More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcenmc03_4327 on replicon NC_010515
Organism: Burkholderia cenocepacia MC0-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010086  Bmul_5257  diguanylate phosphodiesterase  71.27 
 
 
588 aa  746    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0193629  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2992  diguanylate phosphodiesterase  81.73 
 
 
522 aa  862    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.748885 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5008  diguanylate phosphodiesterase  99.06 
 
 
534 aa  1067    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4327  diguanylate phosphodiesterase  100 
 
 
534 aa  1073    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0532926 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3236  diguanylate phosphodiesterase  75.73 
 
 
546 aa  796    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.406194 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5086  diguanylate phosphodiesterase  76.12 
 
 
546 aa  803    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5852  diguanylate phosphodiesterase  99.06 
 
 
534 aa  1067    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5670  diguanylate phosphodiesterase  49.48 
 
 
529 aa  456  1e-127  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.981037  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6906  diguanylate phosphodiesterase  43.65 
 
 
310 aa  205  2e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1373  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  30.71 
 
 
532 aa  201  3e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.295034  normal  0.0183228 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2339  aminoglycoside response regulator  32.87 
 
 
526 aa  200  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.000320511  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01785  predicted phosphodiesterase  30.51 
 
 
532 aa  199  7e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1828  diguanylate phosphodiesterase  30.51 
 
 
532 aa  199  7e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.566972  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1905  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  30.51 
 
 
532 aa  199  7e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.184783  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1818  diguanylate phosphodiesterase  30.51 
 
 
532 aa  199  7e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0704068  normal  0.546752 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2544  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  30.12 
 
 
532 aa  196  1e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0252853  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4205  EAL domain protein  27.05 
 
 
535 aa  192  1e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2438  diguanylate phosphodiesterase  30.24 
 
 
528 aa  192  2e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4488  EAL domain protein  29.3 
 
 
534 aa  191  2.9999999999999997e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2920  diguanylate phosphodiesterase  30.1 
 
 
511 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0937134  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1286  hypothetical protein  32.37 
 
 
521 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3824  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.22 
 
 
877 aa  185  2.0000000000000003e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.668765  normal  0.248455 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3821  rtn protein  30.24 
 
 
515 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2028  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  29.13 
 
 
533 aa  184  4.0000000000000006e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.852277 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14530  hypothetical protein  29.88 
 
 
523 aa  184  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1971  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  29.33 
 
 
533 aa  183  6e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1967  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  29.33 
 
 
533 aa  183  6e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.352201  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4577  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.27 
 
 
797 aa  182  1e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00450628 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0705  diguanylate phosphodiesterase  28.04 
 
 
506 aa  182  2e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1481  diguanylate phosphodiesterase  29.03 
 
 
518 aa  180  4.999999999999999e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0849847  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1471  hypothetical protein  29.03 
 
 
518 aa  180  4.999999999999999e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000861353  normal  0.0219942 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2314  hypothetical protein  29.03 
 
 
518 aa  180  4.999999999999999e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0782  hypothetical protein  29.75 
 
 
518 aa  180  5.999999999999999e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2693  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.4 
 
 
960 aa  180  5.999999999999999e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0967779  normal  0.228544 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2325  hypothetical protein  30.1 
 
 
518 aa  180  7e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.802767  hitchhiker  0.00255877 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2474  hypothetical protein  29.75 
 
 
518 aa  179  1e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.505117  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3538  diguanylate phosphodiesterase  28.21 
 
 
506 aa  179  2e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.506628  decreased coverage  0.0000122226 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3435  diguanylate phosphodiesterase  32.55 
 
 
528 aa  177  3e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.557129 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3314  hypothetical protein  31.75 
 
 
497 aa  177  3e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0795943  normal  0.253919 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2328  diguanylate phosphodiesterase  32.26 
 
 
528 aa  178  3e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1982  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.44 
 
 
1355 aa  178  3e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1616  diguanylate phosphodiesterase  28.23 
 
 
500 aa  177  3e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.59158  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02106  hypothetical protein  28.84 
 
 
518 aa  177  5e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02065  hypothetical protein  28.84 
 
 
518 aa  177  5e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0270  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC-like protein  40.74 
 
 
959 aa  177  5e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0511336  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0191  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.27 
 
 
743 aa  177  6e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.766687  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3273  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40 
 
 
617 aa  177  6e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.773133 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0066  GGDEF domain-containing protein  39.53 
 
 
743 aa  176  7e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.928161  normal  0.0154172 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1304  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  29.61 
 
 
474 aa  176  9e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0784457  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2339  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.74 
 
 
959 aa  176  9.999999999999999e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00277698  normal  0.215878 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3606  diguanylate phosphodiesterase  27.2 
 
 
506 aa  175  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0777  EAL domain-containing protein  29.7 
 
 
519 aa  175  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4412  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.74 
 
 
574 aa  174  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0317543  normal  0.165306 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1278  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.84 
 
 
565 aa  174  5e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.533493  normal  0.0709099 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0596  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.8 
 
 
965 aa  173  5e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.694888  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2503  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.8 
 
 
805 aa  174  5e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.080516  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3588  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.39 
 
 
827 aa  173  5.999999999999999e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0360121 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3729  diguanylate phosphodiesterase  28.57 
 
 
506 aa  173  5.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2227  diguanylate cyclase  41.53 
 
 
803 aa  173  6.999999999999999e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1798  diguanylate phosphodiesterase  32.86 
 
 
520 aa  173  6.999999999999999e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.199517  normal  0.66089 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1489  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  29.4 
 
 
460 aa  173  7.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1827  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.16 
 
 
569 aa  173  7.999999999999999e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.161362  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2774  diguanylate cyclase  40.42 
 
 
954 aa  172  1e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.158121  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2455  hypothetical protein  29.14 
 
 
518 aa  172  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2710  hypothetical protein  28.01 
 
 
526 aa  172  1e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3001  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.42 
 
 
954 aa  172  1e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.140152 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2785  hypothetical protein  28.01 
 
 
526 aa  172  1e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3579  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.55 
 
 
1107 aa  172  1e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.269581  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3867  diguanylate cyclase  39.83 
 
 
700 aa  172  1e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.200227 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0486  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.4 
 
 
964 aa  172  2e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0762  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.62 
 
 
689 aa  172  2e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0481  sensory box protein  37.4 
 
 
964 aa  172  2e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.166858  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5631  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with Chase sensor  39.18 
 
 
904 aa  171  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2384  diguanylate phosphodiesterase  28.57 
 
 
532 aa  172  2e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2067  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.87 
 
 
705 aa  171  2e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2811  EAL domain-containing protein  28.86 
 
 
538 aa  171  2e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0278286 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37050  PAS domain S-box/diguanylate cyclase (GGDEF) domain-containing protein  40.66 
 
 
919 aa  171  3e-41  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.790153  normal  0.0286025 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2364  hypothetical protein  29.14 
 
 
518 aa  171  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000406164  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2409  hypothetical protein  28.79 
 
 
518 aa  171  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.948391  hitchhiker  0.000104823 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4625  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.7 
 
 
915 aa  171  3e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4226  diguanylate phosphodiesterase  38.15 
 
 
353 aa  171  3e-41  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.699062  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2566  hypothetical protein  29.14 
 
 
518 aa  171  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00233571 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1268  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  24.17 
 
 
504 aa  170  5e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.585411 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2452  hypothetical protein  29.14 
 
 
518 aa  170  5e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000990794 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1183  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.58 
 
 
722 aa  170  6e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.84 
 
 
574 aa  170  6e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.221149 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3673  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  38.52 
 
 
1262 aa  170  7e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0645  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40 
 
 
1082 aa  170  7e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3333  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.65 
 
 
772 aa  169  9e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1158  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.06 
 
 
1047 aa  169  9e-41  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.122124  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3507  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.32 
 
 
1012 aa  169  1e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0488  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.15 
 
 
685 aa  169  1e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0388  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.16 
 
 
790 aa  169  1e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0159193 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2577  GGDEF domain-containing protein  35.55 
 
 
1047 aa  169  1e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2897  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.18 
 
 
950 aa  168  2e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.491225 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1358  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.31 
 
 
685 aa  168  2e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3140  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.25 
 
 
754 aa  168  2e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1844  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.33 
 
 
905 aa  168  2e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  unclonable  0.000234438  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.41 
 
 
700 aa  169  2e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.615666 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4349  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.5 
 
 
1514 aa  167  2.9999999999999998e-40  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>