More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcen2424_5510 on replicon NC_008543
Organism: Burkholderia cenocepacia HI2424



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008061  Bcen_5351  porin  100 
 
 
350 aa  701    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0148  outer membrane protein (porin)  94 
 
 
350 aa  665    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.268856 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4762  porin  99.14 
 
 
350 aa  694    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.821427  normal  0.658294 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5510  porin  100 
 
 
350 aa  701    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5110  porin Gram-negative type  38.48 
 
 
371 aa  188  1e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1963  porin  36.02 
 
 
372 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.513284 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2720  OmpC family outer membrane porin  36.16 
 
 
387 aa  181  1e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3712  porin  33.43 
 
 
350 aa  158  1e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0718332  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1378  porin  33.44 
 
 
354 aa  142  6e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0478872  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6530  outer membrane protein, (porin)-like  32.96 
 
 
417 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0804  OmpC family outer membrane porin  35.06 
 
 
363 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.554989  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0829  OmpC family outer membrane porin  33.65 
 
 
362 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0039007  normal  0.098536 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3605  OmpC family outer membrane porin  33.51 
 
 
355 aa  125  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000104312  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5195  outer membrane porin  32.34 
 
 
382 aa  122  8e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.163302  normal  0.133933 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6321  porin  32.02 
 
 
394 aa  122  8e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00119227  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3043  outer membrane protein  30.48 
 
 
379 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000337977  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2089  outer membrane porin, putative  30.48 
 
 
379 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5786  porin  33.42 
 
 
358 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.10486  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5115  porin Gram-negative type  33.04 
 
 
335 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0274682 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3009  outer membrane porin  30.48 
 
 
379 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.205234  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1957  putative outer membrane porin  30.48 
 
 
379 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0769  porin  30.68 
 
 
356 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.8463  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2596  outer membrane protein (porin)  33.24 
 
 
394 aa  120  3e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal  0.826149 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2943  outer membrane porin  30.48 
 
 
379 aa  120  3e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000414234  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1250  porin  30.68 
 
 
356 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.341565  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1222  porin  30.4 
 
 
356 aa  119  6e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3091  outer membrane porin signal peptide protein  36.72 
 
 
376 aa  119  7e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.314497  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3567  porin  33.6 
 
 
363 aa  119  7e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.000504769  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4384  outer membrane protein, (porin)  30.4 
 
 
356 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0285  outer membrane protein (porin)  31.84 
 
 
367 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1592  outer membrane porin OpcP  37.79 
 
 
379 aa  117  3e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000753079  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5890  porin Gram-negative type  30.31 
 
 
358 aa  117  3.9999999999999997e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.654987  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0158  porin Gram-negative type  33.13 
 
 
347 aa  116  5e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5359  porin  30 
 
 
376 aa  116  6e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.292845  normal  0.581333 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1084  porin transmembrane protein  32.96 
 
 
364 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00229533  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5138  porin  29.81 
 
 
396 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0176797  normal  0.966332 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1478  porin Gram-negative type  31.69 
 
 
346 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1141  porin  29.59 
 
 
327 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.259275 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1454  outer membrane porin OpcP  32.95 
 
 
414 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.176502  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3529  porin  30.54 
 
 
376 aa  110  3e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.327335 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1190  outer membrane protein (porin)  33.07 
 
 
359 aa  110  3e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0135905  normal  0.83536 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3623  porin  30.56 
 
 
372 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.21195  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1286  putative outer membrane porin  31.92 
 
 
384 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1374  outer membrane porin  31.92 
 
 
384 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1564  porin  34.32 
 
 
357 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.247151  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2546  outer membrane porin  31.92 
 
 
384 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1034  putative outer membrane porin  31.92 
 
 
384 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6266  porin  34.32 
 
 
357 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1016  outer membrane porin  30.54 
 
 
358 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.308629  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0533  putative outer membrane porin  31.92 
 
 
384 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.121969  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1294  outer membrane porin  31.92 
 
 
384 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0263  putative outer membrane porin  31.92 
 
 
384 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3025  porin Gram-negative type  36.33 
 
 
376 aa  109  7.000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4328  porin  30.18 
 
 
391 aa  109  8.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.428613  normal  0.0399975 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6742  porin  32.77 
 
 
357 aa  109  8.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5685  porin  34.07 
 
 
357 aa  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.523942  normal  0.0446871 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0587  putative outer membrane porin  35 
 
 
365 aa  108  1e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3210  porin Gram-negative type  29.32 
 
 
375 aa  108  1e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.114966  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5510  porin  32.58 
 
 
372 aa  108  1e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.913776  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1848  putative outer membrane porin  35 
 
 
365 aa  108  1e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0156948  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2322  outer membrane porin protein  35 
 
 
365 aa  108  1e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3897  porin  30 
 
 
372 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.239452 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0881  putative outer membrane porin  35 
 
 
365 aa  108  1e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0528  porin  30.26 
 
 
338 aa  108  1e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.000000423032  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5908  porin  33.75 
 
 
357 aa  108  1e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.359102  decreased coverage  0.00179215 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1003  porin  29.25 
 
 
383 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000241018  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2457  porin  31.34 
 
 
359 aa  108  2e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0201668  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6313  porin  31.99 
 
 
376 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.597714 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2492  outer membrane protein (porin)  29.86 
 
 
372 aa  108  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0279095  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1102  outer membrane porin  30.11 
 
 
358 aa  108  2e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1516  porin  31.99 
 
 
376 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6971  porin  31.99 
 
 
376 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.829977  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6252  porin  34.87 
 
 
353 aa  107  3e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0524  porin  29.9 
 
 
374 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000201406  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5676  porin  28.39 
 
 
389 aa  107  4e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.919602 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3601  porin  31.13 
 
 
390 aa  107  4e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4491  porin  32.98 
 
 
358 aa  107  4e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450812  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4766  porin  31.13 
 
 
390 aa  107  4e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.38639  normal  0.209657 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5517  porin  31.13 
 
 
390 aa  107  4e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3740  porin  28.39 
 
 
389 aa  107  4e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4628  porin  28.39 
 
 
389 aa  107  4e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0849  OmpC family outer membrane porin  34.81 
 
 
384 aa  107  4e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0153062  normal  0.0195066 
 
 
-
 
NC_003296  RS05376  porin signal peptide protein  30.95 
 
 
368 aa  106  5e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0326647 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0963  porin  34.4 
 
 
383 aa  106  5e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000213989  normal  0.474423 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3372  porin Gram-negative type  35.55 
 
 
376 aa  106  6e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4871  porin  33.06 
 
 
371 aa  106  6e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.0000247804  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7660  outer membrane protein (porin)  30.35 
 
 
366 aa  106  6e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0194748  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2739  OmpC family outer membrane porin  31.04 
 
 
364 aa  106  6e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0788528 
 
 
-
 
NC_003296  RS00714  porin precursor transmembrane protein  32.71 
 
 
351 aa  106  7e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000654265  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3097  porin  32.28 
 
 
402 aa  106  8e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5974  porin OmpC  30.21 
 
 
355 aa  106  8e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0182107  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1756  porin Gram-negative type  30.21 
 
 
355 aa  106  8e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.448713 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0061  OmpC family outer membrane porin  30.2 
 
 
379 aa  106  8e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5837  porin  32.67 
 
 
390 aa  105  9e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.543767 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6317  outer membrane protein, (porin)  31.93 
 
 
358 aa  105  9e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5216  porin  30.87 
 
 
354 aa  105  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0650  porin  29.75 
 
 
369 aa  105  1e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  unclonable  0.000000349197  normal  0.162286 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0649  porin  29.79 
 
 
344 aa  105  1e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.000220947  normal  0.240142 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1520  outer membrane porin OpcP  28.86 
 
 
374 aa  105  1e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.86077  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2452  porin Gram-negative type  33.05 
 
 
340 aa  105  1e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>