272 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcen_4358 on replicon NC_008061
Organism: Burkholderia cenocepacia AU 1054



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009436  Ent638_1205  ornithine decarboxylase  61.08 
 
 
742 aa  945  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  decreased coverage  5.4905e-05 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1066  ornithine decarboxylase  57.54 
 
 
730 aa  848  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.585058  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0718  ornithine decarboxylase  60.92 
 
 
735 aa  931  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  3.76053e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3311  ornithine decarboxylase  60 
 
 
711 aa  902  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0785  ornithine decarboxylase  60.64 
 
 
735 aa  929  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4269  ornithine decarboxylase  60.42 
 
 
711 aa  907  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.783257  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3667  ornithine decarboxylase  61.68 
 
 
720 aa  964  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0509  ornithine decarboxylase  62.36 
 
 
723 aa  971  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1573  ornithine decarboxylase  59.3 
 
 
719 aa  922  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4047  ornithine decarboxylase  61.4 
 
 
720 aa  917  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.388924  normal  0.452479 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4171  ornithine decarboxylase  61.82 
 
 
720 aa  964  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3975  ornithine decarboxylase  61.82 
 
 
720 aa  964  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4358  ornithine decarboxylase  100 
 
 
739 aa  1527  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0822  ornithine decarboxylase  62.4 
 
 
732 aa  935  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.151589 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0278  ornithine decarboxylase  61.68 
 
 
720 aa  963  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0159  ornithine decarboxylase  60.08 
 
 
720 aa  925  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  1.71989e-05 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3363  ornithine decarboxylase  60.7 
 
 
711 aa  893  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.134652  normal  0.661844 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4053  ornithine decarboxylase  61.82 
 
 
720 aa  963  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3355  ornithine decarboxylase  60.84 
 
 
711 aa  897  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.86478 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4008  ornithine decarboxylase  100 
 
 
739 aa  1527  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3380  ornithine decarboxylase  60 
 
 
711 aa  902  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.961325  normal  0.507506 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0748  ornithine decarboxylase  62.4 
 
 
732 aa  935  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.232895  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3679  ornithine decarboxylase  61.45 
 
 
720 aa  959  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3278  ornithine decarboxylase  60.56 
 
 
711 aa  894  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0179  ornithine decarboxylase  62.38 
 
 
720 aa  951  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4084  ornithine decarboxylase  61.82 
 
 
720 aa  963  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1157  ornithine decarboxylase  62.46 
 
 
753 aa  949  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00332446  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0809  ornithine decarboxylase  62.4 
 
 
732 aa  935  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3289  ornithine decarboxylase  60.98 
 
 
711 aa  901  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00321092 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0858  ornithine decarboxylase  62.4 
 
 
732 aa  935  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0811  ornithine decarboxylase  60.08 
 
 
720 aa  924  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3458  ornithine decarboxylase  60.84 
 
 
711 aa  900  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.829522  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04833  ornithine decarboxylase  58.48 
 
 
726 aa  830  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3334  ornithine decarboxylase  60.56 
 
 
720 aa  932  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3871  ornithine decarboxylase  61.82 
 
 
720 aa  966  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0955234 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3126  ornithine decarboxylase  60.28 
 
 
711 aa  905  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0761  ornithine decarboxylase  62.4 
 
 
732 aa  935  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.905284 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0811  ornithine decarboxylase  60.08 
 
 
720 aa  924  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.901366  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00649  ornithine decarboxylase isozyme, inducible  61.28 
 
 
732 aa  926  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.889551  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0715  ornithine decarboxylase  61.14 
 
 
732 aa  926  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.139092  normal  0.847041 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3109  ornithine decarboxylase  60.42 
 
 
711 aa  907  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.015732 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5195  ornithine decarboxylase  48.81 
 
 
787 aa  674  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.208108  normal  0.398466 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02758  hypothetical protein  60.56 
 
 
711 aa  908  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00836669  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3515  ornithine decarboxylase  99.72 
 
 
726 aa  1499  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.207065 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3210  ornithine decarboxylase  62.01 
 
 
717 aa  912  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.148119  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0872  ornithine decarboxylase  62.24 
 
 
717 aa  915  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.507937  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3418  ornithine decarboxylase  61.96 
 
 
717 aa  910  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.18204  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0314  ornithine decarboxylase  61.82 
 
 
720 aa  966  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00641  hypothetical protein  61.28 
 
 
732 aa  926  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.94656  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001092  ornithine decarboxylase  58.65 
 
 
715 aa  833  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2944  Ornithine decarboxylase  61.28 
 
 
732 aa  927  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6445  ornithine decarboxylase  47.98 
 
 
787 aa  669  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.621476  normal  0.414615 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02795  ornithine decarboxylase, constitutive  60.56 
 
 
711 aa  908  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0111619  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2075  ornithine decarboxylase  97.1 
 
 
726 aa  1462  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.29642  normal  0.752518 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2963  ornithine decarboxylase  61.42 
 
 
732 aa  929  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.988103  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3033  ornithine decarboxylase  61.92 
 
 
717 aa  906  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0730  Ornithine decarboxylase  60.28 
 
 
711 aa  906  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0749  ornithine decarboxylase  60.28 
 
 
711 aa  906  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0757526 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0286  Orn/Lys/Arg decarboxylase major region  45.9 
 
 
786 aa  609  1e-173  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.134594  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0956  Ornithine decarboxylase  45.71 
 
 
781 aa  603  1e-171  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.790787 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0993  ornithine decarboxylase  45.71 
 
 
781 aa  602  1e-171  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.683317 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0934  Ornithine decarboxylase  45.62 
 
 
785 aa  599  1e-170  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.839278 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0745  ornithine decarboxylase  46.24 
 
 
778 aa  601  1e-170  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.184647 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4404  ornithine decarboxylase  45.29 
 
 
781 aa  592  1e-168  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.155721 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0640  ornithine decarboxylase  45.26 
 
 
785 aa  593  1e-168  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3377  ornithine decarboxylase protein  44.98 
 
 
785 aa  591  1e-167  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2341  Ornithine decarboxylase  44.98 
 
 
785 aa  585  1e-166  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.788512  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1881  arginine/lysine/ornithine decarboxylase  43.16 
 
 
699 aa  585  1e-165  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  7.41442e-11 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0224  Ornithine decarboxylase  44.57 
 
 
779 aa  580  1e-164  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.514878 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0928  ornithine decarboxylase  45.4 
 
 
785 aa  578  1e-164  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.335055  normal  0.352812 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3132  ornithine decarboxylase  44.27 
 
 
785 aa  578  1e-163  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.297887  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1204  Lysine decarboxylase  35.36 
 
 
755 aa  413  1e-114  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  unclonable  3.45453e-10  normal  0.552697 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1058  Orn/Lys/Arg decarboxylase  36.98 
 
 
759 aa  410  1e-113  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1611  Orn/Lys/Arg decarboxylase  36.98 
 
 
759 aa  410  1e-113  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.175445  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0861  Orn/Lys/Arg decarboxylase  37.03 
 
 
759 aa  411  1e-113  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.206797  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0651  lysine decarboxylase  33.79 
 
 
755 aa  410  1e-113  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2988  Orn/Lys/Arg decarboxylase  36.98 
 
 
759 aa  410  1e-113  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.541355  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2298  Orn/Lys/Arg decarboxylase  36.98 
 
 
759 aa  410  1e-113  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1064  Orn/Lys/Arg decarboxylase  36.98 
 
 
759 aa  410  1e-113  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1216  Orn/Lys/Arg decarboxylase  36.98 
 
 
759 aa  410  1e-113  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0715  Orn/Lys/Arg decarboxylase  36.98 
 
 
759 aa  410  1e-113  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.395264  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3477  ornithine decarboxylase  35.53 
 
 
761 aa  405  1e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1020  Lysine decarboxylase  35.39 
 
 
761 aa  404  1e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2754  ornithine decarboxylase  34.53 
 
 
754 aa  402  1e-110  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.135744  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0689  ornithine decarboxylase  33.79 
 
 
756 aa  397  1e-109  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.9866  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2967  ornithine decarboxylase  33.97 
 
 
757 aa  397  1e-109  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.482503  normal  0.818361 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2174  Lysine decarboxylase  35.21 
 
 
759 aa  394  1e-108  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0762291 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5763  lysine decarboxylase  36.61 
 
 
759 aa  395  1e-108  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.318981 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2578  Lysine decarboxylase  35.36 
 
 
759 aa  393  1e-108  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.181221 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0144  lysine decarboxylase  34.36 
 
 
769 aa  394  1e-108  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.263338  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2479  lysine decarboxylase  36.62 
 
 
759 aa  393  1e-108  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.506785  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0578  ornithine decarboxylase  34.27 
 
 
742 aa  395  1e-108  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.986824  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0862  lysine decarboxylase  36.31 
 
 
759 aa  394  1e-108  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.774343  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2345  lysine decarboxylase  36.46 
 
 
759 aa  393  1e-108  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.964996  normal  0.113282 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2186  lysine decarboxylase  35.8 
 
 
760 aa  389  1e-107  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0975891 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2437  lysine decarboxylase  36.31 
 
 
759 aa  392  1e-107  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0716187  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2393  Lysine decarboxylase  34.18 
 
 
762 aa  392  1e-107  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.736843  normal  0.708537 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1821  lysine decarboxylase  36.31 
 
 
759 aa  392  1e-107  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.106593  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2432  lysine decarboxylase  36.31 
 
 
759 aa  392  1e-107  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0158753  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2365  biodegradative arginine decarboxylase protein  34.22 
 
 
759 aa  390  1e-107  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0493181 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>