More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcenmc03_4613 on replicon NC_010515
Organism: Burkholderia cenocepacia MC0-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010515  Bcenmc03_4613  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 180 aa  366  1e-100  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.101875  hitchhiker  0.00323798 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5615  XRE family transcriptional regulator  99.44 
 
 		 180 aa  365  1e-100  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.322287  normal  0.0794813 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5244  XRE family transcriptional regulator  99.44 
 
 		 180 aa  365  1e-100  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.664792  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0076  XRE family transcriptional regulator  97.22 
 
 		 180 aa  358  3e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.196991  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5444  XRE family transcriptional regulator  96.67 
 
 		 180 aa  357  4e-98  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00345676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4894  XRE family transcriptional regulator  96.11 
 
 		 180 aa  356  9.999999999999999e-98  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0489002 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1162  DNA-binding protein  77.78 
 
 		 187 aa  298  2e-80  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1008  DNA-binding protein  77.78 
 
 		 187 aa  297  4e-80  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1001  DNA-binding protein  77.78 
 
 		 187 aa  297  4e-80  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0805  DNA-binding protein  79.44 
 
 		 224 aa  298  4e-80  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.602444  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0867  DNA-binding protein  77.22 
 
 		 187 aa  294  4e-79  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1956  DNA-binding protein  77.22 
 
 		 187 aa  294  4e-79  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0281  DNA-binding protein  77.22 
 
 		 187 aa  294  4e-79  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0958  DNA-binding protein  77.22 
 
 		 187 aa  294  4e-79  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.704462  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1159  putative transcription regulator protein  61.58 
 
 		 182 aa  216  1e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.109435 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02750  putative transcriptional regulator  53.59 
 
 		 179 aa  181  7e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.549892  normal  0.0746214 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2732  XRE family transcriptional regulator  51.93 
 
 		 180 aa  181  7e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1309  transcriptional regulator  54.8 
 
 		 180 aa  178  4e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0311  putative transcriptional regulator  53.11 
 
 		 179 aa  177  8e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2591  XRE family transcriptional regulator  51.38 
 
 		 180 aa  176  1e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3125  Cro/CI family transcriptional regulator  50.83 
 
 		 180 aa  176  2e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.888864  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0450  XRE family transcriptional regulator  47.19 
 
 		 180 aa  157  8e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  46.29 
 
 		 212 aa  147  1.0000000000000001e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3393  transcriptional regulator, XRE family  32.22 
 
 		 199 aa  104  5e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000124891  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3456  transcriptional regulator, XRE family  32.22 
 
 		 199 aa  104  8e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0485  transcriptional regulator, XRE family  34.66 
 
 		 197 aa  102  3e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000244144  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0878  cupin 2 domain-containing protein  32.77 
 
 		 196 aa  101  7e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206175  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3438  XRE family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 198 aa  100  2e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3298  Cro/CI family transcriptional regulator  32.96 
 
 		 187 aa  98.6  4e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3247  XRE family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 187 aa  97.4  1e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000592797 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0079  Cro/CI family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 196 aa  96.3  2e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2356  transcriptional regulator, XRE family  31.15 
 
 		 188 aa  96.3  2e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.190302 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2946  transcriptional regulator  28.5 
 
 		 197 aa  95.9  3e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0524  XRE family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 187 aa  95.5  4e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000000827128  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0474  XRE family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 192 aa  95.1  5e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.554508  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0869  XRE family transcriptional regulator  33.15 
 
 		 209 aa  94.7  7e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3489  XRE family transcriptional regulator  31.64 
 
 		 187 aa  94.7  7e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2148  DNA-binding protein, putative  31.64 
 
 		 181 aa  94.4  9e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2902  Cupin 2 conserved barrel domain protein  33.72 
 
 		 189 aa  94  9e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1806  transcriptional regulator, XRE family  31.64 
 
 		 181 aa  94.4  9e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 204 aa  93.6  1e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2601  XRE family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 203 aa  93.6  2e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.512754  hitchhiker  0.000000366247 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1345  XRE family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 209 aa  93.2  2e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.200207  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0402  transcriptional regulator, XRE family  31.46 
 
 		 189 aa  91.7  5e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.699228  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0650  XRE family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 187 aa  91.7  5e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1555  putative transcriptional regulator  34.62 
 
 		 208 aa  91.7  5e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.602269  normal  0.341998 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0311  cupin 2 domain-containing protein  29.44 
 
 		 189 aa  90.5  1e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2714  XRE family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 204 aa  90.5  1e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2320  transcriptional regulator, XRE family  29.78 
 
 		 188 aa  89.7  2e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0556  MerR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 189 aa  90.1  2e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3227  transcriptional regulator  32.07 
 
 		 201 aa  90.1  2e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.792428  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1889  transcriptional regulator, XRE family  29.78 
 
 		 188 aa  89.7  2e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0661  MerR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 192 aa  89.4  3e-17  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3263  transcriptional regulator, XRE family  30.34 
 
 		 188 aa  88.6  4e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1668  transcriptional regulator, XRE family  28.98 
 
 		 188 aa  88.2  6e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.580406  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1457  transcriptional regulator  31.07 
 
 		 188 aa  87.4  1e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  2.96188e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1444  cupin 2 domain-containing protein  30.56 
 
 		 192 aa  86.7  2e-16  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1456  xenobiotic response element family transcriptional regulator  28 
 
 		 188 aa  85.5  3e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.01823e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2819  MerR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 192 aa  85.1  5e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.142376 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0165  transcriptional regulator, XRE family  33.91 
 
 		 201 aa  85.1  5e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2314  XRE family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 208 aa  84.7  6e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.059917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4448  XRE family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 193 aa  84.7  7e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0311191  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2046  XRE family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 205 aa  83.2  0.000000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.298774  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1539  MerR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 292 aa  82.4  0.000000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0172454  normal  0.655759 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4506  XRE family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 189 aa  81.6  0.000000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.690344  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4068  XRE family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 432 aa  80.9  0.000000000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.231317 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1559  transcriptional regulator, XRE family  31.72 
 
 		 262 aa  80.1  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3046  transcriptional regulator  29.21 
 
 		 201 aa  79.3  0.00000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.948594  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05970  hypothetical protein  32.42 
 
 		 207 aa  79.7  0.00000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000231  predicted transcriptional regulator  32.42 
 
 		 207 aa  79  0.00000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09060  predicted transcriptional regulator  30.43 
 
 		 192 aa  79  0.00000000000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.391815  normal  0.265834 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2540  Cro/CI family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 181 aa  78.6  0.00000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1819  transcriptional regulator, XRE family  31.55 
 
 		 191 aa  79  0.00000000000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0201582  normal  0.3413 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2318  transcriptional regulator  30.11 
 
 		 188 aa  79  0.00000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00466136  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0325  XRE family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 192 aa  79  0.00000000000004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2571  transcriptional regulator, XRE family  33.12 
 
 		 192 aa  78.2  0.00000000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000481124  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1906  XRE family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 210 aa  78.2  0.00000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2327  transcriptional regulator, XRE family  26.14 
 
 		 189 aa  78.2  0.00000000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5085  XRE family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 251 aa  77.8  0.00000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00667568  normal  0.553791 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4537  XRE family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 203 aa  77.4  0.00000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1430  DNA-binding protein  30.9 
 
 		 202 aa  77.4  0.0000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1039  MerR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 192 aa  77  0.0000000000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0004  DNA-binding protein  30.9 
 
 		 202 aa  77.4  0.0000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5700  XRE family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 203 aa  77  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00441066 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3309  XRE family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 209 aa  77  0.0000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0062  transcriptional regulator  30.77 
 
 		 211 aa  77  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3886  XRE family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 210 aa  77.4  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1587  helix-turn-helix domain-containing protein  26.37 
 
 		 192 aa  77  0.0000000000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.494606  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0004  DNA-binding protein  31.46 
 
 		 202 aa  77  0.0000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3114  XRE family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 203 aa  77  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.935644  normal  0.475898 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5159  XRE family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 203 aa  77  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1150  DNA-binding protein  30.9 
 
 		 202 aa  77.4  0.0000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.129822  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0005  DNA-binding protein  30.9 
 
 		 202 aa  77.4  0.0000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.792058  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2727  DNA-binding transcriptional regulator  34.83 
 
 		 208 aa  77.4  0.0000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.118237 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3843  DNA-binding protein  31.69 
 
 		 209 aa  76.3  0.0000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1558  cupin 2 domain-containing protein  29.94 
 
 		 180 aa  76.6  0.0000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5469  XRE family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 215 aa  76.3  0.0000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0381278  normal  0.011752 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2909  MerR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 292 aa  76.6  0.0000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0901  XRE family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 181 aa  75.9  0.0000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000108423 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4971  XRE family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 203 aa  75.9  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.110875  normal  0.347082 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>