126 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_1061 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010581  Bind_1061  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 
155 aa  315  2e-85  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.161431  normal  0.803902 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2892  transcriptional regulator, XRE family  72.46 
 
 
166 aa  209  8e-54  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.203012 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1815  XRE family transcriptional regulator  63.38 
 
 
137 aa  174  3e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0843474  normal  0.166838 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0443  transcriptional regulator  59.42 
 
 
140 aa  173  9e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  5.54716e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0016  transcriptional regulator, XRE family  61.15 
 
 
138 aa  169  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000711578 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0045  XRE family transcriptional regulator  57.97 
 
 
139 aa  167  6e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  7.42068e-06  hitchhiker  6.14145e-11 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0019  XRE family transcriptional regulator  62.59 
 
 
139 aa  165  2e-40  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0558597 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0051  XRE family transcriptional regulator  61.03 
 
 
138 aa  165  2e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0473  XRE family transcriptional regulator  61.76 
 
 
138 aa  165  2e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.54052 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3923  XRE family transcriptional regulator  59.56 
 
 
140 aa  164  3e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.680179  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0014  transcriptional regulator, XRE family  56.52 
 
 
139 aa  164  6e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.881591  normal  0.120221 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0237  XRE family transcriptional regulator  61.76 
 
 
139 aa  163  7e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0753  XRE family transcriptional regulator  56.52 
 
 
135 aa  161  2e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.057083  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0026  XRE family transcriptional regulator  62.77 
 
 
139 aa  162  2e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0595  XRE family transcriptional regulator  60.43 
 
 
139 aa  160  4e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.958783  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0447  transcriptional regulator, XRE family  60.29 
 
 
139 aa  160  5e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2159  Cro/CI family transcriptional regulator  56.52 
 
 
137 aa  159  1e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  unclonable  3.14405e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2071  Cro/CI family transcriptional regulator  56.52 
 
 
137 aa  159  1e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0247654  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3622  XRE family transcriptional regulator  55.86 
 
 
147 aa  154  4e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4530  XRE family transcriptional regulator  52.74 
 
 
152 aa  146  1e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0230  transcriptional regulator, XRE family  51.45 
 
 
137 aa  142  2e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.737224  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3177  XRE family transcriptional regulator  51.41 
 
 
142 aa  140  9e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0647326  normal  0.0138701 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0329  XRE family transcriptional regulator  51.06 
 
 
171 aa  137  5e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.846996  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3038  XRE family transcriptional regulator  48.53 
 
 
140 aa  136  1e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6091  transcriptional regulator, XRE family  47.65 
 
 
152 aa  134  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0021  XRE family transcriptional regulator  51.45 
 
 
161 aa  134  4e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1248  DNA-binding protein  47.1 
 
 
137 aa  133  7e-31  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.821781  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0834  XRE family transcriptional regulator  51.15 
 
 
145 aa  131  4e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.211274  normal  0.760334 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6504  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 
152 aa  130  5e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7073  transcriptional regulator  47.1 
 
 
138 aa  130  8e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2959  transcriptional regulator, XRE family  50.36 
 
 
141 aa  129  1e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.676432  normal  0.753241 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3208  transcriptional regulator, XRE family  49.62 
 
 
141 aa  129  2e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8067  transcriptional regulator  52.99 
 
 
146 aa  126  1e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.262846  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5225  XRE family transcriptional regulator  49.25 
 
 
140 aa  125  2e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3775  XRE family transcriptional regulator  50.38 
 
 
210 aa  125  2e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0026  XRE family transcriptional regulator  46.32 
 
 
144 aa  124  5e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.153059  normal  0.660956 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2104  transcriptional regulator, XRE family  43.05 
 
 
174 aa  123  7e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2935  XRE family transcriptional regulator  47.33 
 
 
128 aa  114  5e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1149  XRE family transcriptional regulator  49.59 
 
 
120 aa  112  2e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.016899  hitchhiker  2.34075e-06 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2278  XRE family transcriptional regulator  43.88 
 
 
136 aa  111  3e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.504941  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2806  putative transcriptional regulatory protein  42.75 
 
 
131 aa  105  2e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9533  transcriptional regulator Cro/CI family  43.15 
 
 
141 aa  104  6e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.140693  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7198  transcriptional regulator, XRE family  42.14 
 
 
134 aa  103  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0637638 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6040  transcriptional regulator, XRE family  41.01 
 
 
134 aa  103  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.591688 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3598  XRE family transcriptional regulator  43.66 
 
 
156 aa  102  2e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  hitchhiker  0.00212083  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3578  XRE family transcriptional regulator  44.74 
 
 
140 aa  101  5e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1909  XRE family transcriptional regulator  43.52 
 
 
123 aa  99.4  2e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1502  XRE family transcriptional regulator  39.55 
 
 
136 aa  99.4  2e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.662366  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1388  XRE family transcriptional regulator  40.95 
 
 
119 aa  94.4  5e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.346177 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1232  XRE family transcriptional regulator  41.28 
 
 
126 aa  93.6  9e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.236768  normal  0.265611 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2775  putative transcriptional regulator  42.45 
 
 
123 aa  93.2  1e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1020  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 
149 aa  91.7  3e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.638142  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0540  XRE family transcriptional regulator  40.95 
 
 
120 aa  90.5  7e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0675  XRE family transcriptional regulator  40.95 
 
 
120 aa  90.5  7e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00325967 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1892  XRE family transcriptional regulator  40.95 
 
 
120 aa  90.5  7e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3125  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 
162 aa  90.1  9e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.412901  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4413  transcriptional regulator, XRE family  38.81 
 
 
121 aa  89  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.465238  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4093  transcriptional regulator, XRE family  38.81 
 
 
121 aa  87.4  6e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0154  helix-turn-helix domain-containing protein  37.59 
 
 
134 aa  87  8e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2456  XRE family transcriptional regulator  35.56 
 
 
134 aa  85.5  3e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.214066  normal  0.20041 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1118  putative transcriptional regulator  36.62 
 
 
213 aa  85.5  3e-16  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0278  XRE family transcriptional regulator  53.85 
 
 
145 aa  84.7  4e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4834  transcriptional regulator, XRE family  38.35 
 
 
135 aa  83.6  8e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.592449  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0971  transcriptional regulator, XRE family  37.68 
 
 
135 aa  83.6  1e-15  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.508784  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0894  transcriptional regulator  37.86 
 
 
215 aa  83.6  1e-15  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6290  transcriptional regulator, XRE family  53.52 
 
 
121 aa  83.2  1e-15  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3522  helix-turn-helix domain-containing protein  37.8 
 
 
135 aa  83.2  1e-15  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2429  XRE family transcriptional regulator  39.13 
 
 
143 aa  83.2  1e-15  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.214939  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1041  helix-turn-helix domain-containing protein  37.68 
 
 
142 aa  83.6  1e-15  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0368815 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1168  transcriptional regulator, XRE family  37.68 
 
 
142 aa  83.6  1e-15  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.092853  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3762  transcriptional regulator, XRE family  35.77 
 
 
135 aa  82.4  2e-15  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.117326  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1563  transcriptional regulator, XRE family  37.14 
 
 
135 aa  82.4  2e-15  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2160  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 
134 aa  82  3e-15  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.468793  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2727  transcriptional regulator, XRE family  35.82 
 
 
133 aa  81.3  5e-15  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3242  XRE family transcriptional regulator  34.75 
 
 
149 aa  80.9  6e-15  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4795  transcriptional regulator, XRE family  38.76 
 
 
134 aa  79.3  2e-14  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0939257  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0066  XRE family transcriptional regulator  34.87 
 
 
146 aa  78.6  3e-14  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0319384  normal 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3777  XRE family transcriptional regulator  44.29 
 
 
125 aa  76.6  1e-13  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0155  helix-turn-helix domain-containing protein  34.65 
 
 
135 aa  75.5  2e-13  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2505  XRE family transcriptional regulator  35.56 
 
 
128 aa  75.5  2e-13  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2958  transcriptional regulator HTH family  33.59 
 
 
134 aa  73.6  1e-12  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3398  XRE family transcriptional regulator  38.41 
 
 
180 aa  72.8  2e-12  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1221  XRE family transcriptional regulator  36.09 
 
 
127 aa  72.4  2e-12  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.309245  normal  0.121494 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3790  XRE family transcriptional regulator  57.14 
 
 
129 aa  72.4  2e-12  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  hitchhiker  2.1488e-06 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0230  DNA-binding protein  32.84 
 
 
144 aa  70.9  6e-12  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0592162  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3608  XRE family transcriptional regulator  45.21 
 
 
130 aa  68.2  4e-11  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6073  XRE family transcriptional regulator  43.06 
 
 
148 aa  65.1  4e-10  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4492  XRE family transcriptional regulator  30.77 
 
 
135 aa  64.7  5e-10  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1458  transcriptional regulator, XRE family  35 
 
 
114 aa  63.2  1e-09  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0591  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 
113 aa  61.2  4e-09  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2415  XRE family transcriptional regulator  45.16 
 
 
108 aa  60.8  7e-09  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.747648  normal  0.205429 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5909  transcriptional regulator, XRE family  40.3 
 
 
149 aa  60.5  8e-09  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.27764  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5287  XRE family transcriptional regulator  36.62 
 
 
149 aa  58.5  3e-08  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.511676  normal  0.279945 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5734  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 
124 aa  58.5  3e-08  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6134  XRE family transcriptional regulator  41.82 
 
 
139 aa  52.8  2e-06  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.577442 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3305  helix-turn-helix domain-containing protein  35.82 
 
 
135 aa  52  3e-06  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.875341  normal  0.568841 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3628  transcriptional regulator, XRE family  35.82 
 
 
135 aa  52  3e-06  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.422451  normal  0.286276 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3505  transcriptional regulator, XRE family  34.33 
 
 
135 aa  50.1  1e-05  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.497351 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6062  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 
138 aa  49.7  1e-05  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3148  XRE family transcriptional regulator  21.05 
 
 
185 aa  48.5  4e-05  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>