More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcer98_0312 on replicon NC_009674
Organism: Bacillus cytotoxicus NVH 391-98



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009674  Bcer98_0312  dihydrouridine synthase DuS  100 
 
 
319 aa  660    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0319  hypothetical protein  96.86 
 
 
329 aa  611  9.999999999999999e-175  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0306  dihydrouridine synthase  97.48 
 
 
329 aa  612  9.999999999999999e-175  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0334  hypothetical protein  96.86 
 
 
329 aa  611  9.999999999999999e-175  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.217194  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0426  hypothetical protein  96.53 
 
 
329 aa  608  1e-173  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0408  hypothetical protein  96.85 
 
 
329 aa  609  1e-173  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0302  dihydrouridine synthase  96.21 
 
 
329 aa  603  9.999999999999999e-173  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0366  hypothetical protein  96.23 
 
 
329 aa  605  9.999999999999999e-173  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0382  hypothetical protein  96.53 
 
 
329 aa  605  9.999999999999999e-173  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00282008  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0314  dihydrouridine synthase DuS  96.21 
 
 
329 aa  603  1.0000000000000001e-171  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4937  probable tRNA-dihydrouridine synthase 2  95.9 
 
 
329 aa  602  1.0000000000000001e-171  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00645235  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2413  hypothetical protein  74.92 
 
 
326 aa  497  1e-140  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0077  hypothetical protein  75.71 
 
 
328 aa  495  1e-139  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0079  hypothetical protein  75.71 
 
 
328 aa  495  1e-139  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1428  tRNA-dihydrouridine synthase  50.77 
 
 
330 aa  329  4e-89  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.874518  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0734  tRNA-dihydrouridine synthase  52.44 
 
 
365 aa  327  2.0000000000000001e-88  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.531142  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0761  putative histidine phosphokinase/phophatase  33.65 
 
 
329 aa  172  5.999999999999999e-42  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1074  nifR3 family TIM-barrel protein  32.01 
 
 
332 aa  138  1e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2996  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.54 
 
 
329 aa  138  2e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0403  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.89 
 
 
358 aa  133  3e-30  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00000189855  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.31 
 
 
346 aa  134  3e-30  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5809  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.33 
 
 
345 aa  134  3e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0243889 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03215  putative TIM-barrel enzyme, possible dehydrogenase  33.23 
 
 
330 aa  133  3.9999999999999996e-30  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0661  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.33 
 
 
354 aa  132  6.999999999999999e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.618567 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0818  hypothetical protein  32.91 
 
 
327 aa  131  1.0000000000000001e-29  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.540115 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.37 
 
 
347 aa  131  1.0000000000000001e-29  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0018  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.33 
 
 
335 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.380372  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  30.89 
 
 
335 aa  130  2.0000000000000002e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  31.01 
 
 
335 aa  130  4.0000000000000003e-29  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1019  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  30.67 
 
 
335 aa  129  5.0000000000000004e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.192901  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2392  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.03 
 
 
329 aa  129  5.0000000000000004e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.226575  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0642  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  30.87 
 
 
356 aa  129  1.0000000000000001e-28  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  26.02 
 
 
326 aa  127  2.0000000000000002e-28  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  26.02 
 
 
326 aa  127  2.0000000000000002e-28  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  28.79 
 
 
324 aa  127  2.0000000000000002e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  29.75 
 
 
354 aa  127  3e-28  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0360  NifR3 family TIM-barrel protein  30.43 
 
 
329 aa  126  4.0000000000000003e-28  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  29.79 
 
 
347 aa  127  4.0000000000000003e-28  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10941  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  31.23 
 
 
335 aa  126  5e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.48953  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3447  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.25 
 
 
337 aa  125  9e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2169  dihydrouridine synthase, DuS  32.5 
 
 
378 aa  125  1e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.320847 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.97 
 
 
352 aa  125  1e-27  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  29.32 
 
 
348 aa  124  2e-27  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.87 
 
 
328 aa  124  2e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0021  NifR3 family TIM-barrel protein  30.82 
 
 
333 aa  124  3e-27  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  29.43 
 
 
342 aa  123  4e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0154  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.52 
 
 
351 aa  123  4e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.386223  normal  0.0859714 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  28.57 
 
 
350 aa  123  5e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0479  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.06 
 
 
327 aa  122  6e-27  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.0020045  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0864  nifR3 family TIM-barrel protein  29.43 
 
 
349 aa  121  1.9999999999999998e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1950  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.56 
 
 
347 aa  121  1.9999999999999998e-26  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.66 
 
 
333 aa  120  3.9999999999999996e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  29.5 
 
 
319 aa  119  6e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  28.7 
 
 
320 aa  119  9e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0030  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  28.4 
 
 
370 aa  118  9.999999999999999e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.405013  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1325  nifR3 family TIM-barrel protein  27.85 
 
 
334 aa  118  9.999999999999999e-26  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal  0.772005 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2368  TIM-barrel protein, nifR3 family  27.5 
 
 
336 aa  118  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2418  TIM-barrel protein, nifR3 family  27.5 
 
 
336 aa  118  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.875829  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3625  dihydrouridine synthase DuS  30.36 
 
 
335 aa  118  1.9999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000203836  decreased coverage  0.0000000672077 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3875  dihydrouridine synthase DuS  31.65 
 
 
384 aa  115  8.999999999999998e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0954175  normal  0.0179624 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_21571  putative nitrogen regulation protein NifR3 family protein  29.43 
 
 
336 aa  115  1.0000000000000001e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0855264 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  28.88 
 
 
322 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  26.35 
 
 
322 aa  114  2.0000000000000002e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.64 
 
 
357 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1169  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  28.66 
 
 
318 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2449  TIM-barrel protein  27.65 
 
 
351 aa  114  2.0000000000000002e-24  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.102177  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0286  dihydrouridine synthase DuS  29.43 
 
 
324 aa  113  4.0000000000000004e-24  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.902686  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  23.49 
 
 
327 aa  113  4.0000000000000004e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1525  nifR3 family TIM-barrel protein  28.12 
 
 
320 aa  113  4.0000000000000004e-24  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000000166 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  27.22 
 
 
333 aa  113  5e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2242  dihydrouridine synthase, DuS  31.91 
 
 
309 aa  112  6e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000197491  hitchhiker  0.000869385 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0048  nifR3 family TIM-barrel protein  27.62 
 
 
335 aa  112  7.000000000000001e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.11245  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1724  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  27.65 
 
 
330 aa  112  7.000000000000001e-24  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10310  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  28.39 
 
 
341 aa  112  7.000000000000001e-24  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.193475  unclonable  0.00000000180311 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1867  TIM-barrel protein, nifR3 family  28.17 
 
 
326 aa  112  7.000000000000001e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.712125  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  26.92 
 
 
347 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  28.4 
 
 
332 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_04411  tRNA-dihydrouridine synthase  27.33 
 
 
330 aa  111  2.0000000000000002e-23  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.324632  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2388  dihydrouridine synthase, DuS  28.39 
 
 
319 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0313315  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  28.48 
 
 
332 aa  110  3e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0091  dihydrouridine synthase DuS  27.74 
 
 
305 aa  108  9.000000000000001e-23  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  28.18 
 
 
332 aa  108  1e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  28.08 
 
 
333 aa  108  1e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  27.99 
 
 
325 aa  108  2e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  28.18 
 
 
332 aa  107  2e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  28.18 
 
 
324 aa  107  2e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  28.18 
 
 
332 aa  107  2e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  28.18 
 
 
332 aa  107  2e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  28.18 
 
 
324 aa  107  2e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3192  dihydrouridine synthase, DuS  29.13 
 
 
342 aa  108  2e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.742064  normal  0.427148 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  27.41 
 
 
351 aa  107  2e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1786  dihydrouridine synthase DuS  28.12 
 
 
315 aa  107  2e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000927227 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1587  TIM-barrel protein, nifR3 family  27.89 
 
 
334 aa  107  2e-22  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.65246  normal  0.28847 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  29.84 
 
 
332 aa  107  2e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06910  Dihydrouridine synthase  28.3 
 
 
322 aa  107  3e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.888077  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  27.33 
 
 
321 aa  107  3e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  26.65 
 
 
334 aa  106  4e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  26.71 
 
 
318 aa  106  4e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  26.98 
 
 
325 aa  106  5e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2030  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  30.79 
 
 
333 aa  105  7e-22  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>