More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcenmc03_0005 on replicon NC_010508
Organism: Burkholderia cenocepacia MC0-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010508  Bcenmc03_0005  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  100 
 
 
857 aa  1733    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3070  sigma 28  48.37 
 
 
726 aa  638    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.2717  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0338  sigma-70 region 2 domain protein  33.92 
 
 
590 aa  286  9e-76  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0431  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.92 
 
 
674 aa  227  8e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.213243  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0979  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.92 
 
 
669 aa  226  1e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0235491  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4072  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.66 
 
 
664 aa  226  2e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.518001 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2235  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.5 
 
 
667 aa  224  4e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2261  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.83 
 
 
664 aa  224  7e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.435799 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3450  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.47 
 
 
668 aa  224  7e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.472971  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0966  RNA polymerase sigma factor RpoD  40.13 
 
 
666 aa  223  9.999999999999999e-57  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0575289  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2141  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.51 
 
 
664 aa  223  9.999999999999999e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.320176  normal  0.578732 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0841  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.11 
 
 
667 aa  222  1.9999999999999999e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.104141  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0395  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.16 
 
 
668 aa  223  1.9999999999999999e-56  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2866  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.35 
 
 
717 aa  222  1.9999999999999999e-56  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00102705  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.35 
 
 
702 aa  222  1.9999999999999999e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.493714  normal  0.364288 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2049  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.16 
 
 
668 aa  223  1.9999999999999999e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.176039  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1481  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.99 
 
 
698 aa  221  3e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2440  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.05 
 
 
717 aa  222  3e-56  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00995293  normal  0.135691 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3972  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.99 
 
 
711 aa  222  3e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.379149  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1465  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.8 
 
 
668 aa  222  3e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2129  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.21 
 
 
710 aa  222  3e-56  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.22382 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2317  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.07 
 
 
656 aa  222  3e-56  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.1091  normal  0.0115511 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2882  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.48 
 
 
696 aa  221  3.9999999999999997e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.129916  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4131  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.99 
 
 
714 aa  221  3.9999999999999997e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138863  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0971  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.81 
 
 
702 aa  221  5e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0743249  hitchhiker  0.00275822 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3299  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.05 
 
 
685 aa  219  1e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.269398  normal  0.821458 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1434  RNA polymerase sigma factor RpoD  40.61 
 
 
672 aa  220  1e-55  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.960837  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2223  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.34 
 
 
684 aa  220  1e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.909568 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3104  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.9 
 
 
681 aa  220  1e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.218533  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3789  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  44.68 
 
 
584 aa  219  1e-55  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4265  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.05 
 
 
649 aa  220  1e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.914604  normal  0.695759 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1238  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.05 
 
 
666 aa  219  1e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.894999 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3694  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  45.83 
 
 
584 aa  219  2e-55  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1479  RNA polymerase sigma factor RpoD  40.61 
 
 
672 aa  219  2e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2698  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.78 
 
 
685 aa  219  2e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0621  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.75 
 
 
666 aa  219  2e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.06387 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1627  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.05 
 
 
683 aa  219  2e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00680574 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3036  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.05 
 
 
650 aa  219  2e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.672133  normal  0.0730738 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0395  RNA polymerase sigma factor RpoD-like  47.3 
 
 
579 aa  219  2e-55  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.309099  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0610  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.75 
 
 
718 aa  219  2e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.112929 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0586  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.75 
 
 
667 aa  219  2e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.418628  normal  0.0214442 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2956  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.78 
 
 
685 aa  219  2e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.661846  normal  0.765968 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0573  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.11 
 
 
659 aa  219  2e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.71 
 
 
666 aa  218  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0183053  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7520  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.05 
 
 
665 aa  218  4e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1688  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.49 
 
 
671 aa  218  5e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.585859  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3089  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.07 
 
 
577 aa  217  7e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4047  RpoD family RNA polymerase sigma factor  46.89 
 
 
586 aa  216  9.999999999999999e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000000898252  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0760  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.53 
 
 
622 aa  216  9.999999999999999e-55  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.856067  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0862  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.05 
 
 
638 aa  216  9.999999999999999e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.0093579  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0805  RpoD family RNA polymerase sigma factor  48.5 
 
 
683 aa  216  9.999999999999999e-55  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.469743 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0315  RNA polymerase sigma factor rpoD  45.12 
 
 
622 aa  216  1.9999999999999998e-54  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1013  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  44.32 
 
 
586 aa  216  1.9999999999999998e-54  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.241628  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3049  RpoD family RNA polymerase sigma factor  44.7 
 
 
582 aa  215  2.9999999999999995e-54  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000323778  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6393  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  47.48 
 
 
697 aa  214  3.9999999999999995e-54  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0895  RNA polymerase sigma factor RpoD  49.35 
 
 
358 aa  215  3.9999999999999995e-54  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000160053  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4216  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.48 
 
 
372 aa  213  2e-53  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000301264  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0394  sigma 70 (RpoD)  47.84 
 
 
628 aa  211  5e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.339768  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0713  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  48.48 
 
 
417 aa  211  6e-53  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1426  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.19 
 
 
369 aa  210  8e-53  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0144524  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3783  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.61 
 
 
805 aa  210  8e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1806  sigma 70 (RpoD)  46.81 
 
 
594 aa  210  8e-53  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000803488  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1212  RpoD family RNA polymerase sigma factor  48.07 
 
 
599 aa  210  9e-53  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.389301 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1784  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.19 
 
 
698 aa  209  1e-52  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.101726  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2204  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.75 
 
 
808 aa  210  1e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0393  RNA polymerase sigma factor  45.19 
 
 
698 aa  209  1e-52  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.735984  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0624  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.05 
 
 
361 aa  210  1e-52  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00076534  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4480  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.75 
 
 
805 aa  210  1e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.793179  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3257  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.61 
 
 
805 aa  210  1e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0133032  normal  0.0284743 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1448  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.39 
 
 
369 aa  210  1e-52  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.0000454729  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3886  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.75 
 
 
805 aa  210  1e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.673998  normal  0.56553 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2525  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.75 
 
 
736 aa  209  2e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4813  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.75 
 
 
804 aa  209  2e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0833  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.75 
 
 
800 aa  209  2e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2678  RNA polymerase, sigma(70) factor  46.03 
 
 
588 aa  209  2e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0621  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.75 
 
 
800 aa  209  2e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1520  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.75 
 
 
736 aa  209  2e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2516  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  46.58 
 
 
598 aa  209  2e-52  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.329688 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2384  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.75 
 
 
736 aa  209  2e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1101  RpoD family RNA polymerase sigma factor  46.41 
 
 
602 aa  208  3e-52  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.248126  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0339  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.75 
 
 
680 aa  208  3e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1713  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.75 
 
 
680 aa  208  3e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.089433  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2820  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.61 
 
 
680 aa  208  3e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0461  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  45.89 
 
 
608 aa  208  3e-52  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0373  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.75 
 
 
680 aa  208  3e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0996  DNA-directed RNA polymerase, sigma subunit (sigma70/sigma32)  47.19 
 
 
458 aa  208  3e-52  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  unclonable  0.0000205805  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3641  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.75 
 
 
683 aa  208  4e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1726  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  47.19 
 
 
369 aa  208  4e-52  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1750  sigma-70 region 1.2  44.73 
 
 
653 aa  208  4e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.746191  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2457  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  48.05 
 
 
588 aa  208  4e-52  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.36607  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3941  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.75 
 
 
685 aa  208  4e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6774  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.61 
 
 
681 aa  207  5e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.669833  normal  0.0681029 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2994  RNA polymerase sigma-70 factor  46.35 
 
 
599 aa  207  6e-52  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0762  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  46.44 
 
 
819 aa  207  7e-52  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.023937  normal  0.967295 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0541  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.92 
 
 
359 aa  207  8e-52  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000181279  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3521  RpoD family RNA polymerase sigma factor  47.19 
 
 
372 aa  207  9e-52  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0582772  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3036  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.05 
 
 
359 aa  206  1e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0549205  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0758  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  46.44 
 
 
802 aa  206  1e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1041  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  46.78 
 
 
612 aa  207  1e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.28445  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0721  sigma 70 (RpoD)  46.44 
 
 
805 aa  207  1e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.473729  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>