 
 
 
384 aa  151  5e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.174092  normal  0.606388 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1857  glycoside hydrolase family 48  29.77 
 
 
1478 aa  151  5e-35  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00499056  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3907  endo-1,4-beta-xylanase  30.35 
 
 
392 aa  150  6e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.124298  normal  0.511996 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1963  glycoside hydrolase family protein  28.81 
 
 
837 aa  150  1.0000000000000001e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.658538  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0732  glycoside hydrolase family 10  30.51 
 
 
503 aa  149  2.0000000000000003e-34  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.180847  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1715  Endo-1,4-beta-xylanase  34.1 
 
 
1037 aa  149  2.0000000000000003e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.0000895355  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2218  Endo-1,4-beta-xylanase  29.3 
 
 
373 aa  148  3e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  unclonable  0.000000248753  decreased coverage  0.00000085459 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4414  glycoside hydrolase family 10  29.48 
 
 
487 aa  148  4.0000000000000006e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0668  twin-arginine translocation pathway signal  34.88 
 
 
368 aa  146  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.710822 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3558  glycoside hydrolase family 10  28.88 
 
 
820 aa  145  4e-33  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1916  glycosyl transferase group 1  32.19 
 
 
378 aa  145  4e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0183  Cellulose 1,4-beta-cellobiosidase  33.55 
 
 
697 aa  144  9e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0885  endo-1,4-beta-xylanase  31.85 
 
 
1059 aa  142  1.9999999999999998e-32  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.389282  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0733  glycoside hydrolase family 10  30.14 
 
 
488 aa  142  1.9999999999999998e-32  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0159525  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0863  endo-1,4-beta-xylanase  31.85 
 
 
1059 aa  142  1.9999999999999998e-32  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2487  Endo-1,4-beta-xylanase  29.36 
 
 
815 aa  142  3e-32  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.538992 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2923  xylanase  31.09 
 
 
491 aa  141  3.9999999999999997e-32  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2024  glycoside hydrolase family 10  30.38 
 
 
756 aa  139  2e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2327  Endo-1,4-beta-xylanase  32.18 
 
 
370 aa  139  3.0000000000000003e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.146279  hitchhiker  0.0000050608 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1479  Endo-1,4-beta-xylanase  29.44 
 
 
371 aa  139  3.0000000000000003e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2586  Endo-1,4-beta-xylanase  31.73 
 
 
454 aa  139  3.0000000000000003e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05340  endo-1,4-beta-xylanase (glycosyl hydrolase family 10)  29.82 
 
 
457 aa  137  8e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.536878  normal 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02356  beta-1,4-endoxylanase (Eurofung)  30.72 
 
 
357 aa  136  1.9999999999999998e-30  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2634  family 10 glycoside hydrolase  30.46 
 
 
497 aa  135  1.9999999999999998e-30  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.760387 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4805  glycoside hydrolase family protein  29.18 
 
 
628 aa  135  1.9999999999999998e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4928  glycoside hydrolase family 10  27.3 
 
 
490 aa  136  1.9999999999999998e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.870217  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2139  family 10 glycoside hydrolase  29.94 
 
 
474 aa  135  3.9999999999999996e-30  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.200641  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2633  endo-1,4-beta-xylanase  29.92 
 
 
374 aa  134  9e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000000112994  normal  0.315981 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0376  Endo-1,4-beta-xylanase  29.25 
 
 
495 aa  133  2.0000000000000002e-29  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1647  Endo-1,4-beta-xylanase  31.15 
 
 
323 aa  132  2.0000000000000002e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.394588  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2962  glycoside hydrolase family 10  28.44 
 
 
357 aa  133  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0820888  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2441  Endo-1,4-beta-xylanase  30.55 
 
 
474 aa  132  3e-29  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.637326  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3010  endo-1,4-beta-xylanase  30.22 
 
 
321 aa  132  3e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.800055  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3212  Endo-1,4-beta-xylanase  28.24 
 
 
357 aa  131  5.0000000000000004e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.908141  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1549  endo-1,4-beta-xylanase  32.77 
 
 
1020 aa  130  9.000000000000001e-29  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0176143  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0231  endo-1,4-beta-xylanase  29.55 
 
 
1041 aa  129  1.0000000000000001e-28  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.540515  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4962  glycoside hydrolase family 10  27.03 
 
 
778 aa  130  1.0000000000000001e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.59486 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5072  Endo-1,4-beta-xylanase  31.42 
 
 
451 aa  129  1.0000000000000001e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0245  glycoside hydrolase family 10  29.05 
 
 
1001 aa  129  3e-28  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4732  Endo-1,4-beta-xylanase  29.84 
 
 
451 aa  127  6e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0396836  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03450  beta-1,4-xylanase  29.05 
 
 
383 aa  125  2e-27  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1112  Endo-1,4-beta-xylanase  29.88 
 
 
328 aa  125  3e-27  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1996  endo-1,4-beta-xylanase  28.35 
 
 
369 aa  123  9.999999999999999e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0933  Beta-1 4-xylanase-like protein  29.94 
 
 
543 aa  122  1.9999999999999998e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.258206  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2447  glycoside hydrolase family 10  28.79 
 
 
477 aa  122  1.9999999999999998e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3214  Endo-1,4-beta-xylanase  30.06 
 
 
457 aa  121  6e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.176757  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1373  glycoside hydrolase family protein  28.38 
 
 
382 aa  118  3e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0283938 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1101  endo-1,4-beta-xylanase  28.82 
 
 
1018 aa  119  3e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.520079  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3024  glycoside hydrolase family 62  29.6 
 
 
829 aa  118  3e-25  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0351  Endo-1,4-beta-xylanase  30.63 
 
 
366 aa  118  3.9999999999999997e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01818  Endo-1,4-beta-xylanase C Precursor (Xylanase C)(EC 3.2.1.8)(1,4-beta-D-xylan xylanohydrolase C)(34 kDa xylanase)(Xylanase X34) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q00177]  25.29 
 
 
309 aa  117  6.9999999999999995e-25  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.780963  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2710  Endo-1,4-beta-xylanase  28.31 
 
 
331 aa  117  6.9999999999999995e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3857  glycosyl transferase group 1  30.73 
 
 
423 aa  117  6.9999999999999995e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.352881  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3531  Endo-1,4-beta-xylanase  26.99 
 
 
472 aa  117  6.9999999999999995e-25  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0185  Endo-1,4-beta-xylanase  29.3 
 
 
337 aa  117  7.999999999999999e-25  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2320  glycoside hydrolase family 10  31.53 
 
 
1050 aa  117  7.999999999999999e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1304  group 1 glycosyl transferase  31.34 
 
 
388 aa  117  1.0000000000000001e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0596732  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1477  Endo-1,4-beta-xylanase  31.01 
 
 
317 aa  116  2.0000000000000002e-24  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2791  xylanase  29.17 
 
 
399 aa  116  2.0000000000000002e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0372  endo-1,4-beta-xylanase  25.81 
 
 
389 aa  116  2.0000000000000002e-24  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4876  glycosyl transferase group 1  33.77 
 
 
370 aa  116  2.0000000000000002e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.756058  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2548  Endo-1,4-beta-xylanase  32.73 
 
 
465 aa  115  4.0000000000000004e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12216  hypothetical protein  30.97 
 
 
385 aa  114  7.000000000000001e-24  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3285  glycosyl transferase, group 1  30.64 
 
 
375 aa  113  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.254091  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3347  glycosyl transferase, group 1  30.64 
 
 
375 aa  113  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0957138  normal  0.0861917 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3986  Endo-1,4-beta-xylanase  29.13 
 
 
394 aa  113  1.0000000000000001e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1191  glycosyl transferase, group 1  29.35 
 
 
384 aa  113  2.0000000000000002e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2227  endo-1,4-beta-xylanase  33.78 
 
 
382 aa  112  2.0000000000000002e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.470132  normal  0.0116576 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3296  glycosyl transferase, group 1  30.64 
 
 
375 aa  112  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.229381 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1382  glycosyl transferase group 1  31.87 
 
 
376 aa  113  2.0000000000000002e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0731677  n/a   
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_44391  predicted protein  29.06 
 
 
486 aa  112  2.0000000000000002e-23  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0416192  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1819  glycosyl transferase group 1  29.72 
 
 
373 aa  112  3e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.103327  normal  0.199615 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2328  Endo-1,4-beta-xylanase  28.88 
 
 
338 aa  111  4.0000000000000004e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.57061  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3098  glycosyl transferase, group 1  28.61 
 
 
376 aa  111  4.0000000000000004e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.034289  normal  0.933214 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2657  endo-1,4-beta-xylanase  28.1 
 
 
423 aa  112  4.0000000000000004e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.650838  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0624  endo-1,4-beta-xylanase  25.64 
 
 
756 aa  111  4.0000000000000004e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000271039  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3547  Endo-1,4-beta-xylanase  30.74 
 
 
376 aa  111  5e-23  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.0132087 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2695  glycosyl transferase, group 1  26.63 
 
 
374 aa  111  6e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1252  Endo-1,4-beta-xylanase  28.83 
 
 
1019 aa  110  7.000000000000001e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.104467 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3059  glycosyl transferase group 1  29.91 
 
 
374 aa  110  1e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000425383  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0550  Endo-1,4-beta-xylanase  27.44 
 
 
398 aa  108  3e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.45937  normal  0.275696 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1473  hypothetical protein  29.33 
 
 
383 aa  108  5e-22  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.574733  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0796  Endo-1,4-beta-xylanase  28.57 
 
 
359 aa  108  5e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00000650557  normal  0.101178 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2681  glycosyl transferase group 1  30.99 
 
 
376 aa  107  7e-22  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10750  glycosyltransferase  30.99 
 
 
399 aa  107  1e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.944872  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2319  glycoside hydrolase family 10  26.94 
 
 
1495 aa  107  1e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3047  glycosyl transferase group 1  28.81 
 
 
374 aa  107  1e-21  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.284334  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1838  glycoside hydrolase family protein  25.78 
 
 
619 aa  106  2e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.561717  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0972  glycosyl transferase, group 1  30.08 
 
 
379 aa  105  3e-21  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.775545  normal  0.23686 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2671  glycosyl transferase, group 1  29.25 
 
 
408 aa  105  4e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.990429  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>