More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcen_5545 on replicon NC_008062
Organism: Burkholderia cenocepacia AU 1054



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008062  Bcen_5545  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 
320 aa  636  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.7737  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5910  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 
320 aa  636  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6415  AraC family transcriptional regulator  97.81 
 
 
320 aa  593  1e-168  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6286  transcriptional regulator, AraC family  86.56 
 
 
320 aa  521  1e-147  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5594  AraC family transcriptional regulator  66.04 
 
 
321 aa  415  1e-115  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1180  AraC family transcriptional regulator  53.31 
 
 
320 aa  328  5e-89  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.688099  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5650  AraC family transcriptional regulator  53 
 
 
337 aa  327  1e-88  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0966  transcriptional regulator, AraC family  55.84 
 
 
354 aa  324  1e-87  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00252512 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0916  AraC family transcriptional regulator  55.45 
 
 
335 aa  323  2e-87  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3598  transcriptional regulator, AraC family  39.02 
 
 
313 aa  194  2e-48  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0167816  normal  0.0986203 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0228  ThiJ/PfpI domain protein  39.02 
 
 
313 aa  193  4e-48  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  decreased coverage  0.000506965  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5129  transcriptional regulator, AraC family  40.69 
 
 
326 aa  177  2e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2221  transcriptional regulator  36.73 
 
 
330 aa  154  3e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2142  AraC family transcriptional regulator  32.28 
 
 
324 aa  150  3e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3467  AraC family transcriptional regulator  41.43 
 
 
323 aa  142  5e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3593  AraC family transcriptional regulator  34.94 
 
 
342 aa  141  1e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1553  transcriptional regulator  33.23 
 
 
331 aa  141  2e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.741987 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2508  transcriptional regulator  31.12 
 
 
336 aa  135  1e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.207874  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0125  transcriptional regulator  33.54 
 
 
325 aa  132  1e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0068  transcriptional regulator  28.57 
 
 
347 aa  131  2e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0070  transcriptional regulator  28.57 
 
 
347 aa  130  3e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.020859 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0072  transcriptional regulator  28.57 
 
 
347 aa  130  4e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  1.58985e-06 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05287  transcriptional activator FtrA  29.6 
 
 
320 aa  129  7e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1003  AraC family transcriptional regulator  27.22 
 
 
332 aa  129  8e-29  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.194559  hitchhiker  2.78765e-05 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4194  AraC family transcriptional regulator  28.53 
 
 
335 aa  129  9e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0109567  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6981  AraC family transcriptional regulator  33.85 
 
 
345 aa  127  2e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0671274  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1506  AraC family transcriptional regulator  33.54 
 
 
345 aa  126  6e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.570084  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6323  AraC family transcriptional regulator  33.54 
 
 
345 aa  126  6e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.879961  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0897  transcriptional regulator  31.97 
 
 
335 aa  125  1e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2301  transcriptional regulator  27.92 
 
 
324 aa  124  3e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0634001 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4869  AraC family transcriptional regulator  29.75 
 
 
337 aa  124  3e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0622  transcriptional regulator  34 
 
 
340 aa  121  1e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.553854  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3785  AraC family transcriptional regulator  29.87 
 
 
335 aa  117  2e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0564  AraC family transcriptional regulator  29.44 
 
 
285 aa  117  2e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.682443  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2846  AraC family transcriptional regulator  37.31 
 
 
330 aa  117  2e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2399  AraC family transcriptional regulator  34.09 
 
 
324 aa  116  5e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4121  helix-turn-helix, AraC type  32.17 
 
 
334 aa  116  6e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0954  transcriptional regulator, AraC family  28.44 
 
 
346 aa  115  8e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.856165  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4427  transcriptional regulator, AraC family  34.58 
 
 
336 aa  115  8e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.326492  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4411  helix-turn-helix domain-containing protein  29.78 
 
 
334 aa  115  1e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.321471  normal  0.2451 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4083  AraC family transcriptional regulator  32.47 
 
 
341 aa  115  1e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0474473  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0860  AraC family transcriptional regulator  26.2 
 
 
348 aa  115  1e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4697  transcriptional regulator  29.94 
 
 
331 aa  114  2e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.207414  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1918  transcriptional regulator, AraC family  32.11 
 
 
327 aa  114  2e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0720  AraC family transcriptional regulator  33.64 
 
 
326 aa  114  3e-24  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  1.6714e-05 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0920  AraC family transcriptional regulator  29.81 
 
 
334 aa  113  4e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0314  AraC family transcriptional regulator  30.49 
 
 
322 aa  112  6e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4536  AraC family transcriptional regulator  29.47 
 
 
334 aa  112  7e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5008  putative transcriptional regulator  31.61 
 
 
332 aa  111  2e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1313  AraC family transcriptional regulator  33.01 
 
 
306 aa  111  2e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.459937  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1501  transcriptional regulator  35.91 
 
 
347 aa  109  6e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2995  transcriptional regulator, AraC family  28.93 
 
 
341 aa  108  8e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1778  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25.16 
 
 
325 aa  108  9e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.545321  normal  0.0235367 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57630  AraC family transcriptional regulator  33.97 
 
 
299 aa  108  1e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.963773 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2426  transcriptional regulator, AraC family  27.21 
 
 
326 aa  108  1e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.971153  normal  0.0916341 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4316  transcriptional regulator, AraC family  30.7 
 
 
320 aa  108  2e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3759  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  24.1 
 
 
326 aa  107  2e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01004  Transcriptional regulator containing an amidase domain and an AraC-type DNA-binding HTH domain  27.74 
 
 
329 aa  107  3e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0283206  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3787  transcriptional regulator  23.02 
 
 
321 aa  107  3e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.113221 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2599  AraC family transcriptional regulator  28.76 
 
 
343 aa  107  3e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2573  transcriptional regulator, AraC family with amidase-like domain  33.78 
 
 
345 aa  107  4e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0189  transcriptional regulator, AraC family  30.77 
 
 
360 aa  106  4e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.166962 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3263  transcriptional regulator, AraC family  26.52 
 
 
326 aa  107  4e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.380473 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3975  transcriptional regulator  33.64 
 
 
337 aa  105  7e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3712  transcriptional regulator  34.62 
 
 
336 aa  105  9e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.990015  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2875  ThiJ/PfpI domain-containing protein  34.91 
 
 
330 aa  105  1e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.276432  normal  0.168058 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6692  transcriptional regulator, AraC family  32.23 
 
 
313 aa  105  1e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.178977 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4495  AraC family transcriptional regulator  31.06 
 
 
340 aa  103  3e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1602  transcriptional regulator  26.06 
 
 
330 aa  103  4e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2723  transcriptional regulator, AraC family  27.74 
 
 
331 aa  103  4e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.844059  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0385  transcriptional regulator  29.97 
 
 
334 aa  103  5e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8035  AraC family transcriptional regulator  31.67 
 
 
333 aa  103  6e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.511507  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4589  AraC family transcriptional regulator  32.26 
 
 
333 aa  102  7e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1246  AraC family transcriptional regulator  30.19 
 
 
332 aa  102  7e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.481495  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3344  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  26.19 
 
 
327 aa  102  8e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.430093 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5041  transcriptional regulator  33.03 
 
 
331 aa  102  8e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00544571 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2003  AraC family transcriptional regulator  27.73 
 
 
342 aa  102  9e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0833293 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3263  transcriptional regulator  33.96 
 
 
322 aa  102  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5407  transcriptional regulator, AraC family  29.08 
 
 
313 aa  100  2e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.439375  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0282  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 
342 aa  101  2e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4725  AraC family transcriptional regulator  33.1 
 
 
332 aa  101  2e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3778  AraC family transcriptional regulator  25.46 
 
 
329 aa  100  3e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1645  transcriptional regulator AraC family  29.1 
 
 
327 aa  100  4e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1650  AraC family transcriptional regulator  36.41 
 
 
339 aa  100  4e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3069  AraC family transcriptional regulator  30.52 
 
 
316 aa  99.8  6e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00244653  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2051  transcriptional regulator, AraC family  32.73 
 
 
344 aa  99.4  7e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0974748 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2659  AraC family transcriptional regulator  27.74 
 
 
333 aa  98.2  1e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5208  transcriptional regulator, AraC family  25.84 
 
 
324 aa  98.6  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  9.34033e-05  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2762  transcriptional regulator, AraC family  28.64 
 
 
332 aa  97.4  2e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0171097 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4484  transcriptional regulator  28.27 
 
 
361 aa  97.8  2e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4788  AraC family transcriptional regulator  29.46 
 
 
344 aa  97.8  2e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.139915  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5972  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 
343 aa  97.8  2e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5233  AraC family transcriptional regulator  33.91 
 
 
349 aa  98.2  2e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.896357  normal  0.182047 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2675  transcriptional regulator, AraC family  30.05 
 
 
344 aa  98.2  2e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.307401  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3631  transcriptional regulator, AraC family  32.13 
 
 
327 aa  97.1  3e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0923  AraC family transcriptional regulator  32.32 
 
 
331 aa  97.1  4e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.147864  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5985  transcriptional regulator  30.29 
 
 
334 aa  96.7  5e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0571562 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2168  transcriptional regulator, AraC family  32.27 
 
 
320 aa  96.7  5e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1643  transcriptional regulator, AraC family  30.39 
 
 
351 aa  96.7  5e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.671722  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0974  helix-turn-helix domain-containing protein  25.51 
 
 
314 aa  96.3  6e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.998994  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>