More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_0507 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_0507  nickel-dependent hydrogenase large subunit  100 
 
 		 429 aa  873    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04400  Soluble nickel-dependent hydrogenase, large subunit, HoxH  76.13 
 
 		 419 aa  674    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2590  nickel-dependent hydrogenase large subunit  63.85 
 
 		 433 aa  535  1e-151  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.282401  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2660  Coenzyme F420 hydrogenase  57.94 
 
 		 433 aa  530  1e-149  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.041142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1019  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  58.35 
 
 		 431 aa  496  1e-139  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00653003 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1138  nickel-dependent hydrogenase large subunit  57.61 
 
 		 431 aa  489  1e-137  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0937  [NiFe] hydrogenase, alpha subunit, putative  55.85 
 
 		 422 aa  462  1e-129  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.952693  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1055  nickel-dependent hydrogenase large subunit  55.29 
 
 		 432 aa  463  1e-129  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.620596 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4496  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  54.82 
 
 		 430 aa  461  9.999999999999999e-129  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.401222  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1858  nickel-dependent hydrogenase large subunit  56.91 
 
 		 428 aa  460  9.999999999999999e-129  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.940457  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4826  nickel-dependent hydrogenase large subunit  55.37 
 
 		 428 aa  456  1e-127  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.106762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3427  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  54.82 
 
 		 430 aa  450  1e-125  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.260108 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3416  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  54.82 
 
 		 430 aa  450  1e-125  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.291194  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3479  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  54.82 
 
 		 430 aa  450  1e-125  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.441341  normal  0.0523033 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1263  hypothetical protein  52.47 
 
 		 433 aa  438  1e-121  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.321319  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3474  nickel-dependent hydrogenase large subunit  53.76 
 
 		 432 aa  428  1e-118  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.455292  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2532  hypothetical protein  46.82 
 
 		 430 aa  407  1.0000000000000001e-112  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2387  hypothetical protein  46.35 
 
 		 430 aa  407  1.0000000000000001e-112  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2605  nickel-dependent hydrogenase large subunit  33.8 
 
 		 439 aa  269  7e-71  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0537031  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1929  nickel-dependent hydrogenase large subunit  35.87 
 
 		 425 aa  265  1e-69  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0245  hydrogenase/sulfur reductase, alpha subunit  37.5 
 
 		 426 aa  263  4e-69  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.392685  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1256  nickel-dependent hydrogenase large subunit  35.12 
 
 		 430 aa  263  4.999999999999999e-69  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0884  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  35.42 
 
 		 432 aa  252  8.000000000000001e-66  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.912975  normal  0.251676 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2132  nickel-dependent hydrogenase large subunit  33.97 
 
 		 425 aa  251  2e-65  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0448433  normal  0.0283043 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2499  nickel-dependent hydrogenase large subunit  35.15 
 
 		 424 aa  247  4e-64  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2169  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  35.07 
 
 		 424 aa  244  3e-63  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2097  nickel-dependent hydrogenase large subunit  34.36 
 
 		 424 aa  241  2e-62  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0080  nickel-dependent hydrogenase large subunit  31.7 
 
 		 421 aa  228  1e-58  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.303597  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1122  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  32.24 
 
 		 425 aa  213  4.9999999999999996e-54  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2249  nickel-dependent hydrogenase large subunit  34.75 
 
 		 423 aa  213  7e-54  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1968  nickel-dependent hydrogenase large subunit  34.11 
 
 		 423 aa  201  1.9999999999999998e-50  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0114  NAD-reducing hydrogenase, beta subunit  31.28 
 
 		 494 aa  162  1e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0070  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.8 
 
 		 471 aa  161  2e-38  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1007  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  31.56 
 
 		 455 aa  160  3e-38  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1459  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.79 
 
 		 504 aa  160  6e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.720227 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1215  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.88 
 
 		 499 aa  159  8e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0417903 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1673  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.85 
 
 		 493 aa  157  2e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.521628  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0531  putative nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.2 
 
 		 504 aa  157  3e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2250  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.31 
 
 		 488 aa  157  3e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0169608  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2102  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.98 
 
 		 472 aa  156  5.0000000000000005e-37  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.782605  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3539  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  31.17 
 
 		 474 aa  156  8e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3320  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.51 
 
 		 473 aa  154  2e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0652  F420-non-reducing hydrogenase subunit A  28.92 
 
 		 471 aa  153  4e-36  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2716  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.98 
 
 		 479 aa  153  5.9999999999999996e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.892044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0996  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.61 
 
 		 418 aa  153  7e-36  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4661  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.85 
 
 		 487 aa  152  1e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3884  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.57 
 
 		 473 aa  151  2e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2476  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.95 
 
 		 473 aa  151  2e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.795621  normal  0.410999 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1712  F420-non-reducing hydrogenase subunit A  28.33 
 
 		 418 aa  150  3e-35  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0977  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.33 
 
 		 418 aa  150  5e-35  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.390644  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1368  nickel-dependent hydrogenase large subunit  31.03 
 
 		 475 aa  150  6e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3972  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.57 
 
 		 473 aa  149  6e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000529156 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2221  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.6 
 
 		 482 aa  150  6e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.794889  normal  0.78316 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0097  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.93 
 
 		 475 aa  150  6e-35  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.325648  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1215  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.02 
 
 		 418 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2791  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.19 
 
 		 482 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.119602  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0078  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.75 
 
 		 474 aa  147  5e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0969  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.58 
 
 		 418 aa  147  5e-34  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2555  NAD-reducing hydrogenase HoxS beta subunit  29 
 
 		 476 aa  147  5e-34  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.148056  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0982  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.13 
 
 		 487 aa  146  6e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3855  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.51 
 
 		 507 aa  145  2e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0092  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.67 
 
 		 474 aa  144  4e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.643449 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0095  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.67 
 
 		 474 aa  143  5e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4043  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.94 
 
 		 473 aa  143  8e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0198059 
 
 
-
 
NC_002936  DET0615  hydrogenase, group 3, VhuA subunit, putative  27.1 
 
 		 479 aa  142  9.999999999999999e-33  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1553  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.59 
 
 		 479 aa  142  1.9999999999999998e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4160  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.31 
 
 		 474 aa  140  4.999999999999999e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_553  nickel-dependent hydrogenase, group 3, large subunit  26.45 
 
 		 479 aa  139  1e-31  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0139726  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0588  F420-non-reducing hydrogenase subunit A  26.65 
 
 		 479 aa  138  2e-31  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204108  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4292  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.25 
 
 		 494 aa  137  5e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2419  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29 
 
 		 473 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.954862  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4314  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.25 
 
 		 494 aa  135  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1113  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  30.89 
 
 		 476 aa  134  3e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.301961  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3537  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.27 
 
 		 469 aa  134  3e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2718  NAD-reducing hydrogenase, beta subunit  30.04 
 
 		 478 aa  133  6.999999999999999e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3954  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.81 
 
 		 449 aa  132  1.0000000000000001e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.644029 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2748  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.82 
 
 		 488 aa  132  2.0000000000000002e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4162  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  30.67 
 
 		 494 aa  131  3e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0906302  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3680  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.19 
 
 		 509 aa  129  1.0000000000000001e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0782936  normal  0.503756 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4113  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.59 
 
 		 489 aa  129  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0509028  normal  0.183384 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2258  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.35 
 
 		 486 aa  127  3e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1525  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.28 
 
 		 488 aa  127  4.0000000000000003e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000894187  hitchhiker  0.00486844 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2013  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.02 
 
 		 487 aa  124  3e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1791  hydrogen dehydrogenase  25.99 
 
 		 449 aa  117  3e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1651  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.37 
 
 		 485 aa  117  5e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4306  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.75 
 
 		 498 aa  112  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.891144  normal  0.552071 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1969  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.39 
 
 		 514 aa  110  5e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.668451  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0073  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.46 
 
 		 410 aa  110  5e-23  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1248  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.42 
 
 		 488 aa  107  5e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.210122 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0649  coenzyme F420-reducing hydrogenase, alpha subunit  25.86 
 
 		 410 aa  105  1e-21  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1787  nickel-dependent hydrogenase large subunit  24.7 
 
 		 481 aa  102  1e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.993845  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0273  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.99 
 
 		 488 aa  102  2e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.328721 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0015  coenzyme F420-reducing hydrogenase, alpha subunit  23.25 
 
 		 455 aa  100  3e-20  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2287  coenzyme F420 hydrogenase, subunit alpha  23.8 
 
 		 456 aa  100  4e-20  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.304616 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1045  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.65 
 
 		 385 aa  96.3  1e-18  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1042  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  24.02 
 
 		 485 aa  94.7  3e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.90765  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1231  nickel-dependent hydrogenase large subunit  23.87 
 
 		 458 aa  93.6  5e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2332  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  22.78 
 
 		 469 aa  91.7  2e-17  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0452  coenzyme F420-reducing hydrogenase, alpha subunit  23.64 
 
 		 456 aa  90.9  4e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0342  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.98 
 
 		 485 aa  90.5  5e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0846503  normal  0.979503 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>