More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcen2424_6876 on replicon NC_008545
Organism: Burkholderia cenocepacia HI2424



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008545  Bcen2424_6876  ATP dependent DNA ligase  100 
 
 
343 aa  689    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.747253  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6253  DNA polymerase LigD ligase subunit  73.16 
 
 
343 aa  514  1e-144  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0234052  normal  0.998306 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7582  DNA ligase D  55.89 
 
 
651 aa  385  1e-106  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.373122 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4772  DNA ligase D  58.61 
 
 
651 aa  384  1e-105  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1177  ATP-dependent DNA ligase  46.06 
 
 
853 aa  295  7e-79  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.601183  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0501  DNA ligase D  47.47 
 
 
863 aa  294  1e-78  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.535245  normal  0.0602088 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0488  DNA ligase D  47.45 
 
 
867 aa  292  5e-78  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.160576  normal  0.373477 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4339  ATP-dependent DNA ligase  46.32 
 
 
871 aa  290  2e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0275716 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2523  ATP-dependent DNA ligase  48.15 
 
 
837 aa  288  9e-77  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000543878 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1660  ATP-dependent DNA ligase  47.35 
 
 
847 aa  285  1.0000000000000001e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.600549  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  46.13 
 
 
864 aa  282  6.000000000000001e-75  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3003  ATP-dependent DNA ligase  47.48 
 
 
882 aa  281  1e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0636525  normal  0.554248 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36910  ATP-dependent DNA ligase  47.13 
 
 
840 aa  280  3e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0564843  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2519  ATP-dependent DNA ligase  48.28 
 
 
939 aa  280  3e-74  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0981  DNA ligase D  45.94 
 
 
954 aa  279  4e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1858  DNA ligase D  45.48 
 
 
940 aa  279  6e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.216644 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2097  ATP-dependent DNA ligase  45.57 
 
 
848 aa  276  3e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.288543 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5079  ATP-dependent DNA ligase  47.08 
 
 
901 aa  275  6e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.795218  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3173  ATP-dependent DNA ligase  45.06 
 
 
847 aa  273  3e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2635  ATP-dependent DNA ligase  43.11 
 
 
833 aa  272  5.000000000000001e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232561  normal  0.576376 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2328  putative ATP-dependent DNA ligase  44.65 
 
 
1001 aa  272  5.000000000000001e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455665  normal  0.455767 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2247  ATP-dependent DNA ligase  46.82 
 
 
846 aa  271  8.000000000000001e-72  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3260  ATP-dependent DNA ligase  42.01 
 
 
833 aa  263  4e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6483  ATP dependent DNA ligase  45.85 
 
 
936 aa  260  2e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0603382  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1346  ATP dependent DNA ligase  45.85 
 
 
936 aa  260  3e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.893044  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2501  ATP-dependent DNA ligase  41.89 
 
 
833 aa  259  4e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3217  ATP-dependent DNA ligase  44.87 
 
 
837 aa  259  4e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.311781 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2651  ATP-dependent DNA ligase  41.02 
 
 
832 aa  257  3e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.819142  normal  0.570676 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5476  DNA ligase D  44.89 
 
 
927 aa  252  8.000000000000001e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00388357 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3245  ATP-dependent DNA ligase  42.36 
 
 
866 aa  251  1e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.833216  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3464  DNA ligase, ATP-dependent, putative  41.18 
 
 
851 aa  250  2e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6340  DNA ligase D  44.92 
 
 
949 aa  248  2e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.15116 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5610  ATP dependent DNA ligase  44.92 
 
 
932 aa  246  4e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.706105 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6073  DNA ligase D  45.85 
 
 
927 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0510863 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  44.22 
 
 
684 aa  240  2e-62  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4424  ATP-dependent DNA ligase  44.3 
 
 
825 aa  239  4e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0379748  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0784  ATP dependent DNA ligase  44.12 
 
 
658 aa  236  3e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2988  DNA ligase, ATP-dependent  40.05 
 
 
1163 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  42.12 
 
 
656 aa  234  2.0000000000000002e-60  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8017  ATP-dependent DNA ligase  40.75 
 
 
893 aa  233  4.0000000000000004e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0382  DNA ligase D  41.14 
 
 
644 aa  233  4.0000000000000004e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5705  ATP-dependent DNA ligase  40.91 
 
 
883 aa  231  1e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2239  DNA ligase D  43.17 
 
 
856 aa  231  1e-59  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.839838 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3490  ATP-dependent DNA ligase  41.07 
 
 
930 aa  230  2e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.505494  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3112  DNA ligase D  39.15 
 
 
1157 aa  229  6e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0919454  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0836  DNA ligase D  42.9 
 
 
683 aa  228  1e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5341  ATP-dependent DNA ligase  40.45 
 
 
881 aa  227  3e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0581605 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2977  DNA ligase D  39.62 
 
 
845 aa  226  5.0000000000000005e-58  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.246159 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5638  ATP-dependent DNA ligase  38.61 
 
 
882 aa  222  6e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7010  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  39.67 
 
 
350 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.926095  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2135  DNA ligase D  38.17 
 
 
815 aa  220  1.9999999999999999e-56  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6329  ATP-dependent DNA ligase  39.38 
 
 
895 aa  220  3e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0632091 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1335  ATP-dependent DNA ligase  38.85 
 
 
980 aa  219  5e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3685  ATP-dependent DNA ligase  38.92 
 
 
911 aa  219  5e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.865038  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4171  ATP-dependent DNA ligase  40.88 
 
 
914 aa  219  7.999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.497319  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  39.94 
 
 
865 aa  218  1e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3907  ATP-dependent DNA ligase  37.54 
 
 
900 aa  217  2e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.989644  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6989  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  39.27 
 
 
354 aa  218  2e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  38.89 
 
 
818 aa  217  2.9999999999999998e-55  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000109107  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4309  DNA polymerase LigD ligase subunit  41.72 
 
 
603 aa  216  4e-55  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1876  ATP-dependent DNA ligase  38.37 
 
 
914 aa  216  5e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.907588  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1769  ATP-dependent DNA ligase  39.06 
 
 
918 aa  215  7e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.242945 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4365  ATP-dependent DNA ligase  39.38 
 
 
886 aa  214  9.999999999999999e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  35.31 
 
 
813 aa  215  9.999999999999999e-55  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1736  ATP-dependent DNA ligase  37.89 
 
 
888 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.946456 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5282  DNA ligase D  39.63 
 
 
658 aa  212  7.999999999999999e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.889453 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0448  ATP-dependent DNA ligase  39.38 
 
 
866 aa  211  1e-53  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  37.22 
 
 
822 aa  211  2e-53  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1150  ATP dependent DNA ligase  41.77 
 
 
845 aa  211  2e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0353  ATP-dependent DNA ligase  38.86 
 
 
913 aa  209  6e-53  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.344654 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4315  DNA ligase D  40.51 
 
 
834 aa  207  1e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1305  DNA polymerase LigD ligase region  40.92 
 
 
343 aa  199  3.9999999999999996e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0414241  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2396  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  37.13 
 
 
349 aa  199  7.999999999999999e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.788698 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0779  ATP dependent DNA ligase  35.76 
 
 
608 aa  198  1.0000000000000001e-49  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.991922  normal  0.120219 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  35.1 
 
 
902 aa  195  1e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  35.06 
 
 
877 aa  193  4e-48  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1695  ATP dependent DNA ligase  38.01 
 
 
843 aa  193  5e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.616199  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5331  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  37.29 
 
 
346 aa  192  9e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.51032 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5730  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  36.63 
 
 
350 aa  189  4e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.996793  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  35.14 
 
 
896 aa  187  2e-46  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3103  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  38.14 
 
 
336 aa  185  8e-46  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  38.46 
 
 
871 aa  184  1.0000000000000001e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3982  DNA ligase D  39.5 
 
 
837 aa  182  6e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.242041 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  34.98 
 
 
646 aa  181  1e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5248  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  36.17 
 
 
495 aa  182  1e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.19885  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  33.12 
 
 
861 aa  178  1e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3242  DNA ligase D  35.35 
 
 
657 aa  177  3e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.99209  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2338  DNA polymerase LigD ligase domain-containing subunit  36.67 
 
 
321 aa  175  9.999999999999999e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.738121  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7782  putative ATP-dependent DNA ligase  36.34 
 
 
351 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.089551  normal  0.119022 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  38.2 
 
 
872 aa  174  2.9999999999999996e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2120  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  37.42 
 
 
436 aa  171  1e-41  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0836628  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2679  ATP-dependent DNA ligase  39.12 
 
 
868 aa  170  3e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  36.89 
 
 
825 aa  170  4e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3452  ATP dependent DNA ligase  33.97 
 
 
534 aa  169  6e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2316  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  38.13 
 
 
313 aa  167  2e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2161  ATP dependent DNA ligase  38.13 
 
 
313 aa  167  2e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.379865  normal  0.199532 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1337  ATP dependent DNA ligase  39.12 
 
 
868 aa  167  2e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.402102 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3852  ATP dependent DNA ligase  35.78 
 
 
315 aa  166  5e-40  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0294  ATP-dependent DNA ligase  41.25 
 
 
845 aa  166  5e-40  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1218  ATP dependent DNA ligase  39.74 
 
 
846 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.257773 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>