More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_2235 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010581  Bind_2235  protease Do  100 
 
 
529 aa  1051    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.355037  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0188  protease Do  69.52 
 
 
524 aa  682    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.463194 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1441  peptidase S1C, Do  52.24 
 
 
523 aa  498  1e-140  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2140  protease Do  51.25 
 
 
523 aa  492  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.750781  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3077  putative serine protease do-like precursor  53.53 
 
 
527 aa  486  1e-136  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5887  protease Do  54.22 
 
 
504 aa  477  1e-133  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.685816  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3443  peptidase S1C, Do  53.86 
 
 
528 aa  477  1e-133  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.203092  normal  0.0980299 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1841  peptidase S1C, Do  54.45 
 
 
528 aa  476  1e-133  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2011  peptidase S1C, Do  55.19 
 
 
526 aa  475  1e-133  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.963752 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6504  protease Do  53.43 
 
 
502 aa  465  1e-129  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5052  protease Do  50 
 
 
520 aa  464  1e-129  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.610685  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1195  peptidase S1C, Do  51.94 
 
 
516 aa  460  9.999999999999999e-129  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5235  protease Do  54.26 
 
 
501 aa  459  9.999999999999999e-129  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5157  protease Do  55.05 
 
 
503 aa  457  1e-127  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0527663 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4692  protease Do  55.05 
 
 
503 aa  457  1e-127  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.601387  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5428  protease Do  53.31 
 
 
508 aa  453  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.025142  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3827  protease Do  54.29 
 
 
496 aa  444  1e-123  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5124  protease Do  54.76 
 
 
496 aa  442  1e-123  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.38057 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4136  protease Do  54.08 
 
 
496 aa  441  9.999999999999999e-123  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1019  peptidase S1C, Do  52.1 
 
 
525 aa  432  1e-120  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0637  protease Do  45.56 
 
 
517 aa  422  1e-117  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.136267  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3516  protease Do  48.97 
 
 
537 aa  423  1e-117  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.277095 
 
 
-
 
NC_004310  BR0611  serine protease  49.89 
 
 
513 aa  412  1e-114  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0610  serine protease  49.89 
 
 
513 aa  412  1e-114  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2667  protease Do  47.43 
 
 
520 aa  408  1.0000000000000001e-112  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0924  protease Do  47.81 
 
 
527 aa  405  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.010153  normal  0.0275633 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1073  protease Do  46.86 
 
 
527 aa  397  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.952362 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0943  protease Do  44.42 
 
 
491 aa  397  1e-109  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.250261  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0434  protease Do family protein  45.33 
 
 
505 aa  395  1e-108  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1368  serine protease DO-like protease  46.73 
 
 
491 aa  389  1e-107  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.200414  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0942  protease Do  45.93 
 
 
506 aa  378  1e-103  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0681927  normal  0.773505 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0901  protease Do  46.2 
 
 
509 aa  371  1e-101  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.24208  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2461  protease Do  44.44 
 
 
487 aa  350  3e-95  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.282198 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2725  peptidase S1C, Do  45.2 
 
 
497 aa  350  4e-95  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3140  hypothetical protein  43.08 
 
 
483 aa  347  3e-94  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.673481  normal  0.234219 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1382  protease Do  41.59 
 
 
514 aa  347  4e-94  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.490263  normal  0.542535 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1135  protease Do  44.47 
 
 
535 aa  346  6e-94  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3242  putative trypsin-like serine protease  42.3 
 
 
483 aa  345  1e-93  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.263085  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3978  protease Do  42.11 
 
 
483 aa  345  1e-93  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0104728  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1394  serine protease Do, putative  40.72 
 
 
524 aa  343  5.999999999999999e-93  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1797  protease Do  40.57 
 
 
520 aa  342  8e-93  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2733  protease do precursor  42.98 
 
 
501 aa  340  2.9999999999999998e-92  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0138399  normal  0.054673 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1350  putative serine protease Do  40.53 
 
 
524 aa  339  7e-92  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0355  serine protease  43.17 
 
 
493 aa  338  9.999999999999999e-92  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.459558  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2812  serine protease  40.51 
 
 
528 aa  337  1.9999999999999998e-91  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.498431  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2346  peptidase S1C, Do  44.59 
 
 
496 aa  337  1.9999999999999998e-91  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.466246  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1733  protease Do  41.27 
 
 
522 aa  337  3.9999999999999995e-91  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.613226  hitchhiker  0.00274873 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1999  protease Do  42.95 
 
 
506 aa  337  3.9999999999999995e-91  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0697759  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0763  protease Do  40.78 
 
 
501 aa  335  1e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0871  protease Do  38.66 
 
 
500 aa  333  3e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0606  protease Do  42.58 
 
 
523 aa  333  3e-90  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0210206 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4002  protease Do  45.3 
 
 
501 aa  333  5e-90  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1746  protease Do  42.16 
 
 
471 aa  332  8e-90  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2201  peptidase S1C, Do  43.63 
 
 
508 aa  332  9e-90  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2798  protease Do  40.12 
 
 
588 aa  332  1e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.83064  normal  0.454962 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1086  protease Do  41.81 
 
 
501 aa  332  1e-89  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0760064 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3259  peptidase S1C, Do  43.68 
 
 
497 aa  330  4e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.324344  normal  0.259222 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0887  protease Do  42.12 
 
 
493 aa  329  7e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0626906  normal  0.172287 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2778  protease Do  42.41 
 
 
511 aa  328  1.0000000000000001e-88  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.725165  normal  0.242961 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3349  peptidase S1C, Do  44.28 
 
 
499 aa  328  1.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.181903 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0704  protease Do  38.95 
 
 
500 aa  328  2.0000000000000001e-88  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.762947  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2883  protease Do  43.1 
 
 
511 aa  327  4.0000000000000003e-88  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2656  protease Do  43.1 
 
 
511 aa  326  7e-88  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.419635 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2041  peptidase S1C, Do  44.66 
 
 
498 aa  326  7e-88  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6094  putative Serine protease do-like precursor  42.77 
 
 
498 aa  325  1e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2013  protease Do  48.25 
 
 
524 aa  324  2e-87  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.316391  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4529  protease Do  42.59 
 
 
516 aa  318  1e-85  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.366084 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3170  peptidase S1C, Do  41.36 
 
 
515 aa  316  6e-85  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.963921  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2539  protease Do  46.59 
 
 
578 aa  316  8e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.874075 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0228  protease Do  43.31 
 
 
457 aa  315  9.999999999999999e-85  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1661  protease Do  40.43 
 
 
498 aa  311  2e-83  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.179012 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5274  protease Do  41.35 
 
 
501 aa  310  4e-83  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1317  protease Do  40 
 
 
508 aa  306  8.000000000000001e-82  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.278198  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1953  peptidase S1C, Do  40.86 
 
 
499 aa  304  2.0000000000000002e-81  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.100212  normal  0.0596559 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0244  protease Do  40.81 
 
 
458 aa  301  2e-80  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0117444  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0308  protease Do  39.52 
 
 
481 aa  300  3e-80  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.582048 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3083  trypsin-like serine protease  43.48 
 
 
462 aa  300  6e-80  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0671  protease Do  43.72 
 
 
473 aa  300  6e-80  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0470073  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2014  protease Do  39.67 
 
 
502 aa  298  1e-79  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2354  protease Do  42 
 
 
518 aa  297  3e-79  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3911  protease Do  42.53 
 
 
485 aa  296  8e-79  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1611  protease Do  40.22 
 
 
482 aa  296  9e-79  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.4051  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3889  protease Do  41.04 
 
 
524 aa  296  9e-79  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.42007  normal  0.578189 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2005  protease Do  41.29 
 
 
475 aa  295  2e-78  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4295  protease Do  42.58 
 
 
466 aa  295  2e-78  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000836052  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3362  peptidase S1C, Do  40.24 
 
 
464 aa  294  3e-78  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000016609  decreased coverage  0.00312332 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0837  protease Do  41.41 
 
 
476 aa  292  1e-77  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.134567  normal  0.708087 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1014  peptidase S1C, Do  40.13 
 
 
476 aa  291  2e-77  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1467  serine protease, MucD  38.82 
 
 
473 aa  290  5.0000000000000004e-77  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.627151  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0984  protease Do  40.04 
 
 
485 aa  286  5.999999999999999e-76  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3331  peptidase S1C, Do  38.65 
 
 
510 aa  285  1.0000000000000001e-75  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.107916  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1208  protease Do  39.82 
 
 
475 aa  285  1.0000000000000001e-75  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0118678  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0833  protease DO  36.48 
 
 
497 aa  283  5.000000000000001e-75  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0653734  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0331  trypsin domain/PDZ domain-containing protein  43.28 
 
 
464 aa  282  1e-74  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00109847  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0166  periplasmic serine protease  38.97 
 
 
473 aa  280  3e-74  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.358427  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2022  protease Do  40 
 
 
459 aa  280  5e-74  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.303504 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2013  peptidase S1C, Do  39.96 
 
 
480 aa  280  6e-74  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.000140166  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2815  protease Do  40.79 
 
 
485 aa  280  6e-74  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.351815  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0859  peptidase S1C, Do  39.6 
 
 
477 aa  279  8e-74  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.078917  normal  0.0183856 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1003  peptidase S1C, Do  39.6 
 
 
477 aa  279  8e-74  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0749587  normal  0.0653423 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>