253 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_1525 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_1525  RNA chaperone Hfq  100 
 
 		 84 aa  177  5.999999999999999e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.396727  normal  0.381419 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0535  RNA chaperone Hfq  89.16 
 
 		 83 aa  159  1e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6544  RNA chaperone Hfq  83.33 
 
 		 84 aa  150  4e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4393  RNA chaperone Hfq  85.19 
 
 		 106 aa  151  4e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.179173  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5942  RNA chaperone Hfq  83.33 
 
 		 84 aa  150  4e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.368334  normal  0.120235 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4073  RNA-binding protein Hfq  85.19 
 
 		 82 aa  150  8e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.613894 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1449  RNA-binding protein Hfq  86.25 
 
 		 82 aa  149  8.999999999999999e-36  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.083877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1841  RNA-binding protein Hfq  86.25 
 
 		 82 aa  149  8.999999999999999e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2867  RNA-binding protein Hfq  85 
 
 		 82 aa  149  1e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.648341  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1493  RNA chaperone Hfq  84.34 
 
 		 83 aa  149  2e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.579375  normal  0.208589 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2582  RNA-binding protein Hfq  86.25 
 
 		 82 aa  149  2e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.233324  normal  0.226636 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2594  RNA-binding protein Hfq  86.25 
 
 		 82 aa  149  2e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.852993  normal  0.0249757 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2878  RNA-binding protein Hfq  85 
 
 		 82 aa  148  3e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.326313  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2942  RNA chaperone Hfq  86.25 
 
 		 84 aa  147  4e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.621816  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3051  RNA chaperone Hfq  86.25 
 
 		 84 aa  147  4e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2824  RNA chaperone Hfq  86.25 
 
 		 84 aa  147  4e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.171774 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2610  RNA-binding protein Hfq  79.22 
 
 		 82 aa  137  3.9999999999999997e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.279445  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1684  RNA-binding protein Hfq  71.08 
 
 		 83 aa  136  7.999999999999999e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3124  RNA chaperone Hfq  84.93 
 
 		 82 aa  135  2e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.344226 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1819  RNA-binding protein Hfq  78.21 
 
 		 80 aa  132  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0798062  normal  0.0504163 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1632  RNA-binding protein Hfq  78.21 
 
 		 80 aa  132  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0614603  normal  0.460004 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1095  RNA-binding protein Hfq  78.21 
 
 		 80 aa  131  3e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.455176  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2139  RNA chaperone Hfq  77.22 
 
 		 109 aa  130  5e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.154446  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1356  RNA-binding protein Hfq  78.48 
 
 		 79 aa  130  5e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.950341  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1451  RNA-binding protein Hfq  79.49 
 
 		 77 aa  130  6e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0310898 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1493  RNA-binding protein Hfq  79.49 
 
 		 77 aa  130  6e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.964703  normal  0.207081 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2843  RNA-binding protein Hfq  79.49 
 
 		 77 aa  130  6e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.736896  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1448  RNA-binding protein Hfq  82.43 
 
 		 90 aa  130  6e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.581854  hitchhiker  0.000378907 
 
 
-
 
NC_004310  BR1111  RNA-binding protein Hfq  79.22 
 
 		 78 aa  130  6.999999999999999e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2208  RNA-binding protein Hfq  79.22 
 
 		 78 aa  130  6.999999999999999e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1070  RNA-binding protein Hfq  79.22 
 
 		 78 aa  130  6.999999999999999e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4124  RNA-binding protein Hfq  79.49 
 
 		 77 aa  129  1.0000000000000001e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.304133  normal  0.524604 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1762  RNA chaperone Hfq  71.08 
 
 		 175 aa  129  2.0000000000000002e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.683558  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1613  RNA-binding protein Hfq  75.31 
 
 		 82 aa  128  3e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1567  RNA-binding protein Hfq  75.64 
 
 		 92 aa  126  1.0000000000000001e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.104021  normal  0.0520931 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2244  RNA-binding protein Hfq  75 
 
 		 77 aa  125  2.0000000000000002e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0488883  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0482  RNA chaperone Hfq  66.67 
 
 		 98 aa  125  2.0000000000000002e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.393175  hitchhiker  0.000910775 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0624  RNA-binding protein Hfq  75.34 
 
 		 79 aa  121  3e-27  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00135703  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0251  RNA-binding protein Hfq  70.83 
 
 		 160 aa  115  1.9999999999999998e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.222579  normal  0.069598 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1931  RNA-binding protein Hfq  82.26 
 
 		 193 aa  114  6e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1272  RNA-binding protein Hfq  73.85 
 
 		 196 aa  109  2.0000000000000002e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.192237  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0277  RNA-binding protein Hfq  54.55 
 
 		 85 aa  92.4  2e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0264829  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1361  RNA chaperone Hfq  64.06 
 
 		 80 aa  89.4  1e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000362594  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1174  RNA chaperone Hfq  64.06 
 
 		 80 aa  89.7  1e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2729  RNA chaperone Hfq  60.29 
 
 		 83 aa  89.4  2e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  4.943710000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1499  RNA-binding protein Hfq  55.22 
 
 		 84 aa  87.8  4e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000130103 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1116  RNA-binding protein Hfq  52.63 
 
 		 84 aa  88.2  4e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000000543156  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0980  hypothetical protein  59.7 
 
 		 82 aa  88.2  4e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000000714494  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0666  RNA chaperone Hfq  54.67 
 
 		 90 aa  87.4  6e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0371951  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1921  RNA chaperone Hfq  49.33 
 
 		 85 aa  87  7e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1490  RNA chaperone Hfq  49.32 
 
 		 86 aa  87.4  7e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0924374  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1983  hfq protein  55.13 
 
 		 82 aa  86.7  1e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.562833  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00649  RNA-binding protein Hfq  52.56 
 
 		 82 aa  86.3  1e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0803651  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4685  RNA-binding protein Hfq  53.42 
 
 		 86 aa  86.7  1e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4894  RNA-binding protein Hfq  53.42 
 
 		 86 aa  85.9  2e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.249233  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4770  RNA-binding protein Hfq  53.42 
 
 		 86 aa  85.9  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4946  RNA-binding protein Hfq  54.17 
 
 		 86 aa  85.5  2e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0125907 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1881  RNA chaperone Hfq  60.29 
 
 		 80 aa  85.5  2e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.318606  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0897  RNA chaperone Hfq  54.17 
 
 		 80 aa  85.1  3e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.301883  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0557  RNA chaperone Hfq  59.38 
 
 		 83 aa  84.7  4e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0635  RNA-binding protein Hfq  52.11 
 
 		 86 aa  84  7e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0651031 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2632  RNA chaperone Hfq  50.65 
 
 		 81 aa  82.8  0.000000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.101159  unclonable  0.00000000000321627 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2590  host factor Hfq  50 
 
 		 90 aa  82.8  0.000000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.104665  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5673  RNA-binding protein Hfq  49.35 
 
 		 82 aa  82.4  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1101  RNA-binding protein Hfq  52.56 
 
 		 79 aa  82  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.306857  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0067  RNA-binding protein Hfq  52.56 
 
 		 79 aa  82  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0573116  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1340  RNA-binding protein Hfq  52.56 
 
 		 79 aa  82  0.000000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.256557  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1831  RNA-binding protein Hfq  52.56 
 
 		 79 aa  82  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.781797  normal  0.415294 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2222  RNA-binding protein Hfq  52.56 
 
 		 79 aa  82  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.388443  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5108  RNA-binding protein Hfq  52.56 
 
 		 79 aa  82  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.203051  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2239  RNA-binding protein Hfq  52.56 
 
 		 79 aa  82  0.000000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.245195  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2184  RNA-binding protein Hfq  52.56 
 
 		 79 aa  82  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6272  RNA-binding protein Hfq  52.56 
 
 		 79 aa  82  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.298535  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1471  RNA-binding protein Hfq  47.13 
 
 		 91 aa  82.4  0.000000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0573  RNA chaperone Hfq  50.65 
 
 		 89 aa  82  0.000000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.174076  hitchhiker  0.000000000517763 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1884  RNA chaperone Hfq  55.41 
 
 		 88 aa  82.8  0.000000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1559  RNA chaperone Hfq  55.41 
 
 		 88 aa  82.8  0.000000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.192347  unclonable  0.0000000000337191 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65310  RNA-binding protein Hfq  49.35 
 
 		 82 aa  82.4  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1807  RNA-binding protein Hfq  52.56 
 
 		 79 aa  82  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1468  RNA-binding protein Hfq  52.56 
 
 		 79 aa  82  0.000000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.859104  normal  0.368277 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1829  RNA-binding protein Hfq  52.56 
 
 		 79 aa  82  0.000000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04039  RNA-binding protein Hfq  53.73 
 
 		 102 aa  82  0.000000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0456989  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3821  RNA chaperone Hfq  53.73 
 
 		 102 aa  82  0.000000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000750776  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3799  RNA-binding protein Hfq  56.92 
 
 		 101 aa  82  0.000000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00202048  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5688  RNA-binding protein Hfq  53.73 
 
 		 102 aa  82  0.000000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0502195  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4414  RNA-binding protein Hfq  53.73 
 
 		 102 aa  82  0.000000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.112271  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0058  RNA-binding protein Hfq  50 
 
 		 92 aa  82  0.000000000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4703  RNA-binding protein Hfq  53.73 
 
 		 102 aa  82  0.000000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.912238  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3653  RNA-binding protein Hfq  56.92 
 
 		 101 aa  82  0.000000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.588771  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0070  RNA-binding protein Hfq  50 
 
 		 92 aa  82  0.000000000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0699  RNA-binding protein Hfq  56.92 
 
 		 101 aa  82  0.000000000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3841  RNA-binding protein Hfq  53.73 
 
 		 102 aa  82  0.000000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0120982  unclonable  0.00000000853498 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3205  host factor Hfq  52.63 
 
 		 89 aa  82  0.000000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.148283  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4730  RNA-binding protein Hfq  53.73 
 
 		 102 aa  82  0.000000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.528458  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4643  RNA-binding protein Hfq  53.73 
 
 		 102 aa  82  0.000000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1718  RNA-binding protein Hfq  53.25 
 
 		 80 aa  81.6  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.607958 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04001  hypothetical protein  53.73 
 
 		 102 aa  82  0.000000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0345418  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1745  RNA-binding protein Hfq  53.25 
 
 		 80 aa  81.6  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1277  host factor Hfq  53.73 
 
 		 83 aa  81.3  0.000000000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.94018  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0355  RNA-binding protein Hfq  53.73 
 
 		 103 aa  81.3  0.000000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0252672  hitchhiker  0.00389143 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>