More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcen_5546 on replicon NC_008062
Organism: Burkholderia cenocepacia AU 1054



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008062  Bcen_5546  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
307 aa  617  1e-176  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.958738  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5911  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
307 aa  617  1e-176  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6416  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  97.72 
 
 
307 aa  575  1e-163  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2894  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.05 
 
 
287 aa  220  2e-56  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2933  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.52 
 
 
297 aa  204  2e-51  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000449491  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0581  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.61 
 
 
297 aa  186  5e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.335118 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2693  putative short chain oxidoreductase  42.52 
 
 
299 aa  184  1e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.233392  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.59 
 
 
285 aa  181  2e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5812  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.84 
 
 
299 aa  179  5e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.613812  normal  0.148731 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0085  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.91 
 
 
287 aa  178  1e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3013  putative oxidoreductase, short- chain dehydrogenase/reductase  41.67 
 
 
321 aa  177  2e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4639  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.28 
 
 
301 aa  177  3e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.194706  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5455  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.3 
 
 
292 aa  176  3e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.980475  normal  0.163061 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4684  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.77 
 
 
291 aa  176  3e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.387596  hitchhiker  0.000782233 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.61 
 
 
329 aa  174  2e-42  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.821163 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.92 
 
 
299 aa  172  6e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.92 
 
 
299 aa  172  6e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2505  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.59 
 
 
299 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.337193  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1705  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43 
 
 
297 aa  171  2e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2529  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.95 
 
 
299 aa  170  3e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6182  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.36 
 
 
271 aa  169  6e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0362247 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0942  short chain dehydrogenase  39.92 
 
 
268 aa  169  8e-41  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4664  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.39 
 
 
308 aa  167  3e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.200803  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3447  short chain dehydrogenase  39.63 
 
 
268 aa  166  5e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4765  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
302 aa  164  1e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.182755 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3356  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.22 
 
 
300 aa  163  3e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0553918 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3209  short chain dehydrogenase  37.39 
 
 
268 aa  162  5e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.821388  normal  0.102605 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3545  short chain dehydrogenase  39.24 
 
 
268 aa  161  1e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.351676  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6615  short chain dehydrogenase  47.62 
 
 
271 aa  161  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.522985  normal  0.0823373 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2968  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.93 
 
 
272 aa  161  1e-38  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.118258  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5364  short chain dehydrogenase  41.88 
 
 
270 aa  160  3e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.778802  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1307  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.28 
 
 
299 aa  160  3e-38  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.151615 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0964  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.28 
 
 
306 aa  159  8e-38  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46600  short chain dehydrogenase  40.17 
 
 
268 aa  159  8e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  9.18039e-13  hitchhiker  1.72259e-06 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1861  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  46.63 
 
 
270 aa  158  1e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0952097  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4702  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.19 
 
 
272 aa  158  1e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.315563  normal  0.0714958 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4288  short chain dehydrogenase  39.38 
 
 
287 aa  157  2e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.861996 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0736  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.66 
 
 
272 aa  157  2e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0101  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.9 
 
 
272 aa  157  2e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3541  short chain dehydrogenase  43.32 
 
 
270 aa  157  3e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.100637  normal  0.0669938 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1733  short chain dehydrogenase  36.54 
 
 
286 aa  156  5e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3311  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.38 
 
 
308 aa  155  6e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000847254  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.08 
 
 
314 aa  155  8e-37  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0687851  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0558  short chain dehydrogenase  46.59 
 
 
272 aa  153  3e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.449424 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3322  short chain dehydrogenase  41.96 
 
 
268 aa  153  4e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0896668  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10768  putative oxidoreductase  38.49 
 
 
304 aa  152  6e-36  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.465871  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1249  short chain dehydrogenase  36.67 
 
 
279 aa  151  1e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.4 
 
 
276 aa  150  2e-35  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    decreased coverage  2.24332e-12 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2629  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.38 
 
 
317 aa  150  3e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4153  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.11 
 
 
273 aa  149  5e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6445  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.26 
 
 
275 aa  149  5e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0029  short chain dehydrogenase  35.74 
 
 
278 aa  149  7e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.148269  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0040  short chain dehydrogenase  35.36 
 
 
283 aa  149  8e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.262261  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0930  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.22 
 
 
279 aa  149  8e-35  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1126  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.43 
 
 
338 aa  147  2e-34  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6530  short chain dehydrogenase  40.52 
 
 
268 aa  147  2e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.744865  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.44 
 
 
271 aa  147  2e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.318083 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2479  short chain dehydrogenase  34.72 
 
 
279 aa  147  2e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1374  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.39 
 
 
276 aa  147  2e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.155315 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4114  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.33 
 
 
273 aa  147  2e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.953941  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2175  short chain dehydrogenase  37.01 
 
 
272 aa  147  2e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.328635  hitchhiker  0.00607004 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2430  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.53 
 
 
276 aa  147  3e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1300  short chain dehydrogenase  40 
 
 
268 aa  146  3e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.237942  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3791  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.78 
 
 
273 aa  147  3e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0700292  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2393  short chain dehydrogenase  37.21 
 
 
344 aa  146  4e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.895738 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0498  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.97 
 
 
273 aa  145  6e-34  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  4.06118e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1001  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.6 
 
 
285 aa  145  8e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6137  short chain dehydrogenase  39.66 
 
 
268 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.647972  normal  0.683407 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2942  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.16 
 
 
272 aa  145  1e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0715  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.32 
 
 
269 aa  144  1e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.965054  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2502  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.18 
 
 
279 aa  145  1e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.729969 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4155  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.02 
 
 
271 aa  144  2e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5810  short chain dehydrogenase  41.94 
 
 
278 aa  144  2e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.930868  normal  0.729107 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2049  short chain dehydrogenase  38.46 
 
 
286 aa  144  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  2.00632e-05 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1025  short chain dehydrogenase  39.75 
 
 
274 aa  143  3e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.150864  normal  0.667254 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1655  hypothetical protein  43.48 
 
 
283 aa  143  3e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2448  short chain dehydrogenase  43.85 
 
 
277 aa  143  4e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3136  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.11 
 
 
282 aa  143  4e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.556145  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10740  short chain dehydrogenase  34.38 
 
 
278 aa  143  4e-33  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.896736  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.55 
 
 
268 aa  142  5e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.392753  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0465  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.92 
 
 
286 aa  142  7e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0983  short chain dehydrogenase  36.15 
 
 
277 aa  142  7e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.622863  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2944  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.39 
 
 
291 aa  142  7e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0718028  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3107  short-chain alcohol-related dehydrogenase  31.43 
 
 
272 aa  142  7e-33  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0106  short chain dehydrogenase  40.09 
 
 
284 aa  142  8e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.417565  normal  0.806146 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2279  short chain dehydrogenase  40.7 
 
 
272 aa  142  8e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.15727 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3333  short chain dehydrogenase  35.08 
 
 
280 aa  141  1e-32  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2188  thiamine pyrophosphate protein central region  37.92 
 
 
847 aa  141  1e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.941679 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5810  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.04 
 
 
296 aa  141  1e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0965696 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.96 
 
 
300 aa  140  2e-32  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.67964 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0909  short chain dehydrogenase  32.27 
 
 
273 aa  141  2e-32  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.34519  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2654  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.69 
 
 
265 aa  140  2e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.18 
 
 
266 aa  140  3e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30257  normal  0.665507 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2060  short chain dehydrogenase  36.15 
 
 
270 aa  140  3e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6366  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.41 
 
 
280 aa  140  4e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.152344 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3278  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.6 
 
 
276 aa  139  5e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.28535  normal  0.153995 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0086  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.05 
 
 
272 aa  139  6e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0551  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.89 
 
 
275 aa  139  9e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0252  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.67 
 
 
281 aa  138  9e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1648  hypothetical protein  42.78 
 
 
283 aa  139  9e-32  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>