215 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcenmc03_3255 on replicon NC_010515
Organism: Burkholderia cenocepacia MC0-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007511  Bcep18194_B1749  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  89.27 
 
 		 354 aa  634    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0364934  normal  0.191421 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3255  squalene/phytoene synthase  100 
 
 		 355 aa  707    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4104  squalene/phytoene synthase  98.59 
 
 		 355 aa  693    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.132439  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4262  squalene/phytoene synthase  98.59 
 
 		 355 aa  693    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0172457  normal  0.1857 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3686  squalene/phytoene synthase  87.85 
 
 		 354 aa  629  1e-179  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.481699 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4159  squalene/phytoene synthase  87.29 
 
 		 354 aa  626  1e-178  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.283896  normal  0.280623 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4328  squalene/phytoene synthase  84.81 
 
 		 367 aa  588  1e-167  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0106814  normal  0.0939133 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2156  squalene/phytoene synthase family protein  59.94 
 
 		 564 aa  376  1e-103  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0485  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  60.67 
 
 		 348 aa  364  1e-99  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.501561  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0418  squalene/phytoene synthase family protein  58.94 
 
 		 349 aa  362  4e-99  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1840  squalene/phytoene synthase family protein  58.65 
 
 		 356 aa  361  1e-98  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.156378  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1133  squalene/phytoene synthase family protein  58.65 
 
 		 349 aa  361  1e-98  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2107  squalene/phytoene synthase family protein  58.65 
 
 		 356 aa  361  1e-98  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.666736  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3084  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  60.06 
 
 		 350 aa  360  2e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0843  squalene/phytoene synthase family protein  58.65 
 
 		 516 aa  359  3e-98  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.336434  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1762  squalene/phytoene synthase family protein  58.94 
 
 		 513 aa  358  8e-98  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.265717  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0327  squalene/phytoene synthase family protein  58.65 
 
 		 402 aa  358  8e-98  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.479613  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5450  squalene/phytoene synthase  58.02 
 
 		 351 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.035034 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4026  Squalene/phytoene synthase  59.94 
 
 		 388 aa  356  3.9999999999999996e-97  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.600735  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5617  Squalene/phytoene synthase  57.31 
 
 		 353 aa  352  8e-96  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0957  squalene/phytoene synthase  45.34 
 
 		 380 aa  258  8e-68  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0169  squalene/phytoene synthase  29.19 
 
 		 340 aa  144  3e-33  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000509815  normal  0.0348824 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20770  Squalene/phytoene synthase  32.33 
 
 		 377 aa  123  4e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00645323  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0365  Squalene/phytoene synthase  32.82 
 
 		 299 aa  117  1.9999999999999998e-25  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1784  Squalene synthase  30.35 
 
 		 401 aa  117  3e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2125  phytoene/squalene synthetase family protein  29.91 
 
 		 347 aa  117  3.9999999999999997e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4822  Squalene/phytoene synthase  28.27 
 
 		 360 aa  116  6e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  unclonable  0.00000193666  normal  0.636776 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0813  squalene synthase  28.99 
 
 		 362 aa  116  6.9999999999999995e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.493188  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2280  squalene/phytoene synthase  28.2 
 
 		 359 aa  114  3e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0189  squalene/phytoene synthase  28.92 
 
 		 329 aa  105  1e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.433494  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1321  squalene/phytoene synthase  28.17 
 
 		 366 aa  96.7  6e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2690  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  30.26 
 
 		 373 aa  90.9  3e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.286545  normal  0.217848 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0892  Squalene/phytoene synthase  25 
 
 		 330 aa  89.7  7e-17  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000100627  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_10396  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G01220)  28.83 
 
 		 470 aa  74.7  0.000000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1206  Squalene/phytoene synthase  25.87 
 
 		 355 aa  75.1  0.000000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  unclonable  0.0000000204086  hitchhiker  0.00000600855 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4808  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  29.63 
 
 		 276 aa  72.8  0.00000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  0.000000000000603288  normal  0.956727 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0934  Squalene/phytoene synthase  28.3 
 
 		 348 aa  70.9  0.00000000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0124  hypothetical protein  22.84 
 
 		 345 aa  68.9  0.0000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0110  hypothetical protein  24.64 
 
 		 345 aa  68.6  0.0000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2043  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  27.96 
 
 		 274 aa  68.9  0.0000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.259973  normal  0.118858 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1894  Squalene/phytoene synthase  29.49 
 
 		 270 aa  68.2  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    unclonable  2.73181e-25 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2309  Squalene/phytoene synthase  26.48 
 
 		 350 aa  68.2  0.0000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7027  squalene synthase HpnD  30.59 
 
 		 282 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.597423  hitchhiker  0.000000555779 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0010  putative squalene/phytoene synthase  30.14 
 
 		 306 aa  66.2  0.0000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01581  squalene and phytoene synthase  25.61 
 
 		 313 aa  65.5  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3241  squalene synthase HpnD  29.24 
 
 		 294 aa  65.9  0.000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.154532 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2699  Phytoene synthase  25.36 
 
 		 316 aa  64.7  0.000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0902  Squalene/phytoene synthase  28.94 
 
 		 351 aa  64.3  0.000000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.883554  normal  0.674566 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0494  phytoene synthase  28.74 
 
 		 342 aa  63.9  0.000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2212  Phytoene synthase  29.46 
 
 		 333 aa  63.5  0.000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.306787  normal  0.113322 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4263  squalene synthase HpnD  28.47 
 
 		 279 aa  63.5  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4139  squalene synthase HpnD  30.37 
 
 		 290 aa  63.2  0.000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1356  phytoene desaturase  27.24 
 
 		 311 aa  63.2  0.000000007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1173  Squalene/phytoene synthase  27.51 
 
 		 348 aa  63.2  0.000000007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3154  squalene synthase HpnD  29.79 
 
 		 285 aa  63.2  0.000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1486  Phytoene synthase  35.45 
 
 		 280 aa  62.8  0.000000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000477032 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2102  putative phytoene synthase  28.67 
 
 		 282 aa  62  0.00000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2967  putative phytoene synthase  31.36 
 
 		 279 aa  62.8  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1491  squalene/phytoene synthase  28.67 
 
 		 275 aa  62  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116412  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0017  squalene/phytoene synthase  27.8 
 
 		 282 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4554  squalene synthase HpnD  27.33 
 
 		 282 aa  62  0.00000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.124742  normal  0.209496 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1131  putative phytoene synthase  28.67 
 
 		 282 aa  62  0.00000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0886071  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3173  squalene synthase HpnD  27.56 
 
 		 282 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.170379  normal  0.798484 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1411  putative phytoene synthase  28.67 
 
 		 282 aa  62  0.00000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.590662  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3277  squalene/phytoene synthase family protein  28.67 
 
 		 282 aa  62  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.173331  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3163  squalene/phytoene synthase family protein  28.67 
 
 		 282 aa  62  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.395921  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1718  squalene/phytoene synthase  29.92 
 
 		 279 aa  61.6  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.150887  normal  0.105129 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0026  squalene/phytoene synthase  35.65 
 
 		 268 aa  62  0.00000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3575  squalene/phytoene synthase  29.54 
 
 		 279 aa  61.6  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0912672  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2069  Squalene/phytoene synthase  28.73 
 
 		 355 aa  61.2  0.00000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.910011 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5681  squalene/phytoene synthase  27.43 
 
 		 344 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450879  hitchhiker  0.0020025 
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_13160  predicted protein  26.95 
 
 		 314 aa  60.8  0.00000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01711  squalene and phytoene synthase  25.89 
 
 		 302 aa  60.8  0.00000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.460844  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2267  Squalene/phytoene synthase  30.32 
 
 		 292 aa  60.1  0.00000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5178  squalene/phytoene synthase  27.43 
 
 		 286 aa  60.5  0.00000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0519  Squalene/phytoene synthase  30.22 
 
 		 270 aa  60.1  0.00000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.00000172077  unclonable  0.00000000442805 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1724  squalene/phytoene synthase  29.81 
 
 		 279 aa  60.1  0.00000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.949729  normal  0.0688647 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0378  Phytoene synthase  34.21 
 
 		 277 aa  60.1  0.00000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.883354  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0502  Squalene/phytoene synthase  30.22 
 
 		 270 aa  60.1  0.00000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009044  PICST_83429  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  24.9 
 
 		 448 aa  60.1  0.00000006  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.274803  normal  0.0738823 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7144  squalene synthase HpnD  30.34 
 
 		 283 aa  59.7  0.00000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1524  putative terpenoid synthase  24.8 
 
 		 293 aa  58.9  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5506  squalene synthase HpnD  27.93 
 
 		 282 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0194601 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4441  squalene/phytoene synthase  27.87 
 
 		 312 aa  59.3  0.0000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.902716 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4953  squalene/phytoene synthase  27.93 
 
 		 282 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.202978  normal  0.0913001 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01601  squalene and phytoene synthase  25.3 
 
 		 302 aa  58.5  0.0000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.37181  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4931  squalene/phytoene synthase  28.69 
 
 		 303 aa  59.3  0.0000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.974749  normal  0.56653 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2271  squalene/phytoene synthase  29.75 
 
 		 278 aa  58.5  0.0000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.3606  normal  0.152656 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0145  squalene and phytoene synthase  26.14 
 
 		 302 aa  58.2  0.0000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2361  phytoene synthase, putative  28.31 
 
 		 397 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4010  squalene/phytoene synthase  28.42 
 
 		 349 aa  58.2  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.450209  hitchhiker  0.005496 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1469  squalene/phytoene synthase  26.47 
 
 		 278 aa  58.5  0.0000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.093499 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2684  squalene/phytoene synthase  31.53 
 
 		 278 aa  58.5  0.0000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.166046  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0523  squalene/phytoene synthase  25.9 
 
 		 298 aa  58.2  0.0000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.182071  normal  0.774917 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2244  Phytoene synthase  32.73 
 
 		 303 aa  58.2  0.0000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01621  squalene and phytoene synthase  25.5 
 
 		 302 aa  58.5  0.0000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0937  Squalene/phytoene synthase  26.92 
 
 		 331 aa  57.8  0.0000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0100379  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3310  Phytoene synthase  33.33 
 
 		 317 aa  57.8  0.0000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_31144  predicted protein  23.57 
 
 		 456 aa  57.8  0.0000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1697  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  27.68 
 
 		 281 aa  57.4  0.0000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.242152  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>