More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcenmc03_2058 on replicon NC_010508
Organism: Burkholderia cenocepacia MC0-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009074  BURPS668_2458  alanine racemase  88.48 
 
 
356 aa  653    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.181694  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2514  alanine racemase  88.48 
 
 
356 aa  653    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796194  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1238  alanine racemase  96.63 
 
 
356 aa  704    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.40001  normal  0.661096 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1575  alanine racemase  88.48 
 
 
356 aa  653    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.378479  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2058  alanine racemase  100 
 
 
356 aa  726    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0773108  normal  0.717767 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2603  alanine racemase  88.48 
 
 
356 aa  653    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.139768  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5348  alanine racemase  98.03 
 
 
356 aa  714    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.393268 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1350  alanine racemase  88.48 
 
 
356 aa  653    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.313664  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2078  alanine racemase  88.48 
 
 
356 aa  653    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.295306  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2007  alanine racemase  87.64 
 
 
356 aa  649    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.954073  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6038  alanine racemase  99.44 
 
 
356 aa  723    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.629705  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3234  alanine racemase  88.48 
 
 
356 aa  653    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1940  alanine racemase  96.91 
 
 
356 aa  707    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.466995  normal  0.712057 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2071  alanine racemase  96.63 
 
 
356 aa  706    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2039  alanine racemase  99.44 
 
 
356 aa  723    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1359  alanine racemase  83.71 
 
 
363 aa  613  9.999999999999999e-175  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.766963  normal  0.790238 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2477  alanine racemase  80.9 
 
 
356 aa  587  1e-167  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0200265  hitchhiker  0.000141057 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1660  alanine racemase  81.18 
 
 
356 aa  587  1e-166  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.377716  normal  0.0463479 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1371  alanine racemase  66.11 
 
 
375 aa  492  9.999999999999999e-139  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0951593  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1244  alanine racemase  65.56 
 
 
374 aa  491  9.999999999999999e-139  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.43414 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1310  alanine racemase  64.72 
 
 
374 aa  486  1e-136  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.183193  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1934  alanine racemase  64.33 
 
 
373 aa  484  1e-135  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.138349  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1400  alanine racemase  64.04 
 
 
368 aa  476  1e-133  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.124508  normal  0.406393 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4504  alanine racemase  61.76 
 
 
373 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.142172  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3445  alanine racemase  62.32 
 
 
373 aa  456  1e-127  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1715  alanine racemase  60.06 
 
 
374 aa  455  1e-127  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2745  alanine racemase  61.52 
 
 
357 aa  457  1e-127  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000484932 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1965  alanine racemase  61.76 
 
 
373 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4288  alanine racemase  61.47 
 
 
373 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4078  alanine racemase  61.47 
 
 
373 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01165  alanine racemase  57.51 
 
 
356 aa  443  1e-123  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0105464  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2458  alanine racemase  57.22 
 
 
356 aa  442  1e-123  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000612069  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01175  hypothetical protein  57.51 
 
 
356 aa  443  1e-123  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0067944  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1335  alanine racemase  57.51 
 
 
356 aa  444  1e-123  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000853808  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1293  alanine racemase  57.51 
 
 
356 aa  443  1e-123  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000195233  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2435  alanine racemase  57.51 
 
 
356 aa  443  1e-123  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0660359  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1677  alanine racemase  57.51 
 
 
356 aa  442  1e-123  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000165096  normal  0.866269 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1959  alanine racemase  57.51 
 
 
356 aa  444  1e-123  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.148876  normal  0.720893 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2000  alanine racemase  57.1 
 
 
356 aa  440  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0221784  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1516  alanine racemase  56.25 
 
 
356 aa  436  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0732192  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2362  alanine racemase  56.66 
 
 
356 aa  437  1e-121  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.166545  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2286  alanine racemase  60.06 
 
 
374 aa  437  1e-121  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1940  alanine racemase  56.53 
 
 
356 aa  435  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.277232  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0961  alanine racemase  60.06 
 
 
374 aa  437  1e-121  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.37153  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1047  alanine racemase  60.06 
 
 
374 aa  437  1e-121  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1944  alanine racemase  56.25 
 
 
356 aa  434  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0640294  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1331  alanine racemase  56.25 
 
 
356 aa  434  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000221405  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3976  alanine racemase  61.76 
 
 
373 aa  432  1e-120  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.087726  normal  0.384892 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3490  alanine racemase  61.76 
 
 
373 aa  432  1e-120  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.541285  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0131  alanine racemase  58.01 
 
 
365 aa  419  1e-116  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0193  alanine racemase  58.24 
 
 
364 aa  416  9.999999999999999e-116  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.326654  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0229  alanine racemase  58.77 
 
 
366 aa  412  1e-114  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0488  alanine racemase  55.95 
 
 
374 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3562  alanine racemase  56.32 
 
 
367 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0194  alanine racemase  57.06 
 
 
365 aa  396  1e-109  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0920  alanine racemase  54.57 
 
 
377 aa  396  1e-109  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4337  alanine racemase  57.26 
 
 
371 aa  397  1e-109  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.355342  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0176  alanine racemase  56.79 
 
 
365 aa  397  1e-109  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2530  alanine racemase region  58.76 
 
 
366 aa  392  1e-108  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0253  alanine racemase  57.1 
 
 
369 aa  394  1e-108  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.501756  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0311  alanine racemase  54.42 
 
 
367 aa  385  1e-106  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1331  alanine racemase  52.56 
 
 
357 aa  365  1e-100  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2100  alanine racemase  53.54 
 
 
367 aa  360  2e-98  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.83671  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2115  alanine racemase  53.8 
 
 
357 aa  357  1.9999999999999998e-97  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000357535  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0919  alanine racemase  50.96 
 
 
374 aa  354  2e-96  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1986  alanine racemase region  53.01 
 
 
370 aa  348  8e-95  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.334037 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0923  alanine racemase  50.28 
 
 
381 aa  347  2e-94  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.288368  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4206  alanine racemase  49.57 
 
 
358 aa  323  3e-87  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0248673  decreased coverage  0.000000273108 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3916  alanine racemase  49.86 
 
 
358 aa  320  1.9999999999999998e-86  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0693  alanine racemase  50.71 
 
 
358 aa  319  5e-86  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00658355  hitchhiker  0.000391995 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0738  alanine racemase  49.86 
 
 
358 aa  318  7e-86  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0231981  decreased coverage  0.0000000000814721 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3637  alanine racemase  49.86 
 
 
358 aa  318  7e-86  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000125734  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0717  alanine racemase  49.86 
 
 
358 aa  318  7.999999999999999e-86  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00955236  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0714  alanine racemase  50.43 
 
 
358 aa  318  7.999999999999999e-86  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000257815  hitchhiker  0.000596589 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3247  alanine racemase  50.43 
 
 
358 aa  318  1e-85  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000012106  hitchhiker  0.0000136882 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0747  alanine racemase  49.57 
 
 
358 aa  316  4e-85  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00105431  hitchhiker  0.000194512 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0759  alanine racemase  49.57 
 
 
358 aa  313  2.9999999999999996e-84  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000059584  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3580  alanine racemase  47.86 
 
 
358 aa  311  1e-83  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000398757  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1359  alanine racemase  45.48 
 
 
356 aa  311  1e-83  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3995  alanine racemase  49.43 
 
 
361 aa  310  2e-83  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0763  alanine racemase  47.86 
 
 
358 aa  310  2.9999999999999997e-83  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.347962  unclonable  0.0000000000881438 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0247  alanine racemase  47.73 
 
 
362 aa  308  8e-83  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5524  alanine racemase  46.46 
 
 
365 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.250088 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3277  alanine racemase  48.02 
 
 
358 aa  307  2.0000000000000002e-82  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.323363  unclonable  0.00000258476 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3345  alanine racemase  46.74 
 
 
372 aa  307  2.0000000000000002e-82  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3057  alanine racemase  47.62 
 
 
364 aa  307  2.0000000000000002e-82  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0113499  normal  0.425267 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0237  alanine racemase  47.59 
 
 
357 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0103  alanine racemase, catabolic  46.18 
 
 
357 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2388  alanine racemase  48.02 
 
 
367 aa  303  4.0000000000000003e-81  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69990  alanine racemase  47.03 
 
 
357 aa  302  6.000000000000001e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65110  biosynthetic alanine racemase  46.35 
 
 
358 aa  301  8.000000000000001e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0257  alanine racemase  46.31 
 
 
359 aa  301  1e-80  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.533775  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6076  alanine racemase  47.03 
 
 
368 aa  300  3e-80  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2783  alanine racemase  46.15 
 
 
375 aa  299  4e-80  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000262761  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00017  alanine racemase  45.98 
 
 
366 aa  299  6e-80  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0650  alanine racemase  45.79 
 
 
358 aa  298  1e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000416834 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0522  alanine racemase  47.18 
 
 
363 aa  298  1e-79  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000197654  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2629  alanine racemase  47.38 
 
 
364 aa  298  1e-79  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.962151  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47960  alanine racemase  47.59 
 
 
361 aa  298  1e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5657  biosynthetic alanine racemase  46.91 
 
 
358 aa  297  2e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>