More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bfae_10340 on replicon NC_013172
Organism: Brachybacterium faecium DSM 4810



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013172  Bfae_10340  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 318 aa  613  9.999999999999999e-175  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.182635  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1449  tRNA pseudouridine synthase B  55.78 
 
 		 301 aa  279  4e-74  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00175949  normal  0.371099 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1514  tRNA pseudouridine synthase B  55.7 
 
 		 336 aa  275  1.0000000000000001e-72  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1424  tRNA pseudouridine synthase B  51.17 
 
 		 306 aa  263  3e-69  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2158  tRNA pseudouridine synthase B  50.34 
 
 		 299 aa  258  7e-68  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.285493  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14640  tRNA pseudouridine synthase B  53.31 
 
 		 295 aa  258  7e-68  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.282471  normal  0.813553 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1432  tRNA pseudouridine synthase B  50 
 
 		 322 aa  256  4e-67  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000149867 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5115  tRNA pseudouridine synthase B  51.7 
 
 		 310 aa  253  3e-66  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.135033  normal  0.0750927 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5828  tRNA pseudouridine synthase B  51.31 
 
 		 299 aa  250  2e-65  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.786623  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11500  tRNA pseudouridine 55 synthase  47.15 
 
 		 348 aa  249  3e-65  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0558927  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2329  tRNA pseudouridine synthase B  49.36 
 
 		 302 aa  249  3e-65  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0208892 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1727  tRNA pseudouridine synthase B  52.38 
 
 		 297 aa  248  7e-65  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07030  tRNA pseudouridine synthase B  57.03 
 
 		 298 aa  247  2e-64  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2487  tRNA pseudouridine synthase B  51.78 
 
 		 307 aa  245  6.999999999999999e-64  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.447446  normal  0.464709 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1065  tRNA pseudouridine synthase B  55.38 
 
 		 299 aa  245  8e-64  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.362733  normal  0.0143868 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2120  tRNA pseudouridine 55 synthase  51.57 
 
 		 299 aa  245  9e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0781  tRNA pseudouridine synthase B  50 
 
 		 293 aa  244  1.9999999999999999e-63  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1186  tRNA pseudouridine synthase B  52.51 
 
 		 313 aa  243  1.9999999999999999e-63  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.372827 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3327  tRNA pseudouridine synthase B  53.92 
 
 		 289 aa  243  3e-63  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.212932  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3960  tRNA pseudouridine synthase B  52.46 
 
 		 304 aa  241  2e-62  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3589  tRNA pseudouridine synthase B  49.5 
 
 		 295 aa  237  3e-61  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0304508  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3188  tRNA pseudouridine synthase B  60 
 
 		 289 aa  236  4e-61  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0863622  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1213  tRNA pseudouridine synthase B  61.19 
 
 		 325 aa  234  1.0000000000000001e-60  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12806  tRNA pseudouridine synthase B  48.98 
 
 		 298 aa  234  1.0000000000000001e-60  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.107563  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23430  tRNA pseudouridine synthase B  53.9 
 
 		 343 aa  233  2.0000000000000002e-60  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.902891  normal  0.190308 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7739  tRNA pseudouridine synthase B  53.12 
 
 		 305 aa  234  2.0000000000000002e-60  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4028  tRNA pseudouridine synthase B  49.33 
 
 		 294 aa  229  6e-59  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.150764 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1021  tRNA pseudouridine synthase B  48.08 
 
 		 333 aa  227  2e-58  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2078  tRNA pseudouridine synthase B  58.91 
 
 		 297 aa  226  3e-58  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0804076  normal  0.193911 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2095  tRNA pseudouridine synthase B  58.91 
 
 		 297 aa  226  3e-58  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2141  tRNA pseudouridine synthase B  58.91 
 
 		 297 aa  226  3e-58  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.024046 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3558  tRNA pseudouridine synthase B  59.91 
 
 		 327 aa  221  9e-57  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.567602  normal  0.599891 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2213  tRNA pseudouridine synthase B  52.6 
 
 		 323 aa  221  1.9999999999999999e-56  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0106911  normal  0.0721688 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0287  tRNA pseudouridine synthase B  45.45 
 
 		 367 aa  217  2e-55  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1512  tRNA pseudouridine synthase B  51.3 
 
 		 303 aa  214  1.9999999999999998e-54  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.467082  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1336  tRNA pseudouridine synthase B  49.67 
 
 		 305 aa  206  3e-52  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0671374  hitchhiker  0.00117638 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3569  tRNA pseudouridine synthase B  44.92 
 
 		 293 aa  202  4e-51  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.687406 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1378  tRNA pseudouridine synthase B  49.49 
 
 		 327 aa  199  5e-50  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.758516  normal  0.467888 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1745  pseudouridine synthase  49.41 
 
 		 387 aa  199  6e-50  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3977  tRNA pseudouridine synthase B  50.24 
 
 		 291 aa  186  5e-46  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.505383  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1438  tRNA pseudouridine synthase B  51.44 
 
 		 302 aa  184  1.0000000000000001e-45  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4983  tRNA pseudouridine synthase B  43.13 
 
 		 293 aa  184  2.0000000000000003e-45  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3931  tRNA pseudouridine synthase B  49.53 
 
 		 299 aa  184  2.0000000000000003e-45  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.486039  normal  0.358321 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0159  tRNA pseudouridine synthase B  42.35 
 
 		 344 aa  183  3e-45  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1128  tRNA pseudouridine synthase B  44.37 
 
 		 297 aa  183  4.0000000000000006e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3630  tRNA pseudouridine synthase B  45.15 
 
 		 307 aa  182  5.0000000000000004e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.326344  normal  0.032374 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_05391  tRNA pseudouridine synthase B  37.7 
 
 		 323 aa  180  2e-44  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2817  tRNA pseudouridine synthase B  45.61 
 
 		 241 aa  180  2.9999999999999997e-44  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.604126  hitchhiker  0.00223059 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3042  tRNA pseudouridine synthase B  48.11 
 
 		 304 aa  180  2.9999999999999997e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.877322 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  43.14 
 
 		 300 aa  179  4e-44  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_17741  putative tRNA pseudouridine 55 synthase  40.27 
 
 		 314 aa  178  1e-43  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.971864 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0918  tRNA pseudouridine synthase B  40.97 
 
 		 314 aa  177  2e-43  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  41.58 
 
 		 310 aa  177  2e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1108  tRNA pseudouridine synthase B  47.44 
 
 		 301 aa  176  6e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.610694  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  40.89 
 
 		 310 aa  175  7e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4034  tRNA pseudouridine synthase B  46.46 
 
 		 301 aa  176  7e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2706  tRNA pseudouridine synthase B  37.37 
 
 		 313 aa  175  7e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4643  tRNA pseudouridine synthase B  39.93 
 
 		 322 aa  175  8e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0247266  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  41.55 
 
 		 310 aa  175  8e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  41.55 
 
 		 310 aa  175  8e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2050  tRNA pseudouridine synthase B  38.16 
 
 		 302 aa  174  9.999999999999999e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  42.57 
 
 		 311 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2131  tRNA pseudouridine synthase B  40.46 
 
 		 315 aa  174  1.9999999999999998e-42  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.222918  normal  0.419239 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  41.24 
 
 		 310 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  43.21 
 
 		 302 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  42.57 
 
 		 321 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  43.21 
 
 		 302 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  43.21 
 
 		 302 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  42.57 
 
 		 321 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  43.21 
 
 		 302 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1237  tRNA pseudouridine synthase B  35.84 
 
 		 330 aa  173  2.9999999999999996e-42  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.657883  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2922  tRNA pseudouridine synthase B  46.51 
 
 		 301 aa  173  3.9999999999999995e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0680034  normal  0.150523 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3632  tRNA pseudouridine synthase B  35.29 
 
 		 307 aa  172  5e-42  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0220119  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0557  tRNA pseudouridine synthase B  47.17 
 
 		 293 aa  172  7.999999999999999e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.492745 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0393  tRNA pseudouridine synthase B  47.17 
 
 		 293 aa  172  7.999999999999999e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1336  tRNA pseudouridine synthase B  35.64 
 
 		 307 aa  172  7.999999999999999e-42  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.1805  hitchhiker  0.00915441 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  39.74 
 
 		 311 aa  172  9e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3661  tRNA pseudouridine synthase B  34.95 
 
 		 307 aa  171  2e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00496834  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3947  tRNA pseudouridine synthase B  34.95 
 
 		 307 aa  171  2e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.70676  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3908  tRNA pseudouridine synthase B  35.29 
 
 		 307 aa  171  2e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.857105  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0998  tRNA pseudouridine synthase B  34.43 
 
 		 294 aa  170  3e-41  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0507198  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0479  tRNA pseudouridine synthase B  39.93 
 
 		 291 aa  170  3e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0291  tRNA pseudouridine synthase B  46.51 
 
 		 363 aa  170  3e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0204129 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2462  tRNA pseudouridine synthase B  34.44 
 
 		 307 aa  170  3e-41  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0554606  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3848  tRNA pseudouridine synthase B  34.6 
 
 		 307 aa  170  4e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  39.66 
 
 		 306 aa  170  4e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3821  tRNA pseudouridine synthase B  34.95 
 
 		 307 aa  169  4e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  7.83095e-62 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04550  putative tRNA pseudouridine synthase  44.65 
 
 		 238 aa  169  5e-41  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2136  tRNA pseudouridine synthase B  44.13 
 
 		 338 aa  169  5e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0388744  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  40.34 
 
 		 304 aa  169  7e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  40 
 
 		 304 aa  169  7e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0948  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  44.93 
 
 		 225 aa  169  8e-41  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.276253  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3569  tRNA pseudouridine synthase B  34.6 
 
 		 307 aa  168  9e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0427188  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3857  tRNA pseudouridine synthase B  34.95 
 
 		 307 aa  168  9e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000159837  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1144  tRNA pseudouridine synthase B  43.77 
 
 		 315 aa  168  9e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.431473  normal  0.105946 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3551  tRNA pseudouridine synthase B  34.95 
 
 		 307 aa  168  1e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  39.58 
 
 		 305 aa  168  1e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  41.51 
 
 		 309 aa  167  2e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2029  tRNA pseudouridine synthase B  38.82 
 
 		 314 aa  167  2e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0245667  normal  0.0911973 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  40.85 
 
 		 310 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>