More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_2499 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_2499  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 278 aa  559  1e-158  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.178908  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1706  transcriptional regulator, LysR family  49.46 
 
 		 317 aa  263  3e-69  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0459  transcriptional regulator, LysR family  47.99 
 
 		 308 aa  262  4e-69  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00764777  normal  0.120091 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2247  LysR family transcriptional regulator  51.13 
 
 		 307 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27440  putative transcriptional regulator  49.06 
 
 		 321 aa  257  1e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.016223  normal  0.601013 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6857  LysR family transcriptional regulator  51.88 
 
 		 307 aa  255  5e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.561705  normal  0.826149 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4455  LysR family transcriptional regulator  47.97 
 
 		 301 aa  254  8e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.345446  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2321  putative transcriptional regulator  47.92 
 
 		 319 aa  253  3e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.304743  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4578  LysR family transcriptional regulator  47.97 
 
 		 301 aa  253  3e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.166046  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1270  LysR family transcriptional regulator  47.97 
 
 		 301 aa  252  5.000000000000001e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46370  Transcriptional regulator, LysR-family  48.68 
 
 		 307 aa  251  1e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.992428  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0871  LysR family transcriptional regulator  47.97 
 
 		 302 aa  249  4e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0141  LysR family transcriptional regulator  46.01 
 
 		 305 aa  239  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3381  transcriptional regulator, LysR family  44.36 
 
 		 305 aa  236  2e-61  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.750017  normal  0.450038 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2417  LysR family transcriptional regulator  43.22 
 
 		 306 aa  212  3.9999999999999995e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000194873  normal  0.0826267 
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0017  LysR family transcriptional regulator  43.12 
 
 		 301 aa  211  1e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0543  LysR family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 309 aa  209  4e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.791494  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6632  LysR family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 310 aa  199  3.9999999999999996e-50  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.946509  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1717  transcriptional regulator, LysR family  41.57 
 
 		 323 aa  199  6e-50  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6199  transcriptional regulator, LysR family  42.39 
 
 		 308 aa  197  2.0000000000000003e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.2151  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3501  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 301 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.356591  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2005  transcriptional regulator, LysR family  43.28 
 
 		 298 aa  194  1e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.140319 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1811  transcriptional regulator, LysR family  43.61 
 
 		 297 aa  192  5e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193528  hitchhiker  0.00243987 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1317  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 		 304 aa  184  1.0000000000000001e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.631225  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1528  LysR family transcriptional regulator  40.67 
 
 		 298 aa  183  3e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1659  LysR family transcriptional regulator  41.42 
 
 		 314 aa  182  7e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.337839  normal  0.66809 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3382  LysR family transcriptional regulator  38.72 
 
 		 295 aa  180  2e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1887  transcriptional regulator, LysR family  38.77 
 
 		 321 aa  179  4e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.337699  normal  0.210949 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3422  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 304 aa  177  2e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0978  LysR family transcriptional regulator  41.35 
 
 		 298 aa  176  3e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00024266 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3329  LysR family transcriptional regulator  37.45 
 
 		 323 aa  174  1.9999999999999998e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.195009 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4870  LysR family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 313 aa  172  5e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.42222  normal  0.01712 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0399  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 319 aa  171  1e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.222083  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4829  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 301 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.732539 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5422  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 295 aa  170  2e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.906945  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5440  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 301 aa  170  3e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.792139 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3528  LysR family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 353 aa  170  3e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2085  LysR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 325 aa  168  8e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0073681  normal  0.210389 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4909  transcriptional regulator, LysR family  37.45 
 
 		 313 aa  167  2e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.622222  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4003  LysR family transcriptional regulator  37.01 
 
 		 339 aa  165  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4363  LysR family transcriptional regulator  37.01 
 
 		 339 aa  165  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3520  LysR family transcriptional regulator  37.01 
 
 		 319 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.677616 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5091  transcriptional regulator, LysR family  34.32 
 
 		 328 aa  160  1e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.518904  normal  0.269776 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3409  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 325 aa  156  3e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.155989  normal  0.11434 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3916  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 323 aa  155  7e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.993386  normal  0.61928 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2839  LysR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 300 aa  143  3e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4218  transcriptional regulator, LysR family  33.58 
 
 		 300 aa  142  5e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2067  transcriptional regulator, LysR family  32.71 
 
 		 307 aa  142  5e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2045  transcriptional regulator, LysR family  31.85 
 
 		 297 aa  135  5e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2136  transcriptional regulator, LysR family  35.19 
 
 		 303 aa  130  3e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1724  transcriptional regulator  28.57 
 
 		 304 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000109192 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3336  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 306 aa  127  2.0000000000000002e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.347566 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3111  LysR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 319 aa  124  1e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01749  Transcriptional Regulator, LysR family protein  26.55 
 
 		 300 aa  121  9.999999999999999e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.122215  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 298 aa  119  3.9999999999999996e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1878  LysR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 305 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2635  LysR family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 297 aa  117  1.9999999999999998e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.74 
 
 		 309 aa  116  3e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  31.34 
 
 		 314 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  31.34 
 
 		 314 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6130  LysR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 300 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.733212  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2241  LysR, substrate-binding  29.63 
 
 		 309 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6418  LysR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 300 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.461632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4032  LysR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 314 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.522955  normal  0.224362 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  29.04 
 
 		 314 aa  113  3e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  28.62 
 
 		 309 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00244  transcriptional regulator, LysR family  31.87 
 
 		 315 aa  112  5e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1230  LysR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 332 aa  112  9e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 301 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 311 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2018  transcription regulator protein  31.85 
 
 		 321 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.416664  normal  0.213867 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 308 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 307 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5736  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 308 aa  110  3e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.401426  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  29.14 
 
 		 309 aa  110  3e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 308 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 308 aa  109  6e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1710  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 297 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2413  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 307 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00812709 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3796  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.37 
 
 		 299 aa  108  1e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00027848 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0260  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 297 aa  108  1e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.184545  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2319  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 310 aa  107  2e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.253365  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  26.95 
 
 		 314 aa  107  2e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1894  LysR family transcriptional regulator  28.15 
 
 		 297 aa  107  2e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1192  LysR family transcriptional regulator  28.15 
 
 		 297 aa  107  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2167  LysR family transcriptional regulator  28.15 
 
 		 297 aa  107  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.229693  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  28.15 
 
 		 331 aa  107  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0904  LysR family transcriptional regulator  28.15 
 
 		 297 aa  107  2e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.427435  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 306 aa  107  2e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03220  Transcriptional regulator  28.3 
 
 		 347 aa  107  2e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2454  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 342 aa  107  2e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00089328  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0352  LysR family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 297 aa  107  3e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0881  LysR family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 306 aa  106  4e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.995576 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4499  LysR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 314 aa  106  5e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  27.82 
 
 		 310 aa  106  5e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2409  LysR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 308 aa  105  6e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0488071  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1797  LysR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 308 aa  105  6e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.764878  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3150  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 299 aa  105  8e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.266522  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  28.15 
 
 		 315 aa  104  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5270  LysR family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 315 aa  103  2e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.444493  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>