More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcenmc03_0897 on replicon NC_010508
Organism: Burkholderia cenocepacia MC0-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010508  Bcenmc03_0897  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
306 aa  615  1e-175  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.536186  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0456  LysR family transcriptional regulator  98.69 
 
 
306 aa  609  1e-173  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0935  LysR family transcriptional regulator  98.69 
 
 
306 aa  609  1e-173  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4037  LysR family transcriptional regulator  98.03 
 
 
309 aa  597  1e-170  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2999  LysR family transcriptional regulator  76.32 
 
 
305 aa  481  1e-135  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0222348  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6344  transcriptional regulator, LysR family  44.86 
 
 
310 aa  204  1e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6272  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 
316 aa  199  4e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5976  LysR family transcriptional regulator  39.27 
 
 
316 aa  198  1e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0658  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 
328 aa  186  5e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3129  nitrogen assimilation transcriptional regulator  39.85 
 
 
307 aa  182  7e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4950  LysR family transcriptional regulator  34.65 
 
 
335 aa  180  3e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2923  nitrogen assimilation regulatory protein Nac, putative  37.67 
 
 
302 aa  176  6e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00510012  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3833  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 
312 aa  172  9e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8569  transcriptional regulator, LysR family  36.47 
 
 
316 aa  169  4e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2590  nitrogen assimilation transcriptional regulator  34.59 
 
 
307 aa  169  6e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1351  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 
325 aa  166  4e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0970  nitrogen assimilation transcriptional regulator  39.18 
 
 
307 aa  165  9e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  2.43153e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2270  nitrogen assimilation transcriptional regulator  39.18 
 
 
305 aa  164  1e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  4.1726e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6254  LysR family transcriptional regulator  39.17 
 
 
320 aa  165  1e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1136  nitrogen assimilation transcriptional regulator  39.18 
 
 
305 aa  164  1e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  1.90292e-08  hitchhiker  0.000106963 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01898  DNA-binding transcriptional dual regulator of nitrogen assimilation  39.18 
 
 
305 aa  164  2e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0024282  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1667  transcriptional regulator, LysR family  39.18 
 
 
305 aa  164  2e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  4.20428e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01887  hypothetical protein  39.18 
 
 
305 aa  164  2e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0017445  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6361  nitrogen assimilation transcriptional regulator  37.05 
 
 
323 aa  164  2e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.594028  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3365  LysR substrate-binding  33.98 
 
 
320 aa  163  3e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.415783  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2111  nitrogen assimilation transcriptional regulator  38.78 
 
 
305 aa  163  3e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.1125e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3766  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 
320 aa  163  3e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.763855  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1657  nitrogen assimilation transcriptional regulator  38.78 
 
 
305 aa  163  3e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000208245  hitchhiker  0.00930832 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2832  nitrogen assimilation transcriptional regulator  38.37 
 
 
305 aa  162  5e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  5.72709e-09  normal  0.465707 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3816  LysR family transcriptional regulator  37.27 
 
 
310 aa  162  7e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.898253 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2564  nitrogen assimilation transcriptional regulator  39.59 
 
 
305 aa  161  1e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000767636  normal  0.0977076 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0464  transcriptional regulator, LysR family  36.14 
 
 
316 aa  161  1e-38  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4118  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 
324 aa  161  2e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00686854  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0942  nitrogen assimilation transcriptional regulator  37.62 
 
 
313 aa  159  5e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.787087 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2034  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 
303 aa  158  1e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.376919  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0165  LysR family transcriptional regulator  38.96 
 
 
306 aa  156  3e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.945791  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4318  LysR family transcriptional regulator  39.68 
 
 
302 aa  154  2e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.772143  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4069  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 
324 aa  153  4e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4550  transcriptional regulator, LysR family  34.3 
 
 
306 aa  152  6e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.597489  normal  0.103743 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6369  transcriptional regulator, LysR family  35.25 
 
 
301 aa  152  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.120934  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3414  transcriptional regulator, LysR family  38.74 
 
 
324 aa  150  2e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0751  LysR family transcriptional regulator  37.14 
 
 
308 aa  148  1e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000639538  normal  0.380791 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0812  LysR family transcriptional regulator  37.14 
 
 
308 aa  148  1e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0254349  normal  0.598657 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0739  LysR-family transcriptional regulator  37.14 
 
 
308 aa  148  1e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  5.0568e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2501  LysR family transcriptional regulator  38.2 
 
 
308 aa  147  2e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.507839 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3085  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 
341 aa  147  2e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3859  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 
308 aa  147  2e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000207692 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0476  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 
319 aa  147  2e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5149  LysR family transcriptional regulator  38.55 
 
 
308 aa  147  3e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.785397  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0848  LysR-family transcriptional regulator  37.14 
 
 
308 aa  147  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00362304  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2084  LysR family transcriptional regulator  33.86 
 
 
323 aa  146  4e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.911939  normal  0.0802538 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0637  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 
310 aa  145  6e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4059  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 
315 aa  145  6e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.870241  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0799  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 
308 aa  145  7e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00821953  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3416  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 
320 aa  145  8e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 
332 aa  145  1e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4206  LysR family transcriptional regulator  36.29 
 
 
316 aa  145  1e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.46291  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4822  putative transcriptional regulatory protein (nitrogen assimilation control protein)  32.3 
 
 
331 aa  144  2e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.672498  normal  0.337818 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6114  transcriptional regulator, LysR family  38.62 
 
 
311 aa  142  7e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0341  LysR family transcriptional regulator  37.4 
 
 
313 aa  142  8e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.398089  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2004  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 
304 aa  141  1e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1431  transcriptional regulator  31.37 
 
 
318 aa  141  1e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6300  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 
313 aa  141  2e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0795  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 
320 aa  140  3e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7661  transcriptional regulator LysR family  31.53 
 
 
301 aa  140  4e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6793  transcriptional regulator, LysR family  31.27 
 
 
319 aa  139  5e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2180  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.62 
 
 
307 aa  139  6e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15464  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4227  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 
345 aa  138  1e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3234  DNA-binding transcriptional regulator CynR  35.42 
 
 
295 aa  137  2e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.842433  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0748  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
310 aa  137  2e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0879  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 
300 aa  136  4e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.388933 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2695  LysR family transcriptional regulator  35.68 
 
 
299 aa  134  1e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.311344 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3132  transcriptional regulator, LysR family  38.71 
 
 
308 aa  134  2e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.168013  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7296  LysR family transcriptional regulator  35.2 
 
 
309 aa  133  3e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.343468  normal  0.377846 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6018  LysR family transcriptional regulator  37.4 
 
 
306 aa  134  3e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.550846  normal  0.605819 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5176  transcriptional regulator, LysR family  34.55 
 
 
300 aa  132  5e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1195  transcriptional regulator, LysR family  30.65 
 
 
339 aa  132  8e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.279757  normal  0.378839 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0989  LysR, substrate-binding  34.36 
 
 
300 aa  130  2e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.745768  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3612  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 
332 aa  131  2e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.11328  normal  0.0439826 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3202  LysR family transcriptional regulator  28.94 
 
 
333 aa  129  8e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1366  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 
292 aa  128  9e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.320453 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2041  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 
314 aa  128  1e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.881958  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3701  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 
327 aa  128  1e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.037732  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5627  transcriptional regulator, LysR family  36.59 
 
 
317 aa  127  2e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6151  transcriptional regulator, LysR family  30.29 
 
 
323 aa  127  3e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0330  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 
336 aa  127  3e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3210  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 
306 aa  127  3e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5279  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 
308 aa  126  5e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.328918  normal  0.21823 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 
301 aa  124  2e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  3.15182e-05  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0841  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 
309 aa  124  3e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.697299  normal  0.209982 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6135  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 
317 aa  124  3e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.120476  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1459  LysR family transcriptional regulator  33.05 
 
 
311 aa  123  4e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.828972  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3631  LysR family transcriptional regulator  31.48 
 
 
306 aa  123  4e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.489296 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5877  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 
313 aa  122  6e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.673502  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2148  LysR family transcriptional regulator  32.92 
 
 
329 aa  122  8e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1721  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 
322 aa  122  9e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0891841  normal  0.236435 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0798  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 
305 aa  122  1e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3155  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 
320 aa  120  2e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2051  transcriptional regulator, LysR family  30.69 
 
 
300 aa  121  2e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.183116  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1743  transcriptional regulator, LysR family  30.69 
 
 
300 aa  121  2e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.854551 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>