More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcenmc03_4965 on replicon NC_010515
Organism: Burkholderia cenocepacia MC0-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008061  Bcen_3064  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 
284 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5303  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 
284 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0352079 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4965  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 
284 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0261415 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4664  shikimate 5-dehydrogenase  93.66 
 
 
284 aa  514  1.0000000000000001e-145  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.589898  normal  0.583924 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0345  shikimate 5-dehydrogenase  95.07 
 
 
284 aa  489  1e-137  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.916967  normal  0.720007 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5192  shikimate 5-dehydrogenase  93.66 
 
 
284 aa  489  1e-137  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.746305 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3420  shikimate 5-dehydrogenase  91 
 
 
289 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0516943  normal  0.167185 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0580  shikimate 5-dehydrogenase  78.87 
 
 
284 aa  397  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0850  shikimate 5-dehydrogenase  78.87 
 
 
284 aa  398  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2208  shikimate 5-dehydrogenase  79.23 
 
 
284 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0483  shikimate 5-dehydrogenase  79.23 
 
 
284 aa  398  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0893  shikimate 5-dehydrogenase  79.23 
 
 
284 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.171328  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1754  shikimate 5-dehydrogenase  79.23 
 
 
284 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.198827  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1897  shikimate 5-dehydrogenase  78.87 
 
 
284 aa  396  1e-109  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2057  shikimate 5-dehydrogenase  77.65 
 
 
284 aa  389  1e-107  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4569  shikimate 5-dehydrogenase  72.86 
 
 
304 aa  389  1e-107  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.988976  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0884  shikimate 5-dehydrogenase  71.43 
 
 
296 aa  360  2e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0118  shikimate 5-dehydrogenase  64.54 
 
 
291 aa  325  4.0000000000000003e-88  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.758312  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1398  shikimate 5-dehydrogenase  68.46 
 
 
315 aa  320  9.999999999999999e-87  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000150041  normal  0.643629 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4903  shikimate 5-dehydrogenase  60.64 
 
 
284 aa  320  9.999999999999999e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38080  shikimate 5-dehydrogenase  64.98 
 
 
284 aa  317  1e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.797056  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2132  shikimate 5-dehydrogenase  59.64 
 
 
284 aa  306  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.123171  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5698  shikimate 5-dehydrogenase  59.71 
 
 
299 aa  303  2.0000000000000002e-81  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.341043  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2247  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  61.27 
 
 
292 aa  301  5.000000000000001e-81  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.261853  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2348  shikimate 5-dehydrogenase, putative  59.21 
 
 
284 aa  300  2e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.43472  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1912  shikimate 5-dehydrogenase  57.45 
 
 
282 aa  296  3e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.820542  normal  0.253219 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2374  shikimate 5-dehydrogenase  59.22 
 
 
289 aa  296  4e-79  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0329  shikimate 5-dehydrogenase  60.14 
 
 
278 aa  295  8e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.24235  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03020  shikimate 5-dehydrogenase  60.28 
 
 
284 aa  294  9e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000201937 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2406  shikimate 5-dehydrogenase  57.65 
 
 
282 aa  293  2e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2040  shikimate 5-dehydrogenase  57.65 
 
 
282 aa  291  7e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.842464 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3289  shikimate 5-dehydrogenase  57.65 
 
 
282 aa  290  2e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.618073 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5454  shikimate 5-dehydrogenase  58.21 
 
 
289 aa  286  2e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.558316  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3465  shikimate 5-dehydrogenase  56.03 
 
 
286 aa  286  2.9999999999999996e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.259749  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3856  shikimate 5-dehydrogenase  57.65 
 
 
293 aa  283  2.0000000000000002e-75  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4080  shikimate 5-dehydrogenase  55.87 
 
 
293 aa  275  5e-73  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5094  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain-containing protein  53.69 
 
 
310 aa  267  2e-70  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0348844 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4426  shikimate 5-dehydrogenase  54.15 
 
 
289 aa  259  3e-68  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5913  shikimate 5-dehydrogenase  51.28 
 
 
304 aa  226  4e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.705052  decreased coverage  0.00175054 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1590  shikimate 5-dehydrogenase  46.99 
 
 
276 aa  206  3e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.494855  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6119  shikimate 5-dehydrogenase  42.29 
 
 
293 aa  192  4e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.288801 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4753  shikimate 5-dehydrogenase  41.52 
 
 
285 aa  179  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.236468  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3919  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  35.23 
 
 
289 aa  169  6e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.509677  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0120  shikimate 5-dehydrogenase  43.3 
 
 
296 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.115547  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0293  shikimate dehydrogenase  36.97 
 
 
288 aa  150  2e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  31.65 
 
 
278 aa  144  2e-33  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  36.49 
 
 
286 aa  141  9.999999999999999e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  31.65 
 
 
280 aa  138  8.999999999999999e-32  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  34.64 
 
 
277 aa  138  1e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  30.07 
 
 
280 aa  137  2e-31  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  34.48 
 
 
277 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  34.27 
 
 
277 aa  136  5e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  30.71 
 
 
279 aa  132  5e-30  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  31.93 
 
 
290 aa  132  7.999999999999999e-30  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  33.45 
 
 
277 aa  130  3e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  33.57 
 
 
308 aa  130  3e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2226  shikimate 5-dehydrogenase  38.21 
 
 
269 aa  130  4.0000000000000003e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.584439  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  29.82 
 
 
271 aa  129  6e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  33.45 
 
 
277 aa  129  7.000000000000001e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  34.28 
 
 
277 aa  129  7.000000000000001e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  30.83 
 
 
294 aa  129  7.000000000000001e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  33.57 
 
 
277 aa  129  8.000000000000001e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  33.45 
 
 
277 aa  129  8.000000000000001e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  35.69 
 
 
279 aa  128  9.000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 
277 aa  128  9.000000000000001e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  31.88 
 
 
289 aa  128  1.0000000000000001e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  32.34 
 
 
276 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  32.98 
 
 
277 aa  127  3e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  37.04 
 
 
279 aa  127  3e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  30.04 
 
 
271 aa  126  3e-28  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  34.07 
 
 
284 aa  126  4.0000000000000003e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  37.04 
 
 
279 aa  126  5e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1774  shikimate 5-dehydrogenase  31.96 
 
 
293 aa  124  1e-27  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  35.14 
 
 
280 aa  123  4e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  30.1 
 
 
284 aa  122  5e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  32.48 
 
 
286 aa  121  9.999999999999999e-27  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  34.83 
 
 
278 aa  121  9.999999999999999e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12500  shikimate 5-dehydrogenase  31.91 
 
 
292 aa  120  3e-26  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0483  shikimate 5-dehydrogenase  35.36 
 
 
296 aa  120  3e-26  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0708  shikimate dehydrogenase  31.72 
 
 
295 aa  119  3.9999999999999996e-26  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0253  shikimate 5-dehydrogenase  27.93 
 
 
284 aa  119  6e-26  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.624987  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2066  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 
283 aa  119  7e-26  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1654  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  33.57 
 
 
290 aa  119  7e-26  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.910773  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1839  3-dehydroquinate dehydratase, type I  35.4 
 
 
517 aa  118  9.999999999999999e-26  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0172427  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2373  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  28.83 
 
 
271 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1819  shikimate 5-dehydrogenase  33.94 
 
 
271 aa  116  5e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.302994  normal  0.244145 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  29.1 
 
 
286 aa  115  8.999999999999998e-25  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  29.06 
 
 
268 aa  115  1.0000000000000001e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1345  quinate/shikimate 5-dehydrogenase  31.91 
 
 
287 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.786263  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  28.17 
 
 
298 aa  115  1.0000000000000001e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  29.63 
 
 
286 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  29.06 
 
 
268 aa  115  1.0000000000000001e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1908  quinate/shikimate dehydrogenase  31.11 
 
 
288 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1504  quinate/shikimate dehydrogenase  30.74 
 
 
288 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0010931 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01661  quinate/shikimate 5-dehydrogenase, NAD(P)-binding  30.74 
 
 
288 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1950  Quinate/shikimate dehydrogenase  30.74 
 
 
288 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.210326  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1773  quinate/shikimate dehydrogenase  30.74 
 
 
288 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2408  quinate/shikimate dehydrogenase  30.74 
 
 
288 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.419065 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1939  quinate/shikimate dehydrogenase  30.74 
 
 
288 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000737953 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01650  hypothetical protein  30.74 
 
 
288 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>