More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcenmc03_4829 on replicon NC_010515
Organism: Burkholderia cenocepacia MC0-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008543  Bcen2424_5440  LysR family transcriptional regulator  99.67 
 
 		 301 aa  607  1e-173  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.792139 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4829  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 301 aa  608  1e-173  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.732539 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5422  LysR family transcriptional regulator  99.66 
 
 		 295 aa  593  1e-168  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.906945  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2005  transcriptional regulator, LysR family  51.03 
 
 		 298 aa  288  1e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.140319 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1811  transcriptional regulator, LysR family  50 
 
 		 297 aa  279  4e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193528  hitchhiker  0.00243987 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1528  LysR family transcriptional regulator  48.97 
 
 		 298 aa  273  2.0000000000000002e-72  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1659  LysR family transcriptional regulator  49.32 
 
 		 314 aa  269  5e-71  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.337839  normal  0.66809 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3382  LysR family transcriptional regulator  46.58 
 
 		 295 aa  264  1e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0978  LysR family transcriptional regulator  48.14 
 
 		 298 aa  263  3e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00024266 
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0017  LysR family transcriptional regulator  45.36 
 
 		 301 aa  261  1e-68  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2417  LysR family transcriptional regulator  48.45 
 
 		 306 aa  256  3e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000194873  normal  0.0826267 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3422  LysR family transcriptional regulator  46.78 
 
 		 304 aa  253  4.0000000000000004e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1317  transcriptional regulator, LysR family  45.92 
 
 		 304 aa  249  6e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.631225  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3501  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 301 aa  242  6e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.356591  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0543  LysR family transcriptional regulator  46.18 
 
 		 309 aa  237  1e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.791494  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1887  transcriptional regulator, LysR family  44.71 
 
 		 321 aa  237  2e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.337699  normal  0.210949 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6199  transcriptional regulator, LysR family  45.55 
 
 		 308 aa  237  2e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.2151  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1717  transcriptional regulator, LysR family  44.09 
 
 		 323 aa  229  5e-59  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0399  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 319 aa  223  3e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.222083  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2321  putative transcriptional regulator  38.61 
 
 		 319 aa  222  6e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.304743  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0141  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 305 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2247  LysR family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 307 aa  215  9e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27440  putative transcriptional regulator  38.73 
 
 		 321 aa  210  2e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.016223  normal  0.601013 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4455  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 301 aa  209  3e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.345446  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3528  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 353 aa  210  3e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1270  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 301 aa  207  1e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4870  LysR family transcriptional regulator  43.36 
 
 		 313 aa  207  2e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.42222  normal  0.01712 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4578  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 301 aa  207  2e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.166046  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0871  LysR family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 302 aa  204  1e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6857  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 307 aa  202  5e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.561705  normal  0.826149 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3381  transcriptional regulator, LysR family  38.87 
 
 		 305 aa  200  3e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.750017  normal  0.450038 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2839  LysR family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 300 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46370  Transcriptional regulator, LysR-family  39.22 
 
 		 307 aa  193  3e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.992428  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3329  LysR family transcriptional regulator  40.67 
 
 		 323 aa  192  5e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.195009 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1706  transcriptional regulator, LysR family  39.73 
 
 		 317 aa  192  6e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6632  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 310 aa  190  2.9999999999999997e-47  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.946509  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2085  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 325 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0073681  normal  0.210389 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3916  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 323 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.993386  normal  0.61928 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3409  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 325 aa  181  2e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.155989  normal  0.11434 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4909  transcriptional regulator, LysR family  39.13 
 
 		 313 aa  176  4e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.622222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3520  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 319 aa  176  4e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.677616 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4363  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 339 aa  175  9e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4003  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 339 aa  175  9e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2499  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 278 aa  171  2e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.178908  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5091  transcriptional regulator, LysR family  35.11 
 
 		 328 aa  163  3e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.518904  normal  0.269776 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0459  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 308 aa  162  6e-39  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00764777  normal  0.120091 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4744  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 314 aa  156  5.0000000000000005e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  34.19 
 
 		 323 aa  149  7e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 323 aa  149  8e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2802  LysR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 305 aa  146  3e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2395  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 333 aa  142  5e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0563871 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3336  transcriptional regulator, LysR family  32.88 
 
 		 306 aa  142  8e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.347566 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2067  transcriptional regulator, LysR family  37.1 
 
 		 307 aa  142  8e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 333 aa  138  8.999999999999999e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0997  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 302 aa  136  4e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.940452  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0145  transcriptional regulator, LysR family  31.83 
 
 		 326 aa  136  5e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300421  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0674  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 334 aa  135  6.0000000000000005e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0775947  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 330 aa  135  8e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 314 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1595  transcriptional regulator, LysR family  34.39 
 
 		 313 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.654422  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2136  transcriptional regulator, LysR family  35.52 
 
 		 303 aa  135  9.999999999999999e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3034  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 301 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0386168  normal  0.816732 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5270  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 315 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.444493  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 310 aa  134  3e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 323 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4218  transcriptional regulator, LysR family  33.57 
 
 		 300 aa  133  3.9999999999999996e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4143  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 318 aa  132  6e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00216178  hitchhiker  0.000662316 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3222  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 301 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 318 aa  132  9e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5082  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 301 aa  132  9e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 432 aa  131  1.0000000000000001e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0112  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 319 aa  131  2.0000000000000002e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  30.17 
 
 		 314 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001991  transcriptional regulator  32.09 
 
 		 314 aa  130  3e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0195  transcriptional regulator, LysR family  30.97 
 
 		 323 aa  130  3e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  30.17 
 
 		 314 aa  130  3e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  31.51 
 
 		 319 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4334  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 301 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.106421  normal  0.740204 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 323 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00455  transcriptional regulator  32.89 
 
 		 341 aa  129  5.0000000000000004e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0100  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 318 aa  129  6e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183121  normal  0.148828 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3111  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 319 aa  129  6e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  26.71 
 
 		 310 aa  129  6e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  31.51 
 
 		 319 aa  129  8.000000000000001e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 342 aa  129  9.000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002079  LysR-family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 313 aa  128  1.0000000000000001e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3262  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 304 aa  128  1.0000000000000001e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.4347 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3940  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 310 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 321 aa  127  2.0000000000000002e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5845  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 301 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.151621  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2446  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 327 aa  127  2.0000000000000002e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5015  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 301 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.305612  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3449  regulatory protein, LysR  32.24 
 
 		 326 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  31.27 
 
 		 316 aa  127  3e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 308 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0503  LysR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 309 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.379788  hitchhiker  0.000831033 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1036  transcriptional regulator of LysR family protein  30.84 
 
 		 313 aa  126  5e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4272  LysR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 323 aa  125  6e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0731118 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 307 aa  125  7e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4108  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 312 aa  125  7e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>