More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_2478 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009720  Xaut_0170  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  69.65 
 
 
501 aa  657    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.679833  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0933  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  68.29 
 
 
502 aa  661    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2478  NADH dehydrogenase (quinone)  100 
 
 
492 aa  987    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.487557 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1264  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  64.15 
 
 
503 aa  611  1e-173  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0324503 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3851  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  63.75 
 
 
503 aa  581  1.0000000000000001e-165  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.425582  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1400  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  56.15 
 
 
482 aa  479  1e-134  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3288  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  47.65 
 
 
519 aa  406  1.0000000000000001e-112  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.14856  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0920  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  51.61 
 
 
516 aa  402  1e-111  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.659297 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4667  hydrogenase 4 subunit G  47.55 
 
 
514 aa  402  1e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.986005  normal  0.679723 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0325  putative formate hydrogenlyase subunit  44.44 
 
 
515 aa  384  1e-105  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0175  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit  44.73 
 
 
522 aa  385  1e-105  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6069  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  44.69 
 
 
524 aa  382  1e-105  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00289137 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1138  hydrogenase subunit  47.05 
 
 
527 aa  372  1e-102  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0311036  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1811  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  43.69 
 
 
515 aa  366  1e-100  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2153  hydrogenase-4, G subunit  43.69 
 
 
515 aa  366  1e-100  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1265  hydrogenase-3, subunit E  47.26 
 
 
559 aa  363  5.0000000000000005e-99  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0101141  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0107  hydrogenase subunit  46.2 
 
 
567 aa  347  2e-94  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1613  putative hydrogenase subunit  46.2 
 
 
574 aa  348  2e-94  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1528  putative hydrogenase subunit  46.2 
 
 
574 aa  347  3e-94  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2464  NADH dehydrogenase (quinone)  42.34 
 
 
531 aa  304  3.0000000000000004e-81  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.511351  normal  0.831943 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4707  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  40.5 
 
 
486 aa  292  1e-77  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10088  formate hydrogenase hycE  38.2 
 
 
492 aa  286  7e-76  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.301164  normal  0.197013 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2989  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  40.22 
 
 
506 aa  284  3.0000000000000004e-75  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.016212  hitchhiker  0.00562837 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0699  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  37.27 
 
 
524 aa  279  9e-74  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.758996  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1123  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  40.18 
 
 
526 aa  274  2.0000000000000002e-72  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.165135  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1687  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  36.19 
 
 
530 aa  273  4.0000000000000004e-72  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0795  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  36.19 
 
 
525 aa  272  1e-71  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3785  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  37.58 
 
 
515 aa  270  4e-71  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.315955 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4284  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  37.04 
 
 
551 aa  266  4e-70  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4465  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  40.35 
 
 
391 aa  265  2e-69  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.314486  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3800  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  38.62 
 
 
521 aa  265  2e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3717  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  38.62 
 
 
521 aa  263  4e-69  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  unclonable  0.000990438  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3659  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  36.8 
 
 
521 aa  261  2e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3188  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  37.5 
 
 
503 aa  259  9e-68  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.377236  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1303  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  35.95 
 
 
478 aa  257  3e-67  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1073  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  37.93 
 
 
503 aa  256  6e-67  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  3.1537600000000002e-34 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0743  NAD-dependent dehydrogenase subunit  36.27 
 
 
505 aa  256  8e-67  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1571  hydrogenase, group 4, HycE subunit, putative  38.32 
 
 
526 aa  255  2.0000000000000002e-66  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0265592  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1317  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  38.15 
 
 
526 aa  254  3e-66  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0888  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  37.27 
 
 
507 aa  252  1e-65  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1818  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  38.06 
 
 
519 aa  246  4.9999999999999997e-64  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.207478  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1449  hydrogenase, HycE subunit  38.78 
 
 
526 aa  244  1.9999999999999999e-63  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0376579  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2597  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  35.47 
 
 
506 aa  239  1e-61  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0371  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  36.51 
 
 
502 aa  238  3e-61  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0774  NAD-dependent dehydrogenase subunit  34.26 
 
 
565 aa  230  4e-59  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.133337  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2622  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  36.88 
 
 
493 aa  229  8e-59  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0340  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  35.96 
 
 
504 aa  226  9e-58  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0164129  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3217  hypothetical protein  36.9 
 
 
513 aa  224  2e-57  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.728125  normal  0.0835857 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2466  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  36.61 
 
 
499 aa  225  2e-57  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.278234  normal  0.831943 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3430  hypothetical protein  36.9 
 
 
513 aa  224  3e-57  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2554  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  32.58 
 
 
506 aa  221  3e-56  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0183  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  33.33 
 
 
567 aa  213  3.9999999999999995e-54  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3280  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  34.12 
 
 
498 aa  210  4e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3709  hydrogenase-4, G subunit  32.33 
 
 
571 aa  207  3e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3036  formate hydrogenlyase subunit E  32.72 
 
 
569 aa  205  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000143989 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3001  formate hydrogenlyase subunit E  32.72 
 
 
569 aa  205  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.33609  normal  0.016492 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2970  formate hydrogenlyase, subunit E  32.72 
 
 
569 aa  205  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3159  formate hydrogenlyase, subunit E  32.72 
 
 
569 aa  205  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.146854 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3052  formate hydrogenlyase subunit E  32.72 
 
 
569 aa  205  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.309808 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2634  hydrogenase-4, G subunit  32.11 
 
 
571 aa  205  1e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2186  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  32.87 
 
 
574 aa  205  2e-51  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.418476 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1790  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  32.1 
 
 
518 aa  204  3e-51  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.57722  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02571  hydrogenase 3, large subunit  32.27 
 
 
569 aa  203  6e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.671666  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0968  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  32.27 
 
 
569 aa  203  6e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2857  formate hydrogenlyase, subunit E  32.27 
 
 
569 aa  203  6e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0991  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  32.27 
 
 
569 aa  203  6e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0591467 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02536  hypothetical protein  32.27 
 
 
569 aa  203  6e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.576982  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3009  formate hydrogenlyase, subunit E  32.27 
 
 
569 aa  203  6e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3972  formate hydrogenlyase, subunit E  32.27 
 
 
576 aa  202  8e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2846  formate hydrogenlyase, subunit E  32.27 
 
 
576 aa  202  9e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.15789 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3155  formate hydrogenlyase, subunit E  32.04 
 
 
569 aa  202  9e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3059  Ni Fe-hydrogenase III large subunit-like protein  34 
 
 
510 aa  202  9.999999999999999e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00000957006  normal  0.573719 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2769  hydrogenase-4, G subunit  31.9 
 
 
571 aa  202  9.999999999999999e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2859  hydrogenase-4, G subunit  31.47 
 
 
571 aa  196  6e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3194  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  31.58 
 
 
569 aa  194  3e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2430  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  30.73 
 
 
567 aa  192  8e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.85735  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02379  hydrogenase 4, subunit  31.03 
 
 
555 aa  191  2e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1182  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  31.03 
 
 
555 aa  191  2e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1189  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  31.03 
 
 
555 aa  191  2e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.454918 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02341  hypothetical protein  31.03 
 
 
555 aa  191  2e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0939  hydrogenase, component E-formate hydrogenlyase subunit 5-like protein  29.19 
 
 
518 aa  191  2.9999999999999997e-47  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.297277  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1866  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  31.89 
 
 
579 aa  190  5e-47  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2621  hydrogenase-4, G subunit  30.82 
 
 
555 aa  188  2e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00990  Ni,Fe-hydrogenase III large subunit  31.21 
 
 
576 aa  187  5e-46  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.823272  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2713  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  29.36 
 
 
575 aa  186  1.0000000000000001e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1280  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  29.36 
 
 
575 aa  184  4.0000000000000006e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.637418  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1071  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  28.73 
 
 
537 aa  183  7e-45  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0553  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  33.52 
 
 
358 aa  182  1e-44  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4570  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  30.5 
 
 
571 aa  182  1e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0728  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  35.06 
 
 
499 aa  181  2.9999999999999997e-44  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0174132  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0711  DNA-3-methyladenine glycosylase I  30.5 
 
 
578 aa  176  9.999999999999999e-43  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0105954  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1635  phage integrase family site specific recombinase  29.91 
 
 
578 aa  172  2e-41  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0144556  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0964  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  32.01 
 
 
366 aa  171  2e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.138643 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2227  NADH dehydrogenase (quinone)  30.37 
 
 
419 aa  168  2e-40  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1745  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  32.16 
 
 
359 aa  167  4e-40  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.364735  normal  0.190355 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3367  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  29.82 
 
 
359 aa  166  8e-40  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0127  hydrogenase-4 component G  28.88 
 
 
582 aa  166  8e-40  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.548953  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1628  NADH dehydrogenase I, D subunit  33.62 
 
 
369 aa  165  1.0000000000000001e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.963572  normal  0.66391 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1425  ech hydrogenase subunit E  28.93 
 
 
361 aa  166  1.0000000000000001e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1197  NADH dehydrogenase (quinone)  28.45 
 
 
362 aa  165  1.0000000000000001e-39  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.450071  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>