More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_2477 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_2477  hydrogenase 4 subunit F  100 
 
 		 481 aa  932    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.638656 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0169  hydrogenase 4 subunit F  74.37 
 
 		 486 aa  674    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.20751  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1263  hydrogenase 4 subunit F  75.16 
 
 		 483 aa  700    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0336263 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0932  hydrogenase 4 subunit F  73.12 
 
 		 483 aa  675    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.187708  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3852  hydrogenase 4 subunit F  74.73 
 
 		 483 aa  684    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0294681  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1399  hydrogenase 4 subunit F  67.58 
 
 		 482 aa  611  9.999999999999999e-175  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1139  hydrogenase 4 subunit F  57.28 
 
 		 488 aa  476  1e-133  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0485021  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3289  hydrogenase 4 subunit F  51.18 
 
 		 484 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.612532  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4668  hydrogenase 4 subunit F  51.89 
 
 		 484 aa  450  1e-125  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.423781  normal  0.195535 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6068  hydrogenase 4 subunit F  51.47 
 
 		 486 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0822285  hitchhiker  0.00325517 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1529  hydrogenase 4 subunit F  51.93 
 
 		 486 aa  442  1e-123  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1614  hydrogenase 4 subunit F  51.93 
 
 		 486 aa  442  1e-123  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0108  hydrogenase 4 subunit F  51.93 
 
 		 486 aa  442  1e-123  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0176  hydrogenase 4 subunit F  50.52 
 
 		 486 aa  444  1e-123  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.399009  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1264  hydrogenase 4 subunit F  52.32 
 
 		 463 aa  438  9.999999999999999e-123  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.218764  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0919  hydrogenase 4 subunit F  51.07 
 
 		 487 aa  441  9.999999999999999e-123  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0326  hydrogenase 4 subunit F  51.82 
 
 		 486 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1810  hydrogenase 4 subunit F  50.47 
 
 		 484 aa  392  1e-108  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.727571  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2152  hydrogenase 4 subunit F  50.47 
 
 		 484 aa  392  1e-108  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.915264  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1688  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  39.09 
 
 		 495 aa  290  3e-77  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.565022  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0700  NADH dehydrogenase (quinone)  35.65 
 
 		 484 aa  286  5.999999999999999e-76  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.452975  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2633  hydrogenase 4 subunit F  41.09 
 
 		 526 aa  281  1e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3708  hydrogenase 4 subunit F  41.09 
 
 		 521 aa  281  1e-74  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.332962  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2620  hydrogenase 4 subunit F  40.8 
 
 		 526 aa  281  3e-74  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1190  hydrogenase 4 subunit F  40.8 
 
 		 526 aa  281  3e-74  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.647759 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02378  NADH dehydrogenase subunit N  40.52 
 
 		 526 aa  279  7e-74  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1183  NADH dehydrogenase (quinone)  40.52 
 
 		 526 aa  279  7e-74  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02340  hypothetical protein  40.52 
 
 		 526 aa  279  7e-74  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1038  hydrogenase-4 component F  36.15 
 
 		 491 aa  279  1e-73  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000418597  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2712  hydrogenase 4 subunit F  41.95 
 
 		 553 aa  278  1e-73  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4571  hydrogenase 4 subunit F  36.65 
 
 		 512 aa  278  2e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4285  NADH dehydrogenase (quinone)  39.22 
 
 		 499 aa  276  5e-73  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.14859  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1281  hydrogenase 4 subunit F  41.67 
 
 		 538 aa  276  9e-73  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0834276  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0185  NADH dehydrogenase (quinone)  35.85 
 
 		 491 aa  273  7e-72  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1911  hypothetical protein  35.32 
 
 		 493 aa  270  2.9999999999999997e-71  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.262508  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2188  hydrogenase 4 subunit F  36.78 
 
 		 495 aa  269  7e-71  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.593328 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2858  hydrogenase 4 subunit F  39.66 
 
 		 517 aa  266  8e-70  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1304  NADH dehydrogenase (quinone)  41.53 
 
 		 480 aa  263  4e-69  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0128  hydrogenase-4 component F  36.27 
 
 		 491 aa  261  3e-68  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.223921  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2463  NADH dehydrogenase (quinone)  41.13 
 
 		 493 aa  258  2e-67  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.873938  normal  0.528975 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0794  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  39.6 
 
 		 489 aa  253  7e-66  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00980  formate hydrogenlyase subunit 3/multisubunit Na+/H+ antiporter, MnhD subunit  35.25 
 
 		 533 aa  251  2e-65  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.558351  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1865  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  32.43 
 
 		 489 aa  246  8e-64  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0605  NADH dehydrogenase (quinone)  36.93 
 
 		 506 aa  236  5.0000000000000005e-61  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3189  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  36.12 
 
 		 477 aa  227  4e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.176155  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3431  hypothetical protein  39.16 
 
 		 483 aa  224  2e-57  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.677661  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3216  Hydrogenase 4 membrane component (E)  39.16 
 
 		 483 aa  224  2e-57  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.492531  normal  0.0423716 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4466  NADH dehydrogenase (quinone)  41.6 
 
 		 428 aa  224  2e-57  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1072  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  35.89 
 
 		 477 aa  223  6e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  3.41725e-34 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1791  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  37.09 
 
 		 492 aa  222  9.999999999999999e-57  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0374875  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2988  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  39.32 
 
 		 537 aa  221  3e-56  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0307877  hitchhiker  0.00569852 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10087  hydrogenase hycQ  36.15 
 
 		 488 aa  219  6e-56  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000498381  normal  0.186315 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0940  NADH dehydrogenase (quinone)  35 
 
 		 470 aa  215  9.999999999999999e-55  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0548909  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0339  NADH dehydrogenase (quinone)  34.54 
 
 		 477 aa  211  3e-53  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.466096  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0775  NADH dehydrogenase (quinone)  34.85 
 
 		 497 aa  206  1e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.485892  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0320  NADH dehydrogenase (quinone)  34.71 
 
 		 531 aa  205  2e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0889  NADH dehydrogenase (quinone)  33.75 
 
 		 477 aa  202  9.999999999999999e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2598  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  32.45 
 
 		 478 aa  199  1.0000000000000001e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3799  NADH dehydrogenase (quinone)  35.71 
 
 		 476 aa  194  4e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.495272  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3716  NADH dehydrogenase (quinone)  35.71 
 
 		 476 aa  194  4e-48  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0275464  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3658  NADH dehydrogenase (quinone)  35.71 
 
 		 476 aa  192  8e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1572  hydrogenase membrane subunit  30.28 
 
 		 460 aa  192  1e-47  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1124  hydrogenase membrane subunit  32.31 
 
 		 494 aa  190  4e-47  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.113605  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1450  hydrogenase subunit, NADH dehydrogenase subunit N-like protein  31.76 
 
 		 499 aa  190  5e-47  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2621  NADH dehydrogenase (quinone)  35.53 
 
 		 478 aa  188  1e-46  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.773397  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0729  NADH dehydrogenase (quinone)  36.92 
 
 		 512 aa  188  1e-46  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0359188  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0742  NAD-dependent dehydrogenase subunit  30.67 
 
 		 478 aa  184  3e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1318  hydrogenase membrane subunit  31.09 
 
 		 493 aa  183  6e-45  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2459  NADH dehydrogenase (quinone)  34.37 
 
 		 480 aa  175  1.9999999999999998e-42  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.38611  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4706  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  42.9 
 
 		 572 aa  171  3e-41  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0372  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  34.14 
 
 		 477 aa  169  1e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.330111  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1819  hydrogenase membrane subunit  29.94 
 
 		 489 aa  159  1e-37  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00530932  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1994  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  29.12 
 
 		 440 aa  158  2e-37  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3784  NADH dehydrogenase (quinone)  33.74 
 
 		 477 aa  156  7e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.688785  normal  0.510826 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2555  NADH dehydrogenase (quinone)  33.14 
 
 		 479 aa  156  1e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1428  hydrogenase 4 subunit F  31.86 
 
 		 431 aa  154  4e-36  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.289915  normal  0.541686 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2456  NADH dehydrogenase (quinone)  31.73 
 
 		 662 aa  144  3e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0192367  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0776  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  27.39 
 
 		 448 aa  141  1.9999999999999998e-32  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.986701  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1420  NADH dehydrogenase (quinone)  29.88 
 
 		 1265 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4506  NADH dehydrogenase (quinone)  29.25 
 
 		 1265 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.105233 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3292  hydrogenase 4 subunit B  30.56 
 
 		 674 aa  137  4e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0179  hydrogenase 4 subunit B  32.4 
 
 		 669 aa  137  4e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.987712  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0135  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  28.61 
 
 		 513 aa  136  6.0000000000000005e-31  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.501467  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3194  NADH dehydrogenase (quinone)  29.64 
 
 		 1264 aa  136  9e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.466435 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0188  NADH dehydrogenase (quinone)  28.37 
 
 		 737 aa  136  9e-31  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0508  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  26.97 
 
 		 499 aa  135  1.9999999999999998e-30  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000163951  hitchhiker  0.000000287422 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1880  NADH dehydrogenase (quinone)  28.79 
 
 		 1245 aa  134  3.9999999999999996e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.374238  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0916  hydrogenase 4 subunit B  30.53 
 
 		 674 aa  134  3.9999999999999996e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0587  NADH dehydrogenase (quinone)  29.08 
 
 		 480 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1691  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  29.67 
 
 		 688 aa  131  3e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000143823  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2616  NADH dehydrogenase (quinone)  30.34 
 
 		 577 aa  130  4.0000000000000003e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3532  NADH dehydrogenase (quinone)  28.35 
 
 		 480 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.563705  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4671  hydrogenase 4 subunit B  30.62 
 
 		 674 aa  130  5.0000000000000004e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.130495 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6065  hydrogenase 4 subunit B  31.84 
 
 		 669 aa  130  8.000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.388772  hitchhiker  0.000500664 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0703  NADH dehydrogenase (quinone)  29.81 
 
 		 662 aa  129  1.0000000000000001e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.20305  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2618  NADH dehydrogenase (quinone)  28.93 
 
 		 646 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.430528  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0184  NADH dehydrogenase (quinone)  28.98 
 
 		 487 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0107  NADH dehydrogenase (quinone)  26.26 
 
 		 500 aa  125  1e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000249004 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1867  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase subunit M  36.41 
 
 		 493 aa  125  1e-27  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1620  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  36.79 
 
 		 503 aa  125  2e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>