More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_1312 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010581  Bind_1312  RluA family pseudouridine synthase  100 
 
 
350 aa  702    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0090  pseudouridine synthase, RluA family  78.75 
 
 
349 aa  553  1e-156  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.768556 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4767  RluA family pseudouridine synthase  51.67 
 
 
364 aa  372  1e-102  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.305838  hitchhiker  0.0012362 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0278  RluA family pseudouridine synthase  54.7 
 
 
468 aa  368  1e-101  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5034  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  53.43 
 
 
458 aa  371  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0354  pseudouridine synthase, RluA family  55.27 
 
 
446 aa  367  1e-100  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.115819  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0322  pseudouridine synthase, RluA family  54.7 
 
 
468 aa  368  1e-100  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.539792  normal  0.101143 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3624  pseudouridine synthase, RluA family  53.3 
 
 
455 aa  364  1e-100  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3129  pseudouridine synthase RluD  53.01 
 
 
444 aa  363  3e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.411663  normal  0.42057 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0857  RluA family pseudouridine synthase  54.13 
 
 
471 aa  360  2e-98  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000295039 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1394  pseudouridine synthase, RluD  51.7 
 
 
412 aa  359  4e-98  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.377241  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2335  pseudouridine synthase RluD  52.15 
 
 
453 aa  357  1.9999999999999998e-97  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.134936 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3403  pseudouridine synthase RluD  51.71 
 
 
501 aa  357  1.9999999999999998e-97  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0666836  normal  0.0916306 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1575  pseudouridine synthase, RluD  51.13 
 
 
411 aa  357  1.9999999999999998e-97  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.286446  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6367  RluA family pseudouridine synthase  52.44 
 
 
469 aa  354  1e-96  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.129788  normal  0.347421 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7124  pseudouridine synthase, RluA family  52.44 
 
 
457 aa  350  2e-95  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1000  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  51.34 
 
 
326 aa  335  5e-91  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0730  RluA family pseudouridine synthase  49.71 
 
 
327 aa  335  9e-91  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0504919  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2083  RluA family pseudouridine synthase  50.45 
 
 
326 aa  334  1e-90  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0966  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  51.04 
 
 
318 aa  333  2e-90  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.948591  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1648  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  50 
 
 
327 aa  333  4e-90  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.141846  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2261  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  49.71 
 
 
330 aa  323  2e-87  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1884  pseudouridine synthase, RluA family  50.3 
 
 
329 aa  322  6e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0958449  normal  0.0260992 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2086  pseudouridine synthase, RluA family  49.56 
 
 
330 aa  319  5e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.140778  normal  0.342789 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1019  RluA family pseudouridine synthase  48.37 
 
 
330 aa  317  3e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.798058 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2505  RluA family pseudouridine synthase  46.06 
 
 
346 aa  276  5e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0492  pseudouridine synthase, RluA family  46.97 
 
 
325 aa  275  7e-73  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00113875 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2767  RluA family pseudouridine synthase  48.66 
 
 
330 aa  274  1.0000000000000001e-72  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.901259 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0291  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  43.91 
 
 
348 aa  275  1.0000000000000001e-72  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.503835  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1658  RluA family pseudouridine synthase  45.95 
 
 
329 aa  274  2.0000000000000002e-72  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.615207  normal  0.0770781 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0315  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  47.7 
 
 
348 aa  272  5.000000000000001e-72  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.458148 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2659  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  46.7 
 
 
330 aa  269  5e-71  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1745  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  45.19 
 
 
346 aa  267  2.9999999999999995e-70  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0391  RluA family pseudouridine synthase  45.19 
 
 
346 aa  266  4e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  42.49 
 
 
330 aa  266  4e-70  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.397176 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0164  RluA family pseudouridine synthase  45.11 
 
 
324 aa  264  2e-69  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0624  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  44.13 
 
 
354 aa  258  8e-68  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2837  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  42.74 
 
 
436 aa  256  6e-67  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0449259  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2710  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  41.24 
 
 
368 aa  250  3e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2102  pseudouridine synthase, RluD  41.49 
 
 
405 aa  240  2.9999999999999997e-62  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0790  RluA family pseudouridine synthase  43.14 
 
 
348 aa  238  1e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.143813  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  33.23 
 
 
307 aa  188  9e-47  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1620  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.45 
 
 
332 aa  167  2e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00181118  normal  0.877955 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1721  pseudouridine synthase, RluD  36.05 
 
 
346 aa  168  2e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2234  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (rRNA uridine isomerase C) (rRNA pseudouridylate synthase C)  34.65 
 
 
315 aa  162  6e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0928032  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.78 
 
 
316 aa  159  6e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  35.4 
 
 
331 aa  159  1e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2633  lysozyme  35.71 
 
 
325 aa  159  1e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000151513 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002989  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.04 
 
 
314 aa  159  1e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0445865  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2033  RluA family pseudouridine synthase  35.8 
 
 
319 aa  159  1e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.904373  normal  0.0708013 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4165  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.14 
 
 
320 aa  158  2e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0336491  normal  0.921895 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1988  pseudouridylate synthase  34.01 
 
 
330 aa  157  3e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00771455  normal  0.0114075 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2503  RluA family pseudouridine synthase  34.63 
 
 
319 aa  156  4e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.721496  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.63 
 
 
300 aa  157  4e-37  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1491  pseudouridine synthase, RluA family protein  35.95 
 
 
318 aa  156  6e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.446351  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  34.21 
 
 
302 aa  155  8e-37  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3840  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.38 
 
 
318 aa  155  9e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.283554  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02917  rRNA ribosomal pseudouridine synthase  33.43 
 
 
339 aa  155  1e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14830  Pseudouridine synthase, RluC  38.01 
 
 
278 aa  154  2e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.300608  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0714  23S rRNA pseudouridylate synthase C  35.1 
 
 
326 aa  154  2e-36  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25580  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.73 
 
 
318 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.050794  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1639  pseudouridine synthase, RluD  34.06 
 
 
318 aa  153  5e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.289887 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3808  RluA family pseudouridine synthase  34.89 
 
 
333 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0127606  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1614  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.63 
 
 
315 aa  152  5.9999999999999996e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000109224  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1757  pseudouridine synthase, RluA family  33.71 
 
 
346 aa  152  7e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0151064  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1482  RluA family pseudouridine synthase  34.58 
 
 
333 aa  152  8e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00286389  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.92 
 
 
300 aa  151  1e-35  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2214  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  34.52 
 
 
315 aa  151  1e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1174  RluA family pseudouridine synthase  33.92 
 
 
399 aa  151  1e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.539633  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.69 
 
 
318 aa  152  1e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0268386  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2242  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  34.52 
 
 
315 aa  151  2e-35  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1517  RluA family pseudouridine synthase  34.26 
 
 
333 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0000147946  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1379  pseudouridine synthase, RluA family  35.47 
 
 
370 aa  150  2e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1255  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.92 
 
 
319 aa  150  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0242253  normal  0.194151 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1284  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.92 
 
 
319 aa  150  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0174547  hitchhiker  0.00000000220374 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1299  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.92 
 
 
319 aa  150  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.547954  hitchhiker  0.000000178257 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2185  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.92 
 
 
319 aa  150  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.012302  hitchhiker  0.000000000136846 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2404  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.72 
 
 
329 aa  150  3e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000151583  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2474  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.72 
 
 
329 aa  150  3e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0799284  normal  0.0195489 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01082  23S rRNA pseudouridylate synthase  34.41 
 
 
319 aa  150  4e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000778536  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2561  pseudouridine synthase, RluA family  34.41 
 
 
319 aa  150  4e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000499668  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2515  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.41 
 
 
319 aa  150  4e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000444551  hitchhiker  0.0000916413 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1208  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.41 
 
 
319 aa  150  4e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000011451  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1464  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.41 
 
 
319 aa  150  4e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000220754  hitchhiker  0.00000000172116 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2001  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.92 
 
 
319 aa  150  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000244921  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1208  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.41 
 
 
319 aa  150  4e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  5.7217399999999996e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01090  hypothetical protein  34.41 
 
 
319 aa  150  4e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000557514  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2041  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.41 
 
 
319 aa  149  5e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000773418  hitchhiker  0.000351853 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0303  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  29.08 
 
 
308 aa  149  6e-35  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.00443703  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5281  RluA family pseudouridine synthase  33.14 
 
 
362 aa  149  6e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0773013  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1580  pseudouridine synthase, RluA family  33.33 
 
 
319 aa  149  6e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000241554  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.24 
 
 
347 aa  148  1.0000000000000001e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2239  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.12 
 
 
319 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000198156  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1191  pseudouridine synthase, RluA family  34.43 
 
 
328 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.924831  normal  0.212206 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0704  pseudouridine synthase, RluD  31.83 
 
 
312 aa  149  1.0000000000000001e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.24 
 
 
334 aa  149  1.0000000000000001e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2566  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.72 
 
 
329 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00643292  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0774  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.32 
 
 
307 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0916  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3659  pseudouridine synthase, RluD  32.58 
 
 
378 aa  147  2.0000000000000003e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2642  pseudouridine synthase, RluA family  33.93 
 
 
339 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.704369  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>