More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_1552 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010581  Bind_1552  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 
205 aa  416  9.999999999999999e-116  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.786136  normal  0.720192 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1882  cold-shock DNA-binding domain protein  57.75 
 
 
189 aa  209  3e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0551  cold-shock DNA-binding domain protein  54.63 
 
 
189 aa  207  9e-53  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3196  cold-shock DNA-binding domain protein  55.08 
 
 
181 aa  204  6e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0381  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56.32 
 
 
204 aa  203  2e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.58799 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3007  cold-shock protein DNA-binding  55.49 
 
 
202 aa  202  3e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0372335  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3232  cold-shock DNA-binding domain protein  54.95 
 
 
181 aa  200  9.999999999999999e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.336817 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2736  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.76 
 
 
201 aa  194  6e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.634457 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2286  cold shock protein  55.31 
 
 
192 aa  192  2e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00549771  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1609  cold-shock protein, DNA-binding  53.04 
 
 
217 aa  189  2e-47  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0789892  normal  0.308571 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1228  cold-shock family protein  54.35 
 
 
193 aa  190  2e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2791  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.07 
 
 
220 aa  189  2.9999999999999997e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.190915  normal  0.419031 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4174  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.11 
 
 
192 aa  189  4e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.524647  normal  0.907911 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2801  cold-shock DNA-binding domain protein  52.81 
 
 
235 aa  189  4e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.674549  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1923  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.26 
 
 
193 aa  188  5e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.384724  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2938  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.34 
 
 
221 aa  187  7e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.645608  normal  0.339139 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1449  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.17 
 
 
192 aa  187  8e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0373427  hitchhiker  0.000349803 
 
 
-
 
NC_004310  BR1266  cold-shock family protein  53.8 
 
 
193 aa  187  1e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.397552  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2530  cold-shock DNA-binding domain protein  51.69 
 
 
219 aa  186  2e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2142  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.83 
 
 
217 aa  186  3e-46  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.584578  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1550  cold-shock DNA-binding domain protein  52.43 
 
 
192 aa  185  4e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.666809 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1744  cold-shock DNA-binding domain protein  52.43 
 
 
192 aa  184  6e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000196433  normal  0.915282 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1733  cold-shock DNA-binding protein family protein  48.06 
 
 
197 aa  182  3e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4038  cold-shock DNA-binding protein family protein  50.26 
 
 
217 aa  179  2e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0877657 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2974  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.09 
 
 
199 aa  164  1.0000000000000001e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.42307 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0834  cold-shock DNA-binding family protein  46.75 
 
 
179 aa  152  2.9999999999999998e-36  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.253832  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3010  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.5 
 
 
201 aa  150  1e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.850387  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2557  cold-shock DNA-binding protein family protein  42.11 
 
 
198 aa  131  7.999999999999999e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.557959  normal  0.17098 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1498  cold-shock DNA-binding protein family protein  35.29 
 
 
174 aa  121  6e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.919918  normal  0.868857 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2474  cold-shock DNA-binding protein family protein  39.52 
 
 
181 aa  119  3.9999999999999996e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.251539  normal  0.0229175 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1788  putative cold shock protein  38.42 
 
 
173 aa  114  1.0000000000000001e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.000033725  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1149  cold-shock DNA-binding protein family protein  36.21 
 
 
179 aa  110  1.0000000000000001e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  unclonable  0.000000000107907  normal  0.195461 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1053  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.66 
 
 
180 aa  110  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0538  cold-shock DNA-binding domain protein  36 
 
 
217 aa  105  4e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2346  cold-shock DNA-binding protein family protein  35.26 
 
 
180 aa  105  4e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1021  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35.26 
 
 
180 aa  105  4e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0436807  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0859  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35.5 
 
 
197 aa  102  5e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.384047  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0105  cold-shock DNA-binding domain protein  36.87 
 
 
204 aa  100  1e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.310654  normal  0.194385 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1528  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.83 
 
 
224 aa  97.4  1e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.689513  normal  0.786377 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0346  cold-shock DNA-binding domain protein  32.76 
 
 
242 aa  87.8  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.631485  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2262  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  32.39 
 
 
242 aa  86.3  3e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00533118 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0192  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  32.93 
 
 
241 aa  85.5  5e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.171575  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3156  cold-shock DNA-binding domain protein  29.84 
 
 
268 aa  80.9  0.00000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0144  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  30.57 
 
 
259 aa  80.1  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.569824  normal  0.04146 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3200  cold-shock DNA-binding domain protein  29.15 
 
 
279 aa  79  0.00000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.693924  normal  0.993369 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2344  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  31.61 
 
 
249 aa  74.7  0.0000000000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.157339 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3142  cold-shock DNA-binding protein family protein  32.47 
 
 
267 aa  72.4  0.000000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.11906  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3723  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  29.27 
 
 
179 aa  70.9  0.00000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0200  cold-shock DNA-binding domain protein  32 
 
 
311 aa  69.7  0.00000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0333811  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3462  cold-shock DNA-binding protein family protein  27.04 
 
 
210 aa  68.6  0.00000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3615  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40.58 
 
 
84 aa  67.4  0.0000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00635954  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2901  cold-shock DNA-binding protein family protein  33.96 
 
 
288 aa  66.6  0.0000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.654674 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2494  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.16 
 
 
67 aa  62.4  0.000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.170049  decreased coverage  0.000196654 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04410  cold shock domain protein CspD  30.26 
 
 
317 aa  62  0.000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.528564 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000590  cold shock protein CspA  46.77 
 
 
69 aa  62.4  0.000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00446829  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4042  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.16 
 
 
67 aa  62.4  0.000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4117  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.16 
 
 
67 aa  61.6  0.000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.327381  normal  0.21845 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0013  cold-shock DNA-binding domain protein  43.55 
 
 
67 aa  61.6  0.000000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3185  cold-shock protein, DNA-binding  45.16 
 
 
92 aa  61.2  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.937654  normal  0.149852 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28290  cold shock protein, CspD  40.85 
 
 
92 aa  60.8  0.00000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3292  cold-shock DNA-binding domain protein  45.16 
 
 
67 aa  61.2  0.00000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  hitchhiker  0.0070619  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3261  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40.58 
 
 
69 aa  60.5  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0507  cold-shock DNA-binding domain protein  44.26 
 
 
67 aa  60.1  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.804223  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2202  cold-shock DNA-binding domain protein  41.94 
 
 
67 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3176  cold-shock DNA-binding protein family protein  43.55 
 
 
67 aa  60.5  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2061  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.94 
 
 
67 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.131927 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2395  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.1 
 
 
89 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.80282  normal  0.0844989 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0492  putative cold-shock DNA-binding domain protein  43.55 
 
 
67 aa  60.1  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0752  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.67 
 
 
67 aa  60.5  0.00000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000576972  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001501  cold shock transcriptional regulator CspA  45.16 
 
 
70 aa  59.7  0.00000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.103059  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3366  cold-shock DNA-binding domain protein  43.55 
 
 
67 aa  59.7  0.00000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02364  stress response protein CspD  45.45 
 
 
72 aa  59.7  0.00000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000164326  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0312  cold-shock DNA-binding domain protein  32.47 
 
 
418 aa  59.3  0.00000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.147611  hitchhiker  0.000223606 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3414  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.67 
 
 
83 aa  59.7  0.00000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0959818 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6014  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.94 
 
 
67 aa  59.3  0.00000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0103  cold-shock DNA-binding domain protein  41.94 
 
 
67 aa  59.3  0.00000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1061  cold shock domain protein CspD  42.86 
 
 
73 aa  59.3  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.510663  normal  0.839324 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3828  cold-shock DNA-binding protein family protein  49.21 
 
 
86 aa  59.3  0.00000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0978  cold shock domain protein CspD  42.86 
 
 
73 aa  59.3  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.401823  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2376  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.67 
 
 
84 aa  58.9  0.00000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000357457  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1042  cold shock domain-containing protein CspD  42.86 
 
 
73 aa  59.3  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1011  cold shock domain-containing protein CspD  42.86 
 
 
73 aa  59.3  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.725964  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0945  cold shock domain protein CspD  42.86 
 
 
73 aa  59.3  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00738434  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6028  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.94 
 
 
67 aa  58.9  0.00000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0221  cold-shock DNA-binding domain protein  45.28 
 
 
70 aa  58.9  0.00000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03487  putative cold shock-like protein cspG  40.58 
 
 
69 aa  58.5  0.00000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4924  cold-shock DNA-binding domain protein  46.03 
 
 
94 aa  58.5  0.00000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2698  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.08 
 
 
70 aa  58.9  0.00000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.089353  normal  0.418887 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06418  hypothetical protein  43.55 
 
 
70 aa  58.5  0.00000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5342  cold-shock DNA-binding protein family protein  42.62 
 
 
67 aa  58.5  0.00000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0273  cold-shock DNA-binding domain protein  45 
 
 
67 aa  58.5  0.00000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1291  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.28 
 
 
67 aa  58.5  0.00000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.515471  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0252  cold-shock DNA-binding protein family protein  45 
 
 
67 aa  58.5  0.00000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.994476  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1823  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40.98 
 
 
88 aa  58.5  0.00000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.565643  normal  0.0615675 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0982  cold-shock DNA-binding domain protein  40.85 
 
 
83 aa  58.2  0.00000007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000000734957  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5818  cold-shock DNA-binding protein family  42.62 
 
 
67 aa  58.5  0.00000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2649  cold-shock DNA-binding domain protein  46.77 
 
 
69 aa  58.2  0.00000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.139093  normal  0.222327 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0301  cold-shock DNA-binding domain protein  42.62 
 
 
67 aa  58.5  0.00000007  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  decreased coverage  0.00253542  normal  0.0688177 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0262  cold-shock DNA-binding domain protein  45 
 
 
67 aa  58.5  0.00000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2532  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
65 aa  58.2  0.00000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.19716  normal  0.287944 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>