113 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcen2424_6321 on replicon NC_008544
Organism: Burkholderia cenocepacia HI2424



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008060  Bcen_1508  xylose isomerase-like TIM barrel  100 
 
 
295 aa  600  1.0000000000000001e-171  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.291962  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6321  xylose isomerase domain-containing protein  100 
 
 
295 aa  600  1.0000000000000001e-171  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6979  xylose isomerase domain-containing protein  97.97 
 
 
295 aa  592  1e-168  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.363123  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1099  xylose isomerase domain-containing protein  52.98 
 
 
293 aa  313  2.9999999999999996e-84  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1026  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  39.24 
 
 
287 aa  194  2e-48  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33680  hypothetical protein  34.47 
 
 
274 aa  129  5.0000000000000004e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6806  xylose isomerase domain-containing protein  26.85 
 
 
283 aa  78.2  0.0000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3640  xylose isomerase domain-containing protein  31.91 
 
 
288 aa  68.9  0.0000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.461732  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3326  xylose isomerase domain-containing protein  23.64 
 
 
284 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1715  xylose isomerase-like TIM barrel  25.26 
 
 
272 aa  64.3  0.000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3304  xylose isomerase domain-containing protein  27.64 
 
 
283 aa  64.7  0.000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0184902 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03000  hypothetical protein  29.06 
 
 
634 aa  63.2  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00135939 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0327  hypothetical protein  29.39 
 
 
634 aa  62.4  0.000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.627098  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0529  xylose isomerase-like TIM barrel  33.33 
 
 
281 aa  62  0.00000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0189964  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7092  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.76 
 
 
631 aa  61.6  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26168  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0839  xylose isomerase domain-containing protein  27.78 
 
 
292 aa  59.7  0.00000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5952  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.61 
 
 
631 aa  58.9  0.00000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0955687  decreased coverage  0.00791612 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0783  xylose isomerase-like TIM barrel  31.62 
 
 
268 aa  58.5  0.0000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.248846  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8641  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.38 
 
 
269 aa  58.2  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2346  xylose isomerase domain-containing protein  31.76 
 
 
276 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.848938 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2059  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, putative  26.69 
 
 
687 aa  56.2  0.0000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2191  sugar phosphate isomerases/epimerases  33.75 
 
 
273 aa  55.8  0.0000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30200  Xylose isomerase-type TIM-barrel protein  31.4 
 
 
271 aa  55.8  0.0000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4428  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.12 
 
 
633 aa  55.1  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2843  xylose isomerase domain-containing protein  26.45 
 
 
269 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.719805 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3810  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30 
 
 
280 aa  53.9  0.000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.022666  normal  0.0930685 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0606  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  23.86 
 
 
624 aa  53.9  0.000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.0633938 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29270  sugar phosphate isomerase/epimerase  29.07 
 
 
280 aa  53.5  0.000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0115  xylose isomerase domain-containing protein  27.78 
 
 
286 aa  53.1  0.000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.99603  normal  0.236776 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4909  xylose isomerase-like TIM barrel  30.77 
 
 
271 aa  52.8  0.000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2673  xylose isomerase domain-containing protein  34.75 
 
 
287 aa  52.4  0.000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4090  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.3 
 
 
645 aa  52.4  0.000009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00816269 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0782  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.17 
 
 
630 aa  52.4  0.000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.817905  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3955  xylose isomerase domain-containing protein  26.94 
 
 
276 aa  52  0.00001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00177251  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1081  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.29 
 
 
628 aa  52  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.796659  normal  0.416218 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1586  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  22.51 
 
 
621 aa  51.2  0.00002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.435654  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0292  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.56 
 
 
615 aa  51.2  0.00002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4666  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.03 
 
 
630 aa  51.6  0.00002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.735725 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0820  xylose isomerase domain-containing protein  25.47 
 
 
278 aa  51.6  0.00002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2702  xylose isomerase domain-containing protein  28 
 
 
275 aa  51.6  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.964957  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3418  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.03 
 
 
630 aa  51.2  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0242311  normal  0.14685 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2503  hydroxypyruvate isomerase  29.1 
 
 
264 aa  50.1  0.00004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3692  xylose isomerase domain-containing protein  27.39 
 
 
305 aa  50.1  0.00004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5194  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.39 
 
 
630 aa  49.7  0.00005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2603  xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.37 
 
 
271 aa  49.3  0.00007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0698398 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6113  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25 
 
 
623 aa  48.9  0.00009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.471766 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6726  putative endonuclease protein  31.65 
 
 
285 aa  48.5  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.416579  normal  0.564821 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3122  xylose isomerase domain-containing protein  27.37 
 
 
271 aa  48.5  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2149  xylose isomerase domain-containing protein  27.03 
 
 
271 aa  48.5  0.0001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.398235 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0781  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25 
 
 
282 aa  48.9  0.0001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02058  hypothetical protein  26.69 
 
 
626 aa  47.8  0.0002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0224521  normal  0.842888 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3855  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.83 
 
 
624 aa  47.8  0.0002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3269  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.75 
 
 
303 aa  48.1  0.0002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4079  xylose isomerase domain-containing protein  24.03 
 
 
629 aa  47.4  0.0003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3362  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.34 
 
 
635 aa  47  0.0003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.283519  normal  0.789434 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2225  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.57 
 
 
635 aa  47.8  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.44574  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4979  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.13 
 
 
283 aa  47  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.426661  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0343  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  24.56 
 
 
630 aa  47  0.0004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.880013 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5062  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.01 
 
 
286 aa  47  0.0004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0439  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.81 
 
 
308 aa  47  0.0004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00988774  normal  0.647818 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4755  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.69 
 
 
637 aa  47  0.0004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.304127  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3088  hydroxypyruvate isomerase  26.55 
 
 
263 aa  47  0.0004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.645228  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3320  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.76 
 
 
630 aa  46.6  0.0004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0462  hydroxypyruvate isomerase  25.41 
 
 
261 aa  46.6  0.0005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3062  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.76 
 
 
630 aa  46.6  0.0005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5305  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.76 
 
 
630 aa  46.6  0.0005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.114512 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1496  xylose isomerase domain-containing protein  28.05 
 
 
270 aa  46.6  0.0005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0707299 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6104  xylose isomerase domain-containing protein  25.81 
 
 
278 aa  46.6  0.0005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5064  hydroxypyruvate isomerase, putative  27.27 
 
 
261 aa  46.2  0.0006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5912  xylose isomerase domain-containing protein  27.62 
 
 
275 aa  46.2  0.0006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.2156  decreased coverage  0.00155667 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0122  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.39 
 
 
627 aa  46.2  0.0006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.134725  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0015  hydroxypyruvate isomerase  26.35 
 
 
258 aa  45.8  0.0008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3407  hydroxypyruvate isomerase  31.21 
 
 
269 aa  45.8  0.0008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.743274  decreased coverage  0.0000181243 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4709  myo-inositol catabolism protein  25.36 
 
 
277 aa  45.8  0.0008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0492702  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5449  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.49 
 
 
615 aa  45.8  0.0008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2554  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.95 
 
 
635 aa  45.8  0.0009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00914053 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3161  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.95 
 
 
635 aa  45.8  0.0009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.706766  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0848  putative 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.79 
 
 
684 aa  45.4  0.001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1894  putative amino acid dioxygenase  28.79 
 
 
684 aa  45.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1924  Hydroxypyruvate isomerase  26.67 
 
 
280 aa  45.8  0.001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000000334865  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1560  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  22.65 
 
 
632 aa  45.4  0.001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.288895  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1752  putative 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.79 
 
 
684 aa  45.4  0.001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.10433  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2205  putative 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.79 
 
 
684 aa  45.4  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0577  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.68 
 
 
687 aa  45.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0891  AP endonuclease  28.79 
 
 
684 aa  45.4  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.940921  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5868  xylose isomerase domain-containing protein  23.33 
 
 
283 aa  45.1  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04753  hydroxypyruvate isomerase  22.55 
 
 
258 aa  45.1  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7150  xylose isomerase domain-containing protein  29.41 
 
 
299 aa  45.4  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0169524 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4963  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  24.65 
 
 
630 aa  45.4  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0115166 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01734  3-dehydroshikimate dehydratase, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G08740)  22.67 
 
 
354 aa  44.7  0.002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.109139  normal  0.0225904 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2151  xylose isomerase-like TIM barrel  27.27 
 
 
257 aa  45.1  0.002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00601378  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2206  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.02 
 
 
260 aa  44.7  0.002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0313924  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1656  xylose isomerase domain-containing protein  29.25 
 
 
297 aa  45.1  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.876977 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0481  AP endonuclease  28.79 
 
 
684 aa  45.1  0.002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3702  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.85 
 
 
313 aa  44.7  0.002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.909161  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4305  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  24.14 
 
 
628 aa  44.3  0.002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.92924  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4415  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  24.14 
 
 
628 aa  44.3  0.002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4204  xylose isomerase domain-containing protein  24.48 
 
 
629 aa  43.9  0.003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.460434  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4567  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.28 
 
 
627 aa  43.9  0.003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3367  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.3 
 
 
298 aa  44.3  0.003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0558916 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>