More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcenmc03_3259 on replicon NC_010515
Organism: Burkholderia cenocepacia MC0-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010515  Bcenmc03_3259  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 307 aa  604  9.999999999999999e-173  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4258  LysR family transcriptional regulator  99.34 
 
 		 324 aa  597  1e-170  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000322275  normal  0.291144 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4108  LysR family transcriptional regulator  99.34 
 
 		 324 aa  597  1e-170  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.147641  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1753  LysR family transcriptional regulator  94.41 
 
 		 305 aa  550  1e-155  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0990804  normal  0.117746 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4332  LysR family transcriptional regulator  90.17 
 
 		 322 aa  523  1e-147  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.399198  normal  0.192569 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4155  LysR family transcriptional regulator  90.18 
 
 		 307 aa  501  1e-141  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.532001  normal  0.288769 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3682  LysR family transcriptional regulator  92 
 
 		 326 aa  473  1e-132  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.475547  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1794  transcriptional regulator, LysR family  50.69 
 
 		 301 aa  292  5e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3227  LysR family transcriptional regulator  49.66 
 
 		 296 aa  290  3e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2539  LysR family transcriptional regulator  50.88 
 
 		 296 aa  288  6e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00516112 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3600  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  50.35 
 
 		 322 aa  285  7e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0326456  normal  0.336549 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30450  LysR family transcriptional regulator  51.06 
 
 		 298 aa  262  4.999999999999999e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30980  Transcriptional regulator LysR family protein  51.1 
 
 		 303 aa  260  2e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1550  transcriptional regulator, LysR family  46.94 
 
 		 303 aa  258  1e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.93213 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21680  Transcriptional regulator, LysR family  49.42 
 
 		 273 aa  241  1e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.291756  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5230  LysR family transcriptional regulator  51.89 
 
 		 212 aa  218  1e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.957267  normal  0.114688 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1243  LysR family transcriptional regulator  40.7 
 
 		 316 aa  194  1e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3798  LysR family transcriptional regulator  41.39 
 
 		 312 aa  185  7e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00000000255369  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0027  transcriptional regulatory protein  41.39 
 
 		 312 aa  185  7e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.000000000739069  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3859  LysR family transcriptional regulator  41.39 
 
 		 312 aa  185  7e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  unclonable  0.000387155  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3119  transcriptional regulatory protein  41.39 
 
 		 312 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000000000234841  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1913  LysR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 281 aa  183  3e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0213  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 309 aa  172  5e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000718825  unclonable  0.0000000000104245 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0290  LysR family transcriptional regulator  39.65 
 
 		 309 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000353581  unclonable  0.0000000000404999 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2796  LysR family transcriptional regulator  39.65 
 
 		 309 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000015017  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0229  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 306 aa  171  1e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  unclonable  0.00000000369009  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0237  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 306 aa  171  2e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.0000000618389  unclonable  0.0000000000250683 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3409  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 309 aa  163  3e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  unclonable  0.0000000000205674  normal  0.256095 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0310  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 292 aa  159  8e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000000418472  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3677  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 292 aa  103  5e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.307485  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0666  LysR family transcriptional regulator  24.8 
 
 		 295 aa  90.9  2e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1148  transcriptional regulator, LysR family  25 
 
 		 303 aa  90.1  4e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000219344  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08961  transcriptional regulator, LysR family protein  24.54 
 
 		 312 aa  87.4  3e-16  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1450  LysR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 297 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2000  transcriptional regulator, LysR family  27.27 
 
 		 299 aa  87  3e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.40236  normal  0.73412 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6793  transcriptional regulator, LysR family  29.45 
 
 		 319 aa  86.7  5e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1502  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 293 aa  86.7  5e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00504776  normal  0.0231273 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23540  putative transcriptional regulator  36.22 
 
 		 306 aa  86.3  6e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00483794 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2180  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  25.87 
 
 		 307 aa  85.9  9e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15464  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0002  transcriptional regulator, LysR family  29.56 
 
 		 316 aa  85.5  0.000000000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1993  putative transcriptional regulator  36.22 
 
 		 306 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4767  LysR family transcriptional regulator  24 
 
 		 313 aa  84.7  0.000000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1713  transcriptional regulator, LysR family  24.71 
 
 		 304 aa  84.7  0.000000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0713  LysR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 328 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.730012  normal  0.411699 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2915  transcriptional regulator, LysR family  28.34 
 
 		 305 aa  83.2  0.000000000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0650  transcriptional regulator, LysR family  29.45 
 
 		 313 aa  83.2  0.000000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.344002 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2156  LysR family transcriptional regulator  24.18 
 
 		 300 aa  82.8  0.000000000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2734  LysR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 306 aa  82.4  0.000000000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4220  LysR substrate-binding  27.72 
 
 		 310 aa  82  0.00000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.829195  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5687  LysR family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 295 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.145424 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1679  transcriptional regulator, LysR family  24.32 
 
 		 304 aa  82  0.00000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1312  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 305 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0843658  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  30.82 
 
 		 302 aa  81.6  0.00000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1695  putative LysR substrate binding domain  23.91 
 
 		 290 aa  81.6  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.165039  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1647  putative LysR substrate binding domain  23.91 
 
 		 290 aa  81.6  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0636291  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6156  LysR family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 308 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.334485  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5310  LysR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 296 aa  80.9  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3732  transcriptional regulator, LysR family  22.02 
 
 		 300 aa  81.3  0.00000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000560912  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0186  LysR family transcriptional regulator  23.46 
 
 		 296 aa  81.6  0.00000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000312054  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1636  putative LysR substrate binding domain  23.91 
 
 		 290 aa  81.6  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5655  transcriptional regulator, LysR family  25.71 
 
 		 310 aa  80.9  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1628  putative LysR substrate binding domain  23.91 
 
 		 290 aa  81.6  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1812  putative LysR substrate binding domain-containing protein  23.91 
 
 		 290 aa  81.6  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5880  LysR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 291 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.311857  normal  0.281069 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0188  LysR family transcriptional regulator  22.83 
 
 		 288 aa  80.5  0.00000000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0205  LysR family transcriptional regulator  24.07 
 
 		 288 aa  80.1  0.00000000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6389  LysR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 291 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0907959  normal  0.0995777 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0208  LysR family transcriptional regulator  24.07 
 
 		 288 aa  80.1  0.00000000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3313  LysR family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 302 aa  80.1  0.00000000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.600178  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1027  LysR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 314 aa  80.1  0.00000000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2780  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 315 aa  80.1  0.00000000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.967057  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5516  LysR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 291 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0587498  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0226  LysR family transcriptional regulator  24.07 
 
 		 288 aa  79.7  0.00000000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0223  transcriptional regulator, LysR family  24.07 
 
 		 288 aa  79.7  0.00000000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0191  LysR family transcriptional regulator  24.07 
 
 		 288 aa  80.1  0.00000000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0195  LysR family transcriptional regulator  24.07 
 
 		 288 aa  79.7  0.00000000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0127  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  26.09 
 
 		 305 aa  79.7  0.00000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.985261  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7296  LysR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 309 aa  79.7  0.00000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.343468  normal  0.377846 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0171  transcriptional regulator, LysR family  25.18 
 
 		 305 aa  79.7  0.00000000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2864  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 313 aa  79.7  0.00000000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4118  LysR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 324 aa  79.3  0.00000000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00686854  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2823  transcriptional regulator, LysR family  29.47 
 
 		 305 aa  79.3  0.00000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.135524  normal  0.141091 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0230  transcriptional regulator, LysR family  23.65 
 
 		 288 aa  79  0.00000000000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1726  LysR family transcriptional regulator  23.19 
 
 		 293 aa  78.6  0.0000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1398  LysR family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 295 aa  78.6  0.0000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1646  LysR family transcriptional regulator  22.74 
 
 		 293 aa  78.6  0.0000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5097  transcriptional regulator, LysR family  23.65 
 
 		 288 aa  78.2  0.0000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2503  LysR family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 306 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.89546 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0020  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 330 aa  79  0.0000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2120  transcriptional regulator, LysR family  23.1 
 
 		 293 aa  77.8  0.0000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0296049  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4025  transcriptional regulator, LysR family  25.45 
 
 		 305 aa  77.8  0.0000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2608  LysR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 303 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4195  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  25.45 
 
 		 305 aa  77.8  0.0000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3275  LysR family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 295 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0812122 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5423  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  25.45 
 
 		 305 aa  77.8  0.0000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.748146 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1728  LysR substrate binding domain-containing protein  33.06 
 
 		 302 aa  77.8  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4409  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  25.45 
 
 		 305 aa  77.8  0.0000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.386018  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4503  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  25.45 
 
 		 305 aa  77.8  0.0000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.030834  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1613  LysR substrate binding domain protein  33.06 
 
 		 302 aa  77.8  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.294229  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1680  transcriptional regulator, LysR family  23.19 
 
 		 293 aa  77.8  0.0000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>