More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcenmc03_2988 on replicon NC_010508
Organism: Burkholderia cenocepacia MC0-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010551  BamMC406_2878  porin  96.37 
 
 
358 aa  687  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.636826 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3015  porin  96.09 
 
 
358 aa  686  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6317  outer membrane protein, (porin)  96.37 
 
 
358 aa  684  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2963  porin  96.93 
 
 
358 aa  675  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2354  porin  100 
 
 
358 aa  727  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.296881  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2988  porin  100 
 
 
358 aa  727  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2968  porin  100 
 
 
358 aa  727  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0305  outer membrane porin  75.98 
 
 
358 aa  554  1e-156  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.460177  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0534  putative outer membrane porin protein precursor  76.54 
 
 
387 aa  549  1e-155  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0511105  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0343  outer membrane porin  76.54 
 
 
358 aa  550  1e-155  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0355  outer membrane porin  76.54 
 
 
358 aa  550  1e-155  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.17583  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0154  porin  72.11 
 
 
367 aa  516  1e-145  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.167447  normal  0.122543 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4279  OmpC family outer membrane porin  71.27 
 
 
361 aa  490  1e-137  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.115808 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0429  porin Gram-negative type  71.55 
 
 
361 aa  490  1e-137  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.568653 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1469  outer membrane protein (porin)-like  53.91 
 
 
360 aa  382  1e-105  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00910235  normal  0.207544 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1939  porin Gram-negative type  59.45 
 
 
356 aa  370  1e-101  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.173023  normal  0.0269425 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2262  porin Gram-negative type  58.41 
 
 
356 aa  366  1e-100  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.865753  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0804  OmpC family outer membrane porin  50.55 
 
 
363 aa  364  1e-99  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.554989  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5685  porin  55.82 
 
 
357 aa  360  2e-98  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.523942  normal  0.0446871 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5908  porin  55.82 
 
 
357 aa  360  3e-98  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.359102  decreased coverage  0.00179215 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3719  porin Gram-negative type  56.84 
 
 
352 aa  359  5e-98  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0865217  normal  0.777538 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4796  porin Gram-negative type  56.84 
 
 
352 aa  359  5e-98  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0944571 
 
 
-
 
NC_003296  RS00714  porin precursor transmembrane protein  55.59 
 
 
351 aa  351  1e-95  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000654265  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2439  porin  48.62 
 
 
359 aa  308  8e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0880  porin  47.97 
 
 
361 aa  303  3e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0359628  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0438  OmpC family outer membrane porin  45.17 
 
 
344 aa  258  1e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.513218  normal  0.842946 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0153  porin Gram-negative type  44.44 
 
 
344 aa  253  4e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3020  outer membrane protein (porin)  41.53 
 
 
365 aa  252  8e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.377594 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4258  porin  44.67 
 
 
344 aa  241  1e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0937831  hitchhiker  0.000204948 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2452  porin Gram-negative type  42.69 
 
 
340 aa  221  2e-56  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1125  porin  40.24 
 
 
341 aa  207  2e-52  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5435  porin precursor transmembrane protein  43.77 
 
 
332 aa  203  4e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1795  porin  38.87 
 
 
362 aa  201  1e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2920  porin  39.1 
 
 
342 aa  198  9e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.281008 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1479  porin Gram-negative type  37.85 
 
 
341 aa  194  1e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4931  porin  36.6 
 
 
357 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3229  porin  36.6 
 
 
357 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.484687 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7659  outer membrane protein (porin)  39.22 
 
 
340 aa  184  2e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.24829  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6742  porin  35.92 
 
 
357 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1564  porin  36.72 
 
 
357 aa  179  9e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.247151  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6266  porin  36.72 
 
 
357 aa  179  9e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1240  porin  34.55 
 
 
386 aa  133  4e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.382217  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1266  porin  34.55 
 
 
386 aa  132  8e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.162269 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1937  porin  34.9 
 
 
386 aa  129  7e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0139631 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3555  outer membrane porin  34.31 
 
 
436 aa  128  1e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.525449  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4500  outer membrane protein, (porin)  33.85 
 
 
386 aa  128  1e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.048827  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3221  putative outer membrane porin  34.13 
 
 
386 aa  128  2e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3561  outer membrane porin  34.13 
 
 
386 aa  128  2e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1342  putative outer membrane porin  34.13 
 
 
386 aa  128  2e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1338  porin  34.36 
 
 
386 aa  128  2e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.490298  normal  0.0334295 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2562  outer membrane porin, putative  34.13 
 
 
386 aa  128  2e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.98462  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3536  outer membrane porin  34.13 
 
 
386 aa  128  2e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1357  porin  34.64 
 
 
386 aa  128  2e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0495362  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4291  porin Gram-negative type  33.42 
 
 
383 aa  128  2e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.407078  normal  0.139177 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0875  porin  34.64 
 
 
386 aa  128  2e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1107  outer membrane porin OpcP  33.87 
 
 
436 aa  127  3e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1102  outer membrane protein (porin)  33.52 
 
 
359 aa  127  3e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0620  OmpC family outer membrane porin  33.85 
 
 
383 aa  127  4e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0145861 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4740  porin Gram-negative type  33.06 
 
 
390 aa  126  6e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.146924  normal  0.780423 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5588  porin  33.79 
 
 
359 aa  126  7e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00406297 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4106  porin  34.44 
 
 
359 aa  125  8e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.437968  normal  0.0586067 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3655  porin  33.06 
 
 
359 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.228307  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2847  porin  34.15 
 
 
389 aa  125  1e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2708  porin  33.93 
 
 
400 aa  125  1e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4712  porin  33.06 
 
 
359 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.875326  normal  0.163784 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6531  porin Gram-negative type  34.04 
 
 
395 aa  124  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.158369  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0483  putative outer membrane porin  33.87 
 
 
386 aa  124  2e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0548  porin  34.16 
 
 
383 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.979197  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3634  outer membrane protein, (porin)  33.88 
 
 
383 aa  125  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0066  porin  34.16 
 
 
383 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4571  porin  34.44 
 
 
359 aa  124  3e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.442786  hitchhiker  3.61687e-05 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0477  porin  34.44 
 
 
385 aa  124  3e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0452  porin  34.16 
 
 
385 aa  123  4e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.14543  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2582  porin  33.16 
 
 
400 aa  123  4e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0519  porin  34.16 
 
 
383 aa  123  5e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.680874  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0388  OmpC family outer membrane porin  33.15 
 
 
384 aa  122  7e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.62464  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1202  outer membrane protein (porin)  34.3 
 
 
361 aa  122  9e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.818549  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0527  porin  32.89 
 
 
352 aa  121  1e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0023989  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3981  porin  33.53 
 
 
359 aa  121  2e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0266554 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0528  porin  33.03 
 
 
338 aa  120  3e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  4.23032e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3532  porin  32.45 
 
 
350 aa  119  6e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.869887 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0650  porin  32.47 
 
 
369 aa  119  7e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  unclonable  3.49197e-07  normal  0.162286 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4594  porin  33.73 
 
 
376 aa  119  8e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.561867 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3740  porin  31.83 
 
 
389 aa  118  2e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4628  porin  31.83 
 
 
389 aa  118  2e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4787  porin  31.65 
 
 
357 aa  118  2e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0681178  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6406  porin Gram-negative type  31.27 
 
 
381 aa  117  2e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5955  porin Gram-negative type  33.81 
 
 
384 aa  118  2e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.144043  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0148  outer membrane protein (porin)  33.53 
 
 
350 aa  118  2e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.268856 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0475  Outer membrane protein (porin)  33.89 
 
 
389 aa  117  3e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0924719  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6734  outer membrane protein (porin)  34.66 
 
 
394 aa  117  4e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0780973  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3481  porin Gram-negative type  33.59 
 
 
389 aa  116  6e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00201616  hitchhiker  0.00388153 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7493  porin  31.72 
 
 
383 aa  116  6e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0254041  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7084  outer membrane protein (porin)  32.31 
 
 
394 aa  116  6e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4230  porin  31.02 
 
 
357 aa  116  6e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2803  outer membrane protein (porin)  31.89 
 
 
387 aa  116  7e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0760601  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5676  porin  31.56 
 
 
389 aa  116  8e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.919602 
 
 
-
 
NC_003296  RS05376  porin signal peptide protein  34.19 
 
 
368 aa  115  8e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0326647 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3211  porin  32.44 
 
 
391 aa  115  1e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.774727  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1413  OmpC family outer membrane porin  35.62 
 
 
379 aa  115  2e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  unclonable  7.59024e-18  normal  0.238821 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>