More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_1739 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010581  Bind_1739  histone family protein DNA-binding protein  100 
 
 
122 aa  246  7e-65  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.269584  decreased coverage  0.000883525 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0796  histone family protein DNA-binding protein  78.79 
 
 
118 aa  162  2e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0942374 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0651  integration host factor, alpha subunit  56.31 
 
 
112 aa  111  3e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00749057 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1147  integration host factor subunit alpha  58.7 
 
 
111 aa  110  6e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.205645  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4386  integration host factor subunit alpha  54.29 
 
 
105 aa  110  6e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3378  integration host factor, alpha subunit  54.37 
 
 
125 aa  109  2e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.143005 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2016  histone family protein DNA-binding protein  55.24 
 
 
108 aa  107  5e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4630  integration host factor subunit alpha  55.21 
 
 
119 aa  107  6e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00633863  normal  0.0311538 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0771  integration host factor subunit alpha  60.23 
 
 
128 aa  106  1e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.801748  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2055  histone family protein DNA-binding protein  55.24 
 
 
108 aa  106  1e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.283238 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2330  histone family protein DNA-binding protein  55.24 
 
 
108 aa  106  1e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.45414 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1668  integration host factor, alpha subunit  54.46 
 
 
105 aa  105  2e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2518  integration host factor subunit alpha  60.23 
 
 
107 aa  105  3e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0778  integration host factor subunit alpha  60.23 
 
 
107 aa  105  3e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1587  integration host factor subunit alpha  54.26 
 
 
110 aa  104  5e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.526192  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1287  integration host factor subunit alpha  54.64 
 
 
112 aa  103  9e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.921659  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1198  integration host factor subunit alpha  57.95 
 
 
112 aa  102  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1631  integration host factor subunit alpha  57.95 
 
 
112 aa  102  1e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3967  histone family protein DNA-binding protein  52.38 
 
 
106 aa  102  2e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.225814  normal  0.0228483 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0830  integration host factor subunit alpha  56.52 
 
 
112 aa  102  2e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.120813  normal  0.0891496 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1408  integration host factor subunit alpha  53.76 
 
 
106 aa  101  3e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.422535  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2677  integration host factor subunit alpha  53.76 
 
 
108 aa  101  3e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00137939  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7074  integration host factor, alpha subunit  53.47 
 
 
105 aa  101  3e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.15437  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2924  integration host factor, alpha subunit  56.99 
 
 
105 aa  100  5e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0242436  hitchhiker  0.000500218 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3021  integration host factor subunit alpha  53.76 
 
 
118 aa  100  5e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.312717  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6231  integration host factor, alpha subunit  53.47 
 
 
104 aa  100  7e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.75949  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2651  integration host factor subunit alpha  52.69 
 
 
123 aa  99.8  1e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.030982  normal  0.0609514 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2687  integration host factor subunit alpha  52.69 
 
 
123 aa  100  1e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.48286  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1721  integration host factor subunit alpha  53.61 
 
 
101 aa  97.4  5e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.20238 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0376  histone family protein DNA-binding protein  54.17 
 
 
171 aa  96.7  1e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.611734  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0913  integration host factor subunit alpha  52.17 
 
 
100 aa  95.5  2e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1863  integration host factor subunit alpha  53.85 
 
 
102 aa  94.7  4e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00832208  normal  0.529294 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3294  integration host factor, alpha subunit  50.96 
 
 
105 aa  94  6e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.13347 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1913  integration host factor subunit alpha  53.41 
 
 
100 aa  93.6  7e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.749601  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0268  integration host factor, alpha subunit  48.04 
 
 
104 aa  94  7e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2611  integration host factor subunit alpha  53.41 
 
 
100 aa  93.6  7e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1269  integration host factor subunit alpha  53.41 
 
 
100 aa  93.6  7e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.272817 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4986  histone family protein DNA-binding protein  51.49 
 
 
105 aa  93.6  8e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.777024  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1783  integration host factor subunit alpha  53.41 
 
 
100 aa  92  2e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.783563  normal  0.198181 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3557  integration host factor subunit alpha  55.06 
 
 
100 aa  92.4  2e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3742  integration host factor, alpha subunit  47.25 
 
 
100 aa  90.9  6e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.266099  normal  0.554438 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0639  integration host factor subunit alpha  51.14 
 
 
103 aa  90.5  7e-18  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1994  integration host factor subunit alpha  47.25 
 
 
113 aa  90.1  8e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.110028  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1909  integration host factor subunit alpha  47.25 
 
 
113 aa  90.1  8e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1969  integration host factor subunit alpha  47.25 
 
 
113 aa  89.7  1e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.0019696  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1522  integration host factor, alpha subunit  50.54 
 
 
101 aa  89.4  2e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00263552  normal  0.735039 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2365  integration host factor subunit alpha  52.87 
 
 
98 aa  88.6  3e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1417  integration host factor, alpha subunit  50.54 
 
 
97 aa  87.4  5e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.097817  normal  0.411662 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1886  integration host factor, alpha subunit  46.67 
 
 
99 aa  87  8e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.067674 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3032  integration host factor subunit alpha  47.83 
 
 
100 aa  85.5  2e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.814183  normal  0.51505 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1327  integration host factor, alpha subunit  47.25 
 
 
113 aa  84  6e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.125041  hitchhiker  0.0021642 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1409  integration host factor subunit alpha  43.43 
 
 
103 aa  81.3  5e-15  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.0010312  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1472  integration host factor subunit alpha  43.43 
 
 
103 aa  81.3  5e-15  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.213571  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1731  integration host factor subunit alpha  46.39 
 
 
98 aa  79.7  1e-14  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.074622  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1424  integration host factor, alpha subunit  43.33 
 
 
93 aa  79.7  1e-14  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.84784e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2237  integration host factor, alpha subunit  44.09 
 
 
99 aa  78.6  2e-14  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0376768 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1146  integration host factor subunit alpha  47.19 
 
 
99 aa  79.3  2e-14  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0580836  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3019  integration host factor subunit alpha  46.15 
 
 
101 aa  79  2e-14  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.616425  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2608  integration host factor, alpha subunit  44.09 
 
 
99 aa  78.6  2e-14  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1997  integration host factor subunit alpha  46.15 
 
 
100 aa  79  2e-14  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000120885  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1521  integration host factor, alpha subunit  44.44 
 
 
91 aa  78.6  3e-14  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.43426  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0699  integration host factor, alpha subunit  42.11 
 
 
110 aa  78.6  3e-14  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.101642  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1456  integration host factor, alpha subunit  44.94 
 
 
99 aa  78.2  4e-14  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.405955  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1417  histone-like DNA-binding protein  44.44 
 
 
91 aa  77.8  5e-14  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  5.3245e-07  normal  0.466182 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0493  integration host factor subunit alpha  44.21 
 
 
101 aa  77  8e-14  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0640856  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0092  integration host factor, alpha subunit  44.57 
 
 
96 aa  77  8e-14  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1751  integration host factor, alpha subunit  44.33 
 
 
113 aa  77  8e-14  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0308436 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1308  integration host factor, alpha subunit  44.57 
 
 
96 aa  77  8e-14  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.110729  normal  0.113899 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2837  integration host factor, alpha subunit  44.57 
 
 
96 aa  77  8e-14  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.560391 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0433  integration host factor subunit alpha  44.94 
 
 
101 aa  76.6  1e-13  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1013  integration host factor subunit alpha  41.67 
 
 
103 aa  76.6  1e-13  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00925023 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1583  integration host factor subunit alpha  44.94 
 
 
101 aa  76.3  1e-13  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0846  integration host factor subunit alpha  42.55 
 
 
98 aa  75.5  2e-13  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  6.70658e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2510  integration host factor subunit alpha  43.82 
 
 
100 aa  75.9  2e-13  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28720  integration host factor subunit alpha  43.82 
 
 
100 aa  75.9  2e-13  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  2.06678e-05  hitchhiker  7.49265e-09 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1661  integration host factor, alpha subunit  42.22 
 
 
97 aa  75.9  2e-13  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2622  histone family protein DNA-binding protein  41.11 
 
 
92 aa  75.5  2e-13  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.349381  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003703  integration host factor alpha subunit  44.94 
 
 
98 aa  75.1  3e-13  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.281505  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2314  histone family protein DNA-binding protein  41.24 
 
 
106 aa  75.1  3e-13  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  8.00126e-08  normal  0.266059 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3475  integration host factor subunit alpha  43.82 
 
 
100 aa  75.1  3e-13  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.981005  hitchhiker  0.00278356 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3219  integration host factor subunit alpha  43.82 
 
 
100 aa  75.1  3e-13  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.327028 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1973  integration host factor subunit alpha  43.82 
 
 
100 aa  75.1  3e-13  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0364622 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02112  integration host factor subunit alpha  44.94 
 
 
98 aa  75.1  3e-13  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2471  integration host factor subunit alpha  43.82 
 
 
100 aa  75.1  3e-13  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1805  integration host factor, alpha subunit  44.94 
 
 
102 aa  74.7  4e-13  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2493  integration host factor subunit alpha  40.21 
 
 
98 aa  74.7  4e-13  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.044668  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1982  integration host factor subunit alpha  43.82 
 
 
100 aa  74.7  4e-13  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0219997  normal  0.264768 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1937  integration host factor subunit alpha  43.82 
 
 
100 aa  74.7  4e-13  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0682795  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2384  integration host factor, alpha subunit  43.82 
 
 
100 aa  74.7  4e-13  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0917658  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2671  integration host factor subunit alpha  43.96 
 
 
100 aa  74.7  4e-13  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.998853 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2168  integration host factor subunit alpha  43.82 
 
 
100 aa  74.7  4e-13  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.895191  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2224  histone family protein DNA-binding protein  40 
 
 
92 aa  73.9  7e-13  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.23552e-05 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02444  integration host factor subunit alpha  39.18 
 
 
99 aa  73.9  7e-13  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0239469  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1996  histone family protein DNA-binding protein  40 
 
 
92 aa  73.9  7e-13  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1773  integration host factor subunit alpha  40.18 
 
 
136 aa  73.6  8e-13  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.322922  normal  0.330159 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4621  integration host factor subunit alpha  43.75 
 
 
131 aa  73.6  9e-13  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.15527  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1741  integration host factor subunit alpha  43.75 
 
 
134 aa  73.6  9e-13  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.394996  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1166  integration host factor subunit alpha  42.86 
 
 
136 aa  73.6  9e-13  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.516424  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1365  integration host factor subunit alpha  43.75 
 
 
131 aa  73.6  9e-13  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1897  integration host factor subunit alpha  43.75 
 
 
134 aa  73.6  9e-13  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.887651  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>