More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcenmc03_0290 on replicon NC_010508
Organism: Burkholderia cenocepacia MC0-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010508  Bcenmc03_0290  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
309 aa  598  1e-170  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  3.53581e-07  unclonable  4.04999e-11 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2796  LysR family transcriptional regulator  98.71 
 
 
309 aa  593  1e-169  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  1.5017e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0310  LysR family transcriptional regulator  98.63 
 
 
292 aa  560  1e-158  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  4.18472e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0229  LysR family transcriptional regulator  94.72 
 
 
306 aa  558  1e-158  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  unclonable  3.69009e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0237  LysR family transcriptional regulator  94.39 
 
 
306 aa  556  1e-157  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  6.18389e-08  unclonable  2.50683e-11 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3409  LysR family transcriptional regulator  91.56 
 
 
309 aa  552  1e-156  Burkholderia sp. 383  Bacteria  unclonable  2.05674e-11  normal  0.256095 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0213  LysR family transcriptional regulator  86.14 
 
 
309 aa  513  1e-144  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  7.18825e-11  unclonable  1.04245e-11 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3859  LysR family transcriptional regulator  78.29 
 
 
312 aa  465  1e-130  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  unclonable  0.000387155  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0027  transcriptional regulatory protein  78.29 
 
 
312 aa  465  1e-130  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  7.39069e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3798  LysR family transcriptional regulator  78.29 
 
 
312 aa  465  1e-130  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  2.55369e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3119  transcriptional regulatory protein  76.92 
 
 
312 aa  460  1e-128  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  2.34841e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1243  LysR family transcriptional regulator  68.14 
 
 
316 aa  397  1e-110  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30450  LysR family transcriptional regulator  44 
 
 
298 aa  214  1e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2539  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 
296 aa  211  1e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00516112 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3227  LysR family transcriptional regulator  39.2 
 
 
296 aa  209  5e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1794  transcriptional regulator, LysR family  40.4 
 
 
301 aa  205  6e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3600  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.4 
 
 
322 aa  204  1e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0326456  normal  0.336549 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21680  Transcriptional regulator, LysR family  40.44 
 
 
273 aa  192  8e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.291756  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30980  Transcriptional regulator LysR family protein  40.07 
 
 
303 aa  189  3e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1550  transcriptional regulator, LysR family  37.25 
 
 
303 aa  182  4e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.93213 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1913  LysR family transcriptional regulator  42.59 
 
 
281 aa  181  1e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4332  LysR family transcriptional regulator  40.7 
 
 
322 aa  177  2e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.399198  normal  0.192569 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4155  LysR family transcriptional regulator  40.15 
 
 
307 aa  177  3e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.532001  normal  0.288769 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4108  LysR family transcriptional regulator  40.66 
 
 
324 aa  172  8e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.147641  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4258  LysR family transcriptional regulator  40.66 
 
 
324 aa  172  8e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000322275  normal  0.291144 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1753  LysR family transcriptional regulator  39.78 
 
 
305 aa  171  1e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0990804  normal  0.117746 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3259  LysR family transcriptional regulator  40.29 
 
 
307 aa  170  3e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3682  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 
326 aa  167  2e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.475547  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5230  LysR family transcriptional regulator  40.85 
 
 
212 aa  150  3e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.957267  normal  0.114688 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0935  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 
306 aa  108  9e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0456  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 
306 aa  108  9e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0897  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 
306 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.536186  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4600  LysR family transcriptional regulator  25.94 
 
 
297 aa  105  7e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4118  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 
324 aa  104  2e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00686854  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0330  LysR family transcriptional regulator  33.73 
 
 
336 aa  102  6e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4037  LysR family transcriptional regulator  31.73 
 
 
309 aa  102  1e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  32.13 
 
 
301 aa  102  1e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  3.15182e-05  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6072  transcriptional regulator, LysR family  29.41 
 
 
311 aa  101  2e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0191  LysR family transcriptional regulator  29.44 
 
 
288 aa  100  2e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4822  putative transcriptional regulatory protein (nitrogen assimilation control protein)  28.72 
 
 
331 aa  100  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.672498  normal  0.337818 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0208  LysR family transcriptional regulator  29.44 
 
 
288 aa  100  3e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0205  LysR family transcriptional regulator  29.44 
 
 
288 aa  100  3e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0195  LysR family transcriptional regulator  29.44 
 
 
288 aa  100  4e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3322  transcriptional regulator, LysR family  31.32 
 
 
296 aa  100  4e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0151906  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0223  transcriptional regulator, LysR family  29.44 
 
 
288 aa  100  4e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3264  transcriptional regulator, LysR family  25.93 
 
 
290 aa  100  4e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0044  LysR family transcriptional regulator  21.94 
 
 
297 aa  100  4e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0226  LysR family transcriptional regulator  29.44 
 
 
288 aa  100  4e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0230  transcriptional regulator, LysR family  29.03 
 
 
288 aa  99.8  6e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0247  transcriptional regulator, LysR family  29.03 
 
 
288 aa  99  1e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1713  transcriptional regulator, LysR family  29.51 
 
 
304 aa  98.6  1e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1684  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
299 aa  98.2  2e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00688867  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3271  LysR family transcriptional regulator  25.93 
 
 
290 aa  97.4  2e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5097  transcriptional regulator, LysR family  29.03 
 
 
288 aa  97.8  2e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3038  LysR family transcriptional regulator  25.93 
 
 
290 aa  97.4  2e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000600808  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0188  LysR family transcriptional regulator  29.03 
 
 
288 aa  97.4  3e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2999  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 
305 aa  96.7  4e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0222348  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2959  LysR family transcriptional regulator  25.93 
 
 
290 aa  96.7  4e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0464  transcriptional regulator, LysR family  30.04 
 
 
316 aa  96.7  4e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1708  LysR family transcriptional regulator  32.69 
 
 
311 aa  96.7  4e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00211796 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1679  transcriptional regulator, LysR family  29.51 
 
 
304 aa  96.3  6e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6254  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 
320 aa  95.5  9e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1711  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 
311 aa  95.1  1e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.316204  normal  0.702777 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1899  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
286 aa  95.5  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.690335  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8309  transcriptional regulator, LysR family  33.94 
 
 
318 aa  94.7  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.207125  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4731  LysR family transcriptional regulator  28.73 
 
 
307 aa  94  3e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1151  transcriptional regulator, LysR family  31.28 
 
 
302 aa  93.2  5e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0355  hypothetical protein  25.65 
 
 
293 aa  92.8  7e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1345  transcriptional regulator, LysR family  33.2 
 
 
290 aa  92.4  8e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.515489  normal  0.2022 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2662  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 
307 aa  92.4  8e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3156  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.48 
 
 
325 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46065  normal  0.121521 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1825  LysR family transcriptional regulator  28.01 
 
 
302 aa  92.4  1e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.705034  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0193  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.81 
 
 
302 aa  91.7  1e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3788  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.81 
 
 
302 aa  91.7  1e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  28.78 
 
 
296 aa  91.7  1e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2037  transcriptional regulator, LysR family  30.8 
 
 
304 aa  92  1e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0223119  hitchhiker  0.000202643 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  28.78 
 
 
296 aa  92  1e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4023  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 
309 aa  91.7  1e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.34925  normal  0.83755 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4789  transcriptional regulator, LysR family  28 
 
 
308 aa  90.9  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.537076  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3781  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 
331 aa  90.9  2e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.852232  normal  0.126897 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3737  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 
292 aa  91.7  2e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.440992 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0236  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 
293 aa  90.9  3e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0946906  normal  0.151625 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3619  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 
292 aa  90.5  3e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.517887  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0007  LysR family transcriptional regulator  30.47 
 
 
325 aa  90.1  4e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.378538  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0276  transcriptional regulator, LysR family  31.33 
 
 
295 aa  90.1  4e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.265614 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2404  LysR family transcriptional regulator  31.28 
 
 
291 aa  89.7  5e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.229553  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0666  LysR family transcriptional regulator  27.07 
 
 
295 aa  89.7  5e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0127  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.99 
 
 
305 aa  89.7  6e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.985261  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0187  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.48 
 
 
302 aa  89.4  7e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5656  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 
305 aa  89.4  7e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.601684 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3720  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 
305 aa  89.4  7e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101076  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4648  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 
305 aa  89.4  7e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3833  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 
301 aa  89.4  7e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4025  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.73 
 
 
305 aa  89.4  8e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0642  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 
329 aa  89  9e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0748  LysR family transcriptional regulator  25.82 
 
 
310 aa  89  9e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0665  transcriptional regulator, LysR family  36.67 
 
 
329 aa  89  9e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.710378 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1027  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 
314 aa  88.6  1e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2001  transcriptional regulator, LysR family  29.12 
 
 
298 aa  88.6  1e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.536649 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3711  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 
344 aa  89  1e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.770554  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>