More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcen2424_5999 on replicon NC_008544
Organism: Burkholderia cenocepacia HI2424



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008544  Bcen2424_5999  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 330 aa  671    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.504175 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7408  LysR family transcriptional regulator  95.45 
 
 		 330 aa  649    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.936004 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6490  LysR family transcriptional regulator  99.09 
 
 		 330 aa  668    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5634  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 330 aa  671    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6153  LysR family transcriptional regulator  89.7 
 
 		 330 aa  602  1.0000000000000001e-171  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.46 
 
 		 300 aa  197  3e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5904  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 324 aa  196  4.0000000000000005e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0745  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 320 aa  193  4e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0528277 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001290  transcriptional regulator LysR family protein  35.13 
 
 		 308 aa  191  1e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.913137  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2193  LysR family transcriptional regulator  38.94 
 
 		 313 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.446437  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5486  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 313 aa  188  8e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.272052  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2176  LysR family transcriptional regulator  38.94 
 
 		 313 aa  188  1e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0722015  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5901  LysR family transcriptional regulator  38.94 
 
 		 313 aa  188  1e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00437173  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0664  LysR family transcriptional regulator  37.83 
 
 		 325 aa  187  2e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.520137 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0529  LysR family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 347 aa  187  2e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.438898  normal  0.151097 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4366  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 310 aa  186  4e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1094  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 313 aa  185  7e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0613  transcriptional regulator, LysR family  38.24 
 
 		 336 aa  184  1.0000000000000001e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.758133  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0634  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 336 aa  184  2.0000000000000003e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1327  transcriptional regulator, LysR family  37.42 
 
 		 314 aa  183  4.0000000000000006e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.251237 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1086  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 320 aa  183  4.0000000000000006e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.157723  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2092  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 313 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1391  transcriptional regulator, LysR family  37.42 
 
 		 314 aa  182  5.0000000000000004e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00658926  normal  0.188344 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.79 
 
 		 305 aa  182  6e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.79 
 
 		 305 aa  182  6e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.79 
 
 		 305 aa  182  6e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2646  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 331 aa  182  6e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.028717  normal  0.758946 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0447  transcriptional regulator, LysR family  40.46 
 
 		 311 aa  182  7e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2215  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 313 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4044  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 330 aa  180  2.9999999999999997e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.832658 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0647  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 307 aa  180  4e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5586  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 333 aa  179  4.999999999999999e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.861314  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0994  transcriptional regulator, LysR family  35.97 
 
 		 327 aa  179  5.999999999999999e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.414086  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  39 
 
 		 317 aa  178  1e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.67 
 
 		 304 aa  176  5e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0027  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 316 aa  175  8e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.302128  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.82 
 
 		 303 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0112  LysR family transcriptional regulator  37.3 
 
 		 320 aa  175  9.999999999999999e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0089776 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 		 299 aa  174  1.9999999999999998e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.48 
 
 		 305 aa  174  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.48 
 
 		 305 aa  174  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.48 
 
 		 305 aa  174  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.48 
 
 		 305 aa  174  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.48 
 
 		 305 aa  174  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.82 
 
 		 303 aa  172  5e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  36.16 
 
 		 305 aa  172  5.999999999999999e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  36.16 
 
 		 305 aa  172  5.999999999999999e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.16 
 
 		 305 aa  172  5.999999999999999e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.16 
 
 		 305 aa  172  5.999999999999999e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  36.16 
 
 		 305 aa  172  5.999999999999999e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.16 
 
 		 305 aa  172  5.999999999999999e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.16 
 
 		 305 aa  172  5.999999999999999e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.16 
 
 		 305 aa  172  5.999999999999999e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.16 
 
 		 305 aa  172  5.999999999999999e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.79 
 
 		 306 aa  172  6.999999999999999e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3294  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 321 aa  172  7.999999999999999e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.228779  normal  0.107887 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.48 
 
 		 305 aa  171  1e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  37.09 
 
 		 311 aa  171  1e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1948  transcriptional regulator, LysR family  36.75 
 
 		 311 aa  170  3e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.244059  normal  0.065003 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.69 
 
 		 302 aa  169  5e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.15 
 
 		 303 aa  169  6e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4485  LysR family transcriptional regulator  37.05 
 
 		 308 aa  169  6e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5010  LysR family transcriptional regulator  37.05 
 
 		 306 aa  169  7e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.86 
 
 		 314 aa  169  7e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.46 
 
 		 307 aa  168  9e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.13 
 
 		 307 aa  168  1e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  35.69 
 
 		 295 aa  168  1e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.74 
 
 		 303 aa  168  1e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0030  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.66 
 
 		 316 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.5 
 
 		 308 aa  167  2.9999999999999998e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 311 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.08 
 
 		 303 aa  166  4e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0279  transcriptional regulator, LysR family  37.34 
 
 		 308 aa  166  4e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.126577  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5375  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 302 aa  166  5e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.323066 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.57 
 
 		 306 aa  166  5e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  35.23 
 
 		 306 aa  166  5e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5146  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 297 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.981039 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.07 
 
 		 303 aa  166  6.9999999999999995e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.83 
 
 		 308 aa  166  6.9999999999999995e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 311 aa  165  1.0000000000000001e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.23 
 
 		 306 aa  165  1.0000000000000001e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0586  LysR family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 308 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1692  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 305 aa  164  2.0000000000000002e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0097  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 299 aa  163  3e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.603539  hitchhiker  0.0000731437 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.41 
 
 		 303 aa  164  3e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3957  LysR family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 314 aa  162  7e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1005  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 307 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.187099  normal  0.59249 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00400  LysR family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 304 aa  162  8.000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.119408 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 318 aa  161  1e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1856  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 299 aa  161  1e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.144419  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 317 aa  161  1e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1783  LysR family transcriptional regulator  35.28 
 
 		 308 aa  161  2e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3569  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 310 aa  160  2e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.898807  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 308 aa  160  2e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.08 
 
 		 303 aa  160  2e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4017  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 296 aa  161  2e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.292779 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.75 
 
 		 303 aa  160  2e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2385  transcriptional regulator, LysR family  36.51 
 
 		 323 aa  160  3e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.297689  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0698  LysR family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 343 aa  160  3e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.18558  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0840  LysR family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 301 aa  160  4e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>